View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10535_low_6 (Length: 239)

Name: NF10535_low_6
Description: NF10535
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10535_low_6
NF10535_low_6
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (50-224)||(196153-196327)
chr6 (91-224)||(17411089-17411223)
chr6 (101-217)||(7004178-7004294)
chr6 (53-217)||(16419757-16419923)
chr6 (105-217)||(32548174-32548287)
chr6 (165-217)||(7202367-7202419)
chr6 (52-224)||(33547756-33547930)
chr6 (146-217)||(10544136-10544208)
chr6 (162-217)||(28477432-28477487)
chr6 (163-217)||(29693330-29693384)
chr6 (91-192)||(29904001-29904103)
chr6 (52-204)||(31314521-31314674)
chr6 (91-217)||(29902446-29902573)
chr6 (1-32)||(196358-196389)
chr6 (162-217)||(29789884-29789939)
chr6 (52-124)||(10544053-10544125)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (50-224)||(31095052-31095226)
chr4 (110-224)||(22519373-22519488)
chr4 (106-217)||(51580047-51580157)
chr4 (105-225)||(49291233-49291353)
chr4 (105-217)||(20141904-20142016)
chr4 (171-224)||(42508292-42508345)
chr4 (111-220)||(42676671-42676782)
chr4 (163-224)||(48194270-48194331)
chr4 (170-214)||(33278759-33278803)
chr4 (104-214)||(34717388-34717500)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (52-217)||(12422262-12422428)
chr7 (93-225)||(18128330-18128463)
chr7 (106-217)||(48447283-48447395)
chr7 (101-224)||(12264765-12264887)
chr7 (101-189)||(32857805-32857896)
chr7 (105-189)||(41331150-41331234)
chr7 (106-212)||(6589450-6589556)
chr7 (163-224)||(3681283-3681344)
chr7 (102-205)||(23822248-23822352)
chr7 (163-224)||(28002305-28002366)
chr7 (173-217)||(3218172-3218216)
chr7 (164-224)||(12484051-12484111)
chr7 (164-224)||(12505481-12505541)
chr7 (181-217)||(20389802-20389838)
chr7 (54-127)||(6589568-6589642)
chr7 (106-212)||(30551839-30551945)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (53-225)||(29954914-29955087)
chr1 (105-217)||(363773-363886)
chr1 (105-224)||(26706174-26706294)
chr1 (105-217)||(620685-620798)
chr1 (163-225)||(47726483-47726545)
chr1 (163-225)||(47747789-47747851)
chr1 (52-127)||(12656374-12656449)
chr1 (105-225)||(25112620-25112742)
chr1 (163-217)||(43816222-43816276)
chr1 (94-189)||(47600470-47600566)
chr1 (106-212)||(16554398-16554504)
chr1 (152-217)||(2378233-2378298)
chr1 (94-202)||(46530336-46530445)
chr1 (94-217)||(11016773-11016895)
chr1 (163-225)||(48673502-48673564)
chr1 (163-224)||(18470343-18470404)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (50-213)||(13953294-13953457)
chr5 (83-211)||(1629868-1629997)
chr5 (105-217)||(34599435-34599548)
chr5 (101-217)||(29531872-29531987)
chr5 (105-224)||(2143292-2143412)
chr5 (52-124)||(30384219-30384291)
chr5 (52-125)||(29531882-29531955)
chr5 (139-224)||(37704954-37705039)
chr5 (156-217)||(26293688-26293749)
chr5 (105-217)||(41233028-41233141)
chr5 (83-119)||(1630019-1630055)
chr5 (105-212)||(4689222-4689328)
chr5 (181-224)||(30384970-30385013)
chr5 (52-124)||(1629896-1629970)
chr5 (105-184)||(4689308-4689388)
chr5 (52-133)||(37704838-37704920)
chr5 (52-132)||(26293568-26293648)
chr5 (105-184)||(30384213-30384292)
chr5 (105-183)||(38458821-38458898)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (91-217)||(18080600-18080728)
chr8 (108-224)||(3806856-3806972)
chr8 (52-120)||(27532996-27533065)
chr8 (97-224)||(2510161-2510289)
chr8 (52-124)||(2277216-2277289)
chr8 (196-225)||(27533114-27533143)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (52-175)||(44291378-44291502)
chr3 (83-189)||(50898829-50898933)
chr3 (163-224)||(51265770-51265831)
chr3 (139-217)||(30534583-30534662)
chr3 (52-126)||(14747069-14747142)
chr3 (164-217)||(53509376-53509428)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (129-217)||(4558761-4558849)
chr2 (110-224)||(8198478-8198590)
chr2 (110-224)||(8203238-8203350)
chr2 (132-217)||(6739466-6739552)
chr2 (91-224)||(42054010-42054144)
chr2 (139-218)||(5539163-5539243)
chr2 (90-130)||(13323813-13323853)
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (105-217)||(9649-9757)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 50 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 196327 - 196153
Alignment:
Q  50 aattatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttc 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196327 aattatttaattgtaacatattgatcctttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttc 196228  T
Q  150 gaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196227 gaaacacttaggtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 196153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 91 - 224
Target Start/End: Original strand, 17411089 - 17411223
Alignment:
Q  91 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaactttta 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| ||||| || || || ||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  17411089 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaacaagttagtcttttaaatatttttcgtaatacataagtcttttgagttatttaattgtaacgttta 17411188  T
Q  190 agccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
      | | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17411189 gtctccgaataacttacatttttaagatctgaaat 17411223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 217
Target Start/End: Original strand, 7004178 - 7004294
Alignment:
Q  101 gtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaata 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |||||| || |||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  7004178 gtcatttaagttatttaaatgtaacaagttagtcctttaagtattttttgtatcacttatgtctttaagttatttaattgcaacatttaaaccctgaata 7004277  T
