View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10569_5 (Length: 509)

Name: NF10569_5
Description: NF10569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10569_5
NF10569_5
[»] chr5 (26 HSPs)
chr5 (172-479)||(30240788-30241102)
chr5 (230-479)||(29873571-29873821)
chr5 (233-479)||(29854708-29854954)
chr5 (261-480)||(30476771-30476990)
chr5 (260-479)||(30675778-30675997)
chr5 (264-479)||(30751043-30751258)
chr5 (260-479)||(30484798-30485017)
chr5 (239-465)||(30520091-30520320)
chr5 (239-465)||(30560431-30560660)
chr5 (230-479)||(30437195-30437444)
chr5 (260-479)||(30337015-30337234)
chr5 (260-479)||(30061769-30061988)
chr5 (265-479)||(30207919-30208133)
chr5 (264-479)||(30711922-30712137)
chr5 (238-479)||(30401474-30401715)
chr5 (29-176)||(30751401-30751544)
chr5 (283-479)||(17417181-17417377)
chr5 (88-176)||(30240668-30240751)
chr5 (38-140)||(30675510-30675606)
chr5 (316-465)||(30329387-30329536)
chr5 (376-461)||(29608133-29608218)
chr5 (378-455)||(29614295-29614372)
chr5 (316-465)||(17984301-17984450)
chr5 (29-80)||(30519925-30519977)
chr5 (29-80)||(30560265-30560317)
chr5 (97-134)||(29873947-29873984)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (260-479)||(20295072-20295291)
chr4 (307-473)||(52353364-52353530)
chr4 (29-173)||(20294803-20294938)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (260-479)||(25292437-25292656)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (172-479)||(26708714-26709026)
chr7 (49-80)||(26709091-26709122)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (260-480)||(7100802-7101022)
chr1 (339-480)||(7580297-7580438)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 26)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 172 - 479
Target Start/End: Original strand, 30240788 - 30241102
Alignment:
Q  172 ttattctcaaagttcttcattctgtttacttttaacactcaagtcaatctaaaaccaatttct--------tatcttttcaactctttcttttaccaaaa 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30240788 ttattctcaaagttcttcattctgtttacttttaacactca-gtcaatctaaaaccaatttctcatttacttatcttttcaactctttcttttaccaaaa 30240886  T
Q  264 aatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 363  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30240887 aatggctgatgcgttgatcggagttgtgtttgataacttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 30240986  T
Q  364 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30240987 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 30241086  T
Q  464 attctgtttatgtgct 479  Q
    ||  ||||||||||||    
T  30241087 atgttgtttatgtgct 30241102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 230 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 29873821 - 29873571
Alignment:
Q  230 tttcttatcttttcaactctttcttttac-caaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  29873821 tttcttatcttttcaactcttttgttttcacaaaaaatggctaacgctttgctcggagttgtgtttgaaaatttgatgtctctccttcaaaatgaatttt 29873722  T
Q  329 caaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacaga 428  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||  |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29873721 ctaccatttctggtatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttgatcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagaaacaagtcacaga 29873622  T
Q  429 ctgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgct 479  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  29873621 ccgctctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgttgtttatgtgct 29873571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 233 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 29854954 - 29854708
Alignment:
Q  233 cttatcttttcaactctttcttttaccaaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaac 332  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||| || || || ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  29854954 cttatattttcaactctttgttttcacaaaaaatggccgacgctttactcggagttgtgtttcagaatttgacgtctctcctacaaagtgaattttcaac 29854855  T
Q  333 catttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgc 432  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||  |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  29854854 catttctagaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttgatcaatgctgttcttgaagatgctgaaaagaaacaagtcacagaccac 29854755  T
Q  433 tctattaaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgct 479  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29854754 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgct 29854708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 261 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 30476990 - 30476771
Alignment:
Q  261 aaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaa 360  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||||   |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  30476990 aaaaatggcagaggccttgctaggagttgtatttgagaatttgttatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcacatcaaaggctgaa 30476891  T
