View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10668_1 (Length: 762)

Name: NF10668_1
Description: NF10668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10668_1
NF10668_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-762)||(6580743-6581513)
chr7 (123-762)||(6566652-6567295)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 6581513 - 6580743
Alignment:
Q  9 aggttcgaacccgggacatccaacttaatcactttaaaat------atgaatttctaatccctagactacttgaagagnnnnnnn-tgtatatttacctc 101  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |      |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||    
T  6581513 aggttcgaacccggaacattcaacttattcactttaaatttaaaaaatgaatttctaatccctagactacttgaagaaaaaaaaaatgtatatttacctc 6581414  T
Q  102 taaaa-aatagaagcaaagatactttgaaagtaacaagtataaataataattagctcataattcaactttaatgggtataatgtaacaaaaataaactca 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6581413 taaaataatagaagcaaagatactttgaaagtaacaagtataaataat---tagctcagaattcaactttaatggatataatgtaacaaaaatgaactca 6581317  T
Q  201 aaataagaacgaatattttgagaaaatc--caaatttgaaacatgatcaaaacaatcattgattaaattttatttacctcatgactaagttctagcttat 298  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||    ||| |||||| ||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||| || ||||    
T  6581316 aaataagaacgaatatttcaaaaaaaaaatcaagtttgaatcatgatcgaaataataattcattaaatcttatgtacctcatgactaaattccagattat 6581217  T
Q  299 catgactacttttaaagggtttacatcaannnnnnnn-gggaaattaggttaaagaaagttgttccaatttttcc--aaaaatggacaagctccaagaat 395  Q
    |||||||| |||||||||||| | | |||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  6581216 catgactatttttaaagggttcataccaaattttttttgggaaattaggttaaaaaaagttgttccaatttttccccaaaaatggacaagctccaacaat 6581117  T
Q  396 agcataaagttgtcccatttagaaaattaattaaa-------catatgctaaatttagatgaacacaagaagcaaacatgcaattttagaaacaaacctt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6581116 agcataaagttgtcccatttagaaaattaactaaagtctaaacatatgctaaatttagacgaacacaagaaacaaacatacaattttagaaacaaacctt 6581017  T
Q  489 gatctagaagaggttgaggtgattgagattcttcattgaccatagtagttgagattgattgtgccatgtgtgggttattgttatgattggtagatgatgt 588  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  6581016 gatctataagaggttgaggttgttgagaatcttcattgaccatagtagttgaggttgattgtgccatgtgtgggtta---ttatgattggtagatgatgt 6580920  T
Q  589 tccaatgacttgagagagagcagaaaccatggtagacaaatcagtgtctggataccaattagaattagatgc---ataattataagcatcaaactcatta 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  6580919 tccaatgacttgagagagagcagaaaccatggtagacaaatcagtgtctggacaccaattagaattagatgcataataattataagcatcaaactcatta 6580820  T
Q  686 tttactaatgcatactcctctttctctttagcctctgatgtttgtgaagatagtggcaactttccataccttcttgg 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6580819 tttactaatgcatactcctctttctctttagcctctgatgtttgtgaagatagtggcaactttccataccttcttgg 6580743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 6567295 - 6566652
Alignment:
Q  123 ctttgaaagtaacaagtataaataataattagctcataattcaactttaatgggtataatgtaacaaaaataaactcaaaataagaacgaatattttgag 222  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  6567295 ctttgaaagcaacaagtataaatagt---tagctcatagttcaactttaatgggtataatgtaaaacgaataa-ctcaaaataagaacgaatatttcaag 6567200  T
Q  223 aaaatccaaatttgaaacatgatcaaaacaatcatt-gattaaattttatttacctcatgactaagttctagcttatcatgactacttttaaagggttta 321  Q
    ||||| ||| ||| || ||||||  |||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||| |    
T  6567199 aaaattcaagtttaaatcatgattgaaacaatattttgattaaatcttatttacctcatgactaaattccagattatcatgactatttttaaagggttca 6567100  T
Q  322 catcaannnnnnnn-----gggaaattaggttaaagaaagttgttccaatttttcc--aaaaatggacaagctccaagaatagcataaagttgtcccatt 414  Q
    || ||              |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6567099 caccattttttttttttttgggaaattaggttaaaaaaagttgttccaatttttccccaaaaatggacaagctccaacaatagcataaagttgtcccatt 6567000  T
Q  415 tagaaaattaattaaacatatgctaaatttagatgaacacaagaagcaaacatgcaattttagaaacaaaccttgatctagaagaggttgaggtgattga 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6566999 tagaaaattaattaaacatatgctaaatttagatgaacacaagaaacaaacatacaattttagaaacaaaccttgatctagaagaggttgaggtggttga 6566900  T
Q  515 gattcttcattgaccatagtagttgagattgattgtgccatgtgtgggttattgttatgattggtagatgatgttccaatgacttgagagagagcagaaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6566899 gattcttcattgaccatagtagttgagattgattgtgccatttgtgggtta---ttatgattggtagatgatgttccaatgacttgagagagagcagaaa 6566803  T
Q  615 ccatggtagacaaatcagtgtctggataccaattagaattagatgc---ataattataagcatcaaactcattatttactaatgcatactcctctttctc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6566802 ccatggtagacaaatcagtgtctggacaccaattagaattagatgcataataattataagcatcaaactcattatttactaatgcatactcctctttctc 6566703  T
Q  712 tttagcctctgatgtttgtgaagatagtggcaactttccataccttcttgg 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6566702 tttagcctctgatgtttgtgaagatagtggcaactttccataccttcttgg 6566652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University