View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10579_low_1 (Length: 561)

Name: NF10579_low_1
Description: NF10579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10579_low_1
NF10579_low_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (13-520)||(36526186-36526674)
chr1 (13-487)||(37923557-37924029)
chr1 (62-517)||(37871803-37872260)
chr1 (246-477)||(35051609-35051840)
chr1 (340-458)||(8237318-8237434)
chr1 (363-399)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (28-520)||(23269746-23270237)
chr5 (18-365)||(4430469-4430817)
chr5 (248-520)||(26917294-26917566)
chr5 (367-520)||(4431011-4431164)
chr5 (277-447)||(14964904-14965074)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (28-511)||(29468266-29468749)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (163-505)||(9252262-9252603)
chr2 (46-307)||(40728311-40728566)
chr2 (45-217)||(10785850-10786022)
chr2 (74-442)||(37490630-37490999)
chr2 (97-402)||(13018965-13019258)
chr2 (336-477)||(19920791-19920932)
chr2 (202-515)||(8294968-8295281)
chr2 (246-444)||(24588542-24588736)
chr2 (361-399)||(13923026-13923064)
chr2 (363-476)||(36359621-36359734)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (61-464)||(18603-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (303-478)||(5460873-5461048)
chr7 (190-439)||(28283782-28284031)
chr7 (353-515)||(29443757-29443918)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (337-478)||(43000413-43000554)
chr4 (384-475)||(43381919-43382010)
chr4 (247-284)||(43381799-43381836)
chr4 (367-406)||(29135150-29135189)
chr4 (345-405)||(35762788-35762849)
chr4 (365-477)||(39079649-39079761)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (361-446)||(9738634-9738720)
chr3 (369-505)||(46107349-46107485)
chr3 (362-417)||(21330778-21330833)
chr3 (360-404)||(43059104-43059148)
chr3 (362-445)||(35529008-35529090)
chr3 (361-403)||(47798396-47798438)
chr3 (204-317)||(17571196-17571309)
chr3 (359-448)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 36526674 - 36526186
Alignment:
Q  13 cacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526674 cacagacaagagaagtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgacgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgt 36526575  T
Q  113 gtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36526574 gtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcgaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagctagaggtctaaaagaagc 36526475  T
Q  213 gataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattcc 312  Q
     |                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526474 ta-------------------gaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattcc 36526394  T
Q  313 atgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccact 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526393 atgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccact 36526294  T
Q  413 tgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttg 512  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36526293 tgttagctcgggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgtcatcttgtattacaactaccattagaaatgaaatgagttaaatttg 36526194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 13 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 37924029 - 37923557
Alignment:
Q  13 cacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgt 112  Q
    ||||||||| || | |||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||  | ||||||||||    
T  37924029 cacagacaaaaggagtggactaaaccggtagtcggggaagtgaagtgcaatgttgatgcaacaatttttaaggaacaaggttgtta--gagtcggtatgt 37923932  T
Q  113 gtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagc 212  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923931 gtctaagaggggatcgaggggagttcattaaagcaaagacaacatagtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagc 37923832  T
Q  213 gataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattcc 312  Q
    |||||  |||||||||||  |||||||| |   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  37923831 gataaaatggcttggtaccttgaggtttccttcggtgtctatagaacttgattgcaagcaagtggttgatggcatctcaagcaatctcagcaccaattcc 37923732  T
Q  313 atgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccact 412  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923731 atgttcggcgcaattctgaatacttgcaaagtttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccact 37923632  T
Q  413 tgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactacta 487  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37923631 tgttagttagggcgtcattatcttatgctagttcccaagatcatgattatatgccatcttgtattaaaactacta 37923557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 517
Target Start/End: Original strand, 37871803 - 37872260
Alignment:
Q  62 atgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggta 161  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||  |  |||| | | ||||     
T  37871803 atgttgatgcggcaaatttcaaggagcaagtatgttatggggtcagcatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattagggagaagaaatcttggtt 37871902  T
Q  162 caaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaactt 261  Q
     ||||| ||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||   | |||||| |    ||||| |||||| ||    
T  37871903 taaaggcctcccacaacccaacaaggtggaagcaagaggtttaaaagaagcgacaatctgacttggtaaattaaggtttccttctgtgtccatcgaaatt 37872002  T
