View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10559_low_5 (Length: 457)

Name: NF10559_low_5
Description: NF10559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10559_low_5
NF10559_low_5
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (25-447)||(10103563-10103986)
chr1 (20-435)||(50451734-50452150)
chr1 (20-448)||(43298197-43298625)
chr1 (20-448)||(31324834-31325263)
chr1 (111-393)||(5193033-5193315)
chr1 (24-435)||(50236460-50236872)
chr1 (248-442)||(32890480-32890674)
chr1 (20-425)||(1524806-1525212)
chr1 (27-210)||(20284695-20284879)
chr1 (167-294)||(23465334-23465461)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (19-448)||(573027-573457)
chr2 (33-441)||(1487204-1487613)
chr2 (21-336)||(177336-177652)
chr2 (27-210)||(14653797-14653981)
chr2 (287-393)||(30914819-30914925)
chr2 (40-354)||(26791177-26791492)
chr2 (86-348)||(35135201-35135463)
chr2 (282-441)||(16322548-16322707)
chr2 (21-327)||(42403220-42403527)
chr2 (86-348)||(40328081-40328343)
chr2 (185-342)||(39012532-39012689)
chr2 (86-148)||(19265319-19265381)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (20-438)||(23207761-23208180)
chr7 (25-351)||(27781612-27781939)
chr7 (25-336)||(16769959-16770270)
chr7 (25-336)||(1579156-1579468)
chr7 (37-129)||(19193577-19193670)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (20-441)||(24893728-24894150)
chr6 (95-448)||(24990548-24990901)
chr6 (20-448)||(32725346-32725775)
chr6 (24-435)||(35233329-35233738)
chr6 (21-291)||(11296843-11297112)
chr6 (155-367)||(12645944-12646156)
chr6 (225-447)||(27852838-27853060)
chr6 (221-382)||(13599624-13599785)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (20-441)||(23424337-23424759)
chr3 (24-442)||(38647070-38647489)
chr3 (20-354)||(53608276-53608611)
chr3 (20-353)||(17718335-17718669)
chr3 (20-353)||(19019564-19019898)
chr3 (21-442)||(15473334-15473756)
chr3 (27-327)||(11896994-11897295)
chr3 (27-219)||(26432806-26432999)
chr3 (116-294)||(49149802-49149980)
chr3 (40-255)||(11889814-11890030)
chr3 (263-342)||(3659603-3659682)
chr3 (90-147)||(14623253-14623310)
chr3 (30-67)||(49150034-49150071)
chr3 (284-357)||(55024772-55024845)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (20-447)||(3881551-3881982)
chr4 (20-432)||(33803814-33804227)
chr4 (113-435)||(14307713-14308035)
chr4 (113-435)||(14291664-14291986)
chr4 (40-441)||(54477297-54477698)
chr4 (218-367)||(15813052-15813201)
chr4 (40-207)||(24133366-24133534)
chr4 (24-383)||(46784422-46784783)
chr4 (167-354)||(7587605-7587792)
chr4 (25-207)||(48848015-48848198)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (21-441)||(6640905-6641326)
chr5 (107-381)||(31814570-31814843)
chr5 (21-448)||(7816972-7817400)
chr5 (20-84)||(23944854-23944918)
chr5 (260-390)||(23945076-23945206)
chr5 (260-383)||(23620568-23620691)
chr5 (257-297)||(5864788-5864828)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (40-351)||(26587083-26587395)
chr8 (27-327)||(23132585-23132886)
chr8 (20-231)||(38348306-38348518)
chr8 (248-350)||(13030270-13030372)
chr8 (24-129)||(26973296-26973402)
chr8 (21-82)||(14759762-14759823)
[»] scaffold0214 (1 HSPs)
scaffold0214 (40-387)||(8823-9171)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (260-348)||(75984-76072)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10103986 - 10103563
Alignment:
Q  25 ctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttt 123  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||| || |    
T  10103986 ctgataactcaattgttttgcaggaaattatttatttcataaggaaatctaagaagaagaagggctatgttgctttcaagctcgatttagagaaaactat 10103887  T
Q  124 tgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccact 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  10103886 tgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggattttcagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcactttatcaact 10103787  T
Q  224 ttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgca 323  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103786 ttctctattttatggaacggtaacaaaatgccctagttcaagcctacatatggtctcagacaaggtgttccgctctctccttacctattcatcctttgca 10103687  T
Q  324 tggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctttt 423  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10103686 tggagaagctctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatggagggcctcagatatctcatcttctttt 10103587  T
Q  424 tgcagatgatgtgcttcttctcac 447  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  10103586 tgcagatgatgtgcttcttttcac 10103563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 20 - 435
Target Start/End: Original strand, 50451734 - 50452150
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  50451734 aacttctgataactctattgttttgcaggaaattattcattttatgaggaagtctaagaagaaaaaaggttatgttgctttcaagctcgatttggaaaaa 50451833  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    || ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  50451834 gcatttgataatgtcaaatgggattttcttaattcttgccttcatgagtttggttttccggacatcaccatcaaacttatcatgcattgtgtcacctcct 50451933  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || ||||| |||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  50451934 ccactttctctatcttatggaatggtaacaaaatgccgcatttcaaacctacacatggcctccgacaaggtgatccgctttctccttacctcttcattct 50452033  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||  |||  |||||| || ||||| ||| |||| || |||||||||||  |     
T  50452034 ttgtatggagaagctatctattgctattaacaatgcggtgcatgaaggaaggtggacacctattcaaatcaccaatggaggtccacggatatctcactta 50452133  T
Q  419 ctttttgcagatgatgt 435  Q
    || ||||||||||||||    
T  50452134 ctctttgcagatgatgt 50452150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Original strand, 43298197 - 43298625
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||| | |||||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||  || |||||    
T  43298197 aacttctgataactcaattgttttgcaggaaatagttcattttatgagaagatctaaaaagaagaagggatatgtagccttcaaacttgacctgaagaaa 43298296  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||| | ||||||| |||||| || || |||||||||||    || ||||||||  |  | |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  43298297 gcttttaataatgtcaaatgggattttctaaattcttgcctcattgattttggattctcgaacatcaccatgaagcttatcatgcattgtgtcacatcat 43298396  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    || | |||||||||||||||| || ||| ||| |||||   || |||||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  43298397 cctccttctctattttatggatcggtaataaattgcccacttttaagccttctcatggtcttagacaaggtgatccgctctctccttacctattcat-tt 43298495  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
    |  |||||| || |||||||||||||| ||||| |  |||  ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||  ||||||||  ||||| || |||    
T  43298496 tatcatggaaaatctctctattgctattaacaacgtcgtgattcaaggaaattgggatcctattcatatcaccaatgaagggcctcaaatatcccacctt 43298595  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  43298596 cttcttgcagatgatgttcttcttttcact 43298625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 31325263 - 31324834
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| | ||| |||||||| || ||||| || |||||||| || ||  ||||||||    
T  31325263 aacttctgataactcaattgttttgcaggaaattgtccacttcatgagaagatccaagaagaagaagggttacgtagctttcaaacttgacctggagaaa 31325164  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||| || |||||||  || ||| | ||||    
T  31325163 gcttttgataatgtcaattgggatttccttaattcttgcctccatgatttcggttttccagacatcacaatcaagctcatcatgcgctgtgtctcgtcat 31325064  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||||||| | |  |||  ||| ||| |||| |  || |||||  | |||||  | ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |    
T  31325063 ccaccttctctattctctataacagtaataaattgcctccctttaagccctcccatggccttagataaggtgatccgctatctccctacctcttcatctt 31324964  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     |||||||| ||  | ||||||||||| || ||||  |||   || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||   |||||| || |||    
T  31324963 atgcatggaaaagttgtctattgctattaataatgttgtgttccacggaaattgggaacctatccacatcactaatggaggtccaaagatatcacacctt 31324864  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||||    
T  31324863 ctctttgcagatgatgttcttcttttcact 31324834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 5193315 - 5193033
Alignment:
Q  111 tggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgt 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |  || ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  5193315 tggagaaagcttttgataatgtcagatgagattttcttaattcttgcctccttgattttggatttacgaacatcaccatcaagcttatcatgcattgtgt 5193216  T
Q  211 cacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttaccta 310  Q
    ||| ||||| || || ||| |||||||||||| ||| |||||| ||   || |||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||     
T  5193215 cacatcatctacattttctgttttatggaacggtaataaaatgtcctcctttaagccttcacatggtcttggacaaggtgatccgctctctccttacctc 5193116  T
Q  311 ttcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaa 393  Q
    |||||  | |||||| | || |||||||||| ||| ||||| || |||  |||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  5193115 ttcattttatgcatgaaaaagctctctattgttattaacaacgccgtgattcaaggaaatagggatcctattcacatcactaa 5193033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 50236872 - 50236460
