View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10622_low_2 (Length: 366)

Name: NF10622_low_2
Description: NF10622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10622_low_2
NF10622_low_2
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-347)||(960364-960710)
chr1 (1-347)||(942403-942749)
chr1 (1-347)||(971673-972019)
chr1 (1-347)||(949392-949738)
chr1 (1-343)||(936483-936825)
chr1 (1-343)||(419533-419872)
chr1 (1-343)||(975289-975628)
chr1 (1-343)||(909733-910069)
chr1 (9-343)||(924274-924602)
chr1 (202-343)||(916410-916551)
chr1 (3-66)||(916217-916280)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (1-343)||(10699-11038)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 960364 - 960710
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960364 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 960463  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960464 aatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 960563  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  960564 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaac 960663  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 347  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960664 atttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 960710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 942403 - 942749
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942403 tggaatctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 942502  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942503 aatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 942602  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  942603 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaac 942702  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 347  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942703 atttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 942749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 971673 - 972019
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971673 tggaatctatggttgatttcaccatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 971772  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971773 tatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 971872  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  971873 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaac 971972  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 347  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971973 atttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 972019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 949392 - 949738
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949392 tggaatctatggttgatttcactatttcaaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 949491  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  949492 tatagcaaaaggagtgaataaattgggtgagaagaacaaaactattgtgtgtcacaaagagaattacccttacacagttttttactgtcataaaactgat 949591  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  949592 tcaaccgaagtttactctgtgcccttggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaac 949691  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatt 347  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  949692 atttggcttttcaagtgctcaaagttcaaccagggactgttcctatt 949738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 936483 - 936825
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||| | ||| | || | ||  |||||| |||||||    
T  936483 tggaatctatggttgatttcactacttcgaaacttggaaacaatgtcgaagctgtttcaacagaagtgaaaaaagaaagcagtgacttgcaagaatatgt 936582  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     || |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||  | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  936583 aatggcaaaaggtgtgaagaaattgggagaaaagaataaagctgtagtgtgtcacaaagagagttacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 936682  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  936683 tcaactaaagtttactctgtgcctttggaaggtgttgatggaagtagagttaaagctgttgctgtgtgtcacactgatacttcacaatggaatcctaaac 936782  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||    
T  936783 atttggcttttcaagtgctcaatgttcaacctggaactgttcc 936825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 419872 - 419533
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||      
T  419872 tggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggtaaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatac 419776  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  419775 aatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaacaaagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagat 419676  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
     ||||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  419675 acaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaac 419576  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  419575 atttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttcc 419533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 975289 - 975628
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| || || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||      
T  975289 tggagtctatggttgatttcacgacttctaaacttggtaaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatac 975385  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  975386 aatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaacaaagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagat 975485  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
     ||||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  975486 acaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaac 975585  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  975586 atttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttcc 975628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 909733 - 910069
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||| || ||||||||||||||  || |||| ||||||||  ||  | | |||   ||||| |||||||||||    
T  909733 tggaatctatgattgatttcactactttgaagcttggaaacaatgttgacactgtttcaacagaagtaaatggagaaagt---ggtttacaacaatatgt 909829  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     |||||||| |||||||||||| |||| |||||   |||     |||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  909830 aatagcaaacggagtgaagaaaatgggagagaa---caatttggttgtgtgccacaaacggaattacccttatgcagttttttactgtcacaaaacagat 909926  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
     ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |  |||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||  | |||||    
T  909927 gcaactaaagtttactctgtgcctttggaaggtgctgatggaagtagagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagccttaaac 910026  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||| ||||    
T  910027 atttggcttttcaagtgctcaaagttcaacaaggaacttttcc 910069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 9 - 343
Target Start/End: Original strand, 924274 - 924602
Alignment:
Q  9 atggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgttatagcaa 108  Q
    |||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| | ||| ||    | ||||||||| | |||||||    
T  924274 atggttgatttcactacttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtgata---tacaacaatatataatagcaa 924370  T
Q  109 aaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgattcaactga 208  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||   ||||| | |||| || ||   |  | |||| || ||| |||| ||||| ||||| |||     | ||||| |    
T  924371 aaggagttaagaagttgggtgagaa---caaaattgttgtgtgccatccaatggattatccatatacagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaa 924467  T
Q  209 agtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaacatttggct 308  Q
    |||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||| |||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  924468 agtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggct 924567  T
Q  309 tttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||| || || ||| ||||||| || ||||||||    
T  924568 tttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttcc 924602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 202 - 343
Target Start/End: Original strand, 916410 - 916551
Alignment:
Q  202 caactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaaca 301  Q
    ||||| ||||||||| | ||||  |||||||| ||||||| | ||  |||||||||  |||| |||| |||| |||||| |||||||||| ||| || ||    
T  916410 caactaaagtttactatttgcctatggaaggtattgatggtaccaaagttaaaactgctgctatttgccacaatgatacttcacaatggagtcccaagca 916509  T
Q  302 tttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||    
T  916510 tttggcttttcatgtactcaaggttcaacctggaactgttcc 916551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 66
Target Start/End: Original strand, 916217 - 916280
Alignment:
Q  3 gaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaag 66  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  916217 gaatcaatggttgatttcactacttctaagcttggaaacaatgttgaagctgtttcaacagaag 916280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 10699 - 11038
Alignment:
Q  1 tggaatctatggttgatttcactatttcgaaactcggaaacaatgttgaagctatttccacagaagtggataaaaatagtaatggtttgcaacaatatgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || || |||||||| ||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||   || |||||||||      
T  10699 tggagtctatggttgatttcactacttctaaacttggtaaaaatgttgaggctgtttcaacagaagtgaacaaagaaagtaat---ttacaacaatatac 10795  T
Q  101 tatagcaaaaggagtgaagaaattgggtgagaagaacaaaagtattgtttgtcacaaagagaattacccttatgcagttttttactgtcataaaactgat 200  Q
     ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  10796 aatagcatctggagtgaagaagttgggtgagaagaacaaagctgttgtgtgtcacaaagagaattacccttatgcagtgttttactgtcacaaaacagat 10895  T
Q  201 tcaactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcacaatggaatcctaaac 300  Q
     ||||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  10896 acaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtcacactgatacatcagaatggaacccaaaac 10995  T
Q  301 atttggcttttcatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcc 343  Q
    ||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  10996 atttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttcc 11038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University