View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10658_low_2 (Length: 426)

Name: NF10658_low_2
Description: NF10658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10658_low_2
NF10658_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-411)||(8522462-8522862)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (14-411)||(34233127-34233524)
chr5 (14-411)||(34240900-34241297)
chr5 (11-411)||(42122839-42123239)
chr5 (14-411)||(42117088-42117488)
chr5 (14-408)||(41572353-41572747)
chr5 (14-408)||(41617992-41618386)
chr5 (12-411)||(42128234-42128632)
chr5 (14-274)||(41713892-41714152)
chr5 (333-411)||(41714176-41714254)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (14-412)||(25523368-25523769)
chr6 (14-164)||(24140436-24140586)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-411)||(11117496-11117899)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (12-412)||(11994732-11995136)
chr2 (12-412)||(12247794-12248197)
chr2 (227-408)||(9423281-9423463)
chr2 (367-409)||(32682381-32682423)
chr2 (14-69)||(32682256-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 8522862 - 8522462
Alignment:
Q  11 catagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8522862 catagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatg 8522763  T
Q  111 ttaaccggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagc 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  8522762 ttaaccgatgtgattcctttggaattaaccaatcttaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcagggaaagc 8522663  T
Q  211 aattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522662 aattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttc 8522563  T
Q  311 agccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatat 410  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8522562 agccaacaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattggaataggcattggatat 8522463  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  8522462 t 8522462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 411
Target Start/End: Original strand, 34233127 - 34233524
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||| |     
T  34233127 agggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctc 34233226  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    || ||| ||||||||   |||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  34233227 actggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaat 34233326  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  34233327 tcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagc 34233426  T
Q  314 caacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatatt 411  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  34233427 caacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatatt 34233524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 411
Target Start/End: Original strand, 34240900 - 34241297
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||| |     
T  34240900 agggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctc 34240999  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    || ||| ||||||||   |||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  34241000 actggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaat 34241099  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  34241100 tcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagc 34241199  T
Q  314 caacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatatt 411  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  34241200 caacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatatt 34241297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 42123239 - 42122839
Alignment:
Q  11 catagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||  |||| || ||| ||||| || |||||||||  |||||||| || |||||||||    
T  42123239 catagggcttaacctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggatacttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatg 42123140  T
Q  111 ttaaccggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagc 210  Q
     | || | ||||||||||   ||| |||| ||| |   |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||    
T  42123139 ctcactgatgtgattcctgcagaactaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagc 42123040  T
Q  211 aattcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttc 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42123039 agttcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattctccaccttc 42122940  T
Q  311 agccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatat 410  Q
    |||||| |||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  42122939 agccaagaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaatatgcattggatat 42122840  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  42122839 t 42122839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 42117488 - 42117088
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||  |||||||| || ||||||||| |     
T  42117488 agggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaacttgtcaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctt 42117389  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    |||||| |||| |||   |||||||| ||| |  ||  |||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||  |||||| || |    ||| |    
T  42117388 accggtatgatccctgcagaattaaccaatttagactttcttcaagtcttgaatctttccaataaccatctagtgggaaaaatacctcaagagccgcact 42117289  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    || |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||| ||  ||||||    
T  42117288 tcgatacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagc 42117189  T
Q  314 caacaac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatat 410  Q
    |||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42117188 caacaacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatat 42117089  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  42117088 t 42117088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 408
Target Start/End: Original strand, 41572353 - 41572747
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  ||||| ||||||||||| || || ||||||  ||||||||||| ||||||||  |     
T  41572353 agggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatatactc 41572452  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    || ||||| |||||||  |||||||  ||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||  |||| | ||| ||||||| |||||| || ||||| || |    
T  41572453 actggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaaacagt 41572552  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||| | | | || |    
T  41572553 tcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccacc 41572652  T
Q  314 caacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggat 408  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||||| ||||||    
T  41572653 caacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggat 41572747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 408
Target Start/End: Original strand, 41617992 - 41618386
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  ||||| ||||||||||| || || ||||||  ||||||||||| ||||||||  |     
T  41617992 agggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatctttcgtcaaatatactc 41618091  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    || ||||| |||||||  |||||||  ||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||  |||| | ||| ||||||| |||||| || ||||| || |    
T  41618092 actggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaaacagt 41618191  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||| | | | || |    
T  41618192 tcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccacc 41618291  T
Q  314 caacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggat 408  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||||| ||||||    
T  41618292 caacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggat 41618386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 42128632 - 42128234
Alignment:
Q  12 atagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgt 111  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||| |  || | |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||| || |||||| ||     