Alignment:
Q  24 tctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaa--atggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagct 121  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||  || ||||||  | || ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||    
T  50236872 tctgataactcgattgttttgcaggaaattgttcatttcatgagaagattcaa-aagaaagaagggctatgtagcttttaagcttgatttggaaaaggct 50236774  T
Q  122 tttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatcca 221  Q
    ||||| ||||| |  | ||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| ||| | ||| |||    
T  50236773 tttgataatgttaattaggacttcctcaattcttgtctccatgattttggatttccggacatcaccaccaaactcatcatgcattgtgtctcctcaccca 50236674  T
Q  222 ctttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttg 321  Q
    | | |||||| ||||||||||  ||||| |||||||  ||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| | ||    
T  50236673 cctactctatcttatggaacgggaacaagatgccccctttcaagcctactcatggcctcagataaggtgatccgctttccccttaccttttcatcttgtg 50236574  T
Q  322 catggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctt 421  Q
     ||||||||||| ||  ||||||| || ||||  || |  ||| | |  ||||| |||||||| ||||||||| |||| | || ||||||||| || ||     
T  50236573 tatggagaaactatcagttgctattaataatgttgtcctccaaaggagctgggagcctatccatatcactaatggaggacatcagatatctcacctcctc 50236474  T
Q  422 tttgcagatgatgt 435  Q
    |||||  |||||||    
T  50236473 tttgcttatgatgt 50236460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 248 - 442
Target Start/End: Original strand, 32890480 - 32890674
Alignment:
Q  248 aaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatca 347  Q
    ||||||||||  || |||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  32890480 aaaatgcccccttttaagccttcccacggtctcagacaaggtgatccgctctctccctacctcttcattttatgcatggaaaaactctctattgctatta 32890579  T
Q  348 acaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctttttgcagatgatgtgcttctt 442  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||   |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  32890580 ataatgcagtgcttcaaggaaattgggaccctatccatatcactaatggaggaccgaagatatcccaccttctttttgcagatgatgttcttctt 32890674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 425
Target Start/End: Original strand, 1524806 - 1525212
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaag-aaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||| || ||| |||| |||| ||| ||||| || || ||| | ||||||    
T  1524806 aacttctgataattctattgttttgcaggaaattgtccacttcatgagaaaatcaaaaaagaaaaaaggttgtgtagcttttaaactagatctagagaaa 1524905  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| |  ||  ||  |||| |  |||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||      
T  1524906 gcttttgataatgttaactgggattatctccatcattgcttgaaagacttcggattcccggatatcaccatcaaactcatcatgcattgtgttacctctc 1525005  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |  | ||||||||| | ||||| | ||||||| | || |  ||||||||| | || ||| |  | |||||||| ||||| ||||| ||| |||| || ||    
T  1525006 ctgccttctctattctttggaatggtaacaaattacctcctttcaagccttcccacggtcttcggcaaggtgacccgctatctccctacttatttattct 1525105  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     || ||||| || |||||  ||||||| | ||   | |||| ||||||| | ||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||  |||||||| |||    
T  1525106 ctgtatggaaaagctctcggttgctataagcacaacggtgcttcaaggagaatgggagcctatccaaatcacaaatacagggcctcaaatatctcacctt 1525205  T
Q  419 ctttttg 425  Q
    || ||||    
T  1525206 ctctttg 1525212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 210
Target Start/End: Original strand, 20284695 - 20284879
Alignment:
Q  27 gataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttg 125  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||| || ||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| |    
T  20284695 gataactctattgttttgcaggaaattattcatttcatgaaacactctaaaaggaagaagggttacgtagcttacaagcttgacttggagaaagctttcg 20284794  T
Q  126 acaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgt 210  Q
    |||| ||||  ||||| || || |     ||||| || || |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  20284795 acaacgtcaactgggattttctaagcaactgcctccatgattttggatttccgaacatcaccatcaagctcatcatgcattgcgt 20284879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 294
Target Start/End: Original strand, 23465334 - 23465461
Alignment:
Q  167 tttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagc 266  Q
    |||||||| ||| | || || ||||||||||| ||||| ||  |  |||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||| || |||||||    
T  23465334 tttggattcccaaacattactatcaaacttattatgcactgtatttcttcttccactttctctgttttatggaatggtaacaaattgccgcatttcaagc 23465433  T
Q  267 ctacacatggtttcagacaaggtgatcc 294  Q
    |||| |||||| |  |||||||||||||    
T  23465434 ctactcatggtcttcgacaaggtgatcc 23465461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 573027 - 573457
Alignment:
Q  19 aaacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  573027 aaacttctgataactcaattgttttgcaggaaattgttcatttcatgagaaaatcaaaaaagaagaaggggtatgttgctttcaagctcgacttggaaaa 573126  T
Q  118 agcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttca 217  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  573127 agcttttggtaatgtcagatgggatttccttaattcctgccttcatgagtttggatttccagacatcaccatcaaacttatcatgcattatgtcacatca 573226  T
Q  218 tccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcc 317  Q
     | || ||||||||||||||||| | |||||||||||  |  || || ||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  573227 ccaacgttctctattttatggaatggtaacaaaatgcatccttttaaaccttcccatggcctcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcc 573326  T
Q  318 tttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatct 417  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || || |||| ||||| ||||||||||||||| || || ||||| || ||| | || |||| |||||| || ||    
T  573327 tttgcatggagaagctctctgttgcaattaataatgtagtgcttcaaggaaattgggatcccattcacattacgaatgggggacctcagatatcacacct 573426  T
Q  418 tctttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
    |||||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  573427 tctttttgtagatgatgtactccttttcact 573457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 33 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 1487613 - 1487204
Alignment:
Q  33 tcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatg 131  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||||| | ||| || ||||| || || ||||| ||||| || || ||| | |||||||||||||| ||||    
T  1487613 tcaattgttttgcaggaaattgttcacttcatgagaatatccaaaaagaagaaaggctatgtggcttttaaacttgatctcgagaaagcttttgataatg 1487514  T
Q  132 tcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctat 231  Q
    ||| ||| || |||||| ||  ||| ||||| || ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  1487513 tcaaatgagaattccttgataattgtcttcatgattttggtttccctgatattaccattaagcttattatgcactgtgttacttcatccactttctctat 1487414  T
Q  232 tttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaa 331  Q
    ||||||||| |  || ||| |||| |||||||| || || ||| |  |  | ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  1487413 tttatggaatggaaataaattgcctcagttcaaaccgactcatagccttcggcaaggggatccactctctccataccttttcattctttgcatggagaaa 1487314  T
Q  332 ctctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctttttgcagatg 431  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||| |  | ||||||||   ||||||||||||| ||||| ||||    
T  1487313 ctctctatggctattaataatgcagtgaatcaaggaagttgggaacctattcagatcaccaccacagggcctcatttatctcatcttctctttgcggatg 1487214  T
Q  432 atgtgcttct 441  Q
    | || |||||    
T  1487213 acgttcttct 1487204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 336
Target Start/End: Original strand, 177336 - 177652
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||| || | |||||  ||||| ||||||||||| || ||| | |||||||    
T  177336 acttctgacaactctattgttttgcaggaaattgttcattttatgcggagatcaaaaaggaaaaaaggttacgttgctttcaaacttgatcttgagaaag 177435  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    ||||||||||||| |  ||||| || ||||  || || || ||||| ||||| || || |||   || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  177436 cttttgacaatgtgaattgggagtttcttagatcgtgtctccaagattttggtttcccggatgatacaatcaaactcatcatgcattgtgtcacttcttc 177535  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctt 319  Q
     || |||||| || | ||||| |  ||||||  ||| |   |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| |     
T  177536 aacattctctgttctttggaatggaaacaaatggcctcctatcaagcctactcatggtctaagacaaggtgaccctttgtctccttacctattcatcatc 177635  T
Q  320 tgcatggagaaactctc 336  Q
    |||||||| || |||||    
T  177636 tgcatggaaaagctctc 177652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 14653981 - 14653797
Alignment:
Q  27 gataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttg 125  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| || || || || ||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  14653981 gataactctattgttttgcaggaaattattcatttcatgaagcgatctaagaggaagaagggatacgtagctttcaagcttgatttggagaaagcattcg 14653882  T
