View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10559_low_6 (Length: 426)

Name: NF10559_low_6
Description: NF10559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10559_low_6
NF10559_low_6
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (225-404)||(52549348-52549517)
chr1 (130-404)||(15594631-15594917)
chr1 (130-186)||(52549297-52549353)
chr1 (165-403)||(34467108-34467358)
chr1 (78-127)||(52549211-52549260)
chr1 (130-203)||(4678842-4678915)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (130-404)||(7541823-7542109)
chr2 (130-404)||(14703005-14703291)
chr2 (130-404)||(12258866-12259152)
chr2 (130-400)||(11999009-11999290)
chr2 (130-400)||(12245691-12245973)
chr2 (130-280)||(12234422-12234572)
chr2 (46-127)||(7542155-7542236)
chr2 (282-390)||(16662441-16662549)
chr2 (46-127)||(12245564-12245645)
chr2 (306-400)||(43625013-43625107)
chr2 (49-123)||(14703341-14703415)
chr2 (130-256)||(16662277-16662403)
chr2 (46-127)||(11999336-11999417)
chr2 (46-127)||(12234618-12234699)
chr2 (130-280)||(43625145-43625295)
chr2 (46-127)||(12258739-12258820)
chr2 (46-127)||(16657675-16657756)
chr2 (298-340)||(5446234-5446276)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (130-404)||(35132053-35132340)
chr4 (130-390)||(30774863-30775135)
chr4 (55-127)||(35132386-35132458)
chr4 (192-271)||(23588080-23588159)
chr4 (192-271)||(23596932-23597011)
chr4 (46-94)||(54396385-54396433)
[»] chr7 (29 HSPs)
chr7 (130-403)||(6789110-6789395)
chr7 (130-256)||(17267696-17267822)
chr7 (130-386)||(27831160-27831428)
chr7 (130-386)||(17259856-17260124)
chr7 (130-403)||(8575924-8576209)
chr7 (130-388)||(8545246-8545516)
chr7 (130-256)||(8570068-8570194)
chr7 (130-256)||(8616438-8616564)
chr7 (145-269)||(8601718-8601842)
chr7 (130-379)||(8581322-8581583)
chr7 (141-259)||(8383172-8383290)
chr7 (193-259)||(8590392-8590458)
chr7 (180-255)||(7878068-7878143)
chr7 (130-265)||(8585991-8586126)
chr7 (282-377)||(29582290-29582385)
chr7 (288-385)||(29578127-29578224)
chr7 (160-259)||(8537790-8537889)
chr7 (130-189)||(8659187-8659246)
chr7 (192-274)||(8102406-8102488)
chr7 (293-379)||(27846566-27846652)
chr7 (217-282)||(8636715-8636780)
chr7 (306-398)||(3146867-3146959)
chr7 (160-256)||(8609674-8609770)
chr7 (309-388)||(10494850-10494929)
chr7 (298-400)||(8590239-8590341)
chr7 (306-386)||(17267554-17267634)
chr7 (309-388)||(13333844-13333923)
chr7 (312-388)||(8667032-8667108)
chr7 (282-346)||(39985301-39985365)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (130-404)||(43744413-43744699)
chr8 (139-364)||(12528141-12528378)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (130-404)||(28219515-28219801)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 225 - 404
Target Start/End: Original strand, 52549348 - 52549517
Alignment:
Q  225 gttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggctt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52549348 gttgtccttgttggtgggtcttctaggtttcccaatgtacaa----------aggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtagctt 52549437  T
Q  325 atggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549438 atggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 52549517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 15594917 - 15594631
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| | ||||| || ||| ||||| ||||    
T  15594917 ttgaagaaatcaacatggacttttttaaggattgtatgaagatagttgagagttgtcttgatgatgctaagatgaataagagtagtgtaaatgatattgt 15594818  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||             ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| |    
T  15594817 cattgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggct 15594718  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  || | ||||||||||| |||||| | || |||||| |||||    
T  15594717 gttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtgaaggttttaaaaatgttccaaacttggtgatacaagatgttgcacct 15594631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 130 - 186
Target Start/End: Original strand, 52549297 - 52549353
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtc 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549297 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtc 52549353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 403
Target Start/End: Original strand, 34467108 - 34467358
Alignment:
Q  165 atgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtac 264  Q
    |||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||  |||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| || |    
T  34467108 atgaggattgttgtgagttgtcttgttgatgctaagatggacacgagtagtgtgcatgatgctgtccttgtcgggggctcttctaggattcccaaagtgc 34467207  T
Q  265 aacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgtt 352  Q
    | || || || | ||||            |||||  | |||||  |||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || ||||| |||||    
T  34467208 agcagctattgcgggactttttcaatggtaaggatctatgcaatagcatcaaccctgatgaggctgtcgcttatgtcgcagctgtgcaagctgctttgtt 34467307  T
Q  353 gagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacc 403  Q
    |||| ||||| || | ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  34467308 gagtaaaggctttaacaatgttccaaacttggtgctgcgagatgttacacc 34467358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 127
Target Start/End: Original strand, 52549211 - 52549260
Alignment:
Q  78 caaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549211 caaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 52549260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 203
Target Start/End: Original strand, 4678842 - 4678915
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatg 203  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | | |||| | |||||||||| |||| | ||||||    
