View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10548_1 (Length: 571)

Name: NF10548_1
Description: NF10548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10548_1
NF10548_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-550)||(36107373-36107922)
chr4 (1-398)||(34971723-34972120)
chr4 (11-386)||(21482272-21482644)
chr4 (1-369)||(36100295-36100663)
chr4 (11-386)||(36090423-36090799)
chr4 (51-228)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-550)||(6838134-6838683)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-408)||(8338140-8338547)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 36107922 - 36107373
Alignment:
Q  1 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107922 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 36107823  T
Q  101 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107822 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgagatgaaacatgtcaagtataataaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 36107723  T
Q  201 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107722 tgaccgccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgcgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 36107623  T
Q  301 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107622 gttttggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 36107523  T
Q  401 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaaaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36107522 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaaggttgccgtgagaaaaaac 36107423  T
Q  501 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaaatttggtttgctact 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36107422 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaacaatttggtttgctact 36107373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 34971723 - 34972120
Alignment:
Q  1 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 100  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||     ||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34971723 cacctacagtaaaacagaccccggatggaaaagcaaaagaattgtttttatttccaattgtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 34971822  T
Q  101 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 200  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  34971823 tgttgttgattcttgtaaattgacatcaactgaattgaggtgaaacatgtcaagtacaataaaaggcacatctgataaatatgataaaccttcatagtca 34971922  T
Q  201 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 300  Q
    || || |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34971923 tgccctccacttcgaattcttatctgaatgttgttacttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaaacatcttttgcagttataattgccaaag 34972022  T
Q  301 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagag 398  Q
    | || || ||||||| || ||||||| |||| ||| ||||| | |  || || || | ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  34972023 gctttggggttgttgttgctttaaatatcttgtttagtattcttacatttagtatggctgagaatgaggtattgtttggtgtgtaaatgacttcagag 34972120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 11 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 21482644 - 21482272
Alignment:
Q  11 aaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgat 110  Q
    |||||| || || ||||||||||||||   |||  |||| ||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  21482644 aaaacaaacgccggatgggaaagcaagagagttatttttctttccaatggtataataaagctttccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgtttct 21482545  T
Q  111 tcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccac 210  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  21482544 tcttgtaaattgacatcaactgaattgagatgaagcaagtcaattataacaaaaggcacgtctgatacatatgagaaaccttcaaagtcgtggccgccac 21482445  T
Q  211 ttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgt 310  Q
    |||| ||||| || ||||  ||||| ||||||   |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21482444 ttcggattctgatctgaattttgttacttttgaggcattgaattgttgcttggacatgagaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgt 21482345  T
Q  311 tgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 386  Q
    |||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  21482344 tgt---tgttttaaatctcttgttttgtattttcatgttgaggatggttgagaatgagatattgtttggagtgtaa 21482272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 36100663 - 36100295
Alignment:
Q  1 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36100663 cacctagagaaaaacagaccccagatgggaaagcaagagaattatttttctttgaaatggtataataaatcttaccaagtgttgcaccagcttcaaccca 36100564  T
Q  101 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 200  Q
    || ||||   |||||||||||||  |||||||||||||  |||| || ||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||| || |||||||| |||    
T  36100563 tgttgtttcatcttgtaaattgacttcaactgaattgaggtgaagcaagtcaattataacataaggcacgtctgataagtatgagaagccttcataatcg 36100464  T
Q  201 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 300  Q
    || ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36100463 tggccgccacttcggattcttaattggaagttgttgattttggcacatttaattgttgtttggacatgagaatcatcttttggagttataattgctaaag 36100364  T
Q  301 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgagg 369  Q
     ||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  36100363 cttttggtgatgttgctgttttaaatctcttgttatgtattttcatatttaggatggttgagaatgagg 36100295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 11 - 386
Target Start/End: Original strand, 36090423 - 36090799
Alignment:
Q  11 aaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgat 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||   |||  ||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |    
T  36090423 aaaacataccccagatgggaaagcaagggagttatttttcattgcaatcgtataataaatcttaccaagtattgcacctgattcaacccatgcagtttct 36090522  T
Q  111 tcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccac 210  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||||| || || || |||||||    
T  36090523 tcttctaaattgacatcaattgaattgagatgaagcaagtcaattataacataaggcatgtctgatacatttgataaaccttcgtaatcatgtccgccac 36090622  T
Q  211 ttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtg- 309  Q
    |||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||  |||     
T  36090623 ttcgaattctgatctgaatgttgttacttttagcacatttaactgttacttggacatgggaactatcctttactgttataattgccaaaggttttagtgt 36090722  T
Q  310 ttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 386  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||| | ||||||    
T  36090723 ttgttgctgttttgaatctcttgtaatgtattttcatgttgaagatggttaagaatgaggtgttgttttgagtgtaa 36090799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 36080008 - 36079831
Alignment:
Q  51 tttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgt 150  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||  |  |  |||||||||||||    |||||||||||    
T  36080008 tttgcaatgtaataataaaccttaccaagtgttgcacctgcttcaacccatgctgttccgttttcaacgtcaatatcaactgaatcatgatgaaacatgt 36079909  T
Q  151 caagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaa 228  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| | || || || || ||||| |||||||||||||    
T  36079908 caagtataataaaaggaacatctgatacatatgaaaggccttcacaatcatggccaccgcttcggattctaatttgaa 36079831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 6838683 - 6838134
Alignment:
Q  1 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 100  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838683 cacctacagtaaagcacaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttctttgcaatggtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 6838584  T
Q  101 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6838583 tgctgttgattcttgtaaattgacatcaacagaattgagatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaacaaccttcatagtcg 6838484  T
Q  201 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6838483 tgaccaccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatttaactgtttcttggacatgagaatcatcttttacagttataattgccaaag 6838384  T
Q  301 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 400  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838383 gcttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtatttttatgttgaggatagttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 6838284  T
Q  401 aagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaataggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaaaac 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||    
T  6838283 aagggaatgtgaaagacaatttataaaatgttgaataggtgattttgctgttgttgttgaattagacaagacaattgttaaggttgccataagaaaacac 6838184  T
Q  501 aatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaaatttggtttgctact 550  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6838183 aatttccaaattgtatccatggtatagtagtaacaatttggtttgctact 6838134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8338547 - 8338140
Alignment:
Q  1 cacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaaccca 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  8338547 cacctagtgtagaacagaccccagacgggaaagcaagagaattgtttttctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaaccca 8338448  T
Q  101 tgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcg 200  Q
    ||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||  |  |||||||| || || || ||||| ||||||    
T  8338447 tgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaattataacaaaagatatgtctgatacgtaagagaagccttcgtagtcg 8338348  T
Q  201 tgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaag 300  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8338347 tggccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaag 8338248  T
Q  301 gtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagac 400  Q
     ||| |||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||     
T  8338247 attttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtttaggatggttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaaatgacttcagagat 8338148  T
Q  401 aagggaat 408  Q
    | ||||||    
T  8338147 aggggaat 8338140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University