View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10562_low_6 (Length: 281)

Name: NF10562_low_6
Description: NF10562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10562_low_6
NF10562_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-274)||(4818970-4819228)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-260)||(26087385-26087623)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (16-256)||(14726462-14726702)
chr8 (16-268)||(15329089-15329341)
chr8 (16-268)||(15509458-15509710)
chr8 (16-267)||(30648033-30648284)
chr8 (16-246)||(26088326-26088556)
chr8 (16-268)||(28865185-28865437)
chr8 (16-152)||(31040686-31040822)
chr8 (23-143)||(31075904-31076024)
chr8 (54-267)||(29551986-29552199)
chr8 (59-260)||(24508342-24508543)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (30-267)||(6612161-6612398)
chr7 (16-260)||(17293997-17294241)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Original strand, 4818970 - 4819228
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4818970 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 4819069  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4819070 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaacagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggaccttgttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 4819169  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctctctgctt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4819170 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctctttgctt 4819228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 26087623 - 26087385
Alignment:
Q  22 gctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatc 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  26087623 gctgcatctatgggtcatcttcaatttgccactgaaattatgaatttgaaaccttcatatgcttggaaactaaatcagcaaggattcagtcccatccatc 26087524  T
Q  122 ttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcctcttca 221  Q
    |||||||||||||   |||||| ||| | ||  |||  ||||||||| ||||||| || ||| |||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  26087523 ttgctatgcaaaatggccaaaagagtttcgtgtctcaatttgtgaacatcaataaagaacttgttagagttcaaggaagagaaggcttaactgctcttca 26087424  T
Q  222 ttttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaa 260  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26087423 ttttgcaagtcaaattggagaggttgaccttttagctaa 26087385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 256
Target Start/End: Original strand, 14726462 - 14726702
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  |||||| | ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || |    
T  14726462 catactgctgcatctatgggtcatctccggtttgccactgaagttatgaatttaaaaccttcatttgcttggaagctagatctgcaaggattcagcccca 14726561  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||   |||||||||| || ||||||| |||||| |||||||| |||||||| | ||| |||||||    
T  14726562 tccatctcgctttgcaaaacaaccaaaaacctatggtgtatcgctttgtggacatcaataaagaccttgttagagttaaaggaagagaaggcttaactcc 14726661  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttag 256  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  14726662 tcttcatttcgcaagtcaaaatggtgaggttgatcttttag 14726702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 268
Target Start/End: Original strand, 15329089 - 15329341
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || |||||| | |||||||||| ||| |||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  15329089 catatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcccca 15329188  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||   |||||   ||||||||| ||  |||| || |||||| ||||||||  |||| || | ||| |||||||    
T  15329189 tccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaactcc 15329288  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctct 268  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||    
T  15329289 tcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctct 15329341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 268
Target Start/End: Original strand, 15509458 - 15509710
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || |||||| | |||||||||| ||| |||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  15509458 catatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcccca 15509557  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||   |||||   ||||||||| ||  |||| || |||||| ||||||||  |||| || | ||| |||||||    
T  15509558 tccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaactcc 15509657  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctct 268  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||    
T  15509658 tcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctct 15509710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Original strand, 30648033 - 30648284
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  | ||||||   || |||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| || |    
T  30648033 catattgctgcatccatgggtcatattgactttgccattgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagttaaatccacaaggattcagcccca 30648132  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| || |||||||| ||| ||||| |||||||   || |||||||| | ||||||| |||||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||    
T  30648133 tccatctcgcaatgcaaaagaacaaaaaacgtatggtgtatcactttgtgagcatcaataaagaccttgttagagttagaggaagagaaggcataactcc 30648232  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctc 267  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||| || | |||||| | ||||||    
T  30648233 tcttcattttgcatgtcaaaatggtgaggttcaaatgttagcttactttctc 30648284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 246
Target Start/End: Original strand, 26088326 - 26088556
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | |  ||||||   || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |    
T  26088326 catattgctgcatctttgggtcatatgccgtttgccaatgaaattatgaatttaaaaccttcatttgcatggaagctaaacccgcaaggattcagtccca 26088425  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||   ||  ||| || ||  |||||| |||||| ||||| || |||||||| | || ||||||||    