Q  126 acaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgt 210  Q
    |||| ||||  ||||| ||||| ||    ||||| || || |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  14653881 acaacgtcaactgggaattcctaaacaactgcctccatgattttggatttcctaacatcaccatcaagctcatcatgcattgcgt 14653797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 287 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 30914925 - 30914819
Alignment:
Q  287 ggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccaca 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||  |  ||||| || |||||||| |||||||| |    
T  30914925 ggtgatccgctctctccttacctgtttatcctctgcatggagaagctatctattgctattaacaatgttgatcatcatggtaattgggagcctatccata 30914826  T
Q  387 tcactaa 393  Q
    || ||||    
T  30914825 tctctaa 30914819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 354
Target Start/End: Original strand, 26791177 - 26791492
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||| | | |||||||||||| || || || || ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |  ||    
T  26791177 ttttgcaggaagttattcactacatgcgcatatctaagaagaagaaagggtacgtggcttttaagattgatttagagaaagcctttgataatgttaactg 26791276  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatgg 238  Q
    |||||| ||    |||||||||   || ||||| || || |||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | |||    
T  26791277 ggactttctccgatcttgcctttgtgattttggcttcccggataccaccatcaagctcatcatgcattgcgttacttcatccagcttctctattctttgg 26791376  T
Q  239 aacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctcta 338  Q
    || |  || |   |||| |  ||| ||||||| |||||  |||| || ||||||||||| || || ||||| || || |||||||||||||| ||||||     
T  26791377 aatggaaataggttgcctcctttcgagcctactcatggcctcaggcagggtgatccgctttccccgtacctttttattctttgcatggagaagctctctt 26791476  T
Q  339 ttgctatcaacaatgc 354  Q
      || |||||||||||    
T  26791477 cagccatcaacaatgc 26791492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 86 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 35135463 - 35135201
Alignment:
Q  86 ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatca 185  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||     |||||| || || || || || ||||| || |    
T  35135463 ggttttgtagctttcaagcttgatttagagaaagcttttgacaacgtcaactgggacttccttcgcatttgcctccaggatttcggcttcccagacatta 35135364  T
Q  186 ccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagaca 285  Q
    |||||||||| ||||||||||| || || ||| | |  | ||| ||||||||||| |  |||||  |  | |  ||||||||||| |||||  |  | ||    
T  35135363 ccatcaaactcatcatgcattgtgttacctcaccaagctactcaattttatggaatggaaacaagctctctcctttcaagcctactcatggacttcgtca 35135264  T
Q  286 aggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaa 348  Q
    |||||| ||| | |||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||    
T  35135263 aggtgacccgttgtctccttatcttttcatcctatgtatggaaaaactctctgttgcaatcaa 35135201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 282 - 441
Target Start/End: Original strand, 16322548 - 16322707
Alignment:
Q  282 gacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctat 381  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||  |  |||| || | |||||| | ||||||||| ||    
T  16322548 gacaaggtgacccgctttctccgtaccttttcatactttgcatggaaaaactttctgttgctattcaggatgctgttcttcaagggagttgggaaccgat 16322647  T
Q  382 ccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctttttgcagatgatgtgcttct 441  Q
    ||| ||||  |||   || |||| ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  16322648 ccatatcataaatgacggacctcagatatctcacctcctttttgctgacgatgttcttct 16322707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 42403527 - 42403220
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaag-aaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||  | ||| || | | |||| |||||||| || |||||||| ||  |||| ||||    
T  42403527 acttctgataattcaattgttttgcaggaaattatacattttatgaaaagatccaaaaggaaaaagggttatgtggccttcaagcttgacctggaaaaag 42403428  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    | ||||| |||||||  ||||| ||||| ||   ||| || || || || || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||| || ||| | ||| |    
T  42403427 cgtttgataatgtcaactgggaattcctcaaactttgtctccatgatttcggttttccggatattacggttaaacttattatgcactgtgtctcctcagc 42403328  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctt 319  Q
    || || |||  ||||||||||||  || |||||||| |  |||||||| || |||||  || | |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||     
T  42403327 caattactcccttttatggaacggaaataaaatgcctcctttcaagcccactcatggcctccggcaaggtgaccctctctcaccttatctatttatactg 42403228  T
Q  320 tgcatgga 327  Q
    ||||||||    
T  42403227 tgcatgga 42403220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 348
Target Start/End: Original strand, 40328081 - 40328343
Alignment:
Q  86 ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatca 185  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||     |||||| || || || || || ||||| || |    
T  40328081 ggttttgtagctttcaagcttgatttagagaaagcttttgacaacgtcaactgggaattccttcgcatttgcctccaggatttcggcttcccagacatta 40328180  T
Q  186 ccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagaca 285  Q
    |||||||||| ||||||||||| || || ||| | |  | ||| ||||||||||| |  |||||  |  | |  ||||||||||| |||||  |  | ||    
T  40328181 ccatcaaactcatcatgcattgtgttacctcaccgagctactcaattttatggaatggaaacaagctttctcctttcaagcctactcatggacttcgtca 40328280  T
Q  286 aggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaa 348  Q
    |||||| ||| | |||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||    
T  40328281 aggtgacccgttgtctccttatcttttcatcctatgtatggaaaaactctctgttgcaatcaa 40328343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 185 - 342
Target Start/End: Original strand, 39012532 - 39012689
Alignment:
Q  185 accatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagac 284  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||| |||||| |||| ||||| |  || ||  | ||  | || |||||||| |||||| |  | |    
T  39012532 accatcaaactcatcatgcattgtgtctcatcctccaccttctctgttttgtggaatggcaataagcttcctaattttaagcctactcatggtcttcgtc 39012631  T
Q  285 aaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgc 342  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  39012632 aaggcgatccgctctctccctacctgttcatcctatgtatggaaaaactctccattgc 39012689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 86 - 148
Target Start/End: Original strand, 19265319 - 19265381
Alignment:
Q  86 ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttcctt 148  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  19265319 ggttttgtggctttcaagcttgatttagagaaagcttttgacaacgtcaacttggacttcctt 19265381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 23208180 - 23207761
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23208180 aacttctgacaactcaattgttttgcaggaaattattcactttatgaggaagtcaaagaggaagaaaggttatgttgctttcaagctagacttggagaaa 23208081  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  23208080 gctttcgataatgtcagatgggatttccttaattcttgcctccaggattttggttttccagatattaccatcaaactcatcatgcattgcgtcacctcct 23207981  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||    
T  23207980 ccacattctcaattttatggaacggtaacaaaatgccccctttcaagcccacacatggtcttagacaaggtgacccactctctccttatctcttcatact 23207881  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||  ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| || | ||| ||||| |||    
T  23207880 atgcatggagaagctttctattgctattaataatgctgtgagtcaaggaagatgggaacctattcacatcactaatggaggaccccagatttctcacctt 23207781  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgct 438  Q
    || || ||||||||||||||    
T  23207780 ctcttcgcagatgatgtgct 23207761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 25 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27781939 - 27781612
Alignment:
Q  25 ctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttt 123  Q
    |||| ||||| ||| ||||| |||||||| | || || ||| ||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||| || ||  | |||||||||||    
T  27781939 ctgacaactctattgttttgtaggaaattgtacactttatgcggagatctaagaagaagaaaggttgtgtagctttcaaacttgacctagagaaagcttt 27781840  T
Q  124 tgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccact 223  Q
    ||| |||||||  ||||| ||| | | | |||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||    
T  27781839 tgataatgtcaattgggatttcttaagtgcttgccttcatgactttggtttcccagatattaccataaagctcatcatgcactgtgtcacctcatccact 27781740  T
Q  224 ttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgca 323  Q
    ||||| ||| |||||||||  ||||||||||| |  || ||||| || |||||  ||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| ||||    
T  27781739 ttctccattctatggaacgggaacaaaatgcctccatttaagccaactcatggcctcagacaaggtgaccctctttcaccttacctcttcatcctctgca 27781640  T
Q  324 tggagaaactctctattgctatcaacaa 351  Q
    ||||||| || |   |||||||||||||    
T  27781639 tggagaagcttttggttgctatcaacaa 27781612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 25 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16770270 - 16769959
Alignment:
Q  25 ctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagctttt 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| | ||  || || || | |||||||| ||||| ||||| ||  | || |||||||||    