Q  201 acttacatttttaagat 217  Q
    ||||| | |||||||||    
T  7004278 acttatacttttaagat 7004294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 16419923 - 16419757
Alignment:
Q  53 tatttaattgtaacatattgatcttttaaa-tttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcga 151  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||||   |||||  ||||||||||  || | |||| || |||||||||| ||  ||||| || |||||| | |||     
T  16419923 tatttaattgtaacaaattggtcctttatggtttttccgtatcacttagatcctataagctaattaattgtaacaagctagtcctttaagtatttgtcgt 16419824  T
Q  152 aacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||    
T  16419823 aacacttaggtcttttaagttatttaattgaaacttttaggccccaaataacttacatttctaagat 16419757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 32548287 - 32548174
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||| || || | |||| |||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   || ||||| ||    
T  32548287 tttaagttaattaattataataagttaatcctttacgtatttttcgaaacttttaggtcctttaagttatttaattgtaacttttagatcccgaatagct 32548188  T
Q  204 tacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||    
T  32548187 tacatttttaagat 32548174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 7202419 - 7202367
Alignment:
Q  165 ttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  7202419 ttaagttatttaattgtaacttttaggccccgaataacttaaatttttaagat 7202367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 224
Target Start/End: Original strand, 33547756 - 33547930
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaattt--ttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttc 149  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||| |||  || |||  |||||| ||| ||||||||| |||||||||| || || |||||| |||| | ||||    
T  33547756 ttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt-tttc 33547854  T
Q  150 gaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
      | || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  33547855 ataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaacttttaagtttcgaataacttaaatttttaaggtctgaaat 33547930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 217
Target Start/End: Original strand, 10544136 - 10544208
Alignment:
Q  146 tttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||    
T  10544136 tttcgtaacacttaggtcatttaagttagttaattgtaacttttaggtcttgaataatttacatttttaagat 10544208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 28477487 - 28477432
Alignment:
Q  162 tctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  28477487 tctttaaattatttaatcgtaatttttaggccccgaataacttacatttttaagat 28477432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29693384 - 29693330
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  29693384 ctttaaattatttaatcgtaacttttaggacccgaataacttacatttttaagat 29693330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 91 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29904103 - 29904001
Alignment:
Q  91 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaactttta 189  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||| |||  ||||    
T  29904103 tatcacttacgtcctttcagttctttatttgtaataagttagtcttttaaatatttttcataacatttaagtcatttaagttatttaattataatattta 29904004  T
Q  190 agc 192  Q
    |||    
T  29904003 agc 29904001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 204
Target Start/End: Original strand, 31314521 - 31314674
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttat-gtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcg 150  Q
    |||||||||| |||||  |||||| ||||| |||||   |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || |||||| || |||| |  || |    
T  31314521 ttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgtt-tttaagttatttaattataacaaattagtcatttaagtgttctttg 31314619  T
Q  151 aaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactt 204  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  31314620 taacacttaggtctttcaagttatttaattgtaatttttaggctctaaataactt 31314674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29902573 - 29902446
Alignment:
Q  91 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatattt-cgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaactttt 188  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| || ||   ||| | | |||||||||||||||| ||| ||||    
T  29902573 tatcacttacgtcctttcagttattta-ttgtaacaaattagtcttttaagtattttttcgtaaagtttaggccatttaagttatttaattataattttt 29902475  T
Q  189 aagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |  | | ||||||||||||||||||||||    
T  29902474 agtctccgaataacttacatttttaagat 29902446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 32
Target Start/End: Complemental strand, 196389 - 196358
Alignment:
Q  1 ttaaaaagaatagagaatatacttcaaggtaa 32  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196389 ttaaaaagaatagagaatatacttcaaggtaa 196358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 162 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29789939 - 29789884
Alignment:
Q  162 tctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  29789939 tctttaaattatttaatcgtaatttttaggccccgaataacttacaattttaagat 29789884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 124
Target Start/End: Original strand, 10544053 - 10544125
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaa 124  Q
    |||||| ||| |||||  ||| ||||||||  |||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  10544053 ttatttgattataacaagttggtcttttaaggttttttgtatcatttaggtcttttaagttatttaattgtaa 10544125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 50 - 224
Target Start/End: Original strand, 31095052 - 31095226
Alignment:
Q  50 aattatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttc 149  Q
