View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10603_5 (Length: 444)

Name: NF10603_5
Description: NF10603
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10603_5
NF10603_5
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (37-415)||(9175604-9175976)
chr1 (56-415)||(9202652-9203005)
chr1 (28-415)||(9157643-9158019)
chr1 (64-415)||(9114443-9114788)
chr1 (60-415)||(9163785-9164134)
chr1 (60-415)||(9220135-9220469)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 37 - 415
Target Start/End: Original strand, 9175604 - 9175976
Alignment:
Q  37 taatattcacaagaaggtgaagaaaattacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggtaaccaaaatc 136  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  9175604 taatattcagaagaaggtgaagaaaattacctgtgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccatgcttacatttacatcggtaaccaaaatc 9175703  T
Q  137 aatgtccttatcataacaatcactatgattcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaatcaataatc 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  9175704 aatgtccttatcataacaatcactattattcctgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatatttacttccaacactccagtcaagaatc 9175803  T
Q  237 gcaggaatcttcgtataaggaaacttgttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatcccattctcaaag 336  Q
      ||||| | ||  ||||||||| |||| ||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||      |||||    
T  9175804 ataggaagcctctcataaggaaaattgtccaaatcagaaacagtgaaattataaaatccatttttaacaacaaacgaattgctacatcc------caaag 9175897  T
Q  337 attccgtggaattgagataattagaagcttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
    ||||  |  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9175898 attcgtttaaatcgagataattagaagcttgtatagttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 9175976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 56 - 415
Target Start/End: Original strand, 9202652 - 9203005
Alignment:
Q  56 aagaaaattacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggtaaccaaaatcaatgtccttatcataacaa 155  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  9202652 aagaaaattacctgtgcagccatctggatgatacggatttcctccataaccgtccttacatttacatcgataaccaaaatcaatgtcttcatcataacaa 9202751  T
Q  156 tcactatgattcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaatcaataatcgcaggaatcttcgtataag 255  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||| ||||  | |||    
T  9202752 tcactattattcttgcaagcataaccatcttcaatctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccagtcaagaatcaaaggaagcttctcagaag 9202851  T
Q  256 gaaacttgttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatcccattctcaaagattccgtggaattgagata 355  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||      |||||||||  |  ||| ||||||    
T  9202852 gaaaattgtccaaatcagaaacagagaaattataaaatccatttttaacaacaaacgaattgctacatcc------caaagattcgtttaaatcgagata 9202945  T
Q  356 attagaagcttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9202946 attagaagattgtatagttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 9203005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 28 - 415
Target Start/End: Original strand, 9157643 - 9158019
Alignment:
Q  28 caaatagattaatattcacaagaaggtgaagaaaattacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggta 127  Q
    ||||||||||||||||||     || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9157643 caaatagattaatattca-----agatgaagaaaaatacctatgcagccatctggatgatacgggtttccttcataaccttccttacatttacatcggta 9157737  T
Q  128 accaaaatcaatgtccttatcataacaatcactatgattcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaa 227  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  9157738 accaaaatcaatgtccttatcatcacaatcactatttttcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatatttacttccaacactccag 9157837  T
Q  228 tcaataatcgcaggaatcttcgtataaggaaacttgttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatccca 327  Q
    |||| ||||  ||||| | ||  ||||||||| || | ||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| ||      
T  9157838 tcaagaatcataggaagcctctcataaggaaaattatccaaatgagaaatagaaaaattataaaacccatctttaacaacaaatgaataactacaccc-- 9157935  T
Q  328 ttctcaaagattccgtggaattgagataattagaagcttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
        |||||| |||||||||||  || ||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9157936 ----caaagaatccgtggaattaggaaaatcagaagcttctatacttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 9158019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 64 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 9114788 - 9114443
Alignment:
Q  64 tacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggtaaccaaaatcaatgtccttatcataacaatcactatg 163  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | |||| ||||||     
T  9114788 tacctttgcagccatctggaagatacgggtttccttcaaaaccatccttacatttgcatcggtaaccaaaatcaatgtcttcatcgtcacaaacactatt 9114689  T
Q  164 attcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaatcaataatcgcaggaatcttcgtataaggaaacttg 263  Q
     ||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||  ||||| || ||| | |||||| |||    
T  9114688 cttcatgcaagcataaccatctttaccctttgaagccttacaattttcacttgcaacactccaatcaagaatcaaaggaagctccgtgtgaggaaatttg 9114589  T
Q  264 ttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatcccattctcaaagattccgtggaattgagataattagaag 363  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||||||  ||||||| | | ||  | |||    
T  9114588 tccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaacaacaaaagaatatctaca------tctcaaagattcattggaattaaaaaaagcaaaag 9114495  T
Q  364 cttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
    ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  9114494 cttctatagttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaacaacc 9114443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 60 - 415
Target Start/End: Original strand, 9163785 - 9164134
Alignment:
Q  60 aaattacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggtaaccaaaatcaatgtccttatcataacaatcac 159  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||| || | |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||    
T  9163785 aaattacctatgcatccttctggatgatatgggtctccttcataaccttccttacatttacatcgataaccaaaaccaatgtcttcatcatcacaatcac 9163884  T
Q  160 tatgattcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaatcaataatcgcaggaatcttcgtataaggaaa 259  Q
    |||  ||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || |  ||||| | || |||| |||||    
T  9163885 tattcttcatgcaagcataaccatctttaccctttgaagccttacaattttcacttccaacactccaatcaagaaccaaaggaagcatcttatagggaaa 9163984  T
Q  260 cttgttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatcccattctcaaagattccgtggaattgagataatta 359  Q
      | | |||||||  |||||  || ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||       ||||| |||||||||||  || ||| |    
T  9163985 tatatccaaatgatcaacagtgaaattataaaatccatctttaacaacaaatgaataactacaccc------taaagaatccgtggaattaggaaaatca 9164078  T
Q  360 gaagcttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
     |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9164079 aaagcttgtacacttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 9164134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 60 - 415
Target Start/End: Original strand, 9220135 - 9220469
Alignment:
Q  60 aaattacctttgcagccatctggatgatacggatttccttcataaccgttcttacatttacatcggtaaccaaaatcaatgtccttatcataacaatcac 159  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||   |||||||    
T  9220135 aaattacctatgcagccatctggatgatacgggtttccttcataaccttccttgcatttacattggtaaccaaaatcaatgtccacatcaatgcaatcac 9220234  T
Q  160 tatgattcttgcaagcataatcatcttcattctttgaagcattacaatgtttacttccaacactccaatcaataatcgcaggaatcttcgtataaggaaa 259  Q
    |||  |||||||||||||| |||||||            | |||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||||   |||| | || ||||||||||    
T  9220235 tattcttcttgcaagcatattcatctt------------ccttacaa-gttt--ttcccacactccaatcaagaatcaatggaagcatcttataaggaaa 9220319  T
Q  260 cttgttcaaatgagaaacagaaaagttataaaatccatttttaacaacaaaagaatagctacatcccattctcaaagattccgtggaattgagataatta 359  Q
     || | |||||||||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||      |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  9220320 attatccaaatgagaaacagtaaaattataggatccatctttaacaacaaatgaataactacaccc------caaagaatccgtggaattaggaaaatca 9220413  T
Q  360 gaagcttgtattgttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaacc 415  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9220414 gaaacttgtacacttatattcctcatcatatgtggaatatcaacttgacaacaacc 9220469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University