View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1056_low_19 (Length: 501)

Name: NF1056_low_19
Description: NF1056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1056_low_19
NF1056_low_19
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-501)||(5283742-5284243)
chr8 (4-501)||(5291240-5291738)
chr8 (4-501)||(15124609-15125107)
chr8 (6-501)||(5305360-5305856)
chr8 (4-501)||(14950559-14951058)
chr8 (78-501)||(5312572-5312993)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (4-492)||(31527242-31527731)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (4-173)||(11806510-11806670)
chr4 (138-198)||(39522631-39522692)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (132-201)||(6076593-6076663)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (132-198)||(33002541-33002608)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 501
Target Start/End: Original strand, 5283742 - 5284243
Alignment:
Q  1 ctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgat 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  5283742 ctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaattttttttcccatgattgtaacttaatgat 5283841  T
Q  100 cttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtaca 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283842 cttcatactatttagaacttccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtaca 5283941  T
Q  200 ttgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcag 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283942 ttgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcag 5284041  T
Q  300 aagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284042 aagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgc 5284141  T
Q  400 cgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttga 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5284142 cgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccataagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttga 5284241  T
Q  500 ga 501  Q
    ||    
T  5284242 ga 5284243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Original strand, 5291240 - 5291738
Alignment:
Q  4 tcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgatctt 102  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| | |||| | ||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||||||    
T  5291240 tcaggatctgtgccttcgacaaccatacaaactctttatcgcgtaacaactcaactaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaatgatctt 5291339  T
Q  103 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5291340 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgacagttttgtaggatccttgcaaatggtacattg 5291439  T
Q  203 aggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaag 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| || | |  ||| || | || || ||||| |||| |||    
T  5291440 aggagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaacaccgacaacaccaaagaggacactaatggaaagaataagttgaaatgcacaag 5291539  T
Q  303 cccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccga 402  Q
     |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  5291540 tccatgttgtatgaaaccaccatggaaattctcccattctgtatgcatcaactgcaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtctctgccttgccga 5291639  T
Q  403 gctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttgaga 501  Q
    ||||||||||||||  |||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5291640 gctagaaagctttaactgctttcggtaaaccgccaccataagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttgaga 5291738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 15125107 - 15124609
Alignment:
Q  4 tcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgatctt 102  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||    
T  15125107 tcaggatctgtgccttagacaaccatacaaactctttatcgcgcagcgactcgactaagttcttgaatttttcttcccatgattgtaacttaatgatctt 15125008  T
Q  103 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattg 202  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15125007 catactatttagaatctctgaagttgttcgaagacgttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtatattg 15124908  T
Q  203 aggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaag 302  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||| |    | || | || || ||| | ||||||||    
T  15124907 aaaagtccacatataagaagaggcactaaaccaggaagagcaccaataccaacaacaataaagagaacactggtggaaagaaaaagttgcaatgcagaag 15124808  T
Q  303 cccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccga 402  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  15124807 tccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctataagaatcaactgcaatgtaattcacaatttctccgaccgagtgtcttttccttgccga 15124708  T
Q  403 gctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttgaga 501  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15124707 gctagaaagctttagctgcttttgataaactgctaccattagagctgatctcattttcatacctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgaga 15124609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 6 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 5305856 - 5305360
Alignment:
Q  6 aggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgatcttca 104  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||| ||        ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5305856 aggatctgtgcctttgacaaccatacaaactctttatgacgtaacaactcaattaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaataatcttca 5305757  T
Q  105 tactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgag 204  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  5305756 tactattcagaatctctgaagttgatcgaagacgttcgtcttgtgcaatcataaactgtgactggcaattttgtaggatccttgctgacggtacattgag 5305657  T
Q  205 gagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcc 304  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || | ||||| ||| | |||| ||| |    
T  5305656 aagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaaggataacaatggaaagaacaagttgcaatgcacaagtc 5305557  T
Q  305 catgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagc 404  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  5305556 catgttatatgaaaccaccatgggaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcgccggccaagtgtcttgttcttgccgggc 5305457  T
Q  405 tagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttgaga 501  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  5305456 tagaaagctttagctgcttttgataaactgctgccatcaaagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttgaaaaaccaatgtctctgaga 5305360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 4 - 501
