View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1063_low_11 (Length: 524)

Name: NF1063_low_11
Description: NF1063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1063_low_11
NF1063_low_11
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-519)||(40492106-40492594)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (30-448)||(35602168-35602581)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-424)||(17613589-17613970)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-294)||(11011169-11011428)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (123-448)||(11501512-11501837)
chr5 (123-448)||(11516281-11516606)
chr5 (123-448)||(11523683-11524008)
chr5 (123-448)||(11562046-11562371)
chr5 (123-448)||(11538566-11538889)
chr5 (123-448)||(11508909-11509233)
chr5 (123-448)||(11531095-11531419)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (65-438)||(6339-6705)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (272-436)||(17262784-17262946)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 40492594 - 40492106
Alignment:
Q  29 attttggaggtggaacactctagaagttgtgttttgtgtggtttgacggatgaaacggaggtgcatcttttcttatattgtgattgtgatgaagtacaaa 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40492594 attttgggggtggaacactctagaagttatgttttgtgtggtttgacggatgaaatggaggtgcatcttttcttacattgtgattgtgatgaagtacaaa 40492495  T
Q  129 gagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtcctctaa 228  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40492494 gagtatggaaaaagtttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttagaatgttggtcgatagaggtgtcctctaa 40492395  T
Q  229 gaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggacttttgatgtt 328  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40492394 aaaacttaggcacggattttggctaatttggtatgtgtccttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattatatttaataatgggacttttgatgtt 40492295  T
Q  329 gatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttggaatcctc 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40492294 gatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggact--gagcttgtataggctcaatattggtccgagtctattttatgaatggtgttggaatcctc 40492197  T
Q  429 gcaaatgtcttctaagataggaatgtgggaggtgcgcaggctggtggcttttggtttggatgtttcggtagccttaggtttctgtggtgct 519  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40492196 gcgaatgtcttctaagataggagtgtgggaggtgcgcaggctggtggcttttggtttggatgtttcggttgccttaggtttcagtggtgct 40492106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 30 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 35602581 - 35602168
Alignment:
Q  30 ttttggaggtggaacactctagaagttgtgttttgtgtggtttgacggatgaaacggaggtgcatcttttcttatattgtgattgtgatgaagtacaaag 129  Q
    |||||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||       || || ||||     
T  35602581 ttttgggggtggaaaattctacaagttgtgttttatgtgggtttagggatgaaacggaggtgcaccttttcttgcattgtgaa------gaggttcaaaa 35602488  T
Q  130 agtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtcctctaag 229  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35602487 ggcatggaaaaagcttatgtgttggctctaatgttatttcattgtctctgataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgattgaggtgtcctctaag 35602388  T
Q  230 aaacttaggcacggattttgg-ctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggacttttgatgtt 328  Q
    ||||||||| | || |||| | ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||| ||||||| ||     
T  35602387 aaacttagggatggttttttgactaatttggcatgcgtccttgtgggtgatttggaaggtgaggaatgacatcatctttaataatgggtcttttgaagtc 35602288  T
Q  329 gatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttggaatcctc 428  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| |  |||| |||||||||| |||| || || || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  35602287 gatgaggtggtagagaagattaaagtgcttgtgtggatttggagcttgcatagacttaaaatcggtccgagtttattttatgaatggtgttggaatccgc 35602188  T
Q  429 gcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    || |||||||||| ||||||    
T  35602187 gcgaatgtcttcttagatag 35602168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 424
Target Start/End: Original strand, 17613589 - 17613970
Alignment:
Q  29 attttggaggtggaacactctagaagttgtgttttgtgtggtttgacggatgaaacggaggtgcatcttttcttatattgtgattgtgatgaagtacaaa 128  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||  |||| ||       || |||||||    
T  17613589 attttgggggtggaaaactctagaagttgtgttttgtgtggtttgaggggcgaaacggaggtgcatctcttcttgcattgcgag------gaggtacaaa 17613682  T
Q  129 gagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtcctctaa 228  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17613683 gggtttggaaaaagcttatgtgttggcttcattgttattttattgtcccaaataatcttttggtgcatttggaatgttggccgaaagaggtgtcctctaa 17613782  T
Q  229 gaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggacttttgatgtt 328  Q
     |||||||| ||  | |||||| ||| |||  |        |||||||||||| |||||||||||| || ||  | || ||||||||||||||||| |||    
T  17613783 aaaacttagacaatgtttttggttaacttggaa--------tgtgggtgattttgaaggtgaggaaagagataattttcaataatgggacttttgaggtt 17613874  T
Q  329 gatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttggaat 424  Q
    | |||||| ||||| || ||||||||  || | ||||||||||||||| ||||||| || || | ||| ||| | | |||||||||||||||||||    
T  17613875 ggtgaggtagtggagaatattaaggttatctcttggacttggagcttgcataggcttaagatcggtccaagtttgtattatgaatggtgttggaat 17613970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 294
Target Start/End: Original strand, 11011169 - 11011428
Alignment:
Q  29 attttggaggtggaacactctagaagttgtgttttgtgtggtttgacggatgaaacggaggtgcatcttttcttatattgtgattgtgatgaagtacaaa 128  Q
    ||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||||       || || ||||    
T  11011169 attttgggggttgaaagctctagaagttgtgttttgtgtggagtgatggacgaaacggaggtacatctctttttgcattgtgag------gaggtccaaa 11011262  T
Q  129 gagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtcctctaa 228  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  11011263 gggtgtggaaaaagcttatgtgttggcttcattgttattttattgttcctaatgatcttttggtgcatttggaatgttagtcgaaagaggtgtcctccaa 11011362  T
Q  229 gaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaa 294  Q
     |||||||| || || |||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11011363 aaaacttagacaaggtttttggttaatttggcatgcgtctttgtgggtgatttggatggcgaggaa 11011428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11501837 - 11501512
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11501837 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11501738  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11501737 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11501638  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||  |  ||||||||||||||||||    
T  11501637 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcataggcttaagattgggccgagcttgctttatgaatggtgttgga 11501538  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||| | ||||||    
T  11501537 atccccgcgagtgtcttattagatag 11501512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11516606 - 11516281