T  16770270 ctgacaactcaattgttttgcaggaaatttttcatttcttgagaagataaaaaaaaaagaaggttatgtggcttttaagcttgaccttgaaaaagctttt 16770171  T
Q  125 gacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactt 224  Q
    || |||||||  || || || ||| ||  ||| || || || |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||  |||| |||||||    
T  16770170 gataatgtcaactgagattttcttcataattgtctgcatgattttggattcccagacattaccatcaaacttattatgcactgtgtttcttcttccactt 16770071  T
Q  225 tctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcat 324  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||| || ||||| ||||| |||||| |  ||||||||||||| || || ||||| || |||||| | || ||    
T  16770070 tctctattttatggaatggtaacaaattgccgcatttcaaacctactcatggtcttcgacaaggtgatcctctttcaccttatctcttcatcttgtgtat 16769971  T
Q  325 ggagaaactctc 336  Q
    ||| ||||||||    
T  16769970 ggaaaaactctc 16769959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 1579468 - 1579156
Alignment:
Q  25 ctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaa-atggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttt 123  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||| |    || ||||||||| |||||||||| ||||||||  | ||| |||||||||| ||    
T  1579468 ctgacaactcaattgttttgaaggaaataactcacttcatgtgcgggtcaaagaagaaagatggttatgtggctttcaaaattgatctggagaaagcctt 1579369  T
Q  124 tgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccact 223  Q
    ||| |||||||  ||||  || ||   || ||| |||||||| |||||||| ||||||  ||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| || |||    
T  1579368 tgataatgtcaattggggttttctccgttattgtcttcaagattttggattcccagatgccactatcaatctcatcatgcattgtgtttcttcttcaact 1579269  T
Q  224 ttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgca 323  Q
    ||||||||| | | |||    |||||  |||| |  ||  | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  1579268 ttctctattctctagaatagaaacaagttgcctccctttcatcctactcatgggctcagacagggtgatccgctctccccttacctctttattctttgca 1579169  T
Q  324 tggagaaactctc 336  Q
    |||| || |||||    
T  1579168 tggaaaagctctc 1579156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 19193670 - 19193577
Alignment:
Q  37 ttattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaatggttatg-ttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaa 129  Q
    |||||||||||||||| || || | |||| | | ||||| |||||||| || |||| |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||    
T  19193670 ttattttgcaggaaatcatccactacatgtgtagatctatgaagaaaaagggtatggttgctttcaaacttgatttcaagaaagcttttgacaa 19193577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 24894150 - 24893728
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  24894150 aacttctgataactcaattgttttgcaggaaattattcacttcatgaggaaatcaaagaggaagaaaggttatgttgctttcaagctagacttggagaaa 24894051  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |    
T  24894050 gctttcgataatgtcagatgggatttccttaattcttgccttcaggaatttggttttccagacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgtcacctcct 24893951  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||| || |||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||    
T  24893950 ccacattctccatattatggaatggtaacaaaatgccccctttcaagcccacacatggtctcagacaaggtgacccgctctctccttatcttttcatact 24893851  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     |||||||| || || ||  ||||||| || || || |||  |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| || | ||| ||||| ||     
T  24893850 atgcatggaaaagctttcccttgctattaataacgctgtgagtcaaggaagttgggaacctatacacataactaatggaggaccccagatttctcaccta 24893751  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgcttct 441  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  24893750 ctctttgcagatgatgtgcttct 24893728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 95 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24990901 - 24990548
Alignment:
Q  95 gctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaac 194  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  24990901 gctttcaagctagacttgaagaaagcgtttgataatgtcagatgggatttccttaagtcttaccttcacgattttggttttccagacatcaccatcaaac 24990802  T
Q  195 ttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatcc 294  Q
    | |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || |||||| ||||||||||||| ||    
T  24990801 tcatcatgcactgtgtcacctcctccactttttctattttatggaacggtaacaaaatgccccctttcaagcccacccatggtctcagacaaggtgaccc 24990702  T
Q  295 gctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaat 394  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  24990701 gctctctccttatcttttcattctttgcatggagaagctttctatcgctataaataatgctgtaagccaaggaagttgggaacctattcacatcactaat 24990602  T
Q  395 agagggcctcggatatctcatcttctttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
     |||| || | ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  24990601 ggaggaccccagatgtctcaccttctgtttgcagatgatgtgcttcttttcact 24990548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 32725775 - 32725346
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||  |||| || ||||| | |||||| ||||| || || ||||| |||||||| || ||  ||||||||    
T  32725775 aacttatgacaactcaattgttttgtaggaaatagttcactttatgagaagatctaaaaagaagaagggatatgtagctttcaaacttgacctggagaaa 32725676  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  32725675 gcttttgataatgtcagatgggattttcttaattcttgcctccttgagtttggatttccggacatcaccatcaagcttatcatgcattgtgtcacatcat 32725576  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||   || |||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||  |    
T  32725575 ccacattctctattttatggaacggtaataaaatgccctcctttaagccttcccatgatctcagacaaggtgattcgctctctccttacatcttcatttt 32725476  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     |||||||| || |||||||||||||| || ||||| | |  ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||   |||||| ||||||    
T  32725475 atgcatggaaaagctctctattgctattaataatgccgcgactcaaggaaattgggatcctattcacatcaccaatggaggaccaaagatatcccatctt 32725376  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  32725375 ctttttgcagatgatgttattcttttcact 32725346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 35233329 - 35233738
Alignment:
Q  24 tctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagctt 122  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || ||| | ||||||||||    
T  35233329 tctgacaactcaattgttttgaaggaaattgttcacttcatgagaaaatccaaaaagaagaaagggtatgtagctttcaaacttgatctagagaaagctt 35233428  T
Q  123 ttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccac 222  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||| |  ||||||||| || || || || ||  | |||||||||||  |||| ||||| || ||  ||| ||| ||    
T  35233429 ttgacaatgtcaactgggagtttcttagtaattgccttcatgacttcggtttccctaacatcaccatcaagtttattatgcactgtgtttctttatctac 35233528  T
Q  223 tttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgc 322  Q
    ||| |||||||||||||| |  |||||  ||||  | |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| || |||    
T  35233529 tttttctattttatggaatggaaacaagttgcctaatttcaagcctacacatggtctccgacaaggtgatctgctctctccatacctcttcattctctgc 35233628  T
Q  323 atggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttcttt 422  Q
    || |||||  | |||||||||||||| || || || | |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||  ||| |||    ||||||||||||| |    
T  35233629 atcgagaagttatctattgctatcaataacgctgttcttcaagggaattgggagcctatacacatcacaaattcaggacct---ttatctcatcttctat 35233725  T
Q  423 ttgcagatgatgt 435  Q
    |||||||||||||    
T  35233726 ttgcagatgatgt 35233738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 11297112 - 11296843
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || || |||||||  | |||||| | ||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  11297112 acttctgataactcaattgttttgcacgaaatcatccacttcatgataagatctaaaaggaagaagggttatgtcgctttcaagcttgacttggagaaag 11297013  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    |||||||||| ||||  ||||| || |||| ||||| ||| || || ||||| || || || |||||||| |  || |||||||||||  ||  |  |||    
T  11297012 cttttgacaacgtcaattgggattttcttagttctttcctccatgattttggtttccccgacatcaccattatgctcatcatgcattgactccat--atc 11296915  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtga 291  Q
    ||  | || ||||||||||||||  |||||||||||    ||||||||||| |||||  | |||||||||||    
T  11296914 cagctactatattttatggaacggaaacaaaatgccttccttcaagcctacccatggccttagacaaggtga 11296843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 12646156 - 12645944
Alignment:
Q  155 tgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgc 254  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||| || || || || |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  | ||||| |  ||||  ||||    
T  12646156 tgccttcaagattttggtttttcagacattacaattaagcttatcatgcattgtgtcacttcatccactctttctatcctttggaatgggaacattatgc 12646057  T
Q  255 cccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgc 354  Q
    | |  ||||||||  | |||||| ||||  |||| ||||| ||||| |||||  | || || ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  12646056 ctcttttcaagccatctcatggtctcaggtaaggggatcccctctccccttatttgtttattctttgtatggaaaagctctctatttctatcaacaatgc 12645957  T
Q  355 agtgcatcaagga 367  Q
    ||| || ||||||    