Q  262 gattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatc 361  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| | |  |  ||||| | |  ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37872003 gattgtaagcaagtggtttacgacatctctagcaatctcaacatcaattccatgctcgtggt-attctgattggttgcaaagcttcacttctgaataatc 37872101  T
Q  362 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttc---atga 458  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   || |   | |||||||||| |||||||  |||||   ||||    
T  37872102 aaaactttaagataagttttattaggagacaaacaaataatgtttcccacttattagtcagagttgcgttatcttatggtagttccaaagttcatgatga 37872201  T
Q  459 ttatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttct 517  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   | |||  ||||||||||||| ||| |||||||    
T  37872202 ttatatgccatcttgtattacgaccgttgttattaatgaaatgagttgagtatgtttct 37872260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 246 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 35051840 - 35051609
Alignment:
Q  246 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 345  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||| |   ||| |||||||| || ||||| ||| ||| |  ||| ||| ||||||    
T  35051840 ggtgtctatcaaacttgattacaagcaagtggttgacaacataactaggagactcaacaccaatttcaagtttgacgcaattattgatatttgaaaaact 35051741  T
Q  346 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 444  Q
    ||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  35051740 tcagtta-gaacctaccaaaactttaagaaaagtttcattagaagacaagaaaataatattggccatttgttagcaatgacgtcattattttatgctagt 35051642  T
Q  445 tcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 477  Q
    ||||   ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  35051641 tcccacattcttgataatattccatcttgtatt 35051609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 458
Target Start/End: Original strand, 8237318 - 8237434
Alignment:
Q  340 aaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 439  Q
    |||||||||||||  | | | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8237318 aaaacttcacttagaatttaccaaaattttaagataagtttcattag--gacaagcaaataatattgccgacttgttagctaggacgacaatatcttatg 8237415  T
Q  440 ctagttcccgagttcatga 458  Q
     | ||||||  ||||||||    
T  8237416 ttggttcccatgttcatga 8237434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 363 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 19023382 - 19023346
Alignment:
Q  363 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 399  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19023382 aaactttaagataagttttgttaggagacaaacaaat 19023346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 28 - 520
Target Start/End: Original strand, 23269746 - 23270237
Alignment:
Q  28 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatc 127  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| | | ||||||  | | ||| ||||    
T  23269746 tggattagatcgttagctgcggaagtgaagtgtaatgtcgacgcgacaatctttaaggatcaaggttgttatgggattgatatgtgcttgacaggggatc 23269845  T
Q  128 gatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttgg 227  Q
    || |||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23269846 gaggggagttcatgagagcgaagacagcttggtacagaggtctctctcaacccaatgaggcggaagcaagaggtctaaaagaagcgagaaagtggcttgg 23269945  T
Q  228 tactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgatt 327  Q
    |||| | || | | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |||| ||| | ||| |||    
T  23269946 tactttaagatatacatcggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa-tggttgacgacatctctagcaatctcaacaccaaatccacgttcgacgctatt 23270044  T
Q  328 ctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgt 427  Q
    || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  23270045 ctgaacacttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattagaagacaagcaaataatgttgctcacttgttagctagggagt 23270144  T
Q  428 cattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 520  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||    
T  23270145 cattatcttatgctagttcccaagttcatgattatatgccatcttgtattacaaatgctattaatagtgaaatgaattaactttgtttctgtc 23270237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 4430469 - 4430817
Alignment:
Q  18 acaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 117  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4430469 acaagagaggtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgttgatgcgacaatttttaaggatcaaggatgttatggggtcggtatgtgtcta 4430568  T
Q  118 agaggtg-atcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgata 216  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  4430569 agaggtgtatcgagaggagttcatttaagcaaatacatcatggtacaaaagtctcccacaacccaaagaagcataagcagaaggtctaaaataagcgata 4430668  T
Q  217 atgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt 316  Q
    || ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4430669 atatggcttgatactatgaggattttcaaagtgtctatcgaactgaattgcaagtaagtggttgacggcatttctagcaacttcagcaccaatttcatgt 4430768  T
Q  317 ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaa 365  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4430769 ttggcgcgattatgaatacttgcaaaacttcacttgtgaatcatcaaaa 4430817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 248 - 520
Target Start/End: Original strand, 26917294 - 26917566
Alignment:
