View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10670_low_7 (Length: 382)

Name: NF10670_low_7
Description: NF10670
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10670_low_7
NF10670_low_7
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (17-359)||(54454781-54455123)
chr3 (71-335)||(27991200-27991464)
chr3 (157-303)||(26852805-26852951)
chr3 (83-268)||(27306190-27306369)
chr3 (259-328)||(39348344-39348413)
chr3 (165-328)||(8614708-8614871)
chr3 (146-324)||(51897822-51898000)
chr3 (263-328)||(42723228-42723293)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (17-329)||(15343310-15343621)
chr2 (110-332)||(32466790-32467012)
chr2 (147-328)||(3408055-3408236)
chr2 (146-311)||(21639548-21639712)
chr2 (17-94)||(32463705-32463781)
chr2 (245-308)||(17362607-17362670)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-263)||(33318868-33319113)
chr4 (17-315)||(42458610-42458907)
chr4 (152-314)||(39812294-39812456)
chr4 (83-314)||(7033354-7033575)
chr4 (155-328)||(3426969-3427142)
chr4 (147-328)||(26937675-26937856)
chr4 (71-280)||(901910-902119)
chr4 (259-311)||(30844627-30844679)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (17-146)||(99226-99359)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (87-311)||(28769246-28769463)
chr7 (142-313)||(13881245-13881416)
chr7 (17-328)||(28244733-28245043)
chr7 (146-328)||(20218906-20219088)
chr7 (146-324)||(46271339-46271517)
chr7 (146-328)||(39973753-39973935)
chr7 (146-328)||(47248002-47248184)
chr7 (146-311)||(14964920-14965085)
chr7 (146-311)||(15394392-15394557)
chr7 (155-307)||(30712465-30712617)
chr7 (182-328)||(31187853-31187999)
chr7 (146-329)||(20215954-20216137)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (74-314)||(8269443-8269683)
chr8 (153-325)||(1347471-1347643)
chr8 (146-328)||(36832148-36832330)
chr8 (146-324)||(5343615-5343793)
chr8 (146-328)||(42278028-42278210)
chr8 (155-328)||(34661866-34662039)
chr8 (146-309)||(43095885-43096047)
chr8 (146-318)||(14089996-14090167)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (71-315)||(43452682-43452926)
chr5 (259-312)||(20820954-20821007)
chr5 (259-312)||(20828054-20828107)
chr5 (259-323)||(38365173-38365237)
chr5 (224-328)||(17221422-17221526)
chr5 (83-199)||(36561488-36561604)
chr5 (259-311)||(6659044-6659096)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (87-311)||(17999123-17999340)
chr1 (148-319)||(10886025-10886196)
chr1 (146-328)||(43627911-43628093)
chr1 (260-328)||(35065937-35066005)
chr1 (139-314)||(43134927-43135102)
chr1 (259-328)||(28793407-28793476)
chr1 (259-328)||(42096782-42096851)
chr1 (259-328)||(32297728-32297797)
chr1 (17-45)||(14912031-14912059)
chr1 (147-195)||(24142027-24142075)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (214-328)||(25062133-25062247)
chr6 (245-314)||(9031410-9031479)
chr6 (147-328)||(13682370-13682551)
chr6 (149-199)||(18059629-18059679)
chr6 (146-234)||(3142837-3142925)
[»] scaffold0766 (1 HSPs)
scaffold0766 (128-303)||(3952-4127)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (227-296)||(152-221)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (165-328)||(749-912)
[»] scaffold0311 (1 HSPs)
scaffold0311 (257-306)||(4167-4218)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 359
Target Start/End: Original strand, 54454781 - 54455123
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  | | ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||| |    
T  54454781 caacaaagacaaccacatgtaaatatacat-aaaatcaatacatacagatgaataatcagacatactaatttatttatacatgcaacagagacaagtaac 54454879  T
Q  117 ctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctcc-a 215  Q
    ||   | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54454880 cttgcatatgcttggtattgtaatgggaggcattgttaagttccatgtacaagtgtgcaagttcatcagctccccatgcataaccagccacaagctccca 54454979  T
Q  216 ggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagc 315  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  54454980 ggtctctaaagtacttcagataagcaacatccacatagtaggcactcttgtcagtgaagagtgtgatacccaccaagaagaataaatatatgcggagagc 54455079  T
Q  316 ctgctcccgcaacttccgcatcaaaaccatatcaccctcattgt 359  Q
    ||||||||||||| |||||  || ||||| ||||||||||||||    
T  54455080 ctgctcccgcaacctccgcgccagaaccacatcaccctcattgt 54455123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 71 - 335
Target Start/End: Original strand, 27991200 - 27991464
Alignment:
Q  71 aaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagt 170  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||| | ||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||  | |||||||    
T  27991200 aaacaaacataattatttatttataccggcagcaaagtcaagtatcctgacatatgcttggcgttgtaatgggaagcattgttaagctctctatacaagt 27991299  T
Q  171 gtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagt 270  Q
     || |||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||| | ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  27991300 ttgaaagtgcagcaactccccatgaataaccaacaacaagctccagatctctaaagtacctgagatatgcaacatccacataagaggcgctcttgtcagt 27991399  T
Q  271 gaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaacttccgca 335  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  27991400 gaagagcgtgatccccacaaagtacatcaactatatgcagagagcatgcgcccgcaacttccgca 27991464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 157 - 303
