View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10583_3 (Length: 704)

Name: NF10583_3
Description: NF10583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10583_3
NF10583_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-683)||(36824732-36825407)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 683
Target Start/End: Original strand, 36824732 - 36825407
Alignment:
Q  13 aatattcactccaaaagaattaagatactccactctcaggagtaaccaacc-aaatggtcaaataagcaacaaaagttgaaccatcaagcgaaatcacaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  36824732 aatattcactccaaaagaattaagatactccactctcaggagtaaccaacccaaatggtcaaataaacaacaaaaattgaaccatcaagcaaaatcacaa 36824831  T
Q  112 ctcaagattttaccacttgaaggaaacaacaatccaatgtttaaccgccatagggcaaaatctaacatcaacatagccaattaaggcacaaagctttaac 211  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36824832 ctcaaggttttaccacttgaaggaaacaacaatccaatgtttaaccgccataaggcaaaatctaacatcaacatagccaattaaggcacaaagctttaac 36824931  T
Q  212 catctagcaaacatgtttagccaccataaggtagaaactca--tgaagtgaacaagttggttataaataaatccaccttctaccttatatactagctagc 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36824932 catctagcaaacatgtttagccaccatagggtagaaactcaaatgaagtgaacaagttggttatacataaatcaaccttctaccttatatactagctagc 36825031  T
Q  310 taaaatcggtatgactacccatatttcaacattactacctctagataaaattttacaattaaagtttaaactatggcatgaatgatgacatcaagctgta 409  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36825032 taaaatcggtatgactacctatatttcaacatcactagctctagataaaattttacaattaaagtttaaactatggcatgaatgatcacatcaagctgta 36825131  T
Q  410 ctaagtactaagaaaaccctaagtatcctaaacttatcacatctc--tctacaacaaaaagataatcgtatctaaacatgactcaagtggacgacaaaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||| |||| || |||||||||| ||||||||    
T  36825132 ctaagtactaagaaaaccctaagtatcctaagcttatcacatctctctctacaacaaaaaaataaccgtatccaaacttggctcaagtggatgacaaaaa 36825231  T
Q  508 taatcactagtttctaactcagttgaatttgaaaattaagacgattactcaataaaccatttggattgttcgcgtgcccctcaaccaattagaacacaac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  36825232 taatcactagtttctaactcagttgaacttgaaaattaagacgattactcaataaaccatttggattgttcacgtggccctcaaccaattagaacacaac 36825331  T
Q  608 taccaatcaactttttcaaaagatgtgagcaatttaagatgtctattgaacaatcacatgaaatcaacataatccc 683  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36825332 taccaatcaacatttttaaaagatgtgagcaatttaagatgtctattgaacaatcacatgaaatcaacataatccc 36825407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University