View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10511_low_26 (Length: 260)

Name: NF10511_low_26
Description: NF10511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10511_low_26
NF10511_low_26
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-242)||(13165051-13165292)
chr8 (2-242)||(6310160-6310400)
chr8 (1-242)||(14404887-14405128)
chr8 (1-242)||(5549959-5550200)
chr8 (1-242)||(5607729-5607970)
chr8 (1-242)||(5627400-5627641)
chr8 (1-242)||(5571542-5571783)
chr8 (13-235)||(32633449-32633671)
chr8 (9-232)||(12177002-12177225)
chr8 (9-232)||(12421430-12421653)
chr8 (9-232)||(12188323-12188546)
chr8 (9-232)||(12432751-12432974)
chr8 (32-238)||(9394162-9394368)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (1-242)||(13725-13966)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (78-242)||(19492713-19492877)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 13165051 - 13165292
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13165051 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactc 13165150  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13165151 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 13165250  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13165251 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 13165292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 6310400 - 6310160
Alignment:
Q  2 atcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactca 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||   ||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6310400 atcaattacacatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactca 6310301  T
Q  102 aacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcac 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6310300 aacgcatgaaatctttcattgtaatagatgatgtacataattcagaacttctgcaaaacttgattggagtaggacatggttggctaggatctggtagcac 6310201  T
Q  202 agtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  6310200 agtcattgtgacgactagggataagcatgtcttgataagtg 6310160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 14404887 - 14405128
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  14404887 aatcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactc 14404986  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  14404987 aaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgtacataattcagaacttcttcaaaacttgattggagtgggacatggttggctaggatctggtagca 14405086  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  14405087 cagtcatcgtgactacgagggataagcatgtgctgataagtg 14405128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 5549959 - 5550200
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| |||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  5549959 aatcaattacacatgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactc 5550058  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  5550059 aaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgtacataattcagaacttctgcaaaacttgattggagtaggacatggttggctaggatctggtagta 5550158  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5550159 cagtcattgtgactactagggataaacatgtgctgataagtg 5550200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 5607970 - 5607729
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||| |||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  5607970 aatcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactc 5607871  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  5607870 aaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgtacataattcagaacttctgcaaaacttgattggagtaggacatggttggctaggatctggtagta 5607771  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5607770 cagtcattgtgactactagggataaacatgtgctgataagtg 5607729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 5627400 - 5627641
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||| |||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  5627400 aatcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactc 5627499  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  5627500 aaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgtacataattcagaacttctgcaaaacttgattggagtaggacatggttggctaggatctggtagta 5627599  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5627600 cagtcattgtgactactagggataaacatgtgctgataagtg 5627641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 5571542 - 5571783
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  5571542 aatcaattacacgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactc 5571641  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    | ||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||||| | ||| |||||||||    
T  5571642 agacatatgaaatctttcattgtattagatgatgtacataactctgaacttctgcaagacttgattggagtgagaggtggttggcttggacctggtagca 5571741  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5571742 tagtcattgtgacgactagggataaacatgtgctgataagtg 5571783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Original strand, 32633449 - 32633671
Alignment:
Q  13 atgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcatgaaa 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32633449 atgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaa 32633548  T
Q  113 tctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcattgtga 212  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |    
T  32633549 tctttcattgtactagatgatgttcatactttggaacttctgcaaaacttgattggagtcgggaatggttggctaggagatggtagcatagtcattgtaa 32633648  T