T  4678842 ttgaggaaattaatatggaccttttcaacgagtgtatggaaactgttaagagttgtcttagtgattcaaagatg 4678915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 7542109 - 7541823
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7542109 ttgaggagatgaatatggatctttttaacgagtgtatgacgattgttggaagctgtcttattgatgctaatatggacaagagcatgatagatgatgttgt 7542010  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||  ||||| || || ||| |||||            ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  7542009 ccttgtcggcgggtcttcgaggattcccatagtacatcagctattaaaggactttttcaatggaaaggacttgtgcaagagcattaatcctgatgaggct 7541910  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7541909 gttgcttatggggcagctgttcaggctgcattgttgagtggaggcgttaagaacgctccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 7541823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14703291 - 14703005
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  14703291 ttgaagaaatgaatatggacttttttaatgagtgtgtgaagattgttgagagttgtcttattgatgctaagatggacaagagtagagtagatgatgttgt 14703192  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||||            ||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |    
T  14703191 tcttgtcggtgggtcttctcggattcccaaagtacagcaattattacaggactttttccaggggaaggagttgtgcaacagcattaaccctgatgaagct 14703092  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  14703091 gtagcttatggggcagctgttcaggctgctttgttgagtgaagacgtcaagaatgttccgaagttggtgcttcaggatattacacct 14703005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Original strand, 12258866 - 12259152
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| || || || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| | ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  12258866 ttgaggaaataaatttggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttacggatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgt 12258965  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------caagg------agttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| || || || || ||||||||      |||||      ||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12258966 ccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggct 12259065  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||| ||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12259066 gtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggagctgcaggatgttacacct 12259152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 130 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11999290 - 11999009
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||| ||||| | || ||| |||| || ||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||    
T  11999290 ttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgatgttgt 11999191  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||            ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |    
T  11999190 acttgttggtggatcttctaggat-cccaaagtccaacagctattacatgactttttcaacgggaaggagttgtgcaagagcattaaccctgatgaggct 11999092  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttac 400  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||   || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11999091 gtagcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtgaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttac 11999009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 400
Target Start/End: Original strand, 12245691 - 12245973
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||| ||||| | || ||| |||| || ||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||| ||||    
T  12245691 ttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgattttgt 12245790  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||            ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||| |    
T  12245791 acttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaaggaattgtgcaagagcattaaccctgacgaggct 12245890  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttac 400  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||   || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  12245891 gttgcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtaaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttac 12245973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 130 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 12234572 - 12234422
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  12234572 ttgaggaaatgaatatggatcttcttattgagtgtatgaagattgttgagagttgtcttagtgatgctaagatggacaaaagtagggtggatgaagttgt 12234473  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga 280  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||    
T  12234472 ccttattggcgggtcctctaggattcccaaagtgcagcaactattgcagga 12234422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 7542236 - 7542155
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7542236 ttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcactttctttccttgttgttgccactattgaggtagattctt 7542155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 282 - 390
Target Start/End: Original strand, 16662441 - 16662549
Alignment:
Q  282 aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagt 381  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || |||||  ||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  16662441 aaggagttgtgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagctgctgtgttgagtgaaggcattaaggatgttccaaact 16662540  T
Q  382 tggtgctgc 390  Q
    |||||||||    
T  16662541 tggtgctgc 16662549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 12245564 - 12245645