    |||||||||||| ||| | ||| | ||||||| |||||   ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||| || || ||||||  ||     
T  31095052 aattatttaattttaataaatt-agcttttaagttttttcatatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgttt 31095150  T
Q  150 gaaacacttatgt-ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31095151 gtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaacttttaggtcttgaataacttacatttttaagatctgaaat 31095226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 224
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519488
Alignment:
Q  110 gttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacat 208  Q
    ||||||||||||||| || |||||| || |||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaacttttaggtcccaaataacttacat 22519472  T
Q  209 ttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||| ||||||    
T  22519473 ttttaagatctgaaat 22519488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 106 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 51580157 - 51580047
Alignment:
Q  106 ttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactta 205  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||  |||| |||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  51580157 ttaagttatttaattgtaacaagttagttcttaa-gtatttttcgtaacatttaggtctttacgttatttaattgtaacttttaggctttgaataactta 51580059  T
Q  206 catttttaagat 217  Q
     |||||||||||    
T  51580058 tatttttaagat 51580047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 49291353 - 49291233
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| || |||||| |||   |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  49291353 tttaagttatttaattgtaacaagttagtcatttaagtattttttataacatttaagtcttttaagttatttaattgtaacttttaaaccc-gagtaact 49291255  T
Q  204 tacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    |||||||| ||||| |||||||    
T  49291254 tacattttgaagatctgaaatt 49291233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20142016 - 20141904
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||  |  || || |||||| ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  20142016 tttaagttatttaattgtaataaaattttcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtctttaagttgtttaattgtaatttttaggcccataataactt 20141917  T
Q  205 acatttttaagat 217  Q
    |||||||||||||    
T  20141916 acatttttaagat 20141904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 171 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 42508345 - 42508292
Alignment:
Q  171 tatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  42508345 tatttaattgtaacttttaggccctgaataacttacattttttagatctgaaat 42508292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 220
Target Start/End: Original strand, 42676671 - 42676782
Alignment:
Q  111 ttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc--tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacat 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||| | || ||||| |  ||||||||||||||||  ||| ||||| | | ||||||| |||||    
T  42676671 ttatttaattgtaataagttagtctcttaaatatttttcgtatcatttatgaccttttaagttatttaatttcaacatttaaacaccgaataacatacat 42676770  T
Q  209 ttttaagatatg 220  Q
    ||||||||||||    
T  42676771 ttttaagatatg 42676782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Original strand, 48194270 - 48194331
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| |||| |||||| ||||||    
T  48194270 ctttaagttatttaattgtaaattttaagcgttgaaaaacttaaatttctaagatctgaaat 48194331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 33278803 - 33278759
Alignment:
Q  170 ttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaa 214  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  33278803 ttatttagttgtaacttttaaacactgaataacttacatttttaa 33278759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 104 - 214
Target Start/End: Original strand, 34717388 - 34717500
Alignment:
Q  104 atttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacactt--atgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataa 201  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||| || || |||||| ||||| |||| ||  ||   |||||||||||||||| ||| | |||||||  ||||||    
T  34717388 atttaagttatttaatggtaacaagttaatcatttaagtatttttcgtaacatttaaattcttttaagttatttaattataattcttaagcctcgaataa 34717487  T
Q  202 cttacatttttaa 214  Q
    ||||| |||||||    
T  34717488 cttacgtttttaa 34717500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 52 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12422428 - 12422262
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcga 151  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||  ||| | || ||||||  || |     
T  12422428 ttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttttgtatcacttacgtcttttaagttatttaattttaacaagctaggcctttaagtattgtttgt 12422329  T
Q  152 aacacttatgt-ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| | |||||||||    
T  12422328 aacacttaaatcctttaagttatttaattgtaacttttaggtcccgaataacttatacttttaagat 12422262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 93 - 225
Target Start/End: Original strand, 18128330 - 18128463
Alignment:
Q  93 tcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaag 191  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| || || ||||||  |||| ||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||     
T  18128330 tcacttacgtcctttaagttatttaattgtcacaaattaatcctttaagtattcttcgtaacacttagatcctttaaattttttaattgtaacttttaaa 18128429  T
Q  192 ccctgaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18128430 ccttgaataacttacatttttaagatctgaaatt 18128463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 217
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447395
