View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10560_low_18 (Length: 250)

Name: NF10560_low_18
Description: NF10560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10560_low_18
NF10560_low_18
[»] chr4 (57 HSPs)
chr4 (1-240)||(27412637-27412876)
chr4 (1-235)||(27425784-27426024)
chr4 (12-225)||(27415606-27415822)
chr4 (1-234)||(27420381-27420620)
chr4 (1-225)||(27569977-27570207)
chr4 (25-225)||(27563298-27563504)
chr4 (22-221)||(27475528-27475733)
chr4 (22-221)||(27503908-27504113)
chr4 (13-225)||(27565891-27566109)
chr4 (17-223)||(27478827-27479039)
chr4 (12-229)||(27423200-27423423)
chr4 (17-221)||(27468271-27468481)
chr4 (28-223)||(27497277-27497478)
chr4 (17-187)||(27506724-27506894)
chr4 (33-171)||(27524566-27524704)
chr4 (34-184)||(27585717-27585867)
chr4 (17-221)||(27514877-27515087)
chr4 (17-223)||(27485886-27486099)
chr4 (22-169)||(27508896-27509043)
chr4 (48-223)||(27527145-27527322)
chr4 (73-240)||(27513776-27513949)
chr4 (30-190)||(27489983-27490143)
chr4 (73-225)||(27444794-27444952)
chr4 (74-229)||(27498393-27498554)
chr4 (63-225)||(17970281-17970449)
chr4 (63-225)||(27557471-27557639)
chr4 (75-191)||(27501339-27501455)
chr4 (73-188)||(27411456-27411571)
chr4 (73-240)||(27486950-27487123)
chr4 (73-186)||(27431148-27431261)
chr4 (73-223)||(27526112-27526268)
chr4 (64-188)||(27567280-27567404)
chr4 (73-187)||(27424514-27424628)
chr4 (73-191)||(27421931-27422053)
chr4 (64-188)||(27414295-27414419)
chr4 (73-240)||(27469427-27469600)
chr4 (75-225)||(27502809-27502965)
chr4 (73-184)||(27479930-27480041)
chr4 (64-149)||(27559231-27559316)
chr4 (74-187)||(27571649-27571762)
chr4 (73-129)||(27495620-27495676)
chr4 (73-184)||(27500338-27500449)
chr4 (73-225)||(27505702-27505860)
chr4 (74-187)||(27419072-27419185)
chr4 (73-184)||(27460507-27460618)
chr4 (73-164)||(27595434-27595525)
chr4 (74-184)||(27473921-27474031)
chr4 (64-184)||(27556370-27556490)
chr4 (73-184)||(27466850-27466961)
chr4 (73-184)||(27516609-27516720)
chr4 (75-225)||(27554291-27554447)
chr4 (38-110)||(27437237-27437309)
chr4 (73-187)||(27523403-27523517)
chr4 (38-100)||(27548961-27549023)
chr4 (63-124)||(27446236-27446297)
chr4 (73-130)||(27502135-27502192)
chr4 (64-124)||(27600642-27600702)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (22-223)||(1756706-1756913)
chr5 (28-192)||(1754709-1754873)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (63-225)||(55084768-55084936)
chr3 (60-225)||(50909942-50910113)
chr3 (21-225)||(50904740-50904950)
chr3 (67-225)||(50911863-50912027)
chr3 (66-223)||(38024868-38025031)
chr3 (66-223)||(38031320-38031483)
chr3 (67-187)||(38043929-38044049)
chr3 (1-225)||(38028694-38028924)
chr3 (1-225)||(38040009-38040239)
chr3 (63-168)||(48840702-48840806)
chr3 (72-225)||(38036792-38036951)
chr3 (1-225)||(38033703-38033937)
chr3 (60-223)||(50913480-50913649)
chr3 (66-180)||(38035088-38035202)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (65-223)||(21607288-21607452)
chr8 (1-169)||(21604682-21604850)
chr8 (63-148)||(21634608-21634693)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (63-225)||(3073551-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 57)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27412876 - 27412637
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27412876 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 27412777  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtttctctccaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27412776 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtttctctccaaca 27412677  T
Q  201 tacacggcaagatatccctttggcatgtcaacagcctttg 240  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27412676 tacacggcaatatatccctttggcatgtcaacagcttttg 27412637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 27426024 - 27425784
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27426024 atgtcagtctgttttggtgtcagattcataggccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggg 27425925  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctct 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||||||||    
T  27425924 atgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtttctct 27425825  T
Q  195 ccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtcaacagc 235  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27425824 ccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagc 27425784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27415822 - 27415606
Alignment:
Q  12 ttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatc 111  Q
    |||| |||| |||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  27415822 tttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatc 27415723  T
Q  112 caaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg---tttctctccaacatacacggc 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||  | |||||||||||| ||    
T  27415722 caaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaatcgcttttgttttccaacatacactgc 27415623  T
Q  209 aagatatccctttggca 225  Q
    |||||||||||||||||    
T  27415622 aagatatccctttggca 27415606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27420620 - 27420381
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27420620 atgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatggg 27420521  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctct 194  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||||||| | |||||| ||||||||||||  ||||| | | |||      ||||||||    
T  27420520 atgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgcgtctgtttctct 27420421  T
Q  195 ccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtcaacag 234  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27420420 ccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacag 27420381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 27569977 - 27570207
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27569977 atgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggg 27570076  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctct 194  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||| | ||||||||||  ||||||||| |||      ||||||||    
T  27570077 atgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctct 27570176  T
Q  195 ccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  27570177 ccaacatatactgcaagatatccctttggca 27570207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 25 - 225
Target Start/End: Original strand, 27563298 - 27563504
Alignment:
Q  25 ttcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 124  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27563298 ttcatagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27563397  T
Q  125 agcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatatccc 218  Q
     ||||||||||  || |||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||  |      |||| |||||||| ||||| |||||||| |||    
T  27563398 ggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccc 27563497  T
Q  219 tttggca 225  Q
    |||||||    
T  27563498 tttggca 27563504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475733