Q  361 aagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactca 460  Q
    ||| |||||  |||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30476890 aagttgtcaaccaccttggatctgatcaaggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaggtcacagaccgctctattaaggtatggctccaacaactca 30476791  T
Q  461 aagattctgtttatgtgctt 480  Q
    ||||| |||| |||||||||    
T  30476790 aagatgctgtatatgtgctt 30476771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Original strand, 30675778 - 30675997
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30675778 aaaaaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaagtcaaaggttca 30675877  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| ||| ||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||    
T  30675878 aaagctatcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctc 30675977  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  30675978 aaagatgctgtttatgtgct 30675997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 264 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30751258 - 30751043
Alignment:
Q  264 aatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 363  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30751258 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggctcaaaag 30751159  T
Q  364 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 463  Q
    || ||||||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30751158 ctatcagacaacttagttcgcatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 30751059  T
Q  464 attctgtttatgtgct 479  Q
    || |||||||||||||    
T  30751058 atgctgtttatgtgct 30751043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30485017 - 30484798
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||||||   || ||||| ||||||||||| || |||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30485017 aaaaaatggcttgcgctttgcttggagttgtgttcgaaaatttgacatctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 30484918  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| ||||||| ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||    
T  30484917 aaagctatcagacaacttagttcacatcaaagctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctc 30484818  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  30484817 aaagatgctgtttatgtgct 30484798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 465
Target Start/End: Original strand, 30520091 - 30520320
Alignment:
Q  239 ttttcaactctttctttt---accaaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccat 335  Q
    ||||||||||||||||||   |  ||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||| |    |||||  | ||||||||||||||||||||    
T  30520091 ttttcaactctttcttttctgaaaaaaaaatggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccat 30520190  T
Q  336 ttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctct 435  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  30520191 ttctggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctct 30520290  T
Q  436 attaaggtatggctgcaacaactcaaagat 465  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30520291 ataaaggtatggcttcaacaactcaaagat 30520320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 465
Target Start/End: Original strand, 30560431 - 30560660
Alignment:
Q  239 ttttcaactctttctttt---accaaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccat 335  Q
    ||||||||||||||||||   |  ||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||| |    |||||  | ||||||||||||||||||||    
T  30560431 ttttcaactctttcttttctgaaaaaaaaatggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccat 30560530  T
Q  336 ttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctct 435  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  30560531 ttctggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctct 30560630  T
Q  436 attaaggtatggctgcaacaactcaaagat 465  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30560631 ataaaggtatggcttcaacaactcaaagat 30560660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 230 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30437444 - 30437195
Alignment:
Q  230 tttcttatcttttcaactctttcttttaccaaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgc 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| | || || |||||||||||||| |||||||  ||||| || |||||||||||| |    
T  30437444 tttcttatcttttcaactcttttttttctcaaaaaatggctgatccctttcttggagttgtgtttgagaatttgatatctctgcttcaaaatgaattttc 30437345  T
Q  330 aaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagac 429  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||| || |||  |||||||| |   ||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  30437344 tactatttctggaatcaagtcaaaggctgaaaacctatcaaccaccttagttgacatcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagagacaagtcaaagac 30437245  T
Q  430 tgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgct 479  Q
      ||  |||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  30437244 aacttcattaaggtatggctacaagacctcaaagatgctgtttatgtgct 30437195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Original strand, 30337015 - 30337234