Alignment:
Q  106 ttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactt 204  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||  || |||||| ||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaacttttatgcccaaaataactt 48447382  T
Q  205 acatttttaagat 217  Q
    |||||||||||||    
T  48447383 acatttttaagat 48447395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 224
Target Start/End: Original strand, 12264765 - 12264887
Alignment:
Q  101 gtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaat 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || ||  ||||||| |||| ||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||    
T  12264765 gtcatttaagttaattaattgtaacaagtttatctttaa-gtatttttcgtaccacttaggtctttcaagttatttaagtgtaacttttg-gccatgaat 12264862  T
Q  200 aacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||    
T  12264863 aacttacattttaaagatttgaaat 12264887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 189
Target Start/End: Original strand, 32857805 - 32857896
Alignment:
Q  101 gtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaa--agtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaactttta 189  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  | | | ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  32857805 gtcatttaagttatttaattgtaacaagttagtctttaagtattttttttcgtaacacttaggtcttttaagttatttaattgtaattttta 32857896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 189
Target Start/End: Original strand, 41331150 - 41331234
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaactttta 189  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||  || || ||| ||||  | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41331150 tttaagttatttaattgtaacaagttagtagtttaaatatttttcatagcacttaggtctttaagttatttaattataactttta 41331234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 106 - 212
Target Start/End: Original strand, 6589450 - 6589556
Alignment:
Q  106 ttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactta 205  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||| || || ||| ||||| | || ||| || |||||||||||||||| | ||||||| || | ||||||||||    
T  6589450 ttaagatatttaattgtaacaattttgtcctttaaatatttttcgtatcatttaggtttttaagttatttaattatgacttttaggctccgaataactta 6589549  T
Q  206 cattttt 212  Q
     ||||||    
T  6589550 tattttt 6589556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3681344 - 3681283
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3681344 ctttaagctatttaattgtaacttttagaccctagataacttaaatttttaagatttgaaat 3681283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 205
Target Start/End: Original strand, 23822248 - 23822352
Alignment:
Q  102 tcatttaagttatttaattgtaataatttag-tctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||| ||| ||||  || |||| ||||||||||||||| |||||||| |  |||    
T  23822248 tcatttaagttatttaattgtaacaaattagttctttaaa-tatttttcgtaacgcttaattcttttatgttatttaattgtaatttttaagctccaaat 23822346  T
Q  200 aactta 205  Q
    ||||||    
T  23822347 aactta 23822352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Original strand, 28002305 - 28002366
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || |    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28002305 ctttaagttgtttaattgtaactttaaaacaacaaataacttacatttttaagatatgaaat 28002366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3218216 - 3218172
Alignment:
Q  173 tttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  3218216 tttaattgtaatttttaggcccagaataacttacatttttaagat 3218172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12484111 - 12484051
Alignment:
Q  164 tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12484111 tttaagttacttaattataacttttaaacgccgaatcacttacatttttaagatctgaaat 12484051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12505541 - 12505481
Alignment:
Q  164 tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12505541 tttaagttacttaattataacttttaaacgccgaatcacttacatttttaagatctgaaat 12505481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 181 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20389838 - 20389802
Alignment:
Q  181 taacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20389838 taacttttaagcccttaataacttacatttttaagat 20389802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 6589642 - 6589568
Alignment:
Q  54 atttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatg-tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataa 127  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| || || |||||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  6589642 atttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataa 6589568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 212
Target Start/End: Original strand, 30551839 - 30551945
Alignment:
Q  106 ttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactta 205  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||| || || ||| ||||| | || ||| || ||||||||||||||||   ||||||| || | ||||||||||    
T  30551839 ttaagatagttaattgtaacaatttagtcctttaaatatttttcgtatcatttaggtttttaagttatttaattacgacttttaggctccgaataactta 30551938  T
Q  206 cattttt 212  Q
     ||||||    
T  30551939 tattttt 30551945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 53 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29955087 - 29954914
Alignment:
Q  53 tatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgt--atcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcg 150  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| | |  |||||||| ||  ||||||||| ||| |||||  || || ||| || |||||| || ||    
T  29955087 tatttaattgtaacaaattgatctttaagttttttttttgcatcacttatgtt-tttaagttaattagttgtagcaagtttgtccttcaagtattttccg 29954989  T
