View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10542_high_10 (Length: 229)

Name: NF10542_high_10
Description: NF10542
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10542_high_10
NF10542_high_10
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (7-229)||(29116223-29116445)
chr7 (7-229)||(29073115-29073337)
chr7 (7-229)||(29102078-29102300)
chr7 (10-229)||(3619044-3619263)
chr7 (7-229)||(29058081-29058303)
chr7 (7-229)||(29071309-29071531)
chr7 (7-229)||(3617388-3617610)
chr7 (16-229)||(28956852-28957065)
chr7 (19-229)||(29068847-29069057)
chr7 (16-228)||(29078043-29078255)
chr7 (16-229)||(29110793-29111006)
chr7 (105-229)||(29066885-29067009)
chr7 (46-152)||(29098393-29098499)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-229)||(11849831-11850053)
chr4 (7-229)||(11851641-11851863)
chr4 (19-229)||(11854367-11854577)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 29116223 - 29116445
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29116223 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 29116322  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29116323 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 29116422  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||    
29116423 cattacatggtctgatgcttgat 29116445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 29073115 - 29073337
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29073115 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 29073214  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29073215 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 29073314  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
29073315 cattacatggtccgatgcttgat 29073337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 29102078 - 29102300
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29102078 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagcgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 29102177  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29102178 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 29102277  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||    
29102278 cattacatggtctgatgcttgat 29102300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Original strand, 3619044 - 3619263
Alignment:
10 agtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaac 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || || ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||    
3619044 agtagatgtctgaacaaaattaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaac 3619143  T
110 atgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacat 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
3619144 atgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatat 3619243  T
210 tacatggtctgatgcttgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||    
3619244 tacatggtctgatgcttgat 3619263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29058303 - 29058081
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  || ||||| || |||| |||||| |||||||  || |||||||||||||| || | |   ||||| ||| |||    
29058303 aagagcagatgtctcaacaaaattaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactcaacaatgggatgtgatgaag 29058204  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
29058203 aacatgattatcaacctccttgcccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttga 29058104  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
29058103 cattacatggtcagatgcttgat 29058081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29071531 - 29071309
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| || ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || |     ||||| ||| |||    
29071531 aagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtagtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaag 29071432  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
29071431 aacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttga 29071332  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
29071331 cattacatggtcagatgcttgat 29071309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3617610 - 3617388
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  || ||||| || |||| |||||| |||||||  || |||||||||||||| || | |   ||||| ||| |||    
3617610 aagagcagatgtctgaacaagattaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactctacaatgggatgtgatgaag 3617511  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
3617510 aacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgcttctaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggcctaga 3617411  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
     ||||||||||| ||||||||||    
3617410 tattacatggtcagatgcttgat 3617388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 229
Target Start/End: Original strand, 28956852 - 28957065
Alignment:
16 tgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgatt 115  Q
    |||||||| || ||||  ||||||||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || | |   ||||| ||| ||||||||||||    
28956852 tgtctcaaaaacattacaattagtgcgaatgggaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccacaaagggatgtgatgaagaacatgatt 28956951  T
116 atcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatg 215  Q
    | ||||||||||||   |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||    
28956952 accaacctccttgtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtgggaagctttaggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatg 28957051  T
216 gtctgatgcttgat 229  Q
    ||| ||||||||||    
28957052 gtcagatgcttgat 28957065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29069057 - 29068847
Alignment:
19 ctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatc 118  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||| || |||||||||| |    
29069057 ctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattacc 29068958  T
119 aacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtc 218  Q
    |||||||||||   || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||   ||||||| | || |||||||||||  | ||||||||||||||    
29068957 aacctccttgtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtc 29068858  T
219 tgatgcttgat 229  Q
     ||||||||||    
29068857 agatgcttgat 29068847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29078255 - 29078043
Alignment:
16 tgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgatt 115  Q
    ||||| ||||| ||||  || ||||| || ||||||| ||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| |||   ||||| ||| || | ||||| |    
29078255 tgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgtcgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgact 29078156  T
116 atcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatg 215  Q
    | ||||| |||||||  |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||  | |||||||||||    
29078155 accaaccaccttgtacaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggccttgacattacatg 29078056  T
216 gtctgatgcttga 228  Q
    ||| |||||||||    
29078055 gtcagatgcttga 29078043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29111006 - 29110793
Alignment:
16 tgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgatt 115  Q
    ||||| ||||| ||||  || ||||| || ||||||| ||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| |||   ||||| ||| || | ||||| |    
29111006 tgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgttgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgact 29110907  T
116 atcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatg 215  Q
    | ||||| || |||   |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||  | || ||||||||    
29110906 accaaccaccgtgtccaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggtcttgatattacatg 29110807  T
216 gtctgatgcttgat 229  Q
    ||| ||||||||||    
29110806 gtcagatgcttgat 29110793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 229
Target Start/End: Original strand, 29066885 - 29067009
Alignment:
105 agaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattg 204  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||    
29066885 agaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgcttcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttg 29066984  T
205 gacattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
29066985 gatattacatggtctgatgcttgat 29067009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 152
Target Start/End: Original strand, 29098393 - 29098499
Alignment:
46 ggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttg 145  Q
    |||||||||||||||||||  || || |||||| |||| || | |    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
29098393 ggaagaagtgtggtggccatggtagtcgatgagcgtgactctacaatgagatgtgataaagatcatgattaccaacctccttgtcgcaacaacatagttg 29098492  T
146 atgcctc 152  Q
    |||||||    
29098493 atgcctc 29098499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11850053 - 11849831
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11850053 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 11849954  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11849953 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 11849854  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||    
11849853 cattacatggtctgatgcttgat 11849831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 11851641 - 11851863
Alignment:
7 aagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaag 106  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || |     ||||| ||| |||    
11851641 aagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaag 11851740  T
107 aacatgattatcaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattgga 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
11851741 aacatgattaccaacctccttgtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttga 11851840  T
207 cattacatggtctgatgcttgat 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
11851841 cattacatggtcagatgcttgat 11851863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Original strand, 11854367 - 11854577
Alignment:
19 ctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatc 118  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||| || |||||||||| |    
11854367 ctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattacc 11854466  T
119 aacctccttgtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtc 218  Q
    |||||||||||   || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||   ||||||| | || |||||||||||  | ||||||||||||||    
11854467 aacctccttgtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtc 11854566  T
219 tgatgcttgat 229  Q
     ||||||||||    
11854567 agatgcttgat 11854577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University