Alignment:
Q  22 agattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 121  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  122 ttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatat 215  Q
     || ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||  || |  ||||||||      ||||||||||||||||||||||| |||     
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggcaacatag 27475727  T
Q  216 cccttt 221  Q
    ||||||    
T  27475728 cccttt 27475733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503908
Alignment:
Q  22 agattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 121  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  122 ttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatat 215  Q
     || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||  || |  ||||||||      |||||||||||||||||||| || |||     
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggaaacatag 27503914  T
Q  216 cccttt 221  Q
    ||||||    
T  27503913 cccttt 27503908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 225
Target Start/End: Original strand, 27565891 - 27566109
Alignment:
Q  13 tttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatcc 112  Q
    |||||||| || ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27565891 tttggtgttaggttcatagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatcc 27565990  T
Q  113 aaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacg 206  Q
    |  |||||| ||| ||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |      |||||||||||||||||||     
T  27565991 atgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacact 27566090  T
Q  207 gcaagatatccctttggca 225  Q
    |||||||||||||||||||    
T  27566091 gcaagatatccctttggca 27566109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 223
Target Start/End: Original strand, 27478827 - 27479039
Alignment:
Q  17 gtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaac 116  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27478827 gtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27478926  T
Q  117 tcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaa 210  Q
    |||||||| ||||||   |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||      ||||||||||||||||||| ||||    
T  27478927 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaa 27479026  T
Q  211 gatatccctttgg 223  Q
     ||| ||||||||    
T  27479027 catagccctttgg 27479039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27423423 - 27423200
Alignment:
Q  12 ttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatc 111  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  || |    
T  27423423 ttttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaac 27423324  T
Q  112 caaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacac 205  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||  ||      |||||| ||||||||| ||    
T  27423323 caaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcacatgccgtgtctgtttctatccaacatatac 27423224  T
Q  206 ggcaagatatccctttggcatgtc 229  Q
     |||||||||| ||||||||||||    
T  27423223 agcaagatatctctttggcatgtc 27423200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 221
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468481
Alignment:
Q  17 gtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaac 116  Q
    |||| |||||||||| |||||||||  |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  117 tcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaa 210  Q
    ||||| || | ||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||  ||||  |||||||      ||||||||||||||||||| ||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaa 27468470  T
Q  211 gatatcccttt 221  Q
     ||| ||||||    
T  27468471 catagcccttt 27468481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Original strand, 27497277 - 27497478
Alignment:
Q  28 atagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagc 127  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27497277 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 27497376  T
Q  128 ttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatatcccttt 221  Q
    ||||||||| || | |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||      |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  27497377 ttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 27497476  T
Q  222 gg 223  Q
    ||    
T  27497477 gg 27497478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27506894 - 27506724
Alignment:
Q  17 gtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaac 116  Q
    |||||||||| || || ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||     
T  27506894 gtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaat 27506795  T
Q  117 tcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg 187  Q
    |||||||| ||||||   |  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27506794 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccg 27506724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 33 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524566
Alignment:
Q  33 ccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgac 132  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  133 tcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgata 171  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 34 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585717
Alignment:
Q  34 cattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgact 133  Q
    ||||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  134 caataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaa 184  Q
    ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaa 27585717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514877
Alignment:
Q  17 gtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaac 116  Q
    |||| |||||||||| |||||||||  |||  ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  117 tcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaa 210  Q
    ||||| || | ||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||  ||||  |||||||      ||||||||||||||||||| ||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaa 27514888  T
Q  211 gatatcccttt 221  Q
     ||| ||||||    
T  27514887 catagcccttt 27514877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 223
Target Start/End: Original strand, 27485886 - 27486099
Alignment:
Q  17 gtgtcagattcatagccca-ttcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaa 115  Q
    ||||||||||||| || || || |||| ||| ||||  |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27485886 gtgtcagattcatggctcaatttaagcaagaagttacgtgttgaaagacgccttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaa 27485985  T
Q  116 ctcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggca 209  Q
     |||||||| ||||||   |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||      ||||||||||||||||||| |||    
T  27485986 ttcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgca 27486085  T
Q  210 agatatccctttgg 223  Q
    | ||| ||||||||    
T  27486086 acatagccctttgg 27486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508896