Target Start/End: Original strand, 14950559 - 14951058
Alignment:
Q  4 tcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgatctt 102  Q
    ||||||| |||| |||| ||| |||||  ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||| ||        |||||||||||||||| ||||||||    
T  14950559 tcaggatttgtgtcttagacaaccatatgaactctttattgcgtagcgactccactaagttcttgaatttttcttcccatgattgtaacttgatgatctt 14950658  T
Q  103 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattg 202  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||| |||    
T  14950659 catactatttagaatctctgaagttgatcgaagacgttcatcctgtgcaatcataaactgtgaccgacaattttgtaggacccttcctaatggtacgttg 14950758  T
Q  203 aggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaag 302  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||| | |  |||||| | ||||| ||| | | ||||||    
T  14950759 agaagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaataccaacaacaaaaaaaaggacaccaatagaaagaacaagttgcaatacagaag 14950858  T
Q  303 cccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccga 402  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||    
T  14950859 tccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctataagcatcaactgcaatgtaattcacaatttctccggccgagtgcctcatccttgccga 14950958  T
Q  403 gctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctc-cttgagttaaaaaaccaatgcctttgaga 501  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14950959 gcttgaaagctttagctgcttttgataaactgctaccattagagctgatctcattttcatacctgacctcttttgagttaaaaaaccaatgtctttgaga 14951058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 78 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 5312993 - 5312572
Alignment:
Q  78 cccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttg 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  5312993 cccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaatctctgaagttgatctaagccgttcatcctgtgcaatcataaactgtacctgacaattttg 5312894  T
Q  178 taggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaata 277  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||     
T  5312893 taggatccttgcaagtggtacattgagaagtccacagatgagaagaggcactaaaccgggaagagcaccaataccaacaacaccaaaaagaatagcaatg 5312794  T
Q  278 gacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcac 377  Q
    |||| ||||| ||| | |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |    
T  5312793 gacagaacaagttgcaatgcacaagtccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaattgcaatgtaattcaaaatttcgc 5312694  T
Q  378 cggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttga 477  Q
    |||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5312693 cggttgagtgtcttgtccttgccatgcttgaaagctttagctgctttcgataaactgccaccatcaaagctgatctcattttcattcctgacctccttga 5312594  T
Q  478 gttaaaaaaccaatgcctttgaga 501  Q
    |  |||||||||||| | ||||||    
T  5312593 g--aaaaaaccaatgtcgttgaga 5312572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 4 - 492
Target Start/End: Original strand, 31527242 - 31527731
Alignment:
Q  4 tcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnn-cccatgattgtaacttaatgatctt 102  Q
    |||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  31527242 tcaggatctgcgacttagacaaccatacaaactctttatcgcgtaaggactcaactaagttcttaaatttttcttcccatgattgtaacttaatgatctt 31527341  T
Q  103 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattg 202  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31527342 catactatttagaatctcggaagttgatctaagacgttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacgttg 31527441  T
Q  203 aggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaag 302  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |  ||| |||| ||||| ||| |||  | |||    
T  31527442 agaagtccacatataacaagagggactaaaccaggaagagcaccaataccaacaacaccgaaaaggacagcaatggacagaacaagttgtagtatacaag 31527541  T
Q  303 cccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccga 402  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  31527542 tccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactgcaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttatctttcccga 31527641  T
Q  403 gctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatg 492  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31527642 gctagaaagctttagctgcttctcataaactgccaccatcagagctgatctcattttcattcctaacctccttgagttaaaaaaccaatg 31527731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 173
Target Start/End: Original strand, 11806510 - 11806670
Alignment:
Q  4 tcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttctt-aaannnnnnncccatgattgtaacttaatgatctt 102  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |  ||| | ||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||||||    
T  11806510 tcaggatctgtgccttagacaaccatacaaactctttatcgcgtaacagctcaactaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaatgatctt 11806609  T
Q  103 catactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaat 173  Q
    |||| |||||| || ||| |||| |          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11806610 catattatttacaatctctgaaggt----------gttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgacaat 11806670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 138 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 39522692 - 39522631
Alignment:
Q  138 gttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtac 198  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||    
T  39522692 gttcgtcctgtgcaatcataaattgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtac 39522631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 201
Target Start/End: Original strand, 6076593 - 6076663
Alignment:
Q  132 gaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtacatt 201  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  6076593 gaaggcgttcgtcctgtccaatcataaactgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtacatt 6076663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 198
Target Start/End: Original strand, 33002541 - 33002608
Alignment:
Q  132 gaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtac 198  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||    
T  33002541 gaaggcgttcgtcctgtgcaatcataaattgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtac 33002608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University