View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10624_12 (Length: 334)

Name: NF10624_12
Description: NF10624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10624_12
NF10624_12
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-334)||(2806907-2807240)
chr3 (1-334)||(2790004-2790340)
chr3 (1-334)||(2748644-2748968)
chr3 (64-319)||(5412568-5412814)
chr3 (1-334)||(2768715-2769042)
chr3 (1-328)||(2797013-2797334)
chr3 (1-319)||(2855975-2856287)
chr3 (1-316)||(2758878-2759187)
chr3 (40-322)||(2838810-2839080)
chr3 (51-106)||(2818422-2818477)
chr3 (242-319)||(2755705-2755782)
chr3 (1-49)||(5412811-5412859)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-334)||(6317-6644)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 2807240 - 2806907
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807240 gatcacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttcctt 2807141  T
Q  101 gattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagat 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807140 gattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagat 2807041  T
Q  201 ccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgcttta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2807040 ccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttcgcgcagctgcttta 2806941  T
Q  301 cccaagttctaattccatcgtttgtgtctacttc 334  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2806940 cccaagttctaattccatcatttgtgtctgcttc 2806907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 2790340 - 2790004
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgctgct---tgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    ||||| ||||||||| ||| || || |||||| |||||||||||||   |||||||||| ||   | ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2790340 gatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttc 2790241  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||| | ||  || | |||||||| |   |||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||    
T  2790240 cttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaa 2790141  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    |||  || |||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  2790140 gattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagctgct 2790041  T
Q  298 ttacccaagttctaattccatcgtttgtgtctacttc 334  Q
    | ||||||||||| |||||||| || |||||| ||||    
T  2790040 tcacccaagttcttattccatcattggtgtctgcttc 2790004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 2748968 - 2748644
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttcctt 100  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| | ||||   ||||  |||||||||| | ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2748968 gatcatgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttcctt 2748869  T
Q  101 gattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagat 200  Q
    |||||| | ||  || |  ||||||||  | || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||||||||||||  || | |||||    
T  2748868 gattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagat 2748769  T
Q  201 ccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgcttta 300  Q
    ||   ||||| ||||||| |||      || ||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |    
T  2748768 cc---gcatctaggaggattgg------ccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagctgcttca 2748678  T
Q  301 cccaagttctaattccatcgtttgtgtctacttc 334  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  2748677 cccaagttcttattccatcgttagtgtctgcttc 2748644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5412814 - 5412568
Alignment:
Q  64 ttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaa 163  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||| |||||||||  | |||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  5412814 ttgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaa 5412715  T
Q  164 agttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgata 263  Q
    |||||||| || ||||||||||||| ||| | |||||   | ||||||| |||||      ||  || ||||||| |||||||||||||| || |||| |    
T  5412714 agttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagat---ctgcatccaagagga------ttgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgaca 5412624  T
Q  264 tcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgctttacccaagttctaattccatc 319  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  5412623 tcttcaatgcgaaatgatgcttctctcatatgcttcacccatgttcttattccatc 5412568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 2769042 - 2768715
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgt---tgctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||| | | ||||   ||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  2769042 gatcacgccatcttccactttctgactctccactactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttc 2768943  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||| | ||  |||| |||||||||  | ||||   |||| || | |||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||    
T  2768942 cttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaa 2768843  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    |||   |||| ||  ||| ||      || ||| ||||  ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  2768842 gat---ccgcgtctgggacga------ttggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagctgct 2768752  T
Q  298 ttacccaagttctaattccatcgtttgtgtctacttc 334  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  2768751 tcacccaagttcttattccatcgttggtgtctgcttc 2768715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 2797334 - 2797013
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttg---ctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    |||||| |||||||| ||| || || |||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||   | ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2797334 gatcacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttc 2797235  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||| | ||  || | ||||||||     |||| ||||||||| || ||| | | |||||| |||||||  || |||||||||||| ||| | ||    
