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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10616_low_5 (Length: 409)
Name: NF10616_low_5
Description: NF10616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10616_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Original strand, 38456350 - 38456731
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456350 |
gtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
38456449 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
217 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456450 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
38456549 |
T |
|
| Q |
218 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
317 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
38456550 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
38456649 |
T |
|
| Q |
318 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
399 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456650 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
38456731 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Original strand, 38180990 - 38181370
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38180990 |
gtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
38181089 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181090 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
38181189 |
T |
|
| Q |
218 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38181190 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttag |
38181288 |
T |
|
| Q |
318 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181289 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
38181370 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 38190141 - 38189761
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190141 |
gtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
38190042 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190041 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
38189942 |
T |
|
| Q |
218 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38189941 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttag |
38189843 |
T |
|
| Q |
318 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189842 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
38189761 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Original strand, 38208214 - 38208594
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208214 |
gtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
38208313 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208314 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
38208413 |
T |
|
| Q |
218 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38208414 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttag |
38208512 |
T |
|
| Q |
318 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208513 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
38208594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 38217366 - 38216986
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217366 |
gtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
38217267 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217266 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattg |
38217167 |
T |
|
| Q |
218 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtag |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38217166 |
ataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttag |
38217068 |
T |
|
| Q |
318 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217067 |
cagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccacttccttcacctatg |
38216986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 26033246 - 26032886
Alignment:
| Q |
18 |
gtcacccttccccgacaacatggaacctgatcatgagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaa |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26033246 |
gtcacccttccctgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatataccacaattgaaa |
26033147 |
T |
|
| Q |
118 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataa---tgtgggaagtacttcaacattga |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26033146 |
tttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatattgtgggaagtacttcaacattga |
26033047 |
T |
|
| Q |
215 |
ttgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcagggg |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
26033046 |
ttgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatacgag-gtgttaaatttactgttactttcattaatttcaggg- |
26032949 |
T |
|
| Q |
315 |
tagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
385 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26032948 |
--gaagcattattggaacttc------ttatatacctatggctccacccccaccatgttcataccttccac |
26032886 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 206
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
| Q |
173 |
caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
206 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38447655 |
caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
38447688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 88 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 6067860 - 6067743
Alignment:
| Q |
88 |
gaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctaca |
187 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067860 |
gaagatgaattta-tataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctaca |
6067762 |
T |
|
| Q |
188 |
ataatgtgggaagtacttc |
206 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6067761 |
ataacgtgggaagtacttc |
6067743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 53351307 - 53351249
Alignment:
| Q |
63 |
tagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaattta |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
53351307 |
tagccaacaagttaaggattcacaagatgatgaatttaatataccgcaagtgaaattta |
53351249 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 256
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
| Q |
201 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
256 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38343008 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38343063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 256
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
| Q |
201 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
256 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38447201 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38447256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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