T  12645956 agttcagcaagga 12645944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 225 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 27853060 - 27852838
Alignment:
Q  225 tctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcat 324  Q
    |||||||| | |||||||  |||||||||||    ||||||||| | |||||| | |||||||| || ||  | ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  27853060 tctctattctttggaacggaaacaaaatgccttctttcaagccttctcatggtctaagacaaggggaccctttatctccttacttattcatcctttgtat 27852961  T
Q  325 ggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttcttttt 424  Q
    ||| || ||||| ||||| |||||||| |  || | |||||| |||||||| || || ||  || | || |  ||||||||  | ||||| |||||||||    
T  27852960 ggaaaagctctccattgccatcaacaaggttgttcttcaaggcaattgggaccccattcaactctccaacaatgggcctcgattgtctcaccttcttttt 27852861  T
Q  425 gcagatgatgtgcttcttctcac 447  Q
    || |||||||| ||||| |||||    
T  27852860 gctgatgatgtccttctcctcac 27852838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 382
Target Start/End: Original strand, 13599624 - 13599785
Alignment:
Q  221 actttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatccttt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||  | || || ||||||||||| |||| | || | ||||||||||| || || ||||| || |||||| | |    
T  13599624 actttctctattttatggaatggtaacaagtttccgcaattcaagcctactcatgatctccgtcaaggtgatcctctttcaccttatctcttcatcttgt 13599723  T
Q  321 gcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatc 382  Q
    | ||||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||  ||||| | ||  |||||||||||    
T  13599724 gtatggaaaaactttcagctgccatcaacaatgcagtaaatcaaaggaagggggaacctatc 13599785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 441
Target Start/End: Original strand, 23424337 - 23424759
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23424337 aacttctgataactcaattgttttgcaggaaattattcacttcatgaggaaatcaaagaggaagaaaggttatgttgctttcaagctagacttggagaaa 23424436  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || |    
T  23424437 gcattcgataatgtcagatgggatttccttaattcttgccttcaggaatttggttttccagacatcaccatcaagctcatcatacattgtgtcacctcct 23424536  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||| || |||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||    
T  23424537 ccacattctcaatattatggaaaggtaacaaaatgccccctttcaagcccacacatggtctcagacaaggtgacccgctctctccttatcttttcatact 23424636  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
     |||||||| || || ||  ||||||| || || || |||  |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| || | ||| ||||| |||    
T  23424637 atgcatggaaaagctttcccttgctattaataacgctgtgagtcaaggaagttgggaacctatacacataactaatggaggaccccagatttctcacctt 23424736  T
Q  419 ctttttgcagatgatgtgcttct 441  Q
    || ||||||||||| ||||||||    
T  23424737 ctctttgcagatgacgtgcttct 23424759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 24 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 38647489 - 38647070
Alignment:
Q  24 tctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaatgg-ttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagctt 122  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || || |||| || ||||||  | ||||| || ||  |||| |||||||    
T  38647489 tctgataattcaattgttttgcaggaaattgtacatttcatgagaaaatccaaaaataaaaagggttatgtaacattcaaacttgacctggaaaaagctt 38647390  T
Q  123 ttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccac 222  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||||||    
T  38647389 ttgataatgtcaactgggacttccttaattcttgcctgcatgattttggttttccagacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcatcatccac 38647290  T
Q  223 tttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgc 322  Q
     ||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||  || |||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||    
T  38647289 cttctctattctttggaacggtaataaaatgcccccttttaagccttcccacggtctcagacaaggtgatccgctctctccctacctcttcattttatgc 38647190  T
Q  323 atggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttcttt 422  Q
    ||||| || |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||   |||||| || |||||||    
T  38647189 atggaaaagctctctattgctattaataatgcagtgcttcaaggaaattgggaccctatccatatcactaatggaggaccgaagatatcccaccttcttt 38647090  T
Q  423 ttgcagatgatgtgcttctt 442  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  38647089 ttgcagatgatgttcttctt 38647070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 53608611 - 53608276
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||  | ||| ||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  53608611 aacttctgataactccattgttttgcaggaaattattcattatatgaaaagatcaaagaagaaaaaaggctatgtggctttcaagctcgatcttgagaaa 53608512  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || ||||||| |||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || |    
T  53608511 gcttttgataatgtcaattgggattttcttaatttttgcctacaggattttggtttcccagacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcctcct 53608412  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    | || ||||||||| | ||||| |  |||||||||||    |||| |||| |||||||| ||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||    
T  53608411 ctaccttctctattctttggaatggaaacaaaatgccttctttcaggccttcacatggtctcagacagggtgatcctctatccccatacctctttattct 53608312  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgc 354  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  53608311 ttgtatggagaaactctctcttgctatcaataatgc 53608276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 17718669 - 17718335
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||    
T  17718669 aacttctgataactccattgttttgcaggaaatcattcattacatgagaagatctaagaagaaaaaaggttatgtggctttcaagctagaccttgagaaa 17718570  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    || ||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||    
T  17718569 gcctttgataatgtcaattgggattttcttaactcttgtctgcaggattttggtttcccggacgtcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcctcat 17718470  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||| |  ||||||||| | |||||| || |||| |||||||| || || || || || || || ||    
T  17718469 ccaccttctctattttgtggaatggaaacaaaatgcctcccttcaagccttctcatggtctctgacagggtgatcctctttcgccatatctctttattct 17718370  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatg 353  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17718369 ttgtatggagaaactttctcttgctatcaacaatg 17718335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 19019898 - 19019564
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||    
T  19019898 aacttctgataactccattgttttgcaggaaatcattcattacatgagaagatctaagaagaaaaaaggttatgtggctttcaagctagaccttgagaaa 19019799  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    || ||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || || ||  |||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||    
T  19019798 gcctttgataatgtcaattgggattttcttaactcttgtctgcaggattttggtttcccggacgtcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcctcat 19019699  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||| |  ||||||||| | |||||| || |||| |||||||| || || || || || || || ||    
T  19019698 ccaccttctctattttgtggaatggaaacaaaatgcctcccttcaagccttctcatggtctctgacagggtgatcctctttcgccatatctctttattct 19019599  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatg 353  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  19019598 ttgtatggagaaactttctcttgctatcaacaatg 19019564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 15473756 - 15473334
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaag-aaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||  | ||| || | | |||| |||||||| ||||||| ||| ||  |||| ||||    
T  15473756 acttctgataactcaattgttttgcaggaaattgtacattttatgaaaagatccaaaaggaaaaagggttatgtggctttcaggcttgacctggaaaaag 15473657  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    | ||||| ||||| |  ||||| ||| | || ||||| || || || || || ||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||| ||| |  || |    
T  15473656 cgtttgataatgttaattgggaattcatcaaatcttgtctccatgacttcggttttccggatattacagttaaacttatcatgcattgtgtctccgcagc 15473557  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctt 319  Q
    || || |||| | |||||||| |  ||||||||||| |  |||||||| || |||||  || |||||||||| || || ||||| |||| |||||| |||    
T  15473556 caattactctctcttatggaatggaaacaaaatgcctcctttcaagcccactcatggcctccgacaaggtgacccactttctccataccaattcatactt 15473457  T
Q  320 tgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttc 419  Q
    |||||||| ||||| ||  |||||||  |  |||| || | |||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||    ||||||| ||||||||| || |    
T  15473456 tgcatggaaaaactttcacttgctattcatgatgctgttcttcaagggagttgggaaccgatccatatcacaaacgacgggcctcagatatctcacctcc 15473357  T
Q  420 tttttgcagatgatgtgcttctt 442  Q
    | ||||| |||||||| ||||||    
T  15473356 tctttgctgatgatgttcttctt 15473334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 327
Target Start/End: Original strand, 11896994 - 11897295
Alignment:
Q  27 gataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttg 125  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| | ||| || ||||| || |||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  11896994 gataactctattgttttgcaggaaattattcatttcatgaagcactctaaaaggaagaagggttacgtagcttacaagcttgacttggagaaagcttttg 11897093  T
