View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10511_low_14 (Length: 330)

Name: NF10511_low_14
Description: NF10511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10511_low_14
NF10511_low_14
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (20-320)||(4698118-4698418)
chr7 (40-316)||(4862781-4863057)
chr7 (42-313)||(4784785-4785056)
chr7 (42-313)||(4817214-4817485)
chr7 (42-320)||(4713016-4713294)
chr7 (43-231)||(4846972-4847160)
chr7 (43-320)||(4652408-4652685)
chr7 (20-320)||(4629797-4630097)
chr7 (75-320)||(4665823-4666068)
chr7 (24-320)||(4642592-4642888)
chr7 (20-320)||(4671528-4671828)
chr7 (75-320)||(4635745-4635990)
chr7 (20-316)||(4660693-4660992)
chr7 (246-320)||(4854590-4854664)
chr7 (72-142)||(27539502-27539572)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-320)||(18926667-18926967)
chr4 (72-142)||(46271740-46271810)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Original strand, 4698118 - 4698418
Alignment:
Q  20 attgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 119  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698118 attgggggcagcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 4698217  T
Q  120 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698218 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatt 4698317  T
Q  220 tagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccaccttt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698318 tagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccaccttt 4698417  T
Q  320 g 320  Q
    |    
T  4698418 g 4698418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 40 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4863057 - 4862781
Alignment:
Q  40 tacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctga 139  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4863057 tacattatcttcatgctggtgtaaagcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtaccaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtgtctga 4862958  T
Q  140 tttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactacctt 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||   ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  4862957 tttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtctatcactcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactacctt 4862858  T
Q  240 cgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacc 316  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4862857 cgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacc 4862781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 4784785 - 4785056
Alignment:
Q  42 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 141  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4784785 cattatctgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4784884  T
Q  142 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 241  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||    
T  4784885 ttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcg 4784984  T
Q  242 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagacc 313  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4784985 acaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4785056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 4817214 - 4817485
Alignment:
Q  42 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 141  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4817214 cattatttgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4817313  T
Q  142 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 241  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||    
T  4817314 ttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcg 4817413  T
Q  242 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagacc 313  Q
     ||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4817414 acaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4817485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 320
Target Start/End: Original strand, 4713016 - 4713294
Alignment:
Q  42 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4713016 cattatcttcatgaaggtgcgaagcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4713115  T
Q  142 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 241  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| || | |||||| ||    
T  4713116 tcggtttatcaaaagtgggaccaacagggatatcaatgactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacg 4713215  T
Q  242 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
      | | |||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4713216 aaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttg 4713294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Original strand, 4846972 - 4847160
Alignment:
Q  43 attatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 142  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4846972 attatcttcatgaaggtgcgaagcacaatatcatacatcgtgacgttaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattt 4847071  T
Q  143 cgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaat 231  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || || ||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||    
T  4847072 cgggttatcaaaagtgggaccaaccgggatatcaatgactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 43 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4652685 - 4652408
Alignment:
Q  43 attatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 142  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4652685 attatcttcatgcagaggtgaaacacaagataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattt 4652586  T
Q  143 cgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgt 242  Q
     || ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |  ||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||  | |      
T  4652585 tggattatcgaaagtgggaccgacaaggatgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctc 4652486  T
Q  243 caaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  4652485 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 4652408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4630097 - 4629797
Alignment:
Q  20 attgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 119  Q
    ||||||||| || ||||| ||  ||||||||||| | |  | ||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||| |||    
T  4630097 attgggtgcagcgagagggctgaattatcttcattctgaggtgaagcacaagataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaa 4629998  T
Q  120 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatt 219  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  |||  ||||| |||||||| | ||||||||| || || || ||||    
T  4629997 tgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatt 4629898  T
Q  220 tagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccaccttt 319  Q
    | ||||||||||||||  | |  |||||| | || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4629897 tggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccaccttt 4629798  T
Q  320 g 320  Q
    |    
T  4629797 g 4629797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4666068 - 4665823
Alignment:
Q  75 atacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgt 174  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| || |    
T  4666068 atacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatggcaaaggtttccgactttgggttatccaaggtgggaccgacagggatat 4665969  T
Q  175 cgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactc 274  Q
    | |  ||||| |||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||  | |  |||||| | || ||||| || || ||||||||    
T  4665968 caactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactc 4665869  T
Q  275 cttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
     |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  4665868 gttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 4665823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4642888 - 4642592
Alignment:
Q  24 ggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatggg 123  Q
    ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |  | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||     
T  4642888 ggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaaataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatgga 4642789  T
Q  124 tggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttaga 223  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||  |||||| ||||||| | |||||| || || || |||||||||||    
T  4642788 tagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacctacagggatatcgactacccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttaga 4642689  T
Q  224 tcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
    ||| || |||||  |    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||||    
T  4642688 tcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttg 4642592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4671828 - 4671528
Alignment:
Q  20 attgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 119  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |  | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  4671828 attgggtgctgcgagagggctaaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaaataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaa 4671729  T
Q  120 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatt 219  Q
    ||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||  | |  |||||||||||||| | |||||| || || || |||||||    
T  4671728 tggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacccacggggataacaactacccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatt 4671629  T
Q  220 tagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccaccttt 319  Q
    ||||||| || |||||  |    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  4671628 tagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccaccttt 4671529  T
Q  320 g 320  Q
    |    
T  4671528 g 4671528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4635990 - 4635745
Alignment:
Q  75 atacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgt 174  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |    
T  4635990 atacatcgtgacgtaaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttctgattttgggttatcaaaggtgggaccgacaggtatat 4635891  T
Q  175 cgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactc 274  Q
    |||  |||||||||||||| |  || ||||| ||  | |||||||||||||| || |||||  |    |||||| | || || || || |||||||||||    
T  4635890 cgactacccacgtcagcacaattgttaagggaagcttggggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactc 4635791  T
Q  275 cttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
     |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  4635790 attcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttg 4635745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4660992 - 4660693
Alignment:
Q  20 attgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 119  Q
    ||||||| | ||||||||  | |||||||||||||| |  | ||| ||||| || |||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||| | |||    
T  4660992 attgggttcagcaagagggttgcattatcttcatgctgaggtgaaacacaaaataatacaccgcgacgtaaagagcaccaacatattgttggatcacaaa 4660893  T
Q  120 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgac---ccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggt 216  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||  ||    ||||||||||| | ||||||||| || || ||||    
T  4660892 tgggtagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccgacagggatatcgactactcatcacgtcagcacaatggtgaaggggagccttgggt 4660793  T
Q  217 atttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacc 316  Q
    |||| |||||| |||||||  | |  |||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  4660792 atttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacc 4660693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 320
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854664
Alignment:
Q  246 aggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttg 320  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttg 4854664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 142
Target Start/End: Original strand, 27539502 - 27539572
Alignment:
Q  72 atcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 142  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  27539502 atcatccaccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattt 27539572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Original strand, 18926667 - 18926967
Alignment:
Q  20 attgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaa 119  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |  | ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||    
T  18926667 attgggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacatcgtgatgtgaaaagcaccaacatattattggatgagaaa 18926766  T
Q  120 tgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatt 219  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || || || |  ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  18926767 tgggtggctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccaacggggatatcaactacccatgtcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtatt 18926866  T
Q  220 tagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccaccttt 319  Q
    ||||||| || |||||  | |  |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  18926867 tagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccaccttt 18926966  T
Q  320 g 320  Q
    |    
T  18926967 g 18926967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 142
Target Start/End: Original strand, 46271740 - 46271810
Alignment:
Q  72 atcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 142  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  46271740 atcatccaccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattt 46271810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University