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  12245564 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactttcgtttcttgttgttgcaactattgaggtagattctt 12245645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 306 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 43625107 - 43625013
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttac 400  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||  | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  43625107 cctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctattttgagtaaaggcattaagaatgttccaaaattggtgctgcgagatgttac 43625013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 14703415 - 14703341
Alignment:
Q  49 aggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagat 123  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||    
T  14703415 aggagcttgagaaccgcttgcgagagggcaaaaagaacactttctttccaagttgtcgccactattgaggtagat 14703341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Original strand, 16662277 - 16662403
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || | ||| | |||||||||||| |  | ||| ||||| ||||    
T  16662277 ttgaagaaatcaatatgggcctttttaacgagtgtatgaagattgttgagagttgttttgtggattcaaagatggacaaggggggtgtacatgatattgt 16662376  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
     ||||| || || || |||||||||||    
T  16662377 tcttgtcgggggctcgtctaggattcc 16662403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 11999417 - 11999336
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  11999417 ttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactatcatttcttgttgttgcaactattgaggtagattctt 11999336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 12234699 - 12234618
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| || | |||||| ||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  12234699 ttgaggaggttaagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcattgtctttccttgttgttgcaaccattgaggtagattctt 12234618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 43625295 - 43625145
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| | |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||     |  | ||||||||    
T  43625295 ttgatgaaataaatatggatcttttcaacgagtgtttgaaaactgttaagagttgtcttattgatgccaagttggacaagagtgctatccacgatgttgt 43625196  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga 280  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| || ||| |||| ||||| |||||    
T  43625195 ccttgttggcggctcctctagaattccaaaagtaaaacagctgttgcagga 43625145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 12258739 - 12258820
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||| |||||||||   ||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  12258739 ttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctt 12258820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 16657675 - 16657756
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| | | ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  16657675 ttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgttgaggtagattctt 16657756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 298 - 340
Target Start/End: Original strand, 5446234 - 5446276
Alignment:
Q  298 gcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttca 340  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  5446234 gcattaatcctgatgaagctgtggcttatggcgccgctgttca 5446276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 35132340 - 35132053
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagc-agggtagatgatgttg 228  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||| |  || || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35132340 ttgaggaaatgaatgcagacctttttaatgagtgtatgaataccgtagagagttgtctcattgatgctaagatggacaagagcaagggtagatgatgttg 35132241  T
Q  229 tccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggt 316  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| || || || || || ||  ||            ||||||||||||||| ||||||| || |||||||     
T  35132240 ttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaaccccgatgaggc 35132141  T
Q  317 tgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  35132140 tgtagcttatggggcagcagttcaggctgctttgttgagtaaaggcataaaaaatgttccaaagttggtgttacaggatgttacacct 35132053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 30775135 - 30774863
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||| |||||||||| |||| | ||| | |||||||| || ||||||||| ||||    
T  30775135 ttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtatacagactgttgagagttgtcttactgattcaaaggtagacaagagtagtgtagatgatattgt 30775036  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttac------------aggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  |||| || |            | |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||      
T  30775035 tcttgtcggtggttcttctaggattcccaaagtgcaggaactattgcgtaatttcttcaatgggaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggca 30774936  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgc 390  Q
    || ||| | || |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  30774935 gttgctcacggggcagctgtccaggctgctctattgagtgaaggcattaagaatgccccaaagttggtgctgc 30774863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 35132458 - 35132386
Alignment:
Q  55 ttgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  35132458 ttgagaactgcctgctagagggcaaagagatcactttctttccttgttgttgccaatattgaagtagattctt 35132386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 23588080 - 23588159
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaact 271  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  23588080 gatgctaagatggataagaacagtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaact 23588159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 23596932 - 23597011
