View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10668_2 (Length: 756)

Name: NF10668_2
Description: NF10668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10668_2
NF10668_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-742)||(44752617-44753357)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 44753357 - 44752617
Alignment:
Q  21 ataatggtattcgatagttgccttaatctaacaaatagatagcactaaaataaaaggtgtcactatattgcatgaacctttgatgtgtcatctggcaaac 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  44753357 ataatggtattcgatagttgccttaatctaacaaatagatagcactaaaataaaaggtgtcactatattgcatgtacatttgatgtgtcatctggcaaac 44753258  T
Q  121 aaatgtaggtggcaagagcacaacatgcacactcaatgtttctttattcataagactacacgtatttataataacttactataatatttctcaactgaaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44753257 aaatgtaggtggcaagagcacaacatgcacactcaatgtttctttattcacaagactacacgtatttataataacttactataatatttctcaac-gaaa 44753159  T
Q  221 gaaaaagaggagcaacatttcctatcttatcctaagtagtaatcttataagcactgctta--------------------atatatattatatctttgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||    
T  44753158 gaaaaagaggagcaacatttcctatcttatcctaagtagtaatcttataagcactgcttagtgcttaatatatattcgtcatatatattatatctttgat 44753059  T
Q  301 gcctcatgctaggtagctctatattttcccacaatagtaacaacatttctatcaagaacaatctattagttttacgtaataatcaaagaaaaatcgtaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44753058 gcctcatgctaggtagctctatattttcccacaatagtaacaacatttctatcaagaacaatctattagttttacgtaataatcaaagaaaaatcgtaaa 44752959  T
Q  401 catgcagaatcagatgaaagattacaatcaaatgcagcactgcgagagtatgaatctaaaggagaagaaagtgaaggatttaatggtgaataagaagaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44752958 catgcagaatcagatgaaagattacaatcaaatgcagcactgcgagagtatgaatctaaaggagaagaaagtgaaggatttaatggtgaataagaagaga 44752859  T
Q  501 ctagtggaagtaccatacacagcttcacttggacaaacaatgaacacacttgtagcaaacaaggtagtggcggttccagtggctgcaccgccaggtcagt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44752858 ctagtggaagtaccatacacagcttcacttggacaaacaatgaacacacttgtagcaaacaaggtagtggcggttccggtggctgcaccgccaggtcagt 44752759  T
Q  601 ggattggagcaggagggtctatgattgtggagtctgataaacaaacaggagctgtaaggaagcattacatagggatggttactatgcttgatattgttgc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44752758 ggattggagcaggagggtctatgattgtggagtctgataaacaaacaggagctgtaaggaagcattacatagggatggttactatgcttgatattgttgc 44752659  T
Q  701 tcatatagctggtgatgatcatttgagtggtggtgatgatgt 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44752658 tcatatagctggtgatgatcatttgagtggtggtgatgatgt 44752617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University