Q  248 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     ||| || |||||| ||||||| ||| |||||  ||| ||||||| ||||    
T  26917294 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatagctaggggactcaacaacaattcaatgtttgacgctattcttgatatttgcaaagcttc 26917393  T
Q  348 acttatgaatcatcaaaa-ctttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 446  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  |  || | ||||||||||||||||||||| || |    
T  26917394 actta-gaatctacaaaaactttaagataagttttattaggagacaagcaaatagtgttgcccatctactagcaagggcgtcattatcttatgcttgtcc 26917492  T
Q  447 ccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 520  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||| |||   |||  |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26917493 ccatgttcatgatcatatgccatcttgcattgagactgttattattaatgaaatgagttaagtttgtttttgtc 26917566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 367 - 520
Target Start/End: Original strand, 4431011 - 4431164
Alignment:
Q  367 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgc 466  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| | | |||||| ||  ||||    
T  4431011 tttaagataagttttattaggagagaagcaaataatgtttcccacttgttagctagggcggaattatcttatgctaattctcaaattcatggttgcatgc 4431110  T
Q  467 catcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgtttctgtc 520  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4431111 catcttgtattacaattattattagaattgaaatgagttaagtttgtttctgtc 4431164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 277 - 447
Target Start/End: Original strand, 14964904 - 14965074
Alignment:
Q  277 gttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataa 376  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  || ||   || |||| | || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14964904 gttgacgacatctctaacaatttcagcaccaattttatattcaacgagattttaaacacttgcaaaatttaatttatgaatcatcaaaactttaagataa 14965003  T
Q  377 gtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 447  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14965004 gtttcatcaagagacaatcaaataatgttgcccacttattagttagggcgccattatcttatactagttcc 14965074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 28 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 29468749 - 29468266
Alignment:
Q  28 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaattttt-aaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgat 126  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | ||||| |||||||| |      
T  29468749 tggattagaccggtagccagtgaggtggattgcaatgtcgacgcagtaattttttaaggatcaatgatgttatggg-tcagaatgtgcctaagaggggtg 29468651  T
Q  127 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 226  Q
    ||| |||||||||||  ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  29468650 cgaggggagttcattggagcgaagacaacttggtataaaggtctcccacaacctaaagaagcgaaagcacgaggtctaaaaaaagaaataaagtggcttg 29468551  T
Q  227 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 326  Q
    ||||| |||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||    
T  29468550 gtactttgaggtttccttcggtatctatcgaacttgattgcaagcaagtagttgattgcatctctagcaactttagcaccaggtccatgttcggcgcaat 29468451  T
Q  327 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcg 426  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |    
T  29468450 cctgaatatttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattatgagacaaacaaataatgttgcatacttgttagctaggatg 29468351  T
Q  427 tcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagttt 511  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  29468350 tcattatgttatgctagttctcaagttcatgattacatgtcatcttgtattacaactactattattaatgaaatgagttgagttt 29468266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 163 - 505
Target Start/End: Original strand, 9252262 - 9252603
Alignment:
Q  163 aaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttg 262  Q
    |||||| |||||||| |||| || |  |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  9252262 aaaggtatcccacaatccaacgaggtggaagcaagagatttaaaagaagcgataaattggtttgataatttgaggttttcttcg-tgtctatcaaacttg 9252360  T
Q  263 attgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatca 362  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  9252361 attgtaagcaagtggttgacggcatctctagcaatctaagcaccaatttcatgttcagcgctattctgaatggtggcaaagcttcacttttgaatcatca 9252460  T
Q  363 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 462  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| |  || ||| |||||||||| ||||||| |  ||| ||||||||    
T  9252461 aaactttaacataagtttcattaaaagacaaacgaataatgttacccatttgttagcctggacgttattatcttatcctagttctcatgttaatgattat 9252560  T
Q  463 atgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 505  Q
    ||| |||||| |||||| |||  | ||| | ||||||||||||    
T  9252561 atgtcatcttatattacgactgttgttatatatgaaatgagtt 9252603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 40728566 - 40728311
Alignment:
Q  46 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatg---ttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcatta 142  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||||| ||||| ||||||||      ||   |||||||||    
T  40728566 ggggaggtgaagtacaatgtagatgcaacaatttttaaggatcaaggaggcggttatggggtcggaatgtgcctaagagg------at---agttcatta 40728476  T
Q  143 aagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttc 242  Q
     ||| |||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||| |    