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaact 271  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||| || ||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  23596932 gatgctaagatggataagaacagtgttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaact 23597011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 54396433 - 54396385
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctt 94  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||    
T  54396433 ttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttctt 54396385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 29)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 130 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6789395 - 6789110
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  6789395 ttgaggaaatcaatatggatatttttaatgagtgtatgaagaccgttgagagttgtcttgttgacgctaagatggacaagagtattgtaaatgatgttgt 6789296  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttaca------------ggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||            ||  ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| |    
T  6789295 ccttgttggtgggtcttctagaattcccaaagtgcaacaactattgcaagaagttttcatgggaaaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggct 6789196  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacc 403  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||  | ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  6789195 gttgcttacggtgcagctgtccaggctgctttgttgagcgaaggctctaagagtgttccaaacttggtgctgcaagatgttacacc 6789110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 17267822 - 17267696
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  17267822 ttgaggaaatcaatatggacctttttgatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgt 17267723  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  17267722 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 17267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 386
Target Start/End: Original strand, 27831160 - 27831428
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||| |||||| |||||||| | |||  |||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  27831160 ttgaggaaatcaatatggaccttttcaatgaatgtatggagactgttgagagttgtctcactgactctaagatggacaagagtagtatagatgatgttgt 27831259  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||   ||||            ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  27831260 ccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattggcggactttttcaagggaaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggct 27831359  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    || |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||||||| ||||||    
T  27831360 gttgcttttggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattatgaatgttccaaacttggtg 27831428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 17260124 - 17259856
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||| ||||| |||||| |||||||||||  | |||||||||||    
T  17260124 ttgaagaaatcaatatggaccttttttatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatggtaagattgacaagagcagaattgatgatgttgt 17260025  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| || |||||             ||||| || |||||| |||| || |||||||||| |    
T  17260024 ccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggct 17259925  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| | || |  ||||||||||||| ||||||    
T  17259924 gttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttggtg 17259856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 8576209 - 8575924
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||||| | |||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  8576209 ttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatgaatactgttaatatttgtcttgctgatgctaagatggacaagaatagtgtagatgatgttgt 8576110  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || || ||| |||| || |||||||||| |    
T  8576109 ccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaaccctgatgaggct 8576010  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacc 403  Q
    || |||||||| || | ||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| | |  |||||||||||    
T  8576009 gttgcttatggtgctgttgtccaagctgctttgttgagtgaaggcagtaagaatgttccaaacttggtgttacgagatgttacacc 8575924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8545516 - 8545246
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||| |  |||||||| | | |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  8545516 ttgagcaattgaatatggacctctttgaaaagtgtatggacactgttaattgttgtcttgttgatgctaagatggacaagggtagtgtagatgatgttgt 8545417  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| |    
T  8545416 ccttgttggcggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagttttttaaggggaaggaattatgcaagagcattaaccctgatgaggct 8545317  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgct 388  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | ||||||| |||||  |||||||    
T  8545316 gttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgctgagtgaagacaataagaatgtcccaaacatggtgct 8545246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8570194 - 8570068
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||| | | |||| | |||||||||  ||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  8570194 ttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatggaaactgttaatagttgtcttgctgatgctaagatggaaaagaatagtgtagatgatgttgt 8570095  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  8570094 ccttgttggtggttcttctaggattcc 8570068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8616564 - 8616438
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| ||| |||| ||||||| || ||||| || ||||||||| ||||    
T  8616564 ttgaggaaatcaatatggacctttttaacgagtgtataaagactgttgagagttgttttaatgattctaagatagagaagagtagtgtagatgatattgt 8616465  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