Target Start/End: Original strand, 26852805 - 26852951
Alignment:
Q  157 ctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtat 256  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||||  ||  ||||||||||||| ||| |||||| |||  || |  ||||||||||||| |    
T  26852805 ctccatgtgcaagtgtgcaatggcagctgctccccacgcataattagatacaagctccaggtctctgaagtacctcaagtatgtcacatccacatagttt 26852904  T
Q  257 gcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaata 303  Q
    |||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||| |||||    
T  26852905 gcgctcttgttagtgaacaacatgatacccaccaagtagagaaaata 26852951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 268
Target Start/End: Original strand, 27306190 - 27306369
Alignment:
Q  83 ttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcag 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || || || | |||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||          
T  27306190 ttattcatttatacctgcaacaaagataagtatcctgccatatgtttagttttataatggaaggcattgttaagctccctgtataggtgtgcaa------ 27306283  T
Q  183 cagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtca 268  Q
    || ||| |||||||||| |||  |||||||||| || ||| |||||  ||| ||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||    
T  27306284 caactctccatgcataatcagagacaagctccaagtctctgaagtaactcaaatacgcaacatcctcatagttggcgcttttgtca 27306369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39348413 - 39348344
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  39348413 gctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacagcctggtcccgcaac 39348344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 328
Target Start/End: Original strand, 8614708 - 8614871
Alignment:
Q  165 acaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctctt 264  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||  || |||| ||| ||||||||||| ||  |||||||||||    |   ||||||    
T  8614708 acaagtgagctagtgctgcagctccccatgaaaaaccagaaacaatatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacatccacagcccactagctctt 8614807  T
Q  265 gtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    || |||||||| | |||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  8614808 gttagtgaagatcttgatcctcaccaagtacaacaaatatatgcggacagcctggtcccgcaac 8614871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 51898000 - 51897822
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | ||| |||| || ||||   |||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||| ||  ||  ||||||    
T  51898000 gcattgttgagctccttatactagtgagctagtgtcacagctccccatgaataaccagcaacaagatcaaggtctctaaagtactccaagtagacaacat 51897901  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccg 324  Q
    |||||    |   ||| |||||| |||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||    
T  51897900 ccacaacccactggcttttgtcactgaagatcgtgatctccaccaagtatagcaaatatatgcgaacagcctgatcccg 51897822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 42723293 - 42723228
Alignment:
Q  263 ttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||| |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  42723293 ttgtcactgaagatcatgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacatcctggtcccacaac 42723228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 15343621 - 15343310
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||  | | |||||| |||||||||||||||| |||||  ||| ||||    ||||    
T  15343621 caacaaagacaaccacatataaatatacaa-acaatcaaaacatacagatgaataaacatacatacttatttatttgtacctagaacgaagaagtttatc 15343523  T
Q  117 ctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccag 216  Q
    |||| | |||  |||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || || |||||||||| || |||||||||| ||||||||||     
T  15343522 ctgacatatgtctggtcttataatgggaggcattgttaatctccatgtacatatgtgaaactgaagcagctcccgattcataaccagcgacaagctccaa 15343423  T
Q  217 gtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcc 316  Q
    || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||    
T  15343422 gtctctgaagtacttcaaataagcaacatccacatagtaggcgctcttgttagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatatggagggcc 15343323  T
Q  317 tgctcccgcaact 329  Q
    |||||||||||||    
T  15343322 tgctcccgcaact 15343310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 110 - 332
Target Start/End: Original strand, 32466790 - 32467012
Alignment:
Q  110 aagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaa 209  Q
    ||||| ||||| ||||||||  ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||     
T  32466790 aagtaacctgacagatgcttcatattgtagtgggaggcgttgttaagctccttgtacaagtgtgaaagtgtagcagctccccgtgaattactagccacat 32466889  T
Q  210 gctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcg 309  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||    
T  32466890 cctccaggtttctgaagtacctcagataagcaacatgcacatggtaggcgttcttatcagtgaagagcgtgatacctactaagtatagtaaatatatgcg 32466989  T
Q  310 gagagcctgctcccgcaacttcc 332  Q
    | |||||||||| ||||||||||    
T  32466990 gggagcctgctcacgcaacttcc 32467012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 328
Target Start/End: Original strand, 3408055 - 3408236
Alignment:
Q  147 cattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatc 246  Q
    ||||||| |||||| | ||||| || || | ||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  |||||||    