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30337015 aaaaaatggccgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacggctctccatcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggctca 30337114  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| ||||||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||    
T  30337115 aaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctc 30337214  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  30337215 aaagatgctgtttatgtgct 30337234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30061988 - 30061769
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  30061988 aaaaaatggccgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacggctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggttca 30061889  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| ||| ||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||    
T  30061888 aaagctatcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctc 30061789  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    ||||||  ||||||||||||    
T  30061788 aaagatggtgtttatgtgct 30061769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 265 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30208133 - 30207919
Alignment:
Q  265 atggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagc 364  Q
    |||||||| || || || |||||||||||  | ||||||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30208133 atggctgacgccttacttggagttgtgttacagaatttgaagtctcttgttcaaaatgaattggccaccatttctggaatcaagtccaaggctcagaagc 30208034  T
Q  365 tgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaaga 464  Q
    | |||  |||||||||| || |||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||   |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  30208033 tttcaaccaccttagatttggtcaacgctgttcttgaagatgctgagcagaagcaagtcatcaatcgctctataaaggtatggctacaacaactcaaaga 30207934  T
Q  465 ttctgtttatgtgct 479  Q
    | |||||||||||||    
T  30207933 tgctgtttatgtgct 30207919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 264 - 479
Target Start/End: Original strand, 30711922 - 30712137
Alignment:
Q  264 aatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 363  Q
    ||||||||| || ||||| ||| |||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30711922 aatggctgacgctttgcttggatttgtttttgaaaacttgacgtctctccttcaaaatgaattttctaccatttctggaatcaaatcaaaggttcaaaag 30712021  T
Q  364 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 463  Q
    || ||||||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30712022 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 30712121  T
Q  464 attctgtttatgtgct 479  Q
    || |||||||||||||    
T  30712122 atgctgtttatgtgct 30712137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 238 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 30401715 - 30401474
Alignment:
Q  238 cttttcaactctttcttttaccaaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccattt 337  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||| || || || ||  ||| || |||||| ||  |||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  30401715 cttttcaactctttcttttctaaaaaaatggccgaagctttacttagagctgcgtttgagaaagtgaattctctcctacaaagtgaattttctaccattt 30401616  T
Q  338 ctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctat 437  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||  | ||||| ||   ||| | || ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||    
T  30401615 ctggaatcaagtcaaaggccaaaaacctatcaacctccttaaatcacatcgaggctgttcttgtagatgctgagaagagacaagtcaaagacagctatat 30401516  T
Q  438 taaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgct 479  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30401515 taaggtatggctccaacaactcaaagatgctgtttatgtgct 30401474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 30751544 - 30751401
Alignment:
Q  29 ataatggaccccgataataaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaacagtacccaatcaataataatggaaccttgcaagacagttgcataaattt 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  30751544 ataatggaccccgatgataaatttgtgattgaaaatgtgcgtcctacaaac---acctaatcaataataatggaaccttgcaagcaagttgcataaatct 30751448  T
Q  129 gtggttaaaaatacgccacacctacttgaatgtttgctcacaattatt 176  Q
    |||||| ||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30751447 gtggttgaaaatacgcc-tacgtacgtgaatgtttgctcacaattatt 30751401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 283 - 479
Target Start/End: Original strand, 17417181 - 17417377
Alignment:
Q  283 ggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagata 382  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||||  | ||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||   ||||||| |||  |||||| |||     
T  17417181 ggagttgtgtttgagaatttgttatctctggttcaaaatgaaattgcaaccacttttggaattaagtcaaaggtcgaaaagctatcaaccaccttggatc 17417280  T
