View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1056_high_72 (Length: 251)

Name: NF1056_high_72
Description: NF1056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1056_high_72
NF1056_high_72
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (10-251)||(14024649-14024890)
chr6 (10-248)||(13893463-13893701)
chr6 (10-251)||(13875756-13875997)
chr6 (10-251)||(14014518-14014759)
chr6 (10-248)||(13863289-13863527)
chr6 (10-248)||(14084038-14084276)
chr6 (10-251)||(13473444-13473685)
chr6 (10-251)||(14022087-14022327)
chr6 (10-251)||(14109844-14110085)
chr6 (9-248)||(13931730-13931969)
chr6 (9-237)||(13911229-13911457)
chr6 (10-248)||(14046772-14047010)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (166-248)||(37164866-37164948)
chr5 (166-223)||(38749107-38749164)
chr5 (166-248)||(35142922-35143004)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (166-224)||(3022634-3022692)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 14024649 - 14024890
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14024649 ccacaaaggtcaagattatcttcataacatgaggaatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatcta 14024748  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14024749 gcacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatattaactttccaat 14024848  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14024849 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 14024890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13893701 - 13893463
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  13893701 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagacaattgattatgtgacagatcta 13893602  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    ||||| |||  |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13893601 acacaccaatccgatctattttggaaagactagaaggaattgaaccaagcaacttattttgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaattttccgat 13893502  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13893501 atttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataa 13893463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13875997 - 13875756
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  13875997 ccacaaagatcaagattatcttcgtaatttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactctttggaatctctccagataattggttatgtgacaaatcta 13875898  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    ||||| |||| || |||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13875897 acacaccaagccggtctatttgagaaagactagaaggaattgaaccaatcaacttatttctagacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaat 13875798  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13875797 tcttgaaggaattttccctgtgaagttatttcttgataagtt 13875756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 14014518 - 14014759
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  14014518 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgaggcattgaaactttgtagttgtgtactccttggaatttctcccgataattgattatgtgacaaatcta 14014617  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    ||||| |||| || | |||| | ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14014618 acacaccaagccggtgtatttgtgaaagactagatggaattgaacaaagcaaattatttcttgagaaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaat 14014717  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
      |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  14014718 atttgaaggaattttccccgtcaagttgtttcttgataagtt 14014759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13863527 - 13863289
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||    
T  13863527 ccacaaagatcaagattatcttcgtaaaatgaggcattgaaaccttgtagttgtgtactctttggaatttcaccagataattgattatgtgacacatcta 13863428  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    || || |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  13863427 acccaccaagccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaaccaaacaacttgttttgtgacaaatcaagaaattcaagtgatgttaaccttccgat 13863328  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13863327 atttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataa 13863289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 14084038 - 14084276
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  14084038 ccacaaagatcaagattatctttgtaacgtgaggcatcaaaactttgaagttgtgtactctttggaatttctcccgataattgattatgcgacaaatcta 14084137  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    |||||  ||| || |||||| | || ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  14084138 acacactaagccggtctatttgagagagactatgaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgaaaaatcaagaaagtcaagtgatgctagatttccaat 14084237  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14084238 atttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 14084276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13473685 - 13473444
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| ||| | ||  ||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13473685 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgacggattgaaactttgtagttgtgtgctcaatggaatctctccagataattgattatgtgacaaatcta 13473586  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  13473585 acacaccaagccgatctatttgggaaagactagaaggaattgaacctagcaacttatttcgtgccaagtcaagaaagtcaagtgatcttagttttccaat 13473486  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13473485 atttgaaggaattttccctgtaaaattgtttcttgataagtt 13473444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 14022087 - 14022327
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  14022087 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacatgagggatcgaaactttgtagctgtgtacacgttggaatctctccatataattgattatgtgacacatcta 14022186  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    |||||  ||||||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14022187 acacactaagtcgatcaatttgagaaagactagaaggaatt-aaccacgcaacttgttttgtgataaatcaagaaagtcaagtgatgttagctttccaat 14022285  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14022286 atttgaaggaatttttcctgtgaagttgtttcttgataagtt 14022327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 14109844 - 14110085
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14109844 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgacaaatcta 14109943  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    |||||   || || |||||  | || ||||| |  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14109944 acacacttagccggtctatgtgagagagactgggaggaattgaaccaaacaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttagatttccaat 14110043  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataagtt 251  Q
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14110044 atttgaaggaattttccctgtcaagttgtttcttgataagtt 14110085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 248
Target Start/End: Original strand, 13931730 - 13931969
Alignment:
Q  9 accacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatct 108  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13931730 accacaaagatcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatctctccagataattgattatgtgacagatct 13931829  T
Q  109 aacacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaa 208  Q
    ||||||  ||| |  |||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||    
T  13931830 aacacactaagccagtctatttgagagagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgagacaaatcaagagagtcaagtgaagttagatttccaa 13931929  T
Q  209 ttcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13931930 tatttgatggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 13931969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 237
Target Start/End: Original strand, 13911229 - 13911457
Alignment:
Q  9 accacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatct 108  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||| || ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13911229 accacaaagatcaagattatcttcgtaacttgtggcgttgaaactttgtagttgtgtacttgttggaatctctccagataattgattatgtgacaaatct 13911328  T
Q  109 aacacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaa 208  Q
    ||||||  ||| || |||||  | || |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13911329 aacacactaagacggtctatgtgagagagactaggaggaattgaaccaagcaagttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccga 13911428  T
Q  209 ttcttgaaggaattttccctgtgaagttg 237  Q
       ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13911429 aatttgaaggaattttccctgtaaagttg 13911457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 248
Target Start/End: Original strand, 14046772 - 14047010
Alignment:
Q  10 ccacagaggtcaagattatcttcataacatgaggcatcaaaactttgtagttgtgtactcgttggaatttctccagataattgattatgtgataaatcta 109  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| | |||||    
T  14046772 ccacaaagatcaagattatcttcgtaacttgagggattgaaactttgtagttgtgtactcgttggaatcttgccagataattgattatgtgacagatcta 14046871  T
Q  110 acacagcaagtcgatctattcgggaaagactagacggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaat 209  Q
    |||||  ||| || |||||| | || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||    
T  14046872 acacactaagccggtctatttgagatagactaggaggaattgaaccaagcaacttatttcgtgacaaatcaagggagtcaagtgaggttagatttccaat 14046971  T
Q  210 tcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14046972 atttgatggaattttccctgcgaagttgtttcttgataa 14047010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 37164948 - 37164866
Alignment:
Q  166 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaattcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||| || ||||| ||||||||    
T  37164948 tttcttgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaactttccaatcattgaagtaatttcccctgtcaaattgttgcttgataa 37164866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 38749164 - 38749107
Alignment:
Q  166 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaattcttgaaggaattt 223  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||    
T  38749164 tttcgtgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctttgaagtaattt 38749107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 248
Target Start/End: Original strand, 35142922 - 35143004
Alignment:
Q  166 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaattcttgaaggaattttccctgtgaagttgtttcttgataa 248  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||   ||||| ||||| ||| || || ||||| ||||||||    
T  35142922 tttcttgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctctgaagtaatttccccagtcaaattgttgcttgataa 35143004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 224
Target Start/End: Original strand, 3022634 - 3022692
Alignment:
Q  166 tttcgtgacaaatcaagaaagtcaagtgatgttaactttccaattcttgaaggaatttt 224  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||    
T  3022634 tttcttgacaagtcaagaaattcaagtgatgttaaccttccaatctttgaagtaatttt 3022692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University