T  3408055 cattgttgagctccttatacaattgagctaatgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacatc 3408154  T
Q  247 caca-tagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||| ||   || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  3408155 cacagtacactg-gctcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaagtacagcatatatatgcggacagcctggtcccgcaac 3408236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21639712 - 21639548
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||   |||||||||||| |||| |||| ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  21639712 gcattgttgagctccctatacaagtgagctagtgtcacagctccccatgaataatcagcaacaagatcaaggtctctaaagtacttcaggtacacaacat 21639613  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    ||||| | |    ||||||||||||||||| |||||| |||| |||| | ||||||||||||||||    
T  21639612 ccacaaaattctggctcttgtcagtgaagatcgtgatcccca-caagaatagcaaatatatgcgga 21639548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 94
Target Start/End: Original strand, 32463705 - 32463781
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttat 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  |   |||||| ||||||||||||||||||    
T  32463705 caacaaagacaaccacatgtaaatataca-aacaataaagacatacaaatgcataaacagacatacttatttatttat 32463781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 245 - 308
Target Start/End: Original strand, 17362607 - 17362670
Alignment:
Q  245 tccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgc 308  Q
    |||||||| | ||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17362607 tccacataatttgcgctcctgttagtgaaaagtgtgatacccaccaagtagagcagatagatgc 17362670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 263
Target Start/End: Original strand, 33318868 - 33319113
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatc 116  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||  | ||||||||||||||  | | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |    
T  33318868 caacaaagacaacaacaaataaatatacaa-acaatcaagacatacaaatgaataaacatacatacttatttattcatatctgcaacaaagataagtaac 33318966  T
Q  117 ctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccag 216  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||     
T  33318967 ctgacagatgcttggtcttgtaatgaaagacattgttaagctccatgtacaggtgtgcaagggcagcaactccccatgcataatcagagacaagctccaa 33319066  T
Q  217 gtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctct 263  Q
    |||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  33319067 gtttttgaagtacctcaaataagcaacatccacatagtgggcgctct 33319113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 315
Target Start/End: Original strand, 42458610 - 42458907
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| || ||||  | |  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  42458610 caacaaagacaaccacatataaatatacaa-acaatcaacacttacagatgaaaaaacaaacataattatttctttatacctgcaacaaagtcaagtatc 42458708  T
Q  117 ctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccag 216  Q
    |||| ||||||||||| ||   ||||  |||| |||||| |||| | ||||||||||   |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  42458709 ctgacagatgcttggtgttccaatggccggcactgttaaactccctatacaagtgtgattgtgcagcaactccccatgaataaccagcaacaacctccag 42458808  T
Q  217 gtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagc 315  Q
    || ||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||   ||  |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  42458809 gtctctgaagtacctcagatagacaatatccacataggtagcattcttgtcaatgaagatagtgatccccaccaagtacaacaaatatatgcggagagc 42458907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 152 - 314
Target Start/End: Original strand, 39812294 - 39812456
Alignment:
Q  152 ttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgc-agcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccaca 250  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||  |||||||| |||||||| |||||| |||  || | ||| || |||    
T  39812294 ttaagcttcatgtacaaatgtgcaa-tgctagctgctcccaatgcataatcagatacaagctctaggtttctaaagtacctcaagtatgtaacgtcaaca 39812392  T
Q  251 tagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagag 314  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  39812393 tagtttgcgcacttgtcaatgaagagtgtgatacccaccaagtagagtaaatagatgcagagag 39812456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 7033575 - 7033354
Alignment:
Q  83 ttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcag 182  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||  || | || | ||||||||| |||||||||||| |||||| |  |||||          
T  7033575 ttatttatttatacctacaacaaagatatgtatcctgccagatgtctg-tcttataatgggaggcgttgttaagctccctgtacagggctgcaa------ 7033483  T
Q  183 cagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgat 282  Q
       |||||||||||||| |||  ||||| |||| || ||| |||||||| |  || |  ||||||| ||||   || ||||||| |||||| || |||||    
T  7033482 ---ctccccatgcataatcagagacaagatccaagtctctgaagtactttaagtacgtgacatccatataggtggcactcttgttagtgaatagtgtgat 7033386  T
Q  283 acccaccaagtagagcaaatatatgcggagag 314  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7033385 acctaccaagtagagcaaatatatgcggagag 7033354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 328
Target Start/End: Original strand, 3426969 - 3427142
Alignment:
Q  155 agctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagt 254  Q
    |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||| || |||| ||| |||||| |||| ||  |||||||||||        
T  3426969 agctccctatacaagtgagctagtgccgcaactccccatgaataaccagcaacaagatcaaggtctctaaagtacctcaggtagacaacatccacaaccc 3427068  T
Q  255 atgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |   ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| |  ||| |||||||||    
T  3427069 actggctcttgtcagtgaagatcgtgatccccacaaagtataacaaatatatgcggacacactggtcccgcaac 3427142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 147 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 26937856 - 26937675
Alignment:
Q  147 cattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatc 246  Q
    ||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| || |||| ||| |||||||| || ||  | || ||    
T  26937856 cattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaataaccaacaacaagatcaaggtctctgaagtactttaggtagaccacttc 26937757  T
Q  247 cacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
     |||    |   |||||| |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  26937756 aacagcccactggctcttatcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacagcctggtcctgcaac 26937675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 902119 - 901910
Alignment:
Q  71 aaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagt 170  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| || ||  ||    |   |||||   ||| |||||||||  | ||||||     
T  902119 aaacaaacatagttatttatttatacctgcagcaaagtcaagtatcctgacagctgactgcagctccaatgggcatcatggttaagctcgctttacaagc 902020  T
Q  171 gtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagt 270  Q
    | |  ||||| ||||||||||||| | ||||||| | || |||||  | ||| |||||| | |||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  902019 gagatagtgccgcagctccccatgaaaaaccagcaataacctccatatctctaaagtaccttagatagacaacatccacataggtggcgctcttgtcagt 901920  T
Q  271 gaagagcgtg 280  Q
    ||||||||||    
T  901919 gaagagcgtg 901910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 311
Target Start/End: Original strand, 30844627 - 30844679
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  30844627 gctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtataacaaatatatgcgga 30844679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 99359 - 99226
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttat----ttatacctgcaacaaagataag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||    
T  99359 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattacaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatttatacctgcaacaaagataag 99260  T
Q  113 tatcctgatagatgcttggtattgtgatgggagg 146  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  99259 tatcctgacagatgcttggtattgtaatgggagg 99226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 87 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 28769463 - 28769246
Alignment:
Q  87 ttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||    
T  28769463 ttatttatacctgcaacaaagataagtatc-------atgtttggtcttataatgggaggcatagttaagctccatgtataggtgtgcaagggaagcagc 28769371  T
Q  187 tccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgataccc 286  Q
    ||||||||||||| |||  ||   ||  |  | ||| |||||| ||| |||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28769370 tccccatgcataatcagagacggacttaaaatctctgaagtacctcaaataagtgacatccacataggtggcgctcttgtcagtgaagagcatgataccc 28769271  T
Q  287 accaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    | |||||| ||||||||||||||||    
T  28769270 atcaagtatagcaaatatatgcgga 28769246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 142 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13881416 - 13881245
Alignment:
Q  142 ggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagca 241  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||| |||  ||||| ||||||| ||| |||||| ||| | |        
T  13881416 ggaggcattgttaagctacttgtacaagtgtgctagggcaactgctccccatgcataatcagatacaagatccaggtctctaaagtacctcaaacatatc 13881317  T
Q  242 acatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggaga 313  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  13881316 acatccatatagtttgcgctcttgtcggtgaatagtgtgatatccaccaagtagagcaaatagatgcagaga 13881245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 28245043 - 28244733
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatatacattaaaatcaagacatacatgttactaaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| || ||||  | |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  28245043 caacaaagacaaccacatataaatatacaa-acaatcaaaacttacagatgaaaaaacaaacataattatttatttatacctgcagcaaagtgaagtatc 28244945  T
Q  117 ctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccag 216  Q
    ||||||| ||  ||    |   |||||  |||| |||||||||||| || || |     |||   ||||||||||||| | ||||||| |||| ||| ||    
T  28244944 ctgatagctgactgcagctccaatgggcagcatggttaagctccatataaaaatcatatagtctcgcagctccccatgaaaaaccagcaacaacctctag 28244845  T
Q  217 gtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcc 316  Q
    || ||| |||||| ||||||   ||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| || | |||||| | ||||||||||||||||| |    
T  28244844 gtctctgaagtacctcagatggacaacatccacataggtggcgctcttgtcggtgaagagcgtgatccctatcaagtacatcaaatatatgcggagagtc 28244745  T