     ||||| ||||| || |||||||||||    
T  8616464 tcttgtcggtggctcgtctaggattcc 8616438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 145 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8601842 - 8601718
Alignment:
Q  145 tggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtc 244  Q
    ||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| || || ||||||| |||||||||||| || ||    
T  8601842 tggacctctttaagaagtgtatagagactgttgaaagttgtcttagtgatgctcagatcgaaaagagtagtgtggatgatgctgtccttgttggcggttc 8601743  T
Q  245 ttctaggattcccaatgtacaacaa 269  Q
    ||||||||||||||| || ||||||    
T  8601742 ttctaggattcccaaagtgcaacaa 8601718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8581583 - 8581322
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||| |  |||||||| | | |||| | |||||||||   |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||    
T  8581583 ttgagcaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatggacactgttaatagttgtcttgccgatgctaagatggacaggggtagtgtagatgatgttgt 8581484  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || |||||| |||| || |||||||||| |    
T  8581483 ccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggct 8581384  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaa 379  Q
    || |||||||| || ||| |||||||||| ||| | |||||||||||| ||| |||||||||    
T  8581383 gttgcttatggtgctgctattcaggctgctttggttagtgaaggcattaagagtgttccaaa 8581322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 259
Target Start/End: Original strand, 8383172 - 8383290
Alignment:
Q  141 aatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtg 240  Q
    ||||||||||| ||| |  |||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||  | ||||    
T  8383172 aatatggacctatttgaaaagtgtatggagactgttgagagctgtcttactgatgctaagatgaacaagagtagtgtagatgatgttgttctcatcggtg 8383271  T
Q  241 ggtcttctaggattcccaa 259  Q
    | ||||| |||||||||||    
T  8383272 gttcttcgaggattcccaa 8383290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 193 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8590458 - 8590392
Alignment:
Q  193 atgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaa 259  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8590458 atgctaagatggacaagaacattgtagatgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaa 8590392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 180 - 255
Target Start/End: Original strand, 7878068 - 7878143
Alignment:
Q  180 agttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattc 255  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  7878068 agttgtcttactgatgctatgatggacaagaacaatgtagatgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattc 7878143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 265
Target Start/End: Original strand, 8585991 - 8586126
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||  ||| ||||||| || ||||   | ||||| ||| ||||    
T  8585991 ttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtataaatactgttgagagttgtcttaccgattctaagatagagaagaatggtgtagacgatattgt 8586090  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtaca 265  Q
    |||||| ||||| || || || |||||||| |||||    
T  8586091 ccttgtcggtggctcgtccagaattcccaaagtaca 8586126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 282 - 377
Target Start/End: Original strand, 29582290 - 29582385
Alignment:
Q  282 aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttcca 377  Q
    ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  29582290 aaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgctgattgaaggcattgagaatgttcca 29582385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 385
Target Start/End: Original strand, 29578127 - 29578224
Alignment:
Q  288 ttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggt 385  Q
    ||||||| | |||| || ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  29578127 ttgtgcatgagcataaaccctgacgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgattgatggcattaagaatgttccaaatttggt 29578224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8537889 - 8537790
Alignment:
Q  160 agtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaa 259  Q
    |||||||||| | |||| | |||||| ||| |||||||||||||||||  || ||  | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  8537889 agtgtatgaaaactgttaagagttgttttaatgatgctaagatggacagtagtagtatggatgatgttgtactagttggtggctcttctaggattcccaa 8537790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8659246 - 8659187
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtctta 189  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  8659246 ttgaggaaatgaatatggatctttttaatgagtgtatgaaaactgttgagagttgtctta 8659187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 192 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 8102488 - 8102406
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgtt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || || ||||||||    
T  8102488 gatgctaagatggacaagagcacagttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgtt 8102406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 379
Target Start/End: Original strand, 27846566 - 27846652
Alignment:
Q  293 caagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaa 379  Q
    |||| |||| || |||||||||| ||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  27846566 caagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttttggagcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattaagaatgttccaaa 27846652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 282
Target Start/End: Original strand, 8636715 - 8636780
Alignment:
Q  217 tagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggaca 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||    