Q  383 tgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgct 479  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  17417281 tgatcaaggctgttcttgaagatgctgagcataaacaagtcacagatcgctctaacaaggtatggcttcaacaactcaaagatgttgtttatgtgct 17417377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 176
Target Start/End: Original strand, 30240668 - 30240751
Alignment:
Q  88 atcaataataatggaaccttgcaagacagttgcataaatttgtggttaaaaatacgccacacctacttgaatgtttgctcacaattatt 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30240668 atcaataataatggaaccttgcaagcaagttgcataaatttgtggttaaaaatatg-----cctacttgaatgtttgctcacaattatt 30240751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 140
Target Start/End: Original strand, 30675510 - 30675606
Alignment:
Q  38 cccgataataaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaacagtacccaatcaataataatggaaccttgcaagacagttgcataaatttgtggttaaa 137  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||    
T  30675510 cccgataacaaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctagaaac---acccaatc---aataatggaaccttgcaagcaagttgcataaacttgtggttgaa 30675603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 316 - 465
Target Start/End: Original strand, 30329387 - 30329536
Alignment:
Q  316 caaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaaga 415  Q
    |||| ||||| | ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||| |  ||||||||||||| |||| | |    
T  30329387 caaagtgaatgttcaaccatttcctgaatcaagtttaatgctcaaaagctatcaaccaccttagatcttatcaaggttgttcttgaagatgttgagcata 30329486  T
Q  416 aacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagat 465  Q
    | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  30329487 agcaagtctcagaccgctctattaagatatggcttcaacaaatcaaagat 30329536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 376 - 461
Target Start/End: Original strand, 29608133 - 29608218
Alignment:
Q  376 ttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaa 461  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||||||| || | |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  29608133 ttagatataatcaaggcccttcttgaagatgctcagcacaaacaaatcacagatggctctataaaggtatggctacaacaattcaa 29608218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 455
Target Start/End: Original strand, 29614295 - 29614372
Alignment:
Q  378 agatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaaca 455  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | |||||  |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  29614295 agatataatcaaggccgttcttgaagatgttgagcacaaacatatcacagacggctctataaaggtatggctacaaca 29614372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 316 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 17984450 - 17984301
Alignment:
Q  316 caaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaaga 415  Q
    |||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||| |||| || |||  |||||||||  | || || || ||||| ||||| ||||| ||||    
T  17984450 caaaatgaatttgcaactctatctgcaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagaacttattaatgctgttctcgaagacgctgaaaaga 17984351  T
Q  416 aacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagat 465  Q
    | ||  | |||||  | |||||| |  |||||||||| ||||||||||||    
T  17984350 agcatttgacagatcgttctattcaaatatggctgcagcaactcaaagat 17984301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 80
Target Start/End: Original strand, 30519925 - 30519977
Alignment:
Q  29 ataatggaccc-cgataataaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaaca 80  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30519925 ataatggacccacaatgataaatttgtgattgaaaatctgtgtcctacaaaca 30519977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 80
Target Start/End: Original strand, 30560265 - 30560317
Alignment:
Q  29 ataatggaccc-cgataataaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaaca 80  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30560265 ataatggacccacaatgataaatttgtgattgaaaatctgtgtcctacaaaca 30560317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 29873984 - 29873947
Alignment:
Q  97 aatggaaccttgcaagacagttgcataaatttgtggtt 134  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29873984 aatggaaccttgcaagcaagttgcataaatttgtggtt 29873947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Original strand, 20295072 - 20295291
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  20295072 aaaaaatggccgacgctttgcttggagttgtgtctgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaggtcaaaggctcg 20295171  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| ||||||| ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||  |||| | ||| | |||    
T  20295172 aaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagcaatggttacaagacctc 20295271  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  20295272 aaagatgctgtttatgtgct 20295291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 307 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 52353530 - 52353364
Alignment:
Q  307 tctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatg 406  Q
