View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10520_1 (Length: 735)

Name: NF10520_1
Description: NF10520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10520_1
NF10520_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-735)||(51267357-51268092)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 51268092 - 51267357
Alignment:
Q  1 attatgtcattaggcctttttactaaaacaagggtgtttttgtt-atgtaaactatcaattttaggcgagacatgctcaacttcttgaagacggacatgt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51268092 attatgtcattaggcctttttactaaaacaagggtgtttttgtttatttaaactatcaattttaggcgagacatgctcaacttcttgaagacggacatgt 51267993  T
Q  100 ggaaaccaagttattggggaagcatcaaggacgggctcataagttggctatcgaacctggtagtcctcatatattttacacttgcggtgaagatggatta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267992 ggaaaccaagttattggggaagcatcaaggacgggctcataagttggctatcgaacctggtagtcctcatatattttacacttgcggtgaagatggatta 51267893  T
Q  200 gtacagcatgtgagtcattgcattttttgtatacgaatagttttttgttctttatccattagtcctttctcaccaactatctttacagtttgatcttaga 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267892 gtacagcatgtgagtcattgcattttttgtatactaatagttttttgttctttatcgattagtcctttctcaccaactatctttacagtttgatcttaga 51267793  T
Q  300 actgggactgcaacagaacttttcacctgcaagccactaaaggatagttggaattacatgccagttatccatcttaatgcaattgcaattgatccaagga 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267792 actgggactgcaacagaacttttcacctgcaagccactaaaggatagttggaattacatgccagttatccatcttaatgcaattgcaattgatccaagga 51267693  T
Q  400 acccaaatctctttgcggttgctgggtctgatgagtatacccgactttttgatatccgtaagtataaatgggatgcatccactgattttggtcaaccaac 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51267692 acccaaatctctttgcggttgctgggtctgatgagtatacccgactttttgatatccgcaagtataaatgggatgcatccaccgattttggtcaaccaac 51267593  T
Q  500 tgactacttttgccctccgcacttgattggtgatgagagagtaggaataacaggcctggccttttctgaacaaagggagcttcttgtgtcatacaatgat 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267592 tgactacttttgccctccgcacttgattggtgatgagagagtaggaataacaggcctggccttttctgaacaaagggagcttcttgtgtcatacaatgat 51267493  T
Q  600 gaatttatttatctgtttacacaagatatgggtttgggactggaccctgttcccggatcccctatatctgtggatagtgatacaagtgaagcaggaggca 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267492 gaatttatttatctgtttacacaagatatgggtttgggactggaccctgttcccggatcccctatatctgtggatagtgatacaagtgaagcaggaggca 51267393  T
Q  700 gtcatggatctgcacgatctccatcaaacacagatg 735  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51267392 gtcatggatctgcacgatctccatcaaacacagatg 51267357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University