Alignment:
Q  22 agattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 121  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  122 ttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatga 169  Q
     ||||| ||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27527322 - 27527145
Alignment:
Q  48 gttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaa 147  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| | ||     ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||| |||    
T  27527322 gttatatgttggaagacatcttcactgcaaggaattgggat----cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaa 27527227  T
Q  148 ataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtttc------tctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
    |  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27527226 acgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttctgtttatctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 73 - 240
Target Start/End: Original strand, 27513776 - 27513949
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||  |||| || ||||| ||  | | ||||||||||||||||||    
T  27513776 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatat 27513875  T
Q  173 tgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtcaacagcctttg 240  Q
    |||||||||||||||      ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  27513876 tgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgtcaacagcttttg 27513949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27490143 - 27489983
Alignment:
Q  30 agcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagctt 129  Q
    |||||||| ||||||||  |||| | ||| ||| |||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  27490143 agcccattaaagcgagaaattatgtattggaagtcatcttcgttgacaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggctt 27490044  T
Q  130 gactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgttt 190  Q
    || |||| || ||||||||| |||||| ||| |||||||| |  ||||  |||||||||||    
T  27490043 gattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacagggactacaaaccgttt 27489983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 73 - 225
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444952
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  173 tgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    ||||||||||||||       || ||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  27444894 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggca 27444952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498393
Alignment:
Q  74 gcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatatt 173  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | || | ||| || |||||  |||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  174 gggatcacaaaccgttt------ctctccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtc 229  Q
    ||||||||||| |||||      |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  27498454 gggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggcatgtc 27498393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970281
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttca 162  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||  ||||||  |||| ||||||| | | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  163 agtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||||||  | ||||||||||||||      || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggca 17970281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27557639 - 27557471
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttca 162  Q
    ||||||||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||| |||  || ||||||||| |||||||||| |    
T  27557639 acatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggttta 27557540  T
Q  163 agtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    ||||||| ||||||||||||||||       || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27557539 agtatgacattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggca 27557471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501339
Alignment:
Q  75 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattg 174  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| |||| | ||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  175 ggatcacaaaccgtttc 191  Q
    |||||||||||||||||    
T  27501355 ggatcacaaaccgtttc 27501339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 188
Target Start/End: Original strand, 27411456 - 27411571
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | | ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  27411456 tgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgatac 27411555  T
Q  173 tgggatcacaaaccgt 188  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  27411556 tggaatcacgaaccgt 27411571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27486950
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||  |||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  173 tgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtcaacagcctttg 240  Q
     ||||||||||||||      ||||||||| || ||||| || |||||||||||||| | ||| ||||| ||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttg 27486950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 186
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431261
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  173 tgggatcacaaacc 186  Q
    ||||||||||||||    
T  27431248 tgggatcacaaacc 27431261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 223
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526268
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||| | ||| |||||||| ||||| || ||||| ||| | | |||||||||||||||||     
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27526211  T
Q  173 tgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
     || |||||||||||      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  27526212 aggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttgg 27526268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 64 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567280
Alignment:
Q  64 catcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaa 163  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||||  |||||||||||||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  164 gtatgatattgggatcacaaaccgt 188  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||    
T  27567304 gtatgatactggaatcacgaaccgt 27567280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 187
Target Start/End: Original strand, 27424514 - 27424628
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| | |  || ||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  27424514 tgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27424613  T
Q  173 tgggatcacaaaccg 187  Q
    ||| |||||||||||    
T  27424614 tggaatcacaaaccg 27424628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 191
Target Start/End: Original strand, 27421931 - 27422053
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatcca----aactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatg 168  Q