Q  126 acaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccacttt 225  Q
    |||| ||||  | ||| ||||| |     ||||| || || |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||  | | ||     
T  11897094 acaacgtcaactaggatttcctaagcaactgcctccatgattttggatttccgaacatcaccatcaagctcatcatgcattgcgtagcttctcctagtta 11897193  T
Q  226 ctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatg 325  Q
    ||||||  | |||||||  |||||  |||| |  ||||||||| | |||||  || |||||||||||||| | || ||||| || |||||||||||||||    
T  11897194 ctctatactttggaacgggaacaagttgccgcctttcaagccttctcatggcctccgacaaggtgatccgttgtccccttatcttttcatcctttgcatg 11897293  T
Q  326 ga 327  Q
    ||    
T  11897294 ga 11897295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 27 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26432999 - 26432806
Alignment:
Q  27 gataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaag-aaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttg 125  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||| | |||| ||||  || ||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  26432999 gataactctattgttttgcaggaaatttttcatttcatgaagagatcgaagaggaaaaagggtttcgtagctttcaagcttgatctagagaaagcttttg 26432900  T
Q  126 acaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    |||| ||||  ||||| || || |     ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  26432899 acaacgtcaactgggaatttctaagcaactgcctccatgattttgggtttccagacatcaccatcaaactcatcatgcattgtgtctcttcatc 26432806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 116 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 49149980 - 49149802
Alignment:
Q  116 aaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcactt 215  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| ||| ||  ||| || || || ||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||| || ||  |||    
T  49149980 aaagcttttgataatgtcaactgggactttcttcataattgtctgcatgattttggattctcagacattaccatcaaacttattatgcaatgtgtttctt 49149881  T
Q  216 catccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatcc 294  Q
    | |||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||| || ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  49149880 cttccactttctctgttttatggaattgtaacaaattgccgcatttcaagcctactcatggtcttcgacaaggtgatcc 49149802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 11890030 - 11889814
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    |||||||||||||| | || || |||  || |||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||  ||    
T  11890030 ttttgcaggaaattgtacactttatgtagagatctaagaagaagaaaggctatgtagctttcaaacttgacctagagaaagcttttgataatgtcaactg 11889931  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatgg 238  Q
    ||| ||| | | | ||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||  |||||    
T  11889930 ggatttcttaagtgcttgcctccatgactttggtttcccagatattaccataaagctcatcatgcactgtgtcacctcatccactttctccatcctatgg 11889831  T
Q  239 aacgataacaaaatgcc 255  Q
    || |  |||||||||||    
T  11889830 aatgggaacaaaatgcc 11889814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 3659682 - 3659603
Alignment:
Q  263 aagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgc 342  Q
    |||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  3659682 aagcctactcatggtcttcgtcaaggtgatccgctctctccctacctgttcatcctgtgtatggaaaaactctccattgc 3659603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 14623310 - 14623253
Alignment:
Q  90 atgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttcct 147  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||    
T  14623310 atgttgctttcaaacttgatttagagaaagcttttgacaaagtcaattgggatttcct 14623253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 49150071 - 49150034
Alignment:
Q  30 aactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgag 67  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  49150071 aactcaattgttttgcaggaaattgttcatttcatgag 49150034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 55024845 - 55024772
Alignment:
Q  284 caaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagt 357  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  55024845 caaggtgatccgctctcaccatacctcttcatcttatgtatggaaaagctctcaattgccatcaataatgcagt 55024772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 447
Target Start/End: Original strand, 3881551 - 3881982
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa----aatggttatgttgctttcaagctcgatttggag 115  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  3881551 aacttctgataactctattgttttgcaggaaattattcattttatgaagaagtctaagaagaagaagaaaggttatgttgctttcaagctcgatttggaa 3881650  T
Q  116 aaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcactt 215  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  3881651 aaagcatttgataatgtcaaatgggattttcttaattcttgccttcatgagtttgattttccggccatcaccatcaaacttatcatgcattgtgtcacct 3881750  T
Q  216 catccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcat 315  Q
    | ||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||| || ||||| |||||||||||  || |||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  3881751 cctccaccttctctatcttatggaatggtaacaaaatgccgcatttcaaacctacacatggcctccgacaaggtgatccgctttctctttacctcttcat 3881850  T
Q  316 cctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcat 415  Q
     ||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||  |||  |||||| || ||||| ||| |||| || | |||||||||     
T  3881851 tctttgtatggaaaagctatctattgctattaacaatgcggtacatgaaggaaggtggacacctattcaaatcaccaatggaggtccacagatatctcac 3881950  T
Q  416 cttctttttgcagatgatgtgcttcttctcac 447  Q
     | || || |||||||||||||| ||| ||||    
T  3881951 ttactcttcgcagatgatgtgctgcttttcac 3881982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 432
Target Start/End: Original strand, 33803814 - 33804227
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaat-ggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  || | ||| || || ||||| ||  | ||||||    
T  33803814 aacttctgataattccattgttttgcaggaaattattcattacatgagaagatctaagaagaaaaaaggatttgtggcgtttaagcttgaccttgagaaa 33803913  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    || ||||| ||||| |  ||||| || ||||||| |||| | || || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||    
T  33803914 gcctttgataatgttaattgggattttcttaatttttgcttgcaggattttggtttcccagacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcctcat 33804013  T
Q  219 ccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcct 318  Q
    | || | ||||||  | ||||| |  ||||||||||| |  ||||||||| ||||  || ||||||| |||||||| || || || || || || || ||    
T  33804014 ctacatactctatactgtggaatggaaacaaaatgcctcctttcaagccttcacacagtctcagacagggtgatcctctatcaccatatctctttattct 33804113  T
Q  319 ttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatctt 418  Q
    ||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| || ||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||    | |||||| |   ||||||| |||    
T  33804114 ttgtatggagaaactctctctcgctatcagcaacgctgtttttcaaggagattgggaaccaatccaaatcacaggcacagggccccaagtatctcacctt 33804213  T
Q  419 ctttttgcagatga 432  Q
    ||||||||||||||    
T  33804214 ctttttgcagatga 33804227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 113 - 435
Target Start/End: Original strand, 14307713 - 14308035
Alignment:
Q  113 gagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtca 212  Q
    |||||||| ||||| ||||| || |||  ||||||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||    
T  14307713 gagaaagcctttgataatgtaagctggaccttccttcaatcatgccttcaagattttggctttccagatattacaattaagcttatcatgcattgtgtca 14307812  T
Q  213 cttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctatt 312  Q
    | || |||||| |||||||| | ||||| |  ||||| ||||  |  || |||||| | |||||  |||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||    
T  14307813 cctcttccactctctctattctttggaatgggaacaagatgcatccttttaagccttcccatggcctcagacaaggagatcctccctcgccttacctttt 14307912  T
Q  313 catcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatct 412  Q
    |||| |||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||||  || ||  |||||  ||||||||| ||||||||  ||||||  |||||||  ||||||    
T  14307913 catcatttgtatggaaaaactttccatttccatcaacaatgatgtccaataaggagcttgggaaccaatccacatttctaataatgggcctcaaatatct 14308012  T
Q  413 catcttctttttgcagatgatgt 435  Q
     || | || ||||| ||||||||    
T  14308013 gatttactctttgctgatgatgt 14308035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 113 - 435
Target Start/End: Original strand, 14291664 - 14291986
Alignment:
Q  113 gagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtca 212  Q
    |||||||| ||||| ||||| || |||  ||||||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||    
T  14291664 gagaaagcctttgataatgtaagctggaccttccttcaatcatgccttcaagattttggctttccagatattacaattaagcttatcatgcattgtgtca 14291763  T
Q  213 cttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctatt 312  Q
    | || |||||| |||||||| | ||||| |  ||||| ||||  |  || |||||| | |||||  |||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||    