Q  213 cgactagggataagcatgtgctg 235  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  32633649 cgacaagggataagcatgtgctg 32633671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12177225 - 12177002
Alignment:
Q  9 acacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcat 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||   ||||| ||||||||| |||| ||| | | || |||||||||||||||    
T  12177225 acacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcat 12177126  T
Q  109 gaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcatt 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | ||| |  ||||||||| | || ||||||||||  || |||| |||  | |||| |||||||| |||||||    
T  12177125 gaaagctttcattgtactagatgatgttcgtactttagaacttctagataatttgattggagcagggcatgattgccttggagttggtagcagagtcatt 12177026  T
Q  209 gtgacgactagggataagcatgtg 232  Q
    ||||| || || ||||||||||||    
T  12177025 gtgacaaccagagataagcatgtg 12177002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12421653 - 12421430
Alignment:
Q  9 acacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcat 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||   ||||| ||||||||| |||| ||| | | || |||||||||||||||    
T  12421653 acacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcat 12421554  T
Q  109 gaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcatt 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | ||| |  ||||||||| | || ||||||||||  || |||| |||  | |||| |||||||| |||||||    
T  12421553 gaaagctttcattgtactagatgatgttcgtactttagaacttctagataatttgattggagcagggcatgattgccttggagttggtagcagagtcatt 12421454  T
Q  209 gtgacgactagggataagcatgtg 232  Q
    ||||| || || ||||||||||||    
T  12421453 gtgacaaccagagataagcatgtg 12421430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12188546 - 12188323
Alignment:
Q  9 acacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcat 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||   ||||| ||||||||| |||| ||| | | || |||||||||||||||    
T  12188546 acacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcat 12188447  T
Q  109 gaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcatt 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | ||  |  ||||||||| | || ||||||||||  || |||| |||  | ||||||||||||| |||||||    
T  12188446 gaaagctttcattgtactagatgatgttcgtattttagaacttctaaataatttgattggagcagggcatgattgccttggagctggtagcagagtcatt 12188347  T
Q  209 gtgacgactagggataagcatgtg 232  Q
    ||||| || || |||||| |||||    
T  12188346 gtgacaaccagagataagtatgtg 12188323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12432974 - 12432751
Alignment:
Q  9 acacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcat 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||   ||||| ||||||||| |||| ||| | | || |||||||||||||||    
T  12432974 acacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcat 12432875  T
Q  109 gaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcatt 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | ||  |  ||||||||| | || ||||||||||  || |||| |||  | ||||||||||||| |||||||    
T  12432874 gaaagctttcattgtactagatgatgttcgtattttagaacttctaaataatttgattggagcagggcatgattgccttggagctggtagcagagtcatt 12432775  T
Q  209 gtgacgactagggataagcatgtg 232  Q
    ||||| || || |||||| |||||    
T  12432774 gtgacaaccagagataagtatgtg 12432751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9394368 - 9394162
Alignment:
Q  32 aagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatg 131  Q
    |||||| ||| |||||| |||| ||||  |||||||||||||||| |||| ||| | | |  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |    
T  9394368 aagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtactagacg 9394269  T
Q  132 acgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagcacagtcattgtgacgactagggataagcatgt 231  Q
    || | ||||| |   |||||||| |||| ||||||||||| || |||| |||  | ||||||||||||| ||  |||||||| || || |||||||||||    
T  9394268 acattcatactttaaaacttctagaaaatttgattggagtagggcatgattgccttggagctggtagcagagaaattgtgacaaccagagataagcatgt 9394169  T
Q  232 gctgata 238  Q
    | |||||    
T  9394168 gttgata 9394162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 13966 - 13725
Alignment:
Q  1 aatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactcccaaagtaataccatccatgatcaagagaagactc 100  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  13966 aatcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactc 13867  T
Q  101 aaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggacatggttggttaggagctggtagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13866 aaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgtacataattcagaacttcttcaaaacttgattggagtgggacatggttggctaggatctggtagca 13767  T
Q  201 cagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  13766 cagtcatcgtgactacgagggataagcatgtgctgataagtg 13725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 78 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 19492877 - 19492713
Alignment:
Q  78 catccatgatcaagagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgacgtacatacctcggaacttctacaaaacttgattggagtgggaca 177  Q
    |||||||| |||  |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| || | ||   | |||  |||  |||  |||||| ||| | ||      
T  19492877 catccatggtcattagaagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatgatgttcgtagtccagaaactctgaaaactttgattagagagagagg 19492778  T
Q  178 tggttggttaggagctggtagcacagtcattgtgacgactagggataagcatgtgctgataagtg 242  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  19492777 tggttggctaggagctggtagcatagtcattgtgactactagggatgaggatgtgctgaaaagtg 19492713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University