    |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||    || |||||||| |||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27421931 tgcaaggaattgtgagaccacccgttggatgatcgtatccatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaataatggttggttcaagtatg 27422030  T
Q  169 atattgggatcacaaaccgtttc 191  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||    
T  27422031 atactggaatcacgaaccgtttc 27422053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 64 - 188
Target Start/End: Original strand, 27414295 - 27414419
Alignment:
Q  64 catcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaa 163  Q
    |||||||  |||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||||| | |||||||||||    
T  27414295 catcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaa 27414394  T
Q  164 gtatgatattgggatcacaaaccgt 188  Q
    ||||||||  || ||||||||||||    
T  27414395 gtatgatacaggaatcacaaaccgt 27414419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27469600 - 27469427
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||| ||||| |  ||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||    
T  27469600 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatat 27469501  T
Q  173 tgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggcatgtcaacagcctttg 240  Q
     ||||||||||||||      ||||||||| || ||||| || |||||||||||||| | ||| ||||| ||||    
T  27469500 agggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttg 27469427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 225
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502965
Alignment:
Q  75 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattg 174  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||||  |||||||||||| | | ||| ||||| ||||| ||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattg 27502908  T
Q  175 ggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    | |||||||||||       |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27502909 gaatcacaaaccgcttcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttggca 27502965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479930
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||  |||| || | ||| ||| ||| |||||||||||||||||     
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatac 27479942  T
Q  173 tgggatcacaaa 184  Q
     || ||||||||    
T  27479941 aggaatcacaaa 27479930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 149
Target Start/End: Original strand, 27559231 - 27559316
Alignment:
Q  64 catcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaat 149  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||| | |||||||    
T  27559231 catcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaat 27559316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27571762 - 27571649
Alignment:
Q  74 gcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatatt 173  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||| |    
T  27571762 gcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27571663  T
Q  174 gggatcacaaaccg 187  Q
    || ||||| |||||    
T  27571662 ggaatcacgaaccg 27571649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 73 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495620
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagctt 129  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttcttcagctt 27495620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 73 - 184
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500449
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||| ||||  || ||||| ||| |   |||||| |||||||||||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  173 tgggatcacaaa 184  Q
     |||||||||||    
T  27500438 agggatcacaaa 27500449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 73 - 225
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505860
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||||  |||| || ||||| ||| | | |||||||||||||||||     
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27505801  T
Q  173 tgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
     || |||||||||||      ||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||    
T  27505802 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggca 27505860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 74 - 187
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419185
Alignment:
Q  74 gcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatatt 173  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | ||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||| |    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27419171  T
Q  174 gggatcacaaaccg 187  Q
    || ||||| |||||    
T  27419172 ggaatcacgaaccg 27419185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 73 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460507
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||  ||| ||||  || ||||| ||| ||  ||| ||||| ||||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27460519  T
Q  173 tgggatcacaaa 184  Q
     |||||||||||    
T  27460518 agggatcacaaa 27460507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27595525 - 27595434
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaag 164  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||   |||||||||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  27595525 tgcaaggaattgtaagaccacccatgggatgattgaatccaaactctttttctgcttgacttagtaattcttgaaataatggtcggttcaag 27595434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473921
Alignment:
Q  74 gcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatatt 173  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||  ||| ||||  || ||||| ||| ||  ||| ||||| ||||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  174 gggatcacaaa 184  Q
    |||||||||||    
T  27473931 gggatcacaaa 27473921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 184
Target Start/End: Original strand, 27556370 - 27556490
Alignment:
Q  64 catcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaa 163  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||   | ||| ||||||||| | |||||||||||    
T  27556370 catcttcactgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27556469  T
Q  164 gtatgatattgggatcacaaa 184  Q
      |||| || || ||||||||    
T  27556470 taatgaaatgggaatcacaaa 27556490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27466961 - 27466850
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||  ||| ||||  |  ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  27466961 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaataatttttgcttcaaatatgatat 27466862  T
Q  173 tgggatcacaaa 184  Q
     |||||||||||    
T  27466861 agggatcacaaa 27466850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 184
Target Start/End: Original strand, 27516609 - 27516720
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||||  |||| || ||||| ||| ||  ||| ||||| ||||||||    
T  27516609 tgcaaggaatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27516708  T
Q  173 tgggatcacaaa 184  Q
     |||||||||||    
