View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10526_1 (Length: 404)

Name: NF10526_1
Description: NF10526
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10526_1
NF10526_1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (26-404)||(36425197-36425575)
chr4 (30-404)||(36411031-36411405)
chr4 (30-404)||(36416362-36416736)
chr4 (30-398)||(36373048-36373416)
chr4 (35-404)||(36403714-36404086)
chr4 (35-404)||(36396781-36397153)
chr4 (30-404)||(36368426-36368800)
chr4 (30-398)||(36387004-36387375)
chr4 (37-404)||(36433054-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (357-404)||(34712342-34712389)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36425575 - 36425197
Alignment:
Q  26 gaacatcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425575 gaacatcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcacggtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattg 36425476  T
Q  126 aaggaaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  36425475 aaggaaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcg 36425376  T
Q  226 gtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagacc 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  36425375 gtgtcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagacc 36425276  T
Q  326 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425275 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 36425197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 30 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36411405 - 36411031
Alignment:
Q  30 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 129  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36411405 atcatggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36411306  T
Q  130 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgt 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36411305 acccaactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 36411206  T
Q  230 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411205 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36411106  T
Q  330 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36411105 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcatt 36411031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 30 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36416736 - 36416362
Alignment:
Q  30 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 129  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36416736 atcatggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36416637  T
Q  130 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgt 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36416636 acccaactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgt 36416537  T
Q  230 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36416536 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36416437  T
Q  330 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36416436 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcatt 36416362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 36373416 - 36373048
Alignment:
Q  30 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 129  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36373416 atcatggttgtacataaacaactgaggtttgacaatgctgttgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaagg 36373317  T
Q  130 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgt 229  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| || |   |||||| |||||    
T  36373316 aaccagctttgattagtttttctattaaacccaatctttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgt 36373217  T
Q  230 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 329  Q
     ||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36373216 tgtttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataattgagctataaccctggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 36373117  T
Q  330 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagt 398  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36373116 gggaatggtgctacggttgtggttgagtactagattttcatttggatcgattgatagaattccagaagt 36373048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 35 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36404086 - 36403714
Alignment:
Q  35 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  36404086 ggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaacca 36403987  T
Q  135 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgtcgttt 234  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  |||| ||||    
T  36403986 gctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgttt 36403887  T
Q  235 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 331  Q
    | | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  36403886 atcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaatgg 36403787  T
Q  332 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||||||| | |||||||| | | ||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||    
T  36403786 gaatggtgctatggttgtggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcatt 36403714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 35 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36397153 - 36396781
Alignment:
Q  35 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||    
T  36397153 ggttgtacataaacaactgaggtatacctatgctgctgaatttcaccgtgaatgcaccttttccagggtcatcttctgtcttccaggattgaaggggcca 36397054  T
Q  135 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgtcgttt 234  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||  |||| ||||    
T  36397053 actttgattagtttttctatcaaaaccaaacctttgatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgttt 36396954  T
Q  235 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 331  Q
    | | ||||||||| |||| || | ||   || ||  |||||||   || | ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||| |    
T  36396953 atcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattttgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaattg 36396854  T
Q  332 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36396853 gaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcatt 36396781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36368800 - 36368426
Alignment:
Q  30 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 129  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||     
T  36368800 atcatggttgtacataaacaactgaggttttccaatgctgctgaatttcaatgtgaatgcgccttttccagggtcatcatctgtcttccatgattggaga 36368701  T
Q  130 aaccaactttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgt 229  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  || ||||| ||||||| ||| ||||| || ||| |||||| || |     
T  36368700 aaccagctttgattagtttttctatcaaaaccaaccttgagatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagc 36368601  T
Q  230 cgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 329  Q
      |||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||| |   || |||||||  ||||||||||||    
T  36368600 tttttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagttgagctataacgttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaat 36368501  T
Q  330 gggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36368500 gggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatttccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcatt 36368426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 36387375 - 36387004
Alignment:
Q  30 atcacggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaagg 129  Q
    |||| |||||||||| ||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36387375 atcatggttgtacattaacacttgaggtttgccaatggtgctgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatccgtcttccaggattgaagg 36387276  T
Q  130 aaccaactttgattaatttttct-atcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtg 228  Q
    ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| || |   |||||| ||||    
T  36387275 aaccagctttgattagttttttttatcaaaaccaagccttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtg 36387176  T
Q  229 tcgtttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacat---tggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagacc 325  Q
    | ||||| | ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    | ||| |||||||||||||  | |  |||||||||||||||||||    
T  36387175 ttgtttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagttgagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagacc 36387076  T
Q  326 aaatgggaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagt 398  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  36387075 aaatgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatttccatttgggtcga-tgataaaattccggaagt 36387004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 36433421 - 36433054
Alignment:
Q  37 ttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaaccaac 136  Q
    ||||||||||| | ||| | ||| ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |    
T  36433421 ttgtacataaaaagctgagttttaccaacggtgctgaatttcaacgtgaaggcaccttttccagggtcatcctctgtcttccaggattgaaggaaccagc 36433322  T
Q  137 tttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatgaaagctttcacagatggcagtttcggtgtcgtttaa 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||   ||||| ||||||| || |||||| || || ||| |||||| |||   ||||||    
T  36433321 tttgattagtttttctatcaaaaccaagcctttgatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaa 36433222  T
Q  237 cctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataacattggtgttatttctttgtgaccgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgggaatg 336  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||  |    | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  36433221 catcaaaacaaagtttcctatatcagatagttgagctataacgtcggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatgggaatg 36433122  T
Q  337 gtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    |||||||| |||| || |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36433121 gtgctaaggttgttgttgagaactagatttccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcatt 36433054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 357 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 34712389 - 34712342
Alignment:
Q  357 ttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcatt 404  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34712389 ttctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcatt 34712342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University