T  2797234 cttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaa 2797135  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    |||||   |||||| ||||||  ||      || ||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||    
T  2797134 gatcc---gcatcccggaggatagg------ccctatgcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagatgct 2797044  T
Q  298 ttacccaagttctaattccatcgtttgtgtc 328  Q
    | ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  2797043 tcacccaagttcttattccatcattggtgtc 2797013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 2855975 - 2856287
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgct---gcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||| ||   |||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  2855975 gatcacgccatcttccattttctgtctctccactgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttc 2856074  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||| | ||  |||| ||| |||||  | ||||  ||||| || | |||| | ||||||||||||||||   |||||| || ||||| || | ||    
T  2856075 cttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaa 2856174  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    ||||||   | |||| |||||      || ||| |||| |||| |||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  2856175 gatcca---cgtccatgagga------ttggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagctgct 2856265  T
Q  298 ttacccaagttctaattccatc 319  Q
    | ||||||||||| ||||||||    
T  2856266 tcacccaagttcttattccatc 2856287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 2759187 - 2758878
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctc---tagtgctgttgctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||    ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  2759187 gatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttc 2759088  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||||  ||  | || ||| |||||| | ||||  ||||| || |  ||||| ||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||||  |    
T  2759087 cttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttgttgaataca 2758988  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    |||   ||||  |||||||||      || ||| |||| ||||||||| ||||||| || || |||||||||||| |||| |||||||| | ||  ||||    
T  2758987 gat---ccgctaccaggagga------ttggccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctcatatgct 2758897  T
Q  298 ttacccaagttctaattcc 316  Q
    | ||||| ||||| |||||    
T  2758896 tcacccatgttcttattcc 2758878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 40 - 322
Target Start/End: Original strand, 2838810 - 2839080
Alignment:
Q  40 tgctgcttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttaga 139  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |   | || ||| |||||| | ||||  ||    
T  2838810 tgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctga 2838909  T
Q  140 tgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatc 239  Q
    ||| || |  ||||| ||||||||||||||||  |  |||| | || |   | || |||||   | |||||||||||||      || ||| |||||||     
T  2838910 tgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcat---gcataaagat---ctgcatccaggagga------ttggccctatgcatt 2838997  T
Q  240 agccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgctttacccaagttctaattccatcgtt 322  Q
    || ||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  2838998 agtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcagctgcttcacccaagttcttattccatcgtt 2839080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 2818477 - 2818422
Alignment:
Q  51 gatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattcc 106  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2818477 gatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattcc 2818422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 2755782 - 2755705
Alignment:
Q  242 ccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgctttacccaagttctaattccatc 319  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2755782 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctcatatgcttcacccaagttcttattccatc 2755705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 5412859 - 5412811
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgctgcttga 49  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  5412859 gatctcgccatcttccattttctgtctctctactgctgttgctgcttga 5412811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Original strand, 6317 - 6644
Alignment:
Q  1 gatcacgccatcttccattttctgtttctctagtgctgttgctg---cttgatgatccttgttcatttgaaatttgtaagttatacctctcacttctttc 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||| |||||   |||||||||||  |||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  6317 gatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtc 6416  T
Q  98 cttgattccgcaaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacgaggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaa 197  Q
    ||||||||| | ||  |||| ||| |||||  | |||| ||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||| | |     
T  6417 cttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaat 6516  T
Q  198 gatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgtgaaatgatgcttcgcgcagctgct 297  Q
    |||   ||||||||||||||       || ||| |||| ||||||||| |||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||    
T  6517 gat---ccgcatccaggagg------gttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttcaatgcgaaatgatgcttccctcatatgct 6607  T
Q  298 ttacccaagttctaattccatcgtttgtgtctacttc 334  Q
    | ||||||||||| |||||||| || |||||| ||||    
T  6608 tcacccaagttcttattccatcattagtgtctgcttc 6644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University