View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10555_low_5 (Length: 391)

Name: NF10555_low_5
Description: NF10555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10555_low_5
NF10555_low_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (17-391)||(44733867-44734241)
chr8 (17-161)||(44731786-44731930)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-389)||(45338288-45338660)
chr2 (17-163)||(45336202-45336348)
chr2 (18-115)||(14662318-14662418)
chr2 (51-162)||(17648811-17648923)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-389)||(32800035-32800407)
chr5 (17-162)||(32797950-32798095)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (41-386)||(48025194-48025541)
chr3 (41-391)||(48024083-48024431)
chr3 (41-391)||(48024634-48024988)
chr3 (17-162)||(28784457-28784602)
chr3 (17-162)||(48707750-48707901)
chr3 (291-391)||(48027073-48027173)
chr3 (100-184)||(5907696-5907781)
chr3 (18-115)||(48027348-48027448)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (41-388)||(13108906-13109255)
chr7 (41-162)||(13111199-13111321)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-163)||(1550099-1550245)
chr1 (17-162)||(9535199-9535344)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-162)||(22804553-22804700)
chr4 (17-115)||(7231019-7231118)
chr4 (100-162)||(44640115-44640179)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (41-120)||(6723446-6723525)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 44734241 - 44733867
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734241 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaacctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 44734142  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734141 aacaacacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 44734042  T
Q  217 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734041 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 44733942  T
Q  317 tcgaatttcaatcagacataacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctg 391  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733941 tcgaattccaatcagacagaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctg 44733867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 44731930 - 44731786
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731930 catatacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 44731831  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaac 161  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731830 aacaacacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaac 44731786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 45338660 - 45338288
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338660 catagatatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 45338561  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338560 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 45338461  T
Q  217 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338460 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 45338361  T
Q  317 tcgaatttcaatcagacataacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttc 389  Q
    || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338360 tcaaattccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttc 45338288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 45336348 - 45336202
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45336348 catagatatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaaatatgacacttaaacttacacaagcaacacattaattatgacagaaaat 45336249  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45336248 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 45336202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 14662418 - 14662318
Alignment:
Q  18 atagacatcattacctagg-actctt--acttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14662418 atagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacgatctaattatgacacttatacataaacaagcaacactttaattatgacagaaa 14662319  T
Q  115 a 115  Q
    |    
T  14662318 a 14662318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 17648923 - 17648811
Alignment:
Q  51 aataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataa-ca--acacaattaattattaaatcagaaaaa 147  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||   ||||||||||||||||  | ||  |||||| ||||||  ||| ||||||||    
T  17648923 aataagcaacaatctaattatgacatt--aacttaaacaagcaacaagctaattatgacagaaaaacagcagcacacaagtaattaacaaaacagaaaaa 17648826  T
Q  148 tatcaatctccaaca 162  Q
    |||||||||||||||    
T  17648825 tatcaatctccaaca 17648811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 32800407 - 32800035
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800407 catagatatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 32800308  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800307 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcca 32800208  T
Q  217 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800207 accttcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttct 32800108  T
Q  317 tcgaatttcaatcagacataacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttc 389  Q
    || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800107 tcaaattccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttc 32800035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 32798095 - 32797950
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32798095 catagatatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 32797996  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32797995 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 32797950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 41 - 386
Target Start/End: Original strand, 48025194 - 48025541
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaat 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  |||     
T  48025194 ttacttactaaataagcaacaatctaattatgacatttatacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaa 48025293  T
Q  140 cagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttcatctgataaaacttcac 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||     
T  48025294 cagaaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgacctcatctcttcaaccttcatctgataaaacttcat 48025393  T
Q  240 tggccaaatttctgt-atctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatttcaatcagacataac 338  Q
    ||||||| ||| | | || |||||||  || |||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| |||    
T  48025394 tggccaagtttttttgatttgttgcattggtaacacactcaactttagttgaagattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccagacacaac 48025493  T
Q  339 atgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgct 386  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  48025494 acaaccaaatgaaaaaacacaatcagaagcaatcttgacatcgtcgct 48025541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 41 - 391
Target Start/End: Original strand, 48024083 - 48024431
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaat 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  |||     
T  48024083 ttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagtaacactttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaa 48024182  T
Q  140 cagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttcatctgataaaacttcac 239  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| | |||| |||||||||||||||||||     
T  48024183 gagaaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgaccccgtctcttcaacattcatctgataaaacttcat 48024282  T
Q  240 tggccaaatttctgt-atctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatttcaatcagacataac 338  Q
    ||||||| ||| | |  | ||||||| ||| |||||| |    || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| |||    
T  48024283 tggccaattttttttggtttgttgcatcggtaacacaat----ttcagttgatgattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccagacacaac 48024378  T