T  14291764 cctcttccactctctctattctttggaatgggaacaagatgcatccttttaagccttcccatggcctcagacaaggagatcctccctcgccttacctttt 14291863  T
Q  313 catcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatct 412  Q
    |||| | || ||||| ||||| || ||| | ||||||||||  || ||  |||||  ||||||||| ||||||||  ||||||  |||||||  ||||||    
T  14291864 catcatctgtatggaaaaactttccatttccatcaacaatgatgtccaataaggagcttgggaaccaatccacatttctaataatgggcctcaaatatct 14291963  T
Q  413 catcttctttttgcagatgatgt 435  Q
     || | || ||||| ||||||||    
T  14291964 gatttactctttgctgatgatgt 14291986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 40 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 54477698 - 54477297
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |  || || |||||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  54477698 ttttgcaggaaataattcatttcataaggagatccaaaagtaagaagggttatgtagcttttaagcttgatttgaaaaaagcttttgacaatgtcaattg 54477599  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatgg 238  Q
    ||| |||||||     |||||||| || || |  || || || ||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||| |  | || |||  | |||    
T  54477598 ggaattccttagcaactgccttcatgatttcgagttccctgacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgtttcatcatcaaaatactttatcctttgg 54477499  T
Q  239 aacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctcta 338  Q
    || |  |||||  | ||    |||||||||||||||||| |  | |||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||    
T  54477498 aatggaaacaagcttccatctttcaagcctacacatggtctgcgccaaggtgatcctttgtccccttatctcttcattctttgcatggaaaatctctcta 54477399  T
Q  339 ttgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttctttttgcagatgatgtgct 438  Q
    ||||||||||    |  ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  54477398 ttgctatcaattcagtcgtcaatcaagggaattgggaaccaatccaaatcacaaatag-gggccccaaatatctcacctcctctttgcagatgatgtgct 54477300  T
Q  439 tct 441  Q
    |||    
T  54477299 tct 54477297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 218 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 15813201 - 15813052
Alignment:
Q  218 tccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcc 317  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  || ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |  | ||||| | ||| |||||||| ||| | || || |    
T  15813201 tccactttttctattttatggaatggaaataaattgcctcagttcaagccaacacatggtcttcgtcaagggggtcctctctctccatacatgtttattc 15813102  T
Q  318 tttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaagga 367  Q
    |||||||||||||||||||| | || || || ||||||||| ||||||||    
T  15813101 tttgcatggagaaactctctttggcaattaataatgcagtgaatcaagga 15813052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24133534 - 24133366
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaatgg-ttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||| || || || | ||||||| || ||| | || ||||| ||||| ||||| |  ||    
T  24133534 ttttgcaggaaataattcatttcatgagaagatcaaaaaagaaaaaggattttgctactttcaaacttgatcttgaaaaagcgtttgataatgttaactg 24133435  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattg 207  Q
    ||  |||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24133434 ggctttccttaaatcttgccttcacgactttggcttcccagacatcaccattaagcttatcatgcattg 24133366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 46784783 - 46784422
Alignment:
Q  24 tctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaag--aagaaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagct 121  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| ||| ||| |||  || |||| || |  || |||||||| || ||  | || ||||||    
T  46784783 tctgacaactctattgttttgcaggaaattgttcacttcatgtggagatccaagcgaaaaaaaaggcttcgtcgctttcaaacttgaccttgaaaaagct 46784684  T
Q  122 tttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatcca 221  Q
    || || ||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||      ||||||||| || ||||||||||| || || ||||| |    
T  46784683 ttcgataatgtaaattgggagttccttaattcttgtcttcatgattttgggtttcctagcgccaccatcaagctcatcatgcattgtgttacgtcatcaa 46784584  T
Q  222 ctttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttg 321  Q
    |||||||  |  | ||||| |  || ||| |||| |  ||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  46784583 ctttctccgtcctttggaatggaaataaattgccgcctttcaaacctactcatggccttagacaaggtgatcctctatctccctacctcttcatcctttg 46784484  T
Q  322 catggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatcc 383  Q
    |||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||   ||||||  ||||||| |||||||    
T  46784483 catgaaaaaactttctcttgccatcaataatgccgtcattcaaggggattgggaccctatcc 46784422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 7587792 - 7587605
Alignment:
Q  167 tttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagc 266  Q
    ||||| || ||||| || |||| |||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||  | || ||||| ||||    
T  7587792 tttggcttcccagacattaccaacaaactcattatgcactgtgtcacttcatctactttctcagttttatggaatggtaacaagcttccgcagtttaagc 7587693  T
Q  267 ctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgc 354  Q
    | || |||||| |  | || ||||| || ||||||||||| || |||||| | || ||||| || |||||||| || |||||||||||    
T  7587692 caactcatggtcttcgccagggtgaccctctctctccttatctcttcatcttgtgtatggaaaagctctctatcgccatcaacaatgc 7587605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 207
Target Start/End: Original strand, 48848015 - 48848198
Alignment:
Q  25 ctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaa-atggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttt 123  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||| | ||| |||||| | |   | ||||||||| |||||||| | ||||||||  | ||| | |||||||| ||    
T  48848015 ctgacaacacaattgttttgcaggaaatcactcacttcatgcgcaggacaaagaagaaagatggttatatggctttcaaaattgatcttgagaaagcctt 48848114  T
Q  124 tgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattg 207  Q
    ||| |||||||  ||||| || || |  ||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||| ||||| || |||||||||||    
T  48848115 tgataatgtcaattgggattttctcagatcttgtcttcaagattttggattcccagatgccacaatcaatctcatcatgcattg 48848198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 21 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 6641326 - 6640905
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaaga-agaaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  | ||| || | | |||| || ||||| ||||||||||| ||  |||| ||||    
T  6641326 acttatgataactcaattattttgcaggaaattgtccattttatgaaaagatccaaaagaaaaaagggctatgtagctttcaagcttgacctggaaaaag 6641227  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    ||||||| ||||| |  ||| | ||||| || ||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | ||| |    
T  6641226 cttttgataatgttaattggaagttcctcaactcttgtctccatgactttggttttccggatatcacaatcaagcttatcatgtattgtgtctcctcagc 6641127  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctt 319  Q
    ||||| |||| | ||||||||||  ||||||||| |||  |||||||| || |||||  || || ||||||||||||||||||| ||||| |||||  |     
T  6641126 cacttactctctcttatggaacggaaacaaaatgtcccctttcaagcccactcatggcctccgaaaaggtgatccgctctctccctacctcttcattatg 6641027  T
Q  320 tgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttc 419  Q
    |||||||| ||||| ||  ||| |||  |  |||  || | |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| || |    
T  6641026 tgcatggaaaaactttcagttgatattcatgatgttgttcttcaaggaagttgggaaccaatccacatcacaaataacgggcctcagatatctcacctgc 6640927  T
Q  420 tttttgcagatgatgtgcttct 441  Q
    | ||||  |||||||| |||||    
T  6640926 tctttgttgatgatgttcttct 6640905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 381
Target Start/End: Original strand, 31814570 - 31814843
Alignment:
Q  107 gatttggagaaagcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcatt 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||  ||| ||| || ||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| || ||||||||||    
T  31814570 gatttggagaaagctttcgacaatgttaattgggatttcctccatttttgtctccaagactttggcttcccatacatcactatcaagctcatcatgcatt 31814669  T
Q  207 gcgtcacttcatccactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctcctta 306  Q
    | ||  | ||||| ||||| |||||  | ||||| | ||||||||||||||| || |||||  | |||||| ||||||||||||||  | || |||||||    
T  31814670 gtgtttcctcatctactttttctatcctttggaatggtaacaaaatgcccca-tttaagccctctcatggtctcagacaaggtgatttgttcactcctta 31814768  T
Q  307 cctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctat 381  Q
    | | |||||||| | ||||||||| || |||||| | ||  ||||||  || ||||| || |||||||| |||||    
T  31814769 catgttcatcctctacatggagaagctatctattaccattgacaatgttgttcatcatggtaattgggagcctat 31814843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 448
Target Start/End: Original strand, 7816972 - 7817400
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaag 119  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| |   ||||| | ||| || || | ||| || ||||| || ||  |||| ||||    
T  7816972 acttcagataactctattgttttgcaggaaattttgcatttcatgaagcggtctaaaaggaagaaggggtttgtagcattcaaacttgacctggaaaaag 7817071  T
Q  120 cttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatc 219  Q
    |||| ||||| ||||  ||||| ||||||| ||| ||||| || || ||||| || || || ||||| ||||| || ||||||||||| ||  | || ||    