Q  151 aaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
     | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29954988 taccacttaggtctttaagttatttaattgtaacttttagtcccagaataacttacatttttaagatatgaaatt 29954914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 363886 - 363773
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||| || |||||| ||||| ||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  363886 tttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaacttttaggcccagaataact 363787  T
Q  204 tacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||    
T  363786 tacatttttaagat 363773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 224
Target Start/End: Original strand, 26706174 - 26706294
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgt-ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    ||||||||||||||||  ||||| | ||||||| |||||  ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  26706174 tttaagttatttaattacaataagtcagtcttttaagtagttttcgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaacttttaggcctcgaataact 26706273  T
Q  204 tacatttttaagatatgaaat 224  Q
    || |||| ||||| |||||||    
T  26706274 tatatttgtaagacatgaaat 26706294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 620798 - 620685
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||| ||||| |  |  || | | ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  620798 tttaagttatttaattgtaataactttgtcctttaagtatttttcgtattatataggacatttaagttatttaattgtaacttttaaacaccgaataact 620699  T
Q  204 tacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||    
T  620698 tacatttttaagat 620685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 225
Target Start/End: Original strand, 47726483 - 47726545
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47726483 ctttaagttatttaattgtaacttttagatcccgaataacttgcatttttaagatatgaaatt 47726545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 225
Target Start/End: Original strand, 47747789 - 47747851
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47747789 ctttaagttatttaattgtaacttttagatcccgaataacttgcatttttaagatatgaaatt 47747851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 12656449 - 12656374
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataa 127  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||   | ||||||||| |||||||||||||    
T  12656449 ttatttaattgtaacatattgattttttaaattttttcgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaataa 12656374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 25112742 - 25112620
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatg-tcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataac 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||   | |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |    
T  25112742 tttaagttatttaattgtaataaattagtcttttaattattttttttaccacttacgttctttaaagttatttaattgcaacttttaaacaatgaatacc 25112643  T
Q  203 ttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    |||| ||| |||||| |||||||    
T  25112642 ttacttttctaagatttgaaatt 25112620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 217
Target Start/End: Original strand, 43816222 - 43816276
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  43816222 ctttaagatatttaattgtaacatttaggccttgaataacttacatttttaagat 43816276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 94 - 189
Target Start/End: Original strand, 47600470 - 47600566
Alignment:
Q  94 cacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaactttta 189  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| || |||||| ||||| ||  |||| ||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  47600470 cacttacgtcacttaagctatttaattgtaacaaattagtcatttaagtatttttcgtaatgcttaggtctttcgagttgtttaattgtaactttta 47600566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 106 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 16554504 - 16554398
Alignment:
Q  106 ttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactta 205  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| || || ||| ||||| | || ||| || ||||| |||||||||| | ||||||| || | ||||||||||    
T  16554504 ttaagatatttaattgtaacaatttagtcctttaaatatttttcgtatcatttaggtttttaaattatttaattatgacttttaggctccgaataactta 16554405  T
Q  206 cattttt 212  Q
     ||||||    
T  16554404 tattttt 16554398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 2378233 - 2378298
Alignment:
Q  152 aacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||    
T  2378233 aacacttaagtctttaagttattcaattaaaacttttaagtcccaaataactcacatttttaagat 2378298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 46530445 - 46530336
Alignment:
Q  94 cacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacactta-tgtctttaagttatttaattgtaacttttaagc 192  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||   |||  || |||||| ||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  46530445 cactcacgtcatttaagttaattaattgtaacaagccagttctttaagtatttttcacaacacttagtttctttaagttacttaattgaaacttttagac 46530346  T
Q  193 cctgaataac 202  Q
    ||||||||||    
T  46530345 cctgaataac 46530336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 217
Target Start/End: Original strand, 11016773 - 11016895
Alignment:
Q  94 cacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagcc 193  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| | |||| ||| | || | |||| | ||||||||||||| ||||||  |||| |||    
T  11016773 cacttacgtc-tttaagttatttaattgcaacaaattagtcttttaggtattttttgtaata-ttatatttttaagttatttagttgtaaggtttaggcc 11016870  T
Q  194 ctga-ataacttacatttttaagat 217  Q
    || |  |||||||||||||||||||    
T  11016871 ctaatttaacttacatttttaagat 11016895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 225