T  42128632 ataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggttggatctctcatcaaatgtgc 42128533  T
Q  112 taaccggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagca 211  Q
    | || | ||||||||||   |||||||  ||| |      |||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| || |||  |||    
T  42128532 tcactgatgtgattcctgcagaattaagcaatttgggttttcttgaagtcttagatctttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaccgca 42128433  T
Q  212 attcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcacct-tc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||  ||  | |     
T  42128432 attcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaaca--attccacaattctt 42128335  T
Q  311 agccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatat 410  Q
     | |||||||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42128334 tgacaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatat 42128235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 274
Target Start/End: Original strand, 41713892 - 41714152
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| || ||||| |||||  ||||||| |||||||||| | |||||||||  |||||||| || ||||||||| |     
T  41713892 agggcttaacctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctc 41713991  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    || |||  ||||||| |  | ||||| ||| |  ||  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| |    
T  41713992 actggtcggattcctgtaaagttaaccaatttggactttcttgaagtcttggatctttctaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagt 41714091  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtc 274  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  41714092 tcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtc 41714152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 333 - 411
Target Start/End: Original strand, 41714176 - 41714254
Alignment:
Q  333 gagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatatt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  41714176 gagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtatt 41714254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 14 - 412
Target Start/End: Original strand, 25523368 - 25523769
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||   |||||||||    
T  25523368 agggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctctggatctttccctgaatatgtta 25523467  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||| | |||  |||||||||| || ||||||||||||| | | | ||||||| ||||||    ||||||||||    
T  25523468 accggtgtgattcctgcggaattaaccaatttaaactttcttgaagtcatgaatctttccaataaccatttggtgggagaaatacctagaggaaagcaat 25523567  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  25523568 tcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctccaccttcacc 25523667  T
Q  314 caac---aacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatat 410  Q
    ||||   ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  25523668 caacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaataggcattggatat 25523767  T
Q  411 tg 412  Q
    ||    
T  25523768 tg 25523769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24140586 - 24140436
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  24140586 agggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcggaaagttgacatacttggaatctttgaatctttcatcaaatatgtta 24140487  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttg 164  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||    
T  24140486 accggcgtgattccttcggaattaaccaatatgaacagtcttgaagtcttg 24140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 14 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 11117899 - 11117496
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgtta 113  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  11117899 agggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatctttcatcaaatatgtta 11117800  T
Q  114 accggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaat 213  Q
    ||| |||||||||||   |||||||| ||| |   |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||| |||||| || ||||||||||    
T  11117799 accagtgtgattcctgcagaattaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaagcaat 11117700  T
Q  214 tcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagc 313  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11117699 tcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagc 11117600  T
Q  314 caacaacttttgc----gg--tgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattgga 407  Q
    |||||||| || |    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  11117599 caacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttgtgattggaataagcattgga 11117500  T
Q  408 tatt 411  Q
    ||||    
T  11117499 tatt 11117496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 412
Target Start/End: Original strand, 11994732 - 11995136
Alignment:
Q  12 atagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||   ||||||| || |||||||||     
T  11994732 atagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgc 11994831  T
Q  112 taaccggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagca 211  Q
    | || | |||||||||     ||||||| ||| |   |  ||||| ||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||| |||||| |  ||||| ||    
T  11994832 tcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaaca 11994931  T
Q  212 attca-atacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttc 310  Q
     |||  | |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  11994932 gttccgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttc 11995031  T
Q  311 agccaacaac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattgga 407  Q
    | ||||||||   ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  11995032 acccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcgga 11995131  T
Q  408 tattg 412  Q
    |||||    
T  11995132 tattg 11995136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 12248197 - 12247794
Alignment:
Q  12 atagggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaaacttgacatacttggaatttttggatctttcctcaaatatgt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||   ||||||| || |||||||||     
T  12248197 atagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatatgc 12248098  T
Q  112 taaccggtgtgattcctttggaattaactaatcttaacggtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagca 211  Q
    | || | |||||||||     ||||||| ||| |   |  ||||| ||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||| |||||| |  ||||| ||    
T  12248097 tcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaaca 12247998  T
Q  212 attcaatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttca 311  Q
     ||| | |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  12247997 gttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttca 12247898  T
Q  312 ---gccaacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggat 408  Q
         ||||| ||||||  | || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  12247897 cttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggat 12247798  T
Q  409 attg 412  Q
    ||||    
T  12247797 attg 12247794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 227 - 408
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423463
Alignment:
Q  227 aaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaactt---t 323  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  |||| ||||||| ||  |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  324 tgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggat 408  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||| |||| ||||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggat 9423463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 409
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682423
Alignment:
Q  367 ttggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggata 409  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggata 32682423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 69
Target Start/End: Original strand, 32682256 - 32682311
Alignment:
Q  14 agggcttaacctttcccataacagacttacaggtcatattccgaaatccataggaa 69  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||  ||||||| ||||    
T  32682256 agggcttaacctttcccataacagactcaccgatcatattccccaatccatgggaa 32682311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University