View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10541_low_1 (Length: 445)

Name: NF10541_low_1
Description: NF10541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10541_low_1
NF10541_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (11-445)||(36107506-36107940)
chr4 (11-426)||(34971705-34972120)
chr4 (11-414)||(21482272-21482672)
chr4 (11-397)||(36100295-36100681)
chr4 (22-414)||(36090406-36090799)
chr4 (79-256)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-445)||(6838267-6838701)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-436)||(8338140-8338560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 36107940 - 36107506
Alignment:
Q  11 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107940 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 36107841  T
Q  111 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36107840 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgagatgaaacatgtcaagtataataaaaggcacatctgatacatat 36107741  T
Q  211 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36107740 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgcgaatcatcttttg 36107641  T
Q  311 cagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107640 cagttataattgccaaaggttttggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgt 36107541  T
Q  411 gtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagac 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107540 gtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagac 36107506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 11 - 426
Target Start/End: Original strand, 34971705 - 34972120
Alignment:
Q  11 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||     ||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  34971705 cagaaaaatgaccaccagcacctacagtaaaacagaccccggatggaaaagcaaaagaattgtttttatttccaattgtataataaatcttaccaagtgt 34971804  T
Q  111 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  34971805 tgcacctgattcaacccatgttgttgattcttgtaaattgacatcaactgaattgaggtgaaacatgtcaagtacaataaaaggcacatctgataaatat 34971904  T
Q  211 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttg 310  Q
    || |||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||    
T  34971905 gataaaccttcatagtcatgccctccacttcgaattcttatctgaatgttgttacttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaaacatcttttg 34972004  T
Q  311 cagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgt 410  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||| || ||||||| |||| ||| ||||| | |  || || || | ||||||||||| ||||||||||||    
T  34972005 cagttataattgccaaaggctttggggttgttgttgctttaaatatcttgtttagtattcttacatttagtatggctgagaatgaggtattgtttggtgt 34972104  T
Q  411 gtaagtaacttcagag 426  Q
    |||| | |||||||||    
T  34972105 gtaaatgacttcagag 34972120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 21482672 - 21482272
Alignment:
Q  11 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 110  Q
    |||| |||||||||||||| || | || |||||| || || ||||||||||||||   |||  |||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  21482672 cagaaaaatgaccaccagctccgacagaaaaacaaacgccggatgggaaagcaagagagttatttttctttccaatggtataataaagctttccaagtgt 21482573  T
Q  111 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21482572 tgcacctgattcaacccatgctgtttcttcttgtaaattgacatcaactgaattgagatgaagcaagtcaattataacaaaaggcacgtctgatacatat 21482473  T
Q  211 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttg 310  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  ||||| ||||||   |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  21482472 gagaaaccttcaaagtcgtggccgccacttcggattctgatctgaattttgttacttttgaggcattgaattgttgcttggacatgagaatcatcttttg 21482373  T
Q  311 cagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||    
T  21482372 cagttataattgccaaaggttttggtgttgt---tgttttaaatctcttgttttgtattttcatgttgaggatggttgagaatgagatattgtttggagt 21482276  T
Q  411 gtaa 414  Q
    ||||    
T  21482275 gtaa 21482272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 36100681 - 36100295
Alignment:
Q  11 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||  |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  36100681 cagagaaatgaccaccagcacctagagaaaaacagaccccagatgggaaagcaagagaattatttttctttgaaatggtataataaatcttaccaagtgt 36100582  T
Q  111 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 210  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||   |||||||||||||  |||||||||||||  |||| || ||||| ||||||| ||||||| |||||||  |||    
T  36100581 tgcaccagcttcaacccatgttgtttcatcttgtaaattgacttcaactgaattgaggtgaagcaagtcaattataacataaggcacgtctgataagtat 36100482  T
Q  211 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttg 310  Q
    || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  36100481 gagaagccttcataatcgtggccgccacttcggattcttaattggaagttgttgattttggcacatttaattgttgtttggacatgagaatcatcttttg 36100382  T
Q  311 cagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgagg 397  Q
     |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  36100381 gagttataattgctaaagcttttggtgatgttgctgttttaaatctcttgttatgtattttcatatttaggatggttgagaatgagg 36100295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 414
Target Start/End: Original strand, 36090406 - 36090799
Alignment:
Q  22 ccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgatt 121  Q
    |||||||| ||||  | |||||| ||||||||||||||||||||   |||  ||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36090406 ccaccagcccctaccgaaaaacataccccagatgggaaagcaagggagttatttttcattgcaatcgtataataaatcttaccaagtattgcacctgatt 36090505  T
Q  122 caacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttc 221  Q
    |||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||| ||||||||    
T  36090506 caacccatgcagtttcttcttctaaattgacatcaattgaattgagatgaagcaagtcaattataacataaggcatgtctgatacatttgataaaccttc 36090605  T
Q  222 atagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataatt 321  Q
     || || || ||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||  ||| ||| | |||||||||    
T  36090606 gtaatcatgtccgccacttcgaattctgatctgaatgttgttacttttagcacatttaactgttacttggacatgggaactatcctttactgttataatt 36090705  T
Q  322 gccaaaggtttcggtg-ttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 414  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||| | ||||||    
T  36090706 gccaaaggttttagtgtttgttgctgttttgaatctcttgtaatgtattttcatgttgaagatggttaagaatgaggtgttgttttgagtgtaa 36090799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 36080008 - 36079831
Alignment:
Q  79 tttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgt 178  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||  |  |  |||||||||||||    |||||||||||    
T  36080008 tttgcaatgtaataataaaccttaccaagtgttgcacctgcttcaacccatgctgttccgttttcaacgtcaatatcaactgaatcatgatgaaacatgt 36079909  T
Q  179 caagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaa 256  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| | || || || || ||||| |||||||||||||    
T  36079908 caagtataataaaaggaacatctgatacatatgaaaggccttcacaatcatggccaccgcttcggattctaatttgaa 36079831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 6838701 - 6838267
Alignment:
Q  11 cagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6838701 cagagaaatgaccaccagcacctacagtaaagcacaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttctttgcaatggtataataaatcttaccaagtgt 6838602  T
Q  111 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838601 tgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgacatcaacagaattgagatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatat 6838502  T
Q  211 gaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttg 310  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  6838501 gaacaaccttcatagtcgtgaccaccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaactgtttcttggacatgagaatcatctttta 6838402  T
Q  311 cagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgt 410  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6838401 cagttataattgccaaaggcttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtatttttatgttgaggatagttgagaatgaggtgttgtttggtgt 6838302  T
Q  411 gtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagac 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6838301 gtaagtaacttcagagacaagggaatgtgaaagac 6838267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8338560 - 8338140
Alignment:
Q  16 aaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcac 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||    
T  8338560 aaatgaccaccagcacctagtgtagaacagaccccagacgggaaagcaagagaattgtttttctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcac 8338461  T
Q  116 ctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaa 215  Q
    | |||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||  |  |||||||| || || ||    
T  8338460 cagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaattataacaaaagatatgtctgatacgtaagagaa 8338361  T
Q  216 accttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagtt 315  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  8338360 gccttcgtagtcgtggccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagtt 8338261  T
Q  316 ataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaag 415  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||     
T  8338260 ataattgccaaagattttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtttaggatggttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaaa 8338161  T
Q  416 taacttcagagacaagggaat 436  Q
    | |||||||||| | ||||||    
T  8338160 tgacttcagagataggggaat 8338140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University