View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10653_3 (Length: 427)

Name: NF10653_3
Description: NF10653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10653_3
NF10653_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (25-403)||(36403710-36404088)
chr4 (25-402)||(36373039-36373413)
chr4 (25-403)||(36396777-36397155)
chr4 (25-393)||(36387004-36387372)
chr4 (25-403)||(36411027-36411402)
chr4 (25-403)||(36416358-36416733)
chr4 (27-403)||(36425193-36425566)
chr4 (25-402)||(36368423-36368797)
chr4 (29-402)||(36433051-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (354-402)||(34712339-34712387)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36404088 - 36403710
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404088 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36403989  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403988 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 36403889  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36403888 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaat 36403789  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 403  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403788 gggaatggtgctatggttgtggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 36403710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 25 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36373413 - 36373039
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373413 atggttgtacataaacaactgaggtttgacaatgctgttgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36373314  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  36373313 cagctttgattagtttttctattaaacccaatctttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttgt 36373214  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||  |||||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373213 ttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataattgagctataa---ccctggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 36373117  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 402  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  | |||||||||| ||||||| || || |||| ||| |||||||| || |||||    
T  36373116 gggaatggtgctacggttgtggttgagtactagattttcatttggatcgattgatagaattccagaagtatcgttgat 36373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36397155 - 36396777
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  36397155 atggttgtacataaacaactgaggtatacctatgctgctgaatttcaccgtgaatgcaccttttccagggtcatcttctgtcttccaggattgaaggggc 36397056  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| || | | || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36397055 caactttgattagtttttctatcaaaaccaaacctttgatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgt 36396956  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  || ||||||||    
T  36396955 ttatcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattttgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaat 36396856  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 403  Q
     |||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36396855 tggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36396777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 36387372 - 36387004
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36387372 atggttgtacattaacacttgaggtttgccaatggtgctgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatccgtcttccaggattgaaggaac 36387273  T
Q  125 cagctttgattagtttttct-attaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttg 223  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| || | | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  36387272 cagctttgattagttttttttatcaaaaccaagccttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttg 36387173  T
Q  224 tttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaa 323  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  36387172 tttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagttgagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagaccaaa 36387073  T
Q  324 tgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagt 393  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  36387072 tgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatttccatttgggtcgat-gataaaattccggaagt 36387004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36411402 - 36411027
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36411402 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36411303  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36411302 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36411203  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36411202 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36411106  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 403  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36411105 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36411027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36416733 - 36416358
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36416733 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36416634  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36416633 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36416534  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36416533 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36416437  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 403  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36416436 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36416358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 27 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36425566 - 36425193
Alignment:
Q  27 ggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaacca 126  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  36425566 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcacggtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 36425467  T
Q  127 gctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgttt 226  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| || ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||    
T  36425466 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgttt 36425367  T
Q  227 atcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgg 326  Q
    | | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  36425366 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 36425270  T
Q  327 gaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 403  Q
    ||||||||||| | || ||||| | | ||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36425269 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36425193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36368797 - 36368423
Alignment:
Q  25 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  36368797 atggttgtacataaacaactgaggttttccaatgctgctgaatttcaatgtgaatgcgccttttccagggtcatcatctgtcttccatgattggagaaac 36368698  T
Q  125 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 224  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || | ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | | |    
T  36368697 cagctttgattagtttttctatcaaaaccaaccttgagatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagcttt 36368598  T
Q  225 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 324  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||| || |||| ||  |||||||   | |||||||||||| | ||||| ||  ||| ||||||| |||||||||||||    
T  36368597 ttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagttgagctataa---cgttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaat 36368501  T
Q  325 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 402  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||  |  ||||||||||||||| | || || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36368500 gggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatttccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36368423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 29 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36433421 - 36433051
Alignment:
Q  29 ttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaaccagc 128  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433421 ttgtacataaaaagctgagttttaccaacggtgctgaatttcaacgtgaaggcaccttttccagggtcatcctctgtcttccaggattgaaggaaccagc 36433322  T
Q  129 tttgattagtttttctattaaaccctatctttagatgtggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttat 228  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | | || ||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||     
T  36433321 tttgattagtttttctatcaaaaccaagcctttgatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaa 36433222  T
Q  229 catcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatggga 328  Q
    ||||| ||||| |||| |||| || |||| ||  ||||||||  |   |||||||||| | ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||    
T  36433221 catcaaaacaaagtttcctatatcagatagttgagctataacgtc---ggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatggga 36433125  T
Q  329 atggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 402  Q
    ||||||||| |||| | ||  |  |||||||||||||||||||  || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36433124 atggtgctaaggttgttgttgagaactagatttccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36433051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 354 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 34712387 - 34712339
Alignment:
Q  354 ctagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 402  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  34712387 ctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcattgat 34712339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University