T  40728475 gagccaagacatcttggtatacaggtctccaataacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaggaagcgacaaaatggtttggtactttgaggtttac 40728376  T
Q  243 cagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcacca 307  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40728375 ttcgttgtctatcgaacttgattgcaagcaagtatttgacgacatctctagcaacttcagcacca 40728311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 217
Target Start/End: Original strand, 10785850 - 10786022
Alignment:
Q  45 tggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaa 144  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  10785850 tggggaagtgaagtgtaatgttgatacaacaatttttaaggaacaaggttgttatgggatcggtatgtgtttgagaggggatcgaggggagttcattaga 10785949  T
Q  145 gcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataa 217  Q
    || |||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10785950 gcgaagacaacttggtacaaaggcatcccacaacccaaagaagtaaaagcaagaggtctaaaagaaacgataa 10786022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 74 - 442
Target Start/End: Original strand, 37490630 - 37490999
Alignment:
Q  74 caatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctccc 173  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||| |||| || | ||||||| |||||| ||||  ||| |||||| | | ||  ||||| || ||    
T  37490630 caatttttaaagagtaaggatgttatgggatcaacatgggtcttagcgatgatcgaggggagtacattggagcgaagacaacttcgtttaaaggccttcc 37490729  T
Q  174 acaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa 273  Q
    |||| |||| |  |  ||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||| | |||||||| |   | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37490730 acaatccaacgtggaggaagcaaaaggtttaaaagaagcgataaattgtcttggtaatttgaggtttccttcgttgtctatcaaacttgattgtaagcaa 37490829  T
Q  274 gtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt-ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaag 372  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||| |   ||| | |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37490830 atcgttgacgacatctctagcaatctcaataccaatttcatgtgttgacattattttgaatgattgcaaagcttcactactgaatcatcaaaactttcag 37490929  T
Q  373 ataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 442  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  37490930 ataagtttcattagaagacaagtaaataatgttgtccacttgttagctaggacgtcattatctcatgcta 37490999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 97 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 13019258 - 13018965
Alignment:
Q  97 tatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaa 196  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||    
T  13019258 tatggggtcggcatgcgtcttagaggggattgaggggagttcattagggcgaagacaacttggtttaaaggcctcccacaatccaacgaggcagaagcaa 13019159  T
Q  197 gaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaa 296  Q
    | ||| |||||||||||||||  | | |||| | |  ||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||    ||||||| | ||||||||||||    
T  13019158 gtggtttaaaagaagcgataaattcgtttggcaattcgagattttcttcggtgtctatcgaacttaattgtaag----tggttgatgccatctctagcaa 13019063  T
Q  297 cttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaaca 396  Q
    |        | |||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13019062 c--------ccattccatgtttggcgctattcttaatggttataaagcttcacatctgaatcatcaaaattttaagataagtttcattaggagacaatca 13018971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 336 - 477
Target Start/End: Original strand, 19920791 - 19920932
Alignment:
Q  336 ttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatc 434  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  19920791 ttgcaaaacatcactta-gaatctatcaaaactttaagctaggtttcattaggaaacaagcaaatagtgtttgccatttgttagcaaggacgtcattatc 19920889  T
Q  435 ttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatt 477  Q
    |||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  19920890 ttataccagttcccacattcatgattatatgccatcttgtatt 19920932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 202 - 515
Target Start/End: Original strand, 8294968 - 8295281
Alignment:
Q  202 ctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttca 301  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| | ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |     |||    
T  8294968 ctaaaagaggcgataaaatggcttggaagtatgagtctatctaaggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtgatttacggcatagcttggggactca 8295067  T
Q  302 gcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaata 400  Q
     || ||||| |||||||||||   ||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  8295068 acatcaatttcatgtttggcgttgttcttgatatttgcaaagcttcactta-gaatctgccaaaactttaagataagttttattaagagacaaataaata 8295166  T
Q  401 atgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaat 500  Q
     |||||| || ||| || | |    |||||||||||||| || |  |   ||||||||  |||| ||||||||||||   | | ||||||  ||||||||    
T  8295167 gtgttgctcatttgctaacaaatttgtcattatcttatgttaatctctacgttcatgaacatataccatcttgtattgagattgctattaataatgaaat 8295266  T
Q  501 gagttaagtttgttt 515  Q
    |||||||||||||||    
T  8295267 gagttaagtttgttt 8295281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 24588736 - 24588542
Alignment:
Q  246 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||    