Target Start/End: Original strand, 48673502 - 48673564
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  48673502 ctttgagttattcaattgcaacttttaaatgctgaataacttaaatttttaagatttgaaatt 48673564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 18470404 - 18470343
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||| |||| |||||| ||||||    
T  18470404 ctttaagttatttaattgtaaattttaagcgttgaaaaaattaaatttctaagatctgaaat 18470343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 213
Target Start/End: Original strand, 13953294 - 13953457
Alignment:
Q  50 aattatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttc 149  Q
    |||||||||||| ||| | |||  || ||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| | ||      
T  13953294 aattatttaattataataaattactcctttaagtttttttgtatcacttacgtt-tttaagttatttaattgtaacaagttagtcttttaagttttttgt 13953392  T
Q  150 gaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacattttta 213  Q
    | |||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  13953393 gtaacatttaagtcctttaaattatttaactgtaacttttagaccttgaataacttacattttta 13953457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 83 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 1629997 - 1629868
Alignment:
Q  83 tttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc--tttaagttatttaattg 180  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||| ||||| || ||| ||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  1629997 ttttcatgtatcacttacgtt-tttaagttatttaattgtaacaagttaatcttttaaatattttttgtaacacttatgtctttttaagttatttaattg 1629899  T
Q  181 taacttttaagccctgaataacttacatttt 211  Q
    |||||| || ||||  ||||| |||||||||    
T  1629898 taacttgtaggccccaaataaattacatttt 1629868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Original strand, 34599435 - 34599548
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||  ||  |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  34599435 tttaagttatttaattgtaataaattagttatttaagtatttttcttaatgcttaagtcctttaagttgtttaattgtaacttttaggtccagaataact 34599534  T
Q  204 tacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||    
T  34599535 tacatttttaagat 34599548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 217
Target Start/End: Original strand, 29531872 - 29531987
Alignment:
Q  101 gtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | ||||| | || ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| | || ||||    
T  29531872 gtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagt-tttttcgtatcatttacgtcatttaagttatttaattgtaatttttaggtcccgaat 29531970  T
Q  200 aacttacatttttaagat 217  Q
    |||||| |||||||||||    
T  29531971 aactta-atttttaagat 29531987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 105 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2143412 - 2143292
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||| ||  ||||| ||||| |||| ||| || ||| |||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||    
T  2143412 tttaagttaattaattgtaacaagttagtcctttcagtatttttcgtaacatttaggttttttaagttatttaattgaaactttgaggccccgaataact 2143313  T
Q  204 tacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||| |||||||||| ||||    
T  2143312 tacatgtttaagatataaaat 2143292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 124
Target Start/End: Original strand, 30384219 - 30384291
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaa 124  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||| |||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30384219 ttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagttttttcgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaa 30384291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 125
Target Start/End: Original strand, 29531882 - 29531955
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaat 125  Q
    |||||||||||||| | |||  || ||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29531882 ttatttaattgtaataaattagtcctttaagttttttcgtatcatttacgtcatttaagttatttaattgtaat 29531955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 224
Target Start/End: Original strand, 37704954 - 37705039
Alignment:
Q  139 aagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||| || ||||||||| ||||||    
T  37704954 aagtatttttcgtaacacttaggtcgtttaagttatttaattgtaac-tttaggtcccgaataacttgcagttttaagatctgaaat 37705039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26293749 - 26293688
Alignment:
Q  156 cttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |   ||||||||||||||||||||||    
T  26293749 cttatgtttttaagttatttaattgtaattttttaacatcgaataacttacatttttaagat 26293688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 41233141 - 41233028
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataact 203  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| ||||| |||||||| || ||  |||||     ||||||||    
T  41233141 tttaagttttttaattgtaacaagttaatctttaaagtaattttcgtatcacttatgtcatttaaattatttaaatgcaatatttaaatatcgaataact 41233042  T
Q  204 tacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||    
T  41233041 tacatttttaagat 41233028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 1630055 - 1630019
Alignment:
Q  83 tttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaat 119  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1630055 tttttatgtatcacttacgtcttttaagttatttaat 1630019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 4689328 - 4689222
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactt 204  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  | || ||| || ||||  |||||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||   ||||||||    