T  26088426 tccatctcgctatgcaaaacggccaaaagagtatggtgtttcattttctgcacaacaataaagaccttgttagaattaaaggaagagaaggtataactcc 26088525  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggtt 246  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26088526 tcttcattttgcaagtcaaattggtgaggtt 26088556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 268
Target Start/End: Original strand, 28865185 - 28865437
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |  |||||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||| |  ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  28865185 catatcgctgcatctatgggtcaccttccttttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgccttaaagctaaatccgcaaggattcagcccca 28865284  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||   |||||   ||||||||| ||  |||| || |||||| ||||||||  |||| || | ||| |||||||    
T  28865285 tccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttagaggacgagacggcttaactcc 28865384  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctct 268  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||    
T  28865385 tcttcattttgcaagccaaattggtgaggttgatcttttagctcactttctct 28865437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 31040822 - 31040686
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||| | || |||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31040822 catatagctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgcatggaagctaaatcaacaagggttcagtccaa 31040723  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggt 152  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  31040722 tccaccttgccttgcaaaacaaccaaaagagtatggt 31040686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 31076024 - 31075904
Alignment:
Q  23 ctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatct 122  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||| | || |||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  31076024 ctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcaacaagggttcagtccaatccacct 31075925  T
Q  123 tgctatgcaaaacaaccaaaa 143  Q
    |||  ||||||||||||||||    
T  31075924 tgcattgcaaaacaaccaaaa 31075904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 267
Target Start/End: Original strand, 29551986 - 29552199
Alignment:
Q  54 cgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggtt 153  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| |  |||||     
T  29551986 cgaggttatgaatttgaaaccttcattagctttcaagctaaataagcaaggattcagccctatccaccttgcgatgcaaaagaaagaaaagacaatggtg 29552085  T
Q  154 actcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaa-ggaagaaatggcataactcctcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaactt 252  Q
        | |||||  || | || ||||||||| | |||||| || ||||| || ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||    
T  29552086 ttgtgttttgttgacatgaacaaggaccttgtcagagttaaagggaaggaa-ggcttgactcctcttcattatgcaagccaaattggagaggttgacctt 29552184  T
Q  253 ttagctaattttctc 267  Q
    |||||| | ||||||    
T  29552185 ttagcttactttctc 29552199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 260
Target Start/End: Original strand, 24508342 - 24508543
Alignment:
Q  59 ttatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcg 158  Q
    ||||||| || ||||| || ||||||| ||||||||||||  ||||| |||| ||||| || || ||||| ||||||||||| |  ||||||||   | |    
T  24508342 ttatgaatttgaaaccatcgtttgctttgaagctaaatcaggaaggactcagccctattcacctggctatacaaaacaaccacaggagtatggtattttg 24508441  T
Q  159 ctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcctcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagct 258  Q
     || ||| || | || ||||||||| | ||| |  |||| |   | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||    
T  24508442 tttggtggacatgaacaaggaccttgtcagactcaaagggaaggagggcatgactcctcttcattttgcaagtcaaaatggtgaggatgaaattttagct 24508541  T
Q  259 aa 260  Q
    ||    
T  24508542 aa 24508543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 30 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 6612398 - 6612161
Alignment:
Q  30 tatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatcttgctatg 129  Q
    |||||||||||||||||||||  | || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  6612398 tatgggtcatctccaatttgctactgaaattatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaaggattcagccccatccatctcgctatg 6612299  T
Q  130 caaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcctcttcattttgcaa 229  Q
    | |||| |||||||| || |||||  | |||| |||||| ||||||| |||||| ||||| || |||||| | | | |||||||||||||||||||||||    
T  6612298 ctaaacgaccaaaaacgtctggtttattgcttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaa 6612199  T
Q  230 gtcaaattggcgaggttgaacttttagctaattttctc 267  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  6612198 gtcaaattggtgaggttgatcttttagctaaatttctc 6612161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 17294241 - 17293997
Alignment:
Q  16 catattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgagattatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtccta 115  Q
    ||||| || ||||||| ||| ||||| |  ||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | || |    
T  17294241 catatcgccgcatctagggggcatcttcggtttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcatttgcttggaagctaaatccgcaaggattctgcccca 17294142  T
Q  116 tccatcttgctatgcaaaacaaccaaaaaagtatggttactcgctttgtgaacttcaataaggacctttttagagttgaaggaagaaatggcataactcc 215  Q
    | ||||| |||||||||||  ||||||| || |||||| ||||||||||  || | ||||| |||||| || ||||| |||| ||| | ||| |||||||    
T  17294141 ttcatctcgctatgcaaaatgaccaaaagaggatggtttctcgctttgttgacattaataaagaccttgttcgagttcaagggagagaaggcttaactcc 17294042  T
Q  216 tcttcattttgcaagtcaaattggcgaggttgaacttttagctaa 260  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17294041 tcttcattttgcaagtcaaattggtgaggttgaacttttagctaa 17293997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University