T  7817072 ctttcgacaacgtcaattgggatttccttagttcgtgcctccatgattttggtttccctgacatcacaatcaagctcatcatgcattgtgtatcatcctc 7817171  T
Q  220 cactttctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctt 319  Q
    ||  | ||||||||||||||| |  |||||| | ||    ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||| |||    
T  7817172 caactactctattttatggaatgggaacaaacttccttctttcaagcctactcatggtctcagacagggtgaccctttatctccttaccttttcattctt 7817271  T
Q  320 tgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacatcactaatagagggcctcggatatctcatcttc 419  Q
    |||||||| || || | | ||||||| |     || ||  ||||| | |  ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||      
T  7817272 tgcatggaaaagctatatgttgctattagtgccgccgtcaatcaaaggagatgggatccgatccaaatcacaaatagggggcctcggatatctcatctat 7817371  T
Q  420 tttttgcagatgatgtgcttcttctcact 448  Q
    |||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  7817372 tttttgtagatgatgtcctccttttcact 7817400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 84
Target Start/End: Original strand, 23944854 - 23944918
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaaaa 84  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  23944854 aacttctgataattccattgttttgcaggaaattattcattacatgagaagatctaagaagaaaa 23944918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 260 - 390
Target Start/End: Original strand, 23945076 - 23945206
Alignment:
Q  260 ttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgc 359  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||| || || || || || || || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || ||      
T  23945076 ttcaagccttcacacggtctcagacagggtgatcctctatcaccatatctctttattctttgtatggagaaactctctctcgctatcaacaacgctgttt 23945175  T
Q  360 atcaaggaaattgggaacctatccacatcac 390  Q
     ||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  23945176 ttcaaggagattgggaaccaatccaaatcac 23945206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 23620691 - 23620568
Alignment:
Q  260 ttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaacaatgcagtgc 359  Q
    |||||||| || |||||| ||||||||||||||  | | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||| |||| ||||| ||||| || |    
T  23620691 ttcaagcccactcatggtctcagacaaggtgatatgttgtctccctacctattcattctttgtatggaaaatctttctcttgccatcaataatgccgtcc 23620592  T
Q  360 atcaaggaaattgggaacctatcc 383  Q
      ||| || ||||||| |||||||    
T  23620591 tccaacgacattgggatcctatcc 23620568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 257 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 5864828 - 5864788
Alignment:
Q  257 cagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgct 297  Q
    |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  5864828 cagttcaagcctactcatggtctgagacaaggtgatccgct 5864788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 351
Target Start/End: Original strand, 26587083 - 26587395
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    ||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| |  ||    
T  26587083 ttttgcaggaaattgctcactttatgaggaaatctaagaggaagaaaggctatgttgctttcaagcttgatcttgagaaagcatttgacaatgttaactg 26587182  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatgg 238  Q
    ||| || |||||| |||| ||||| || || |||||||| ||   | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||  | ||     
T  26587183 ggagtttcttaatacttgtcttcatgatttcggatttcctgacgccgccatcaaactcatcatgcattgcgtcacttcatctaccttcaccatcctttga 26587282  T
Q  239 aacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctcta 338  Q
    || | ||||||| ||||||  ||||||||||| |||||  || |||||||||| ||  | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||     
T  26587283 aatggtaacaaattgccccccttcaagcctactcatggcctccgacaaggtgacccattgtctccctacctcttcattctttgtatggagaaactttctc 26587382  T
Q  339 ttgctatcaacaa 351  Q
    | || ||||||||    
T  26587383 tggccatcaacaa 26587395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 23132886 - 23132585
Alignment:
Q  27 gataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttg 125  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| | ||| || ||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| |    
T  23132886 gataactctattgttttgcaggaaattattcatttcatgaagcactctaaaaggaagaagggttacgtagcttacaagcttgacttggagaaagctttcg 23132787  T
Q  126 acaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccacttt 225  Q
    |||| ||||  ||||| ||||| |     ||||| || || |||||||||||  | |||||||||||  | ||||||||||||||  ||||  | | ||     
T  23132786 acaacgtcaactgggatttcctaagcaactgcctccatgattttggatttccgaacatcaccatcaagttcatcatgcattgcgtagcttctcctagtta 23132687  T
Q  226 ctctattttatggaacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatg 325  Q
    ||||||  | |||||||  |||||  |||| |  ||||||||| | |||||  || ||||||||||| || | || ||||| || |||||||||||||||    
T  23132686 ctctatactttggaacgggaacaagttgccgcctttcaagccttctcatggcctccgacaaggtgatacgttgtccccttatcttttcatcctttgcatg 23132587  T
Q  326 ga 327  Q
    ||    
T  23132586 ga 23132585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 231
Target Start/End: Original strand, 38348306 - 38348518
Alignment:
Q  20 aacttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaag-aaaatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaa 118  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||  |||||| ||||| || ||| |||| |||| ||||||||||||  | ||| | || |||    
T  38348306 aacttctgataattctattattttgcaggaaattgtccatcacatgagaaaatcaaaaaagaaaaaaggttgtgttgctttcaaaatggatctagaaaaa 38348405  T
Q  119 gcttttgacaatgtcagatgggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcat 218  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || ||  ||  |||| |  |||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||     
T  38348406 gcttttgataatgtcaactgggaatttctccatcattgcttgaaagatttcggttttccagacatcaccatcaagctcatcatgcattgtgttacctcac 38348505  T
Q  219 ccactttctctat 231  Q
    |||| ||||||||    
T  38348506 ccaccttctctat 38348518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 350
Target Start/End: Original strand, 13030270 - 13030372
Alignment:
Q  248 aaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatca 347  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||   | ||||| || || || || ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  13030270 aaaatgcctctgttcaagccgacacatgacctaagacagggggaccccctatctccttacatattcatcctttgcatggaaaatctctctattgccatca 13030369  T
Q  348 aca 350  Q
    |||    
T  13030370 aca 13030372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 129
Target Start/End: Original strand, 26973296 - 26973402
Alignment:
Q  24 tctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagctt 122  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| || || | ||| |||||||| || ||  |||| |||||||    
T  26973296 tctgataactccattgttttgcaggaaataattcatttcatgaggagatccaaaaagaagaaggggtttgtagctttcaaacttgacctggaaaaagctt 26973395  T
Q  123 ttgacaa 129  Q
    |||||||    
T  26973396 ttgacaa 26973402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 82
Target Start/End: Original strand, 14759762 - 14759823
Alignment:
Q  21 acttctgataactcaattattttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa 82  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||    
T  14759762 acttctgataactccattgttttgcaggaaataattcatttcatgaggagatccaaaaagaa 14759823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 387
Target Start/End: Original strand, 8823 - 9171
Alignment:
Q  40 ttttgcaggaaattattcatttcatgaggaaatctaagaagaa-aatggttatgttgctttcaagctcgatttggagaaagcttttgacaatgtcagatg 138  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | | ||| |||||||| || || || || ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||    
T  8823 ttttgcaggaaattattcactacatgcgaagatccaagaagaagaaaggatacgtggcttttaagatcgatttagagaaagcttttgataatgttaactg 8922  T
Q  139 ggacttccttaattcttgccttcaagagtttggatttccagatatcaccatcaaacttatcatgcattgcgtcacttcatccactttctctattttatgg 238  Q
    ||| || ||    |||||||||   || ||||| || || |||| ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||  ||||||||| | |||    
T  8923 ggattttctccgatcttgcctttgtgattttggcttcccggataccaccatcaagctcatcatgcattgcgttacctcatccagattctctattctttgg 9022  T
Q  239 aacgataacaaaatgccccagttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctcta 338  Q
    || | ||| |   |||| |  ||| ||||| | |||||  |||  || |||||||| || || || ||||| || || ||||||||||||||||| |||     
T  9023 aatggtaataggctgcctcctttcgagccttctcatggcctcacgcagggtgatccactttccccgtacctttttatactttgcatggagaaactttctt 9122  T
Q  339 ttgctatcaacaatgcagtgcatcaaggaaattgggaacctatccacat 387  Q
      || ||||||||||| || ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  9123 cagccatcaacaatgccgtccatcagggtagctgggaacctatccacat 9171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 348
Target Start/End: Original strand, 75984 - 76072
Alignment:
Q  260 ttcaagcctacacatggtttcagacaaggtgatccgctctctccttacctattcatcctttgcatggagaaactctctattgctatcaa 348  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | | | || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  75984 ttcaagcctactcatggtctcagacaaggtgaccagttgtccccttatcttttcatcctttgcatggaaaagctctctgttgctatcaa 76072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University