T  4689328 tttaagttatttaattgtaacaagttaaccctttaagaatttttcttaacacttaggt-tttaagttatttaattacaacttttaggcctcaaataactt 4689230  T
Q  205 acattttt 212  Q
    ||||||||    
T  4689229 acattttt 4689222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 181 - 224
Target Start/End: Original strand, 30384970 - 30385013
Alignment:
Q  181 taacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30384970 taacttttaagccccaaataacttacatttttaagatttgaaat 30385013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 1629970 - 1629896
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaat-ttttatgtatcacttacgtc-atttaagttatttaattgtaa 124  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||| |||| |||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  1629970 ttatttaattgtaacaagttaatcttttaaatattttttgtaacacttatgtctttttaagttatttaattgtaa 1629896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4689388 - 4689308
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc--tttaagttatttaattgtaac 184  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | | ||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4689388 tttaagttatttaattgtaataaatacgtctttaaa-tttttttcgtaccatttatgtccttttaagttatttaattgtaac 4689308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 133
Target Start/End: Original strand, 37704838 - 37704920
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaa-atttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagt 133  Q
    |||||||||| ||||| || | | |||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  37704838 ttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagttagt 37704920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 132
Target Start/End: Original strand, 26293568 - 26293648
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttat-gtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttag 132  Q
    |||||||||||| | |  |||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  26293568 ttatttaattgttataagttgatactttaagtttttattgtatcacttaggtc-tttaagttatttaaatgtaataatttag 26293648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 184
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384292
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaac 184  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||| |||| | ||||| |  ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagt-tttttcgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaac 30384292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 38458898 - 38458821
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaa 183  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||| | ||||| | ||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  38458898 tttaagttatttaattgtaataaattag--ttttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaa 38458821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 217
Target Start/End: Original strand, 18080600 - 18080728
Alignment:
Q  91 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaa-gttatttaattgtaactttta 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | || | ||| | | |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18080600 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataagttagttatttatgtttgttttgtaccttttatgtctttaaggttatttaattgtaactttta 18080699  T
Q  190 agc-cctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    | |   ||| |||||||||||||||||||    
T  18080700 aacgtatgagtaacttacatttttaagat 18080728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 108 - 224
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806972
Alignment:
Q  108 aagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttac 206  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||| || |||||| ||||| | |||||| ||| ||| | |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataattttta-gccctgagtaacttac 3806954  T
Q  207 atttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3806955 atttttaagatatgaaat 3806972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 120
Target Start/End: Original strand, 27532996 - 27533065
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaattttt-atgtatcacttacgtcatttaagttatttaatt 120  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  27532996 ttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaatt 27533065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2510289 - 2510161
Alignment:
Q  97 ttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccct 195  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||  || || ||| ||| | ||||||||  || |||||||||||||| ||||| |||||  ||      
T  2510289 ttacgtcttttaagttatttaattggaacaagttagttctttaattattttttgtaacacttagctcctttaagttatttaagtgtaatttttagaccac 2510190  T
Q  196 gaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2510189 gaataacttacatttttaaaatatgaaat 2510161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 2277289 - 2277216
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaa-atttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaa 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||| |||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  2277289 ttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaa 2277216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Original strand, 27533114 - 27533143
Alignment:
Q  196 gaataacttacatttttaagatatgaaatt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27533114 gaataacttacatttttaagatatgaaatt 27533143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 44291502 - 44291378
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttat-gtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcg 150  Q
    |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||  || |    