T  24588736 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgacataactaggggactcaacaccaattccatgtttggcgctattcttgatatttgtaaagct 24588637  T
Q  346 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 444  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||     ||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| |   ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  24588636 tcactta-gaatctaacaaaactt----gtaagttttattagaacacaatcaaatagtgttgcccattcactagaaagggcgtcattatcttatgctagt 24588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 361 - 399
Target Start/End: Original strand, 13923026 - 13923064
Alignment:
Q  361 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13923026 caaaactttaagataagtttcattaggaaacaagcaaat 13923064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 476
Target Start/End: Original strand, 36359621 - 36359734
Alignment:
Q  363 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattat 462  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||| |||| ||||| ||  | |||||| | ||||| ||||| || |||||||| || | |  ||||||| ||    
T  36359621 aaactttaagataagttttatcagacgacaagcaaacaatgtggctaatttgttagcaagggcttcattgtcatatgctaggtctcaatgtcatgatcat 36359720  T
Q  463 atgccatcttgtat 476  Q
    ||||||||||||||    
T  36359721 atgccatcttgtat 36359734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 61 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 18998 - 18603
Alignment:
Q  61 aatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaa-agcaaagacagcgtgg 159  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||   ||| |||||| | |||    
T  18998 aatgtcgatacaacaatttt-aaggagtaaggatgttgttgggtcgacatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattgggagcgaagacaacttgg 18900  T
Q  160 tacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaac 259  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||       ||||||||| | | |||||| |   ||||||||| ||||    
T  18899 tttaaaggtctcccacaacccaatgaggcgtaagcaagaggtttaaaagaagcg-------ggcttggtaatttaaggtttccgtcggtgtctattgaac 18807  T
Q  260 ttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatca 359  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||||||||||| ||||   || ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  18806 ttgattgtaaacaagtggttgacgacatatctagaaatctcaacaccaattccacgtttat-gctattttgaatggttgcaaagcttcacttctgaatca 18708  T
Q  360 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 459  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| || | ||| ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||||| || ||||||| |||  ||||||||||    
T  18707 tcaaaatttgaagacaagtttcattaagaaaaaaagaaataattttgcccacttgttagccaagttgtcattacctcatgctagctccaaagttcatgat 18608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 303 - 478
Target Start/End: Original strand, 5460873 - 5461048
Alignment:
Q  303 caccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataa 401  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5460873 caccaattccatgttcggcgctattctagagacttgcaaagcttc-cttgagaatttaccaaaactttaagataagtttcattaggagacaagcaaatat 5460971  T
Q  402 tgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 478  Q
    ||||||  |||||||| ||||  | |||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5460972 tgttgctgacttgttagctagaacatcattatcttatgctagtcctcaaattcatgatcatatgccatcttgtatta 5461048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 190 - 439
Target Start/End: Original strand, 28283782 - 28284031
Alignment:
Q  190 gaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatct 289  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||| |    |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| | |||||    
T  28283782 gaagcaagggttttaaaagaagcaataaattggcttagtaatttgaggtttccttctgtgtctattgaacttgatcgtaagcaagtgcctgatgacatct 28283881  T
Q  290 ctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 389  Q
    |||||||  ||| |||  |||| |||||   | | ||||| |||   ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28283882 ctagcaatctcaacactgattctatgttcaacactattctgaatggctgctaagcttcacttctgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 28283981  T
Q  390 acaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 439  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  28283982 acaaacaaataatgatgttcacttgttagtcagggtgtcattatcttatg 28284031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 353 - 515
Target Start/End: Original strand, 29443757 - 29443918
Alignment:
Q  353 tgaatcatcaaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgag 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||  |||  ||||||||| | ||||| | ||||||||||| | |||| |  |    
T  29443757 tgaatcatcaaaactttaagataagttttcattt--agacaagcaaataaatttgttcacttgttagcaagggcattattatcttatgtttgttctcatg 29443854  T
Q  452 ttcatgattatatgccatcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagttaagtttgttt 515  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| |||  ||||||||||||| |||||||||    
T  29443855 ttcatgattatatgtcatattgtattacgattactgttattaatgaaatgagttgagtttgttt 29443918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 337 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 43000554 - 43000413
Alignment:
Q  337 tgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatctt 436  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || | || |||||  ||| || |||||||||||    
T  43000554 tgcaaagcttcacttaaaaaaaatcaaaactttaatataagttttattaggagacaagcaaacaatattactcatttgtttgctaaggtgtcattatctt 43000455  T