Q  339 atgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctg 391  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  48024379 acaaccaaataaaaaaacacaatcagaagcagtcttgacatcgtcgctttctg 48024431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 391
Target Start/End: Original strand, 48024634 - 48024988
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaat 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||  ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  |||     
T  48024634 ttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacatgcaacattttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaa 48024733  T
Q  140 cagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttcatctgataaaacttcac 239  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||     
T  48024734 cataaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgacctcatctcttcaacattcatctgataaaacttcat 48024833  T
Q  240 tggccaaatttctgt-atctgttgcagcg--gaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatttcaatcagacata 336  Q
    ||||||| ||| | |  | ||||||| ||  | |||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |  || | | |    
T  48024834 tggccaattttttttggtttgttgcatcggtgtaacacaatcaactttagttgatgattgggtgatccgttcttccttctttgaattctatccatataca 48024933  T
Q  337 acatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctg 391  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  48024934 acacaaccaaatgaaaaaacacaatcagaagcagtcttgacatcatcactttctg 48024988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 28784602 - 28784457
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28784602 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactataacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgagagaaaat 28784503  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784502 aacaacacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 28784457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Original strand, 48707750 - 48707901
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacactt------aaacttaaacaagcaacacattaattatgaca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48707750 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataaacaacaatctaactatgacacttaaacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgaca 48707849  T
Q  111 gaaaataacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48707850 gaaaataacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 48707901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 291 - 391
Target Start/End: Original strand, 48027073 - 48027173
Alignment:
Q  291 tgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatttcaatcagacataacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttct 390  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  48027073 tgattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccggacacaacacaaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtctagacatcgtcgctttct 48027172  T
Q  391 g 391  Q
    |    
T  48027173 g 48027173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 100 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 5907781 - 5907696
Alignment:
Q  100 taattatgacagaaaataacaa-cacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttg 184  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5907781 taattatgacagaaaattacaaacacaagtaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaacactcatccttaatatttttcttg 5907696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 115
Target Start/End: Original strand, 48027348 - 48027448
Alignment:
Q  18 atagacatcattacctagg-actctt--acttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  48027348 atagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagcaacacttaaattatggcagaaa 48027447  T
Q  115 a 115  Q
    |    
T  48027448 a 48027448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 388
Target Start/End: Original strand, 13108906 - 13109255
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaat 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||  ||||||  |||     
T  13108906 ttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttataaataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaacaatggaaaataattaacaaaa 13109005  T
Q  140 cagaaaa-atatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttcatctgataaaacttca 238  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  13109006 caaaaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttctcttgaaaaaacttcaagcattgacctcatctcttcaacctccatctgataaaacttca 13109105  T
Q  239 ctggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatttcaatcagacataac 338  Q
     ||| ||| ||| || || ||||||||||| |||||| | | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||| |||    
T  13109106 ttggtcaagtttttggatttgttgcagcggtaacacactcaactttagttgataattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccggacacaac 13109205  T
Q  339 atgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgcttt 388  Q
    |   ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  13109206 acacccaaatgaaaaaacacaatcaaatgtagtcttgacatcgtcgcttt 13109255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 162
Target Start/End: Original strand, 13111199 - 13111321
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca-acacaattaattattaaat 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||   | || ||||||  |||     
T  13111199 ttacttactaaataagcaacaatctaattatggcacttctacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtaaaaagtaattaacaaaa 13111298  T
Q  140 cagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13111299 cagaaaaatatcaatctccaaca 13111321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 1550245 - 1550099
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1550245 catagatatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttatacaagcaacacattaattatgacataaaat 1550146  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1550145 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 1550099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9535344 - 9535199
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaat 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9535344 catagaaatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattttgacagaaaat 9535245  T
Q  117 aacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9535244 aacaacacaattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 9535199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 22804700 - 22804553
Alignment:
Q  17 catagacatcattacctaggactctt--acttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  22804700 catagacatcattacctaggactcttttacttaccaaataagcagcaatctaattatggcacttaaacttaaacaagcaacgcattaattatgagagaaa 22804601  T
Q  115 ataacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22804600 ataacaacacaattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 22804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 115
Target Start/End: Original strand, 7231019 - 7231118
Alignment:
Q  17 catagacatcattaccta-ggactc--ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaa 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  7231019 catagacatcattacctacggactactttacttactaaataagcagcaatctaattatgacact--aacttaaacaagcaacaatctaattatgacagaa 7231116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 44640179 - 44640115
Alignment:
Q  100 taattatgacagaaaat-aacaacacaattaatt-attaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 162  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44640179 taattatgacagaaaaacaacaacacaaatcatttattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 44640115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 6723525 - 6723446
Alignment:
Q  41 ttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6723525 ttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaaca 6723446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University