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11516606 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11516507  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11516506 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11516407  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||  |  ||||||||||||||||||    
T  11516406 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcataggcttaagattgggccgagcttgctttatgaatggtgttgga 11516307  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||| | ||||||    
T  11516306 atccccgcgagtgtcttattagatag 11516281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11524008 - 11523683
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11524008 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11523909  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11523908 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11523809  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||  |  ||||||||||||||||||    
T  11523808 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcataggcttaagattgggccgagcttgctttatgaatggtgttgga 11523709  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||| | ||||||    
T  11523708 atccccgcgagtgtcttattagatag 11523683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11562371 - 11562046
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11562371 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcatgataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11562272  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11562271 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11562172  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||  |  |  | ||| ||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||  | |||||||||||||||||||    
T  11562171 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaatttttatcttggtcttggagtttgcataggcttaagattgggccgagcttgttttatgaatggtgttgga 11562072  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||||| ||||||    
T  11562071 atccccgcgagtgtcttcttagatag 11562046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11538889 - 11538566
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| ||||||   ||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  11538889 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcataattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaatgaggtgtc 11538790  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||||| |  |||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11538789 cactacaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgtgac--tgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11538692  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||||||| || ||||  |||||  | |||||||||||||||||||    
T  11538691 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcataggcttaagattgggccgagcttgttttatgaatggtgttgga 11538592  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||||| ||||||    
T  11538591 atccccgcgagtgtcttcttagatag 11538566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11509233 - 11508909
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11509233 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11509134  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11509133 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11509034  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||| ||| || ||||  |||||  |  ||||||||||||||||||    
T  11509033 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcata-gcttaagattgggccgagcttgctttatgaatggtgttgga 11508935  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||| | ||||||    
T  11508934 atccccgcgagtgtcttattagatag 11508909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 123 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11531419 - 11531095
Alignment:
Q  123 tacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtgatttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtc 222  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11531419 tacaaagggtttggaaaaagttaatgagttggcttaattgtaattttattgttcctaataatcttttggtgcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtc 11531320  T
Q  223 ctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgtgtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggactttt 322  Q
    | |||  |||||  | || || |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||| ||     
T  11531319 cactagaaaactccgacaaggtttttggttaatttggcatgcgactttgtgggtgatttggaaggtgagaaatgaaattattttcaacaatgggacgttc 11531220  T
Q  323 gatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttgga 422  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||  |  | ||| ||||||| ||| ||| ||| || ||||  |||||  |  ||||||||||||||||||    
T  11531219 gatgttgaggaggtggtggagaatattaaagttttatcttggtcttggagtttgcata-gcttaagattgggccgagcttgctttatgaatggtgttgga 11531121  T
Q  423 atcctcgcaaatgtcttctaagatag 448  Q
    |||| ||| | |||||| | ||||||    
T  11531120 atccccgcgagtgtcttattagatag 11531095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 65 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6705 - 6339
Alignment:
Q  65 tgtggtttgacggatgaaacggaggtgcatcttttcttatattgtgattgtgatgaagtacaaagagtatggaaaaagcttatgtgttggctccattgtg 164  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||       || || ||||| || |||| ||||||||||   |||||  ||||||    
T  6705 tgtggtttgaaggaagaaacggaggtgcatctttttttgcattgtgac------gaggttcaaagggtgtggagaaagcttatggcatggcta-attgtg 6613  T
Q  165 atttcattgttcctaataatctttttgtgcatttggaatgttggtcgatagaggtgtcctctaagaaacttaggcacggattttggctaatttgttatgt 264  Q
     ||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||     
T  6612 tttttataattccaaatgatctctttgttcatttggaatgttggtcgaaagaggtgtccaataagaaacttaggcatggattttggatggtgtggtatgc 6513  T
Q  265 gtctttgtgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggacttttgatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatgg 364  Q
     ||||||||||| |||||||||| | |||||||  | || ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||  ||  | |||    
T  6512 ttctttgtgggttatttggaaggcgcggaacgatgtcgtttttaataatggtaattttgaggtggatgaggtggtggagaagattaaggctctttcttgg 6413  T
Q  365 acttggagcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttggaatcctcgcaaatgtct 438  Q
    | |||||| ||| |||| || | ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||| || ||| |||||||    
T  6412 atttggagtttgcatagacttagtattggtccgagtctctactatgaatggtgttggaacccccgcgaatgtct 6339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 272 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 17262946 - 17262784
Alignment:
Q  272 tgggtgatttggaaggtgaggaacgacattgtatttaataatgggacttttgatgttgatgaggtggtggaaaagattaaggtgctcgcatggacttgga 371  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||  | |||| |||||    
T  17262946 tgggtgatttggacggtgagaaacgaaattgtgtttaataatggcacgcttgaggtcgatgatgtggtggaaaggattaaggtcctttcttggatttgga 17262847  T
Q  372 gcttgtataggctcaatattgatccgagtctattttatgaatggtgttggaatcctcgcaaatgt 436  Q
    ||||  |||| || || ||||   ||||| | | ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  17262846 gcttaaatagactaaaaattg--gcgagtttgtattatgaatggtgttgaaaccctcgcaaatgt 17262784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University