View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10625_low_2 (Length: 515)

Name: NF10625_low_2
Description: NF10625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10625_low_2
NF10625_low_2
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (17-505)||(712752-713240)
chr6 (17-437)||(702266-702686)
chr6 (17-437)||(717568-717988)
chr6 (17-460)||(710512-710955)
chr6 (23-439)||(716616-717029)
chr6 (23-302)||(722497-722779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (172-420)||(35313595-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (175-311)||(20353897-20354033)
chr5 (187-324)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (196-324)||(5278442-5278570)
chr4 (196-324)||(5286423-5286551)
chr4 (175-311)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (175-341)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 505
Target Start/End: Original strand, 712752 - 713240
Alignment:
17 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
712752 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagat 712851  T
117 tcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtg 216  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
712852 tcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtg 712951  T
217 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattg 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
712952 tttccaattggcctcattcactttcaattgaatgttgggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattg 713051  T
317 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
713052 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatttcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggataatcttcaaaaacaatt 713151  T
417 ctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
713152 ctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 713240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 702686 - 702266
Alignment:
17 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
702686 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagat 702587  T
117 tcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtg 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
702586 acttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtg 702487  T
217 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
702486 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattg 702387  T
317 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
702386 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaatt 702287  T
417 ctgggtggacaacaactagaa 437  Q
    ||||||||||||| |||||||    
702286 ctgggtggacaactactagaa 702266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 717988 - 717568
Alignment:
17 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
717988 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagat 717889  T
117 tcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtg 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
717888 acttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcataacaaaagtactaaacaaaggagatgtgtttgtg 717789  T
217 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
717788 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattg 717689  T
317 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
717688 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaatt 717589  T
417 ctgggtggacaacaactagaa 437  Q
    |||||||||||||||||||||    
717588 ctgggtggacaacaactagaa 717568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 710955 - 710512
Alignment:
17 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
710955 atatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcccccacatactcaccctagagccactgagat 710856  T
117 tcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtg 216  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
710855 tcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtg 710756  T
217 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
710755 tttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattg 710656  T
317 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
710655 ctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaatt 710556  T
417 ctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgatatgtgcttg 460  Q
     |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
710555 ttgggtggacaacaactagaattgcaggtcgtgatatgtacttg 710512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 439
Target Start/End: Original strand, 716616 - 717029
Alignment:
23 taggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttat 122  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| |||||    
716616 taggattaaatactcttggtatctcttttgctcgtattgattttgcaccaaagggtctaaatcctccacatgctcaccctagagcagctgagatacttat 716715  T
123 agtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttcca 222  Q
    |||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
716716 agtgttggagggtactctcaatgtcggttttgttacttctaacccagaaaaccgtctcattacaaaagttcttaacaaaggagatgtctttgtgtttcca 716815  T
223 attggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatg 322  Q
    |||||||| ||||||||||||   ||| ||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||| ||| || | || ||||| |||  ||| |    
716816 attggtcttattcacttccaacataatatgggggatggaaatgcggttgtcatttctggacttaacagccataattcaagagttatcactattattaagg 716915  T
323 ctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggt 422  Q
      |||||||| |||||||   |||| ||||||||| ||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
716916 aggtatttgggtctaatc---aaatttcttcagaacttctcaccaaggctcttcaagtggacaataacatagttgacaatcttcagaaacaattctggtt 717012  T
423 ggacaacaactagaatt 439  Q
    ||||||||| |||||||    
717013 ggacaacaattagaatt 717029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 302
Target Start/End: Original strand, 722497 - 722779
Alignment:
23 taggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttat 122  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
722497 taggattaaacactcttggtgtctctcttgctcgtattgactttgcacctaagggtataaatcctccacacactcaccctagagccactgagatacttat 722596  T
123 agtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccg---tctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgttt 219  Q
     |||||||| ||||| ||  |||| || |||  ||||||||||| |||||   |   || ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
722597 ggtgttagatggtactctcaatgttggcttttatacttctaatcaagaaagtagtactcccattacaaaagatctcaacaaaggagatgtttttgtgttt 722696  T
220 ccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccagg 302  Q
    ||||||||||||||||||||| |    |||   ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||    
722697 ccaattggtctcattcacttcgagcataatacaggagatggaaatgcggttgcaatttctggatttagcagtcaaaatccagg 722779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 172 - 420
Target Start/End: Original strand, 35313595 - 35313843
Alignment:
172 aaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttg 271  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | ||  |||    
35313595 aaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaatcggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctattg 35313694  T
272 ctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcacaaaagc 371  Q
    | |||||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||  ||||||||||| |||||    
35313695 ccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgctgtgtttggatctaaaccaccaatttctttggaagttctcaccaaagc 35313794  T
372 ttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgg 420  Q
     |||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||    
35313795 ctttcaagtggataaaaatgtaatcgactatcttcaaaagcaattctgg 35313843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 311
Target Start/End: Original strand, 20353897 - 20354033
Alignment:
175 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 274  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || |||||||    
20353897 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 20353996  T
275 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 311  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
20353997 ttgctggacttagcagtcaaaatccaggagtaatcac 20354033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 187 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 20357946 - 20357809
Alignment:
187 aaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggactta 286  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
20357946 aaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggactta 20357847  T
287 gcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 324  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||| ||||||    
20357846 gcagtcaaaatccaggagttatcaccgttgcaaatgct 20357809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5278570 - 5278442
Alignment:
196 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 295  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
5278570 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5278471  T
296 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 324  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
5278470 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5278442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5286551 - 5286423
Alignment:
196 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 295  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
5286551 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5286452  T
296 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 324  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
5286451 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5286423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 311
Target Start/End: Original strand, 5282505 - 5282641
Alignment:
175 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 274  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || |||||||    
5282505 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 5282604  T
275 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 311  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
5282605 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcac 5282641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 9e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 6235544 - 6235378
Alignment:
175 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 274  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || |||||||    
6235544 cgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 6235445  T
275 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatcc 341  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| |||||| | |||  |||||||||    
6235444 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatcc 6235378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University