View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10563_low_4 (Length: 276)

Name: NF10563_low_4
Description: NF10563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10563_low_4
NF10563_low_4
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (5-263)||(35026103-35026361)
chr2 (61-267)||(35036832-35037038)
chr2 (61-267)||(35008895-35009101)
chr2 (58-247)||(35019306-35019495)
chr2 (61-267)||(36288447-36288653)
chr2 (56-262)||(35033163-35033369)
chr2 (52-247)||(35012280-35012475)
chr2 (59-202)||(34998837-34998980)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 5 - 263
Target Start/End: Original strand, 35026103 - 35026361
Alignment:
Q  5 tatagctttgtccctagttcattacattcttgtatcaaccatgggatctcttcctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35026103 tatagctttgtccctagttcattacattcttgtatcaaccatgggatctcttcctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttc 35026202  T
Q  105 accccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatcattcttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaacc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35026203 accccatatcttcacctctccaacaaattagcaaaaaaaggtcacaaaatatcattcttcatccccaaaaaaacacaaaccaagttacaacatctcaacc 35026302  T
Q  205 ttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctcacattgatggtcttccc 263  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35026303 taaacccaaatctcatcactttttaccctctcaatgttcctcacattgatggtcttccc 35026361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 61 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 35037038 - 35036832
Alignment:
Q  61 ctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatcatt 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||       || |||||||| || ||    
T  35037038 ctttgcacatagcaatgtttccatggtttgcaatgggacacttaactccatatcttcatctctcaaacaaattagccaaaaggggacacaaaatctcttt 35036939  T
Q  161 cttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctcacattgatggtctt 260  Q
    |||||| |||   |||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  35036938 cttcattcccacgaaaacacaaaccaaattagaacaattcaacctttatccaaatctcatcactttttaccctctcaatgttcctcacattcatggtctt 35036839  T
Q  261 ccctttg 267  Q
    || ||||    
T  35036838 ccatttg 35036832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 61 - 267
Target Start/End: Original strand, 35008895 - 35009101
Alignment:
Q  61 ctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatcatt 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||       || |||||||| || ||    
T  35008895 ctttgcacatagcaatgtttccatggtttgcaatgggacacttaactccatatcttcatctctcaaacaaattagccaaaaggggacacaaaatctcttt 35008994  T
Q  161 cttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctcacattgatggtctt 260  Q
    |||||| ||| | |||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| | |||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  35008995 cttcattcccaagaaaacacaaaccaaattagaacaattcaacctttatccaaatttaatcactttttaccctctcaatgttcctcatattcatggtctt 35009094  T
Q  261 ccctttg 267  Q
    || ||||    
T  35009095 ccatttg 35009101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 58 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 35019495 - 35019306
Alignment:
Q  58 ctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatc 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||       ||||||||||||||    
T  35019495 ctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttaactccatatcttcacttctccaacaaattagcaataagaggtcacaaaatatc 35019396  T
Q  158 attcttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctca 247  Q
     |||||||||||  |||| | ||  | |||||||||||||||||| ||| | ||||| || || || |||| |||| |||  ||||||||    
T  35019395 gttcttcatccctaaaaacacactcaacaagttacaacatctcaatcttcatccaaatcttattacgtttttccctatcacagttcctca 35019306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 267
Target Start/End: Original strand, 36288447 - 36288653
Alignment:
Q  61 ctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatcatt 160  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |  ||||||||||||||||| || | ||||||       ||  ||||||  || ||    
T  36288447 ctttgcacatagcaatgtctccatggtttgcaatgggacacctaattccatatcttcacctctcaaacatattagccaaaaagggagacaaaacctcttt 36288546  T
Q  161 cttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctcacattgatggtctt 260  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||| || |  |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||     
T  36288547 cttcatccccaagaaaacacaaaccaagttagaaaaattcaacctttacccaaaccttatcaccttttaccctctcaatgttcctcacattgaaggccta 36288646  T
Q  261 ccctttg 267  Q
    |||||||    
T  36288647 ccctttg 36288653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 56 - 262
Target Start/End: Original strand, 35033163 - 35033369
Alignment:
Q  56 tcctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaata 155  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||       || |||||||||    
T  35033163 tcctcctttacacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttaactccatatcttcacctctcaaacaagttagcattaagaggacacaaaata 35033262  T
Q  156 tcattcttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctcacattgatg 255  Q
    ||||||||||| ||  |||| | ||  | |||||||||| ||||||| ||| | ||||| || || || |||| |||| |||  ||||||||  || |||    
T  35033263 tcattcttcatacctaaaaacacactcaacaagttacaatatctcaatctttatccaaatcttattacctttttccctatcacagttcctcatgttaatg 35033362  T
Q  256 gtcttcc 262  Q
    |||||||    
T  35033363 gtcttcc 35033369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 52 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 35012475 - 35012280
Alignment:
Q  52 ctcttcctcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaa 151  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| || ||||||||       ||||||||    
T  35012475 ctcttcctcctatgcatatatcaatgtttccatggtttgctatgggacatttcaccccatatctccacttctcaaacaaattagcaataagaggtcacaa 35012376  T
Q  152 aatatcattcttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaaccttaacccaaacctcatcactttttaccctctcagtgttcctca 247  Q
    |||||| |||||||||||  |||| | ||  | |||||| ||||||||||| ||| | ||||| || || || |||| |||| |||  ||||||||    
T  35012375 aatatcgttcttcatccctaaaaacacactcaacaagttgcaacatctcaatcttcatccaaatcttattacatttttccctatcacagttcctca 35012280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 59 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 34998980 - 34998837
Alignment:
Q  59 tcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacacttcaccccatatcttcacctctccaataaattagcnnnnnnnggtcacaaaatatca 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| | | | |||||| || |||||||        |||||||||||||||    
T  34998980 tcctttgcacatagcaatgtttccatggtttgctatgggacactcaactccatttatccgcctctctaacaaattagtaataagaggtcacaaaatatca 34998881  T
Q  159 ttcttcatcccccaaaaaatacaaaccaagttacaacatctcaa 202  Q
    ||| |||||||| |||| | ||  | ||||||||||||||||||    
T  34998880 ttcatcatccccaaaaacacactcaacaagttacaacatctcaa 34998837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University