Q  437 atgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgtatta 478  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  43000454 atgctaatttccaagttcatgattatatgtcatcttgcatta 43000413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 475
Target Start/End: Original strand, 43381919 - 43382010
Alignment:
Q  384 taggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgccatcttgta 475  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  43381919 taggagacaaacaaatagtgttgctcatttgttaacaaggacgtcattatcttatgctagtttccacattcatgatcatattctatcttgta 43382010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 284
Target Start/End: Original strand, 43381799 - 43381836
Alignment:
Q  247 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381799 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 43381836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 406
Target Start/End: Original strand, 29135150 - 29135189
Alignment:
Q  367 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttg 406  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  29135150 tttaagataagtttcgttaggagacaaataaataatgttg 29135189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 405
Target Start/End: Original strand, 35762788 - 35762849
Alignment:
Q  345 ttcacttatgaatcatcaaaactttaaga-taagtttcattaggagacaaacaaataatgtt 405  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| | |||||||||||||||||    
T  35762788 ttcacttgtgaatcatcaaaactttaatattaaattttattatgggacaaacaaataatgtt 35762849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 365 - 477
Target Start/End: Original strand, 39079649 - 39079761
Alignment:
Q  365 actttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatat 464  Q
    |||||||||||||||| ||||   || ||| ||||||||| |  || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||  | | |||||||| ||||    
T  39079649 actttaagataagttttattacacgaaaaataaataatgtcgttcatttgttagctagaaagtcattatcttatgctagttttcaaattcatgatcatat 39079748  T
Q  465 gccatcttgtatt 477  Q
     | ||||||||||    
T  39079749 actatcttgtatt 39079761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 361 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 9738720 - 9738634
Alignment:
Q  361 caaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 446  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9738720 caaaactttaagatattttttcattaggtgacaaccaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatcttatgttagttc 9738634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 505
Target Start/End: Original strand, 46107349 - 46107485
Alignment:
Q  369 taagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgattatatgcca 468  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||  | ||||  || ||||||||    
T  46107349 taagatacgtttcattaggtgacaagtaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatattatgttagttcctaaattcacaatcatatgcca 46107448  T
Q  469 tcttgtattacaactactattagaaatgaaatgagtt 505  Q
     ||||||| || ||   |||||  |||||||||||||    
T  46107449 acttgtatcacgacagttattactaatgaaatgagtt 46107485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 21330833 - 21330778
Alignment:
Q  362 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgtta 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  21330833 aaaactttaagataagttttattcggagacaaataaataatgttgctcatttgtta 21330778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 360 - 404
Target Start/End: Original strand, 43059104 - 43059148
Alignment:
Q  360 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgt 404  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43059104 tcaaaattttaagataagtttcattataagacaaacaaataatgt 43059148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 35529090 - 35529008
Alignment:
Q  362 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 445  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||   |||||||||||||| |||||    
T  35529090 aaaattttaaaataagtttcattaagcgacaaacaaatgatgttgctca-ttgttagctagaatgtcattatcttatgttagtt 35529008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 361 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 47798438 - 47798396
Alignment:
Q  361 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatg 403  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47798438 caaaactttaagataagttttattaagagacaaataaataatg 47798396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 317
Target Start/End: Original strand, 17571196 - 17571309
Alignment:
Q  204 aaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagc 303  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||| | ||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  17571196 aaaagaagcgataaactaacttagtaatttgaggttttcttcggtctctatcgaacttaactgtaagtatgtggttgacgacatctctagcaatctcaac 17571295  T
Q  304 accaattccatgtt 317  Q
    ||||||| ||||||    
T  17571296 accaattacatgtt 17571309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 46016324 - 46016235
Alignment:
Q  359 atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttccc 448  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| |||||||| || ||||||  ||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  46016324 atcaaaactataatataagtttcatttgaggacaatcaaacaatgttgctcatttgttagttagagcatcattatcttatgtttgttccc 46016235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University