T  44291502 ttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtattgtttg 44291403  T
Q  151 aaacacttatgtctttaagttattt 175  Q
     ||||||||  ||||||||||||||    
T  44291402 taacacttagatctttaagttattt 44291378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 189
Target Start/End: Original strand, 50898829 - 50898933
Alignment:
Q  83 tttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgta 182  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| || ||||| ||  |||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  50898829 tttttatttatcacttacgcattttaagttatttaaatgtaacaaattagtttt--aagtatttttcgtaacacttaggtatttaagttgtttaattgta 50898926  T
Q  183 actttta 189  Q
    |||||||    
T  50898927 actttta 50898933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Original strand, 51265770 - 51265831
Alignment:
Q  163 ctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  51265770 ctttaagttatttaattgtaaatttcaagccttgaaaaacttaaatttttaagatctgaaat 51265831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 30534662 - 30534583
Alignment:
Q  139 aagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||||| || ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  30534662 aagtatttttcgtaagacttaggtcttttaaattatttaattgtaacttgtaggccccaaataacttacatttttaagat 30534583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 14747142 - 14747069
Alignment:
Q  52 ttatttaattgtaacatattgatcttttaaatttttatgtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaata 126  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||| | || |||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  14747142 ttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttttttaccacttaggtcatttatgttatttaaatgtaata 14747069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 53509428 - 53509376
Alignment:
Q  164 tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||    
T  53509428 tttaagttatttaattgaaactttt-agctccaaataacttacatttttaagat 53509376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 129 - 217
Target Start/End: Original strand, 4558761 - 4558849
Alignment:
Q  129 ttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  4558761 ttagtctttaa-gtatttttcgtaacacttaggtcttttaatttatttaattgtaacttttaggccatgaataacttgcatttttaagat 4558849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 224
Target Start/End: Original strand, 8198478 - 8198590
Alignment:
Q  110 gttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatt 209  Q
    |||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || |  | |||||||||||    
T  8198478 gttaattaattgtaacaaactagtctttaaa-tatttttcttaacacttaggt-tttaagttatttaattgaaacttttaggctccaactaacttacatt 8198575  T
Q  210 tttaagatatgaaat 224  Q
    |||||||| ||||||    
T  8198576 tttaagatctgaaat 8198590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 224
Target Start/End: Original strand, 8203238 - 8203350
Alignment:
Q  110 gttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatt 209  Q
    |||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || |  | |||||||||||    
T  8203238 gttaattaattgtaacaaactagtctttaaa-tatttttcttaacacttaggt-tttaagttatttaattgaaacttttaggctccaactaacttacatt 8203335  T
Q  210 tttaagatatgaaat 224  Q
    |||||||| ||||||    
T  8203336 tttaagatctgaaat 8203350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 217
Target Start/End: Original strand, 6739466 - 6739552
Alignment:
Q  132 gtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtc-tttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagat 217  Q
    |||||| |||||| ||| | |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  6739466 gtcttttaagtattttttgtaacatttaggtcatttaagttatttaattgtaaactttaagcctctaataacttacatttttaagat 6739552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 91 - 224
Target Start/End: Original strand, 42054010 - 42054144
Alignment:
Q  91 tatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgt-ctttaagttatttaattgtaactttta 189  Q
    ||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||| || |||||| || |||||| ||||  | |||||| || ||||||||||||||||||||   ||||    
T  42054010 tatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaagtatttttcctatcacttaggttctttaagttatttaattgtatagttta 42054109  T
Q  190 agccctgaataacttacatttttaagatatgaaat 224  Q
    | | |  || |||||||||||||||||| ||||||    
T  42054110 aacaccaaaaaacttacatttttaagatttgaaat 42054144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 218
Target Start/End: Original strand, 5539163 - 5539243
Alignment:
Q  139 aagtatatttcgaaacacttatgtcttt-aagttatttaattgtaacttttaagccctgaataacttacatttttaagata 218  Q
    |||||| ||||| ||| |||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| || |||||    
T  5539163 aagtatctttcgtaacgcttaggtcttttaagttaattaatagtaacttttaagtcccgaataacttatattgttgagata 5539243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 90 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 13323853 - 13323813
Alignment:
Q  90 gtatcacttacgtcatttaagttatttaattgtaataattt 130  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13323853 gtatcaattaggtcatttaagttatttaatcgtaataattt 13323813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0252 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Original strand, 9649 - 9757
Alignment:
Q  105 tttaagttatttaattgtaataatttagtctttaaagtatatttcgaaacacttatgtctttaagttatttaattgtaacttttaagccctgaataactt 204  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||    || |||||| ||| | | ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9649 tttaagttaattaattgtaataagtta----tttaagtattttttgtaccacttagatttttaagttatttaattgtaacttttaaaccccgaataactt 9744  T
Q  205 acatttttaagat 217  Q
    | ||||| |||||    
T  9745 atattttgaagat 9757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University