T  8636715 tagatgatgttgtccttgttggtggctcctctaggattccaaaggtgcagcaactattacaggaca 8636780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 306 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 3146959 - 3146867
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgtt 398  Q
    ||||||||||  || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| | || | ||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  3146959 cctgatgaggccgttgcttatggtgcagctgtgcaagctgctttgttgagtgaagactttaaaaatgttccaaacttggtggtgcaagatgtt 3146867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8609770 - 8609674
Alignment:
Q  160 agtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||  |  |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  8609770 agtgtatggagacggttgaaagatgtcttactgatgctgaaatggataagaaaaccgtagatgatgttgttcttgttggaggttcttctaggattcc 8609674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 388
Target Start/End: Original strand, 10494850 - 10494929
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgct 388  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| || ||||||| || || ||||||||    
T  10494850 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccgaacttggtgct 10494929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8590341 - 8590239
Alignment:
Q  298 gcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgt 397  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |  |||| || ||| |||||||||| || |||||||| || |||||    
T  8590341 gcatcaatccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctttgctttgtgatgggattaagaatgttcctaatttggtgctacaagatgt 8590242  T
Q  398 tac 400  Q
    |||    
T  8590241 tac 8590239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 17267634 - 17267554
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| | || |  ||||||||||||| ||||||    
T  17267634 cctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttggtg 17267554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 388
Target Start/End: Original strand, 13333844 - 13333923
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgct 388  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| || ||| ||| || || ||||||||    
T  13333844 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagactgtcccgaacttggtgct 13333923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 312 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8667108 - 8667032
Alignment:
Q  312 gaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgct 388  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||  | ||||||| || || ||||||||    
T  8667108 gaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctgtaagaatgtccccaacttggtgct 8667032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 39985365 - 39985301
Alignment:
Q  282 aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgc 346  Q
    |||||| | |||||| |||| ||||||||||||| ||| || ||||| || ||||||||||||||    
T  39985365 aaggagctatgcaagagcataaatcctgatgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgc 39985301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 43744699 - 43744413
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||| || || || |||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    || ||||||||||    
T  43744699 ttgaggaaatcaatatggatctcttcaacgagtgtttgaaaattgttgagagttgtcttactgatgccaagatggacaagagcgctatacatgatgttgt 43744600  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||             ||||| ||||| |||  |||||| ||||||||||      
T  43744599 tcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaactattgcaggaattttttgcagggaaggatttgtgtaagaacattaaccctgatgaggca 43744500  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | || ||||||||  |||||||||| |||||| |||||    
T  43744499 gttgctattggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccaaacgtggtgctgcaagatgttgcacct 43744413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 139 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 12528378 - 12528141
Alignment:
Q  139 tgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttgg 238  Q
    ||||||||||||| ||| |  |||||||| |||  |||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  12528378 tgaatatggacctctttgaaaagtgtatggagaccgttgaaagttgtttgaccgatgctaagatggacaagagtagtgtagatgatattgtacttgttgg 12528279  T
Q  239 tgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttat 326  Q
    ||| || |||||||||||||| ||  | || || || |||||            ||||||||| | |||| |||| || |||||||||| ||| ||||||    
T  12528278 tggctcgtctaggattcccaaagtgaagcagctattgcaggagtttttcaagggcaaggagttatacaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttat 12528179  T
Q  327 ggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcat 364  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12528178 ggtgccgctgttcaggctgctttgttgagtgaaggcat 12528141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 130 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 28219801 - 28219515
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| | |||||| || ||||| | |||||| || |||||||||||    ||| | ||||||||    
T  28219801 ttgaggaaatcaatatggatcttttcaatgagtgtttgaaaactgttgagaggtgtctcactgatgccaatatggacaagagggctgtacacgatgttgt 28219702  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||  | |||||             ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||| |    
T  28219701 tcttgttggaggctcctctagaattccaaaagtacaacaactactgcaggaattttttggagggaaggaattgtgtaagagcattaaccctgatgaggct 28219602  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacct 404  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28219601 gttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccgaagttggtgctgcaagatgttacacct 28219515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University