T  27516709 agggatcacaaa 27516720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27554447 - 27554291
Alignment:
Q  75 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattg 174  Q
    |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||  || ||||||||  |||||||| | ||  | || ||||    
T  27554447 caaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattg 27554348  T
Q  175 ggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
      |||||||||||      || |||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  27554347 atatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccctttggca 27554291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 27437309 - 27437237
Alignment:
Q  38 caagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatat 110  Q
    |||||||||  |||| || || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||    
T  27437309 caagcgagacattatgtgctggaagacatcttcggtgcaaggaataggaaggccaaccattggatgatcatat 27437237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 187
Target Start/End: Original strand, 27523403 - 27523517
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 172  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| | ||| || ||||  ||||| || ||||| ||| | | ||||||||| |||||||     
T  27523403 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatac 27523502  T
Q  173 tgggatcacaaaccg 187  Q
     || |||||||||||    
T  27523503 aggaatcacaaaccg 27523517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 100
Target Start/End: Original strand, 27548961 - 27549023
Alignment:
Q  38 caagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    ||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  27548961 caagcgagacgttatgtgctggaagacatcttcggtgcaagaaatagtgaggccaaccattgg 27549023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 63 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 27446297 - 27446236
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 124  Q
    ||||||||  |||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27446297 acatcttcactgcaaggaatcgagagaccatccattcgatgatcatattcaaactcttcttc 27446236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 73 - 130
Target Start/End: Original strand, 27502135 - 27502192
Alignment:
Q  73 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttg 130  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||    
T  27502135 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttg 27502192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 27600702 - 27600642
Alignment:
Q  64 catcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 124  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||    
T  27600702 catcttctttgcaaggaattgtgagaccacccattggatgattgtaaccaaattcttcttc 27600642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 223
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756913
Alignment:
Q  22 agattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 121  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  122 ttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatat 215  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||| ||| ||||||||     
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatag 1756905  T
Q  216 ccctttgg 223  Q
    ||||||||    
T  1756906 ccctttgg 1756913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 1754873 - 1754709
Alignment:
Q  28 atagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagc 127  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||| ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  1754873 atagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagc 1754774  T
Q  128 ttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtttct 192  Q
    ||||||||| |||  ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1754773 ttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgccgtttct 1754709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 55084936 - 55084768
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttca 162  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  55084936 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttca 55084837  T
Q  163 agtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||| || || ||||||||||||||      |||||||||||||||||| |||||| | || |||||||    
T  55084836 agtaagacatagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgcaagacacccttttggca 55084768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 60 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 50910113 - 50909942
Alignment:
Q  60 aagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggt 159  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||| |||| ||||||| | | |||||    
T  50910113 aagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggt 50910014  T
Q  160 tcaagtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||      || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  50910013 tcaagtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttggca 50909942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 225
Target Start/End: Original strand, 50904740 - 50904950
Alignment:
Q  21 cagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactctt 120  Q
    |||||| | |||||||| |||||||| || |||||   ||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  50904740 cagatttacagcccattgaagcgagaagtgatatgcaaaaaaacctcttctctgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcat 50904839  T
Q  121 cttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgtttc------tctccaacatacacggcaagata 214  Q
    | || ||| ||||||| |||||||||||| | | |||||||||||| || ||  ||||||||||||| |||      |||||||| ||||| ||||||||    
T  50904840 cctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacatatggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagata 50904939  T
Q  215 tccctttggca 225  Q
    |||||||||||    
T  50904940 tccctttggca 50904950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 225
Target Start/End: Original strand, 50911863 - 50912027
Alignment:
Q  67 cttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagta 166  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  50911863 cttctgtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagta 50911962  T
Q  167 tgatattgggatcacaaaccgtttc------tctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||  | ||||||||||||||||||      ||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  50911963 tgacttggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttggca 50912027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 223
Target Start/End: Original strand, 38024868 - 38025031
Alignment:
Q  66 tcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagt 165  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||  | | |||||||||||    
T  38024868 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38024967  T
Q  166 atgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
    |||| || ||||| ||||||||      || |||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  38024968 atgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38025031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 223
Target Start/End: Original strand, 38031320 - 38031483