    ||||| || |||||||||||| | ||| | |||  |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||| | ||||| || |||||||||||||    
T  52353530 tctctacttcaaaatgaattttccaccgtatcttcaatcaagtcaaaagctgaaaacctgtcaaacacgttagatctcatcaaggcagttcttgaagatg 52353431  T
Q  407 ctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagattctgttta 473  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  52353430 ctgagcagaaacaagtcacagaccgctctattaaagtatggcttcagcaactcaaagatgctgttta 52353364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 173
Target Start/End: Original strand, 20294803 - 20294938
Alignment:
Q  29 ataatggaccccgataataaatttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaacagtacccaatcaataataatggaaccttgcaagacagttgcataaattt 128  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||    
T  20294803 ataagggaccacgataataaattcgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaac---acccaatcgataataatggaacgtggcaagcaagttgcataaattt 20294899  T
Q  129 gtggttaaaaatacgccacacctacttgaatgtttgctcacaatt 173  Q
    |||||| ||||||||      |||| |||||||||||||||||||    
T  20294900 gtggttgaaaatacg------ctacgtgaatgtttgctcacaatt 20294938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 260 - 479
Target Start/End: Original strand, 25292437 - 25292656
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||||| || || || || |||||||| ||||| ||| ||  ||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  25292437 aaaaaatggcggacgcattacttggagttgtatttgagaatatgttgtccctgcttcaaaatgaatttgcaaccatttctagaatcaagtcaaaagctga 25292536  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    |||||| |||  |||||| ||| ||||  | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25292537 aaagctatcaatcaccttggatctgatataggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaagtcacagatcgctctattaaggtatggctacaacaactc 25292636  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgct 479  Q
    ||||||  ||| ||||||||    
T  25292637 aaagatgttgtatatgtgct 25292656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 172 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 26709026 - 26708714
Alignment:
Q  172 ttattctcaaagttcttcattctgtttacttttaacactcaagtcaatctaaaaccaatttcttatctt--------ttcaactctttcttttaccaaaa 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||||| ||||||| | |||||        ||| |||||||| |||  ||||     
T  26709026 ttattctcaaagttcttcattctgtttacttt-aacactcgt-tcactctaaa-ccaatttatcatcttgttatattttcgactctttcctttctcaaag 26708930  T
Q  264 aatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 363  Q
    |||||| ||| | || || ||||||||||| || ||||||| |||||| || |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||     
T  26708929 aatggccgatccctttcttggagttgtgttcgagaatttgatgtctctgcttcaaattgaattttctaccatttatggaatcaagtcaaaggctgaaaac 26708830  T
Q  364 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 463  Q
    || |||  |||||||| |   || |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  26708829 ctatcaaccaccttagttgacattagggccgttcttgaagatgctgagaagagacaagtcacagacaactttattaaggtatggctacaagacctcaaag 26708730  T
Q  464 attctgtttatgtgct 479  Q
    ||  ||| ||||||||    
T  26708729 atgttgtatatgtgct 26708714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 26709122 - 26709091
Alignment:
Q  49 atttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaaca 80  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26709122 atttgtgattgaaaatgtgtgtcctacaaaca 26709091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 260 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 7101022 - 7100802
Alignment:
Q  260 aaaaaatggctgatgcgttgctcggagttgtgtttgataatttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctca 359  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||  ||||| ||  |||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |    
T  7101022 aaaaaatgactgatgccttgcttgatgttgtgtttgagaacctgacatctcttcttaaaaacgaatttgcaactctatctggaatcaagtcaaaggctga 7100923  T
Q  360 aaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactc 459  Q
    ||| || |||  |||||||||  | || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||| |||||||| |  |||||||||| ||||||    
T  7100922 aaaactatcaaccaccttagaacttattaaggctgttcttgaagacgctgaaaagaagcaattaacagaccgctctattcaaatatggctgcagcaactc 7100823  T
Q  460 aaagattctgtttatgtgctt 480  Q
    |||||| | || |||||||||    
T  7100822 aaagatgcggtgtatgtgctt 7100802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 480
Target Start/End: Original strand, 7580297 - 7580438
Alignment:
Q  339 tggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctatt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||  ||||||| || |||||| |||| ||||| ||||| ||| | || ||| | ||||||    
T  7580297 tggaatcaagtcaaaggctcaaaagctatcaagaaccttagaactgatcaaggctgttcttcaagacgctgaaaagaagcaattaactgaccgatctatt 7580396  T
Q  439 aaggtatggctgcaacaactcaaagattctgtttatgtgctt 480  Q
     |  ||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||    
T  7580397 caaatatggttgcagcaactcaaagatgcggtgtatgtgctt 7580438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University