Alignment:
Q  66 tcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagt 165  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||  | | |||||||||||    
T  38031320 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38031419  T
Q  166 atgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
    |||| || ||||| ||||||||      || |||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  38031420 atgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38031483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 67 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 38044049 - 38043929
Alignment:
Q  67 cttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagta 166  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||||  | | ||| ||||||||    
T  38044049 cttcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagta 38043950  T
Q  167 tgatattgggatcacaaaccg 187  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  38043949 tgacatagggatcacaaaccg 38043929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 38028694 - 38028924
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||| || |||||    || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38028694 atgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattgg 38028793  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg------tttctct 194  Q
    ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| | || ||||||| | | |||||||||||||||  | ||||| ||||| ||      || ||||    
T  38028794 atggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctct 38028893  T
Q  195 ccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  38028894 ccaacgtacactgcaagatagccctttggca 38028924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 38040009 - 38040239
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||| || |||||    || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38040009 atgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattgg 38040108  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg------tttctct 194  Q
    ||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| | || ||||||| | | |||||||||||||||  | ||||| ||||| ||      || ||||    
T  38040109 atggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctct 38040208  T
Q  195 ccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  38040209 ccaacgtacactgcaagatagccctttggca 38040239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 63 - 168
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840806
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttca 162  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  163 agtatg 168  Q
    ||||||    
T  48840801 agtatg 48840806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 225
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036951
Alignment:
Q  72 gtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgata 171  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| || | ||||||| | | ||||||||||||||  |    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatggca 38036891  T
Q  172 ttgggatcacaaaccgttt------ctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    | ||||  |||||||||||      ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  38036892 tggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggca 38036951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 38033703 - 38033937
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatt-- 98  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| || |||||    || |||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||      
T  38033703 atgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagcgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgcccattaa 38033802  T
Q  99 --ggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg------ttt 190  Q
      ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||||||| | | |||||||||||||||  | ||||| ||||||||      ||     
T  38033803 ttggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttg 38033902  T
Q  191 ctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||    
T  38033903 ctctccaatgtacactgcaagatagccctttggca 38033937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 50913649 - 50913480
Alignment:
Q  60 aagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggt 159  Q
    |||||||||||| |||| ||||| || || |||||||||||||||   || ||||| || ||||||||||| || |  || ||||||||||| || |  |    
T  50913649 aagacatcttccttgcagggaattgtaagaccacccattggatgacagtagccaaattcctcttcagcttggctaagcaattcttgaaataaaggctcat 50913550  T
Q  160 tcaagtatgatattgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||||       |||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  50913549 tcaagaatgatattggaatcaagaacctcttcattttctctccaacatacactgcaagatagccttttgg 50913480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 38035202 - 38035088
Alignment:
Q  66 tcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagt 165  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||  ||| || || || ||||||||||| || |  || ||||||||||| || |  ||||||     
T  38035202 tcttccttgcagggaattgtgagaccacccattggatgacaataaccgaattcctcttcagcttggctaagcaattcttgaaataaaggctcattcaaga 38035103  T
Q  166 atgatattgggatca 180  Q
    |||||||||| ||||    
T  38035102 atgatattggaatca 38035088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 65 - 223
Target Start/End: Original strand, 21607288 - 21607452
Alignment:
Q  65 atcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaag 164  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||  | | | ||||||||    
T  21607288 atcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaag 21607387  T
Q  165 tatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttgg 223  Q
    ||||| || ||||| ||||||||      || |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21607388 tatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 21604682 - 21604850
Alignment:
Q  1 atgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcaagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattgg 100  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||| || |||||    || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21604682 atgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattgg 21604781  T
Q  101 atgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatga 169  Q
    ||| |||||||| || ||||| ||  |||||||||| | || ||||||| | | |||||||||||||||    
T  21604782 atggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 21604850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634608
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaa 148  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073551
Alignment:
Q  63 acatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttca 162  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||  ||||||  |||| ||||||| | | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  163 agtatgatattgggatcacaaaccg------tttctctccaacatacacggcaagatatccctttggca 225  Q
    |||||||  | ||||||||||||||      || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggca 3073551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University