Q  317 tgctcccgcaac 328  Q
    || |||||||||    
T  28244744 tggtcccgcaac 28244733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Original strand, 20218906 - 20219088
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||||||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  20218906 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtttctaaagtacttcaggtacacaacat 20219005  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    ||| |    |   |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  20219006 ccatagcccactggctcttgttagtgaagatcgtgatccccaccaagtacagtaaatatatgcggacaacctggtcccgcaac 20219088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 324
Target Start/End: Original strand, 46271339 - 46271517
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  46271339 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacat 46271438  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccg 324  Q
    ||| |    |    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||| || |||||    
T  46271439 ccatagcccactgactcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaagtacaacaaatatatgcggacagcatggtcccg 46271517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39973935 - 39973753
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||| ||||| | ||||||  ||||  || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  39973935 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccgcaactctccatgaaaaaccagaaacaaaatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacat 39973836  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||    |    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |  ||| |||||||||    
T  39973835 ccacaacccactgactcttgtcagtgaagatcgtgatactcaccaagtacaacaaatatatgcggacaatctggtcccgcaac 39973753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 47248184 - 47248002
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||    ||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  47248184 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgtcatagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacat 47248085  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    ||| |    |   |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||| |||||    
T  47248084 ccatagcccactggctcttgttagtgaagatcgtgatccccaccaagtacagcaaatatatgcagacagcctggtccggcaac 47248002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 14965085 - 14964920
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| | ||| ||  ||||| || |||| ||| |||||||| || ||  | ||||    
T  14965085 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgctgcaactccccatgaaaaacaagaaacaagatcgaggtctctaaagtactttaggtacacgacat 14964986  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    |||||    |   ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  14964985 ccacagccgactggctcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaagtacagaaaatatatgcgga 14964920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 15394557 - 15394392
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| | ||| ||  ||||| || |||| ||| |||||||| || ||  | ||||    
T  15394557 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgctgcaactccccatgaaaaacaagaaacaagatcgaggtctctaaagtactttaggtacacgacat 15394458  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    |||||    |   ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  15394457 ccacagccgactggctcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaagtacagaaaatatatgcgga 15394392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 155 - 307
Target Start/End: Original strand, 30712465 - 30712617
Alignment:
Q  155 agctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagt 254  Q
    |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| |  |||| ||| ||||||||||| ||  |||||||||||        
T  30712465 agctccttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagattgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacatccacagccc 30712564  T
Q  255 atgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatg 307  Q
    |   ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||||    
T  30712565 actggctcttgtcagtgaagatcgtgattcccatcaagtacaacaaatatatg 30712617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 328
Target Start/End: Original strand, 31187853 - 31187999
Alignment:
Q  182 gcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtga 281  Q
    ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||| ||||| ||  |||||||||||    |   ||||||  ||||||||| |||||    
T  31187853 gcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtagttcaggtacacaacatccacaacccactggctctttgcagtgaagatcgtga 31187952  T
Q  282 tacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  31187953 tccccaccaagtatagtaaatatatgcggacagcctggtcctgcaac 31187999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Original strand, 20215954 - 20216137
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| | |  |||| ||||  || |||| ||| |||||| |||| ||  ||||||    
T  20215954 gcattgttaagttccctatacaagtgagctagtgccgcacctccccatgaaaattcagcaacaacatcaaggtctctaaagtacctcaggtagacaacat 20216053  T
Q  246 ccacat-agtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaact 329  Q
    |||||  ||| ||  |||||| ||||||| |||||| | |||| |||||| |||||||||||||||| | |||  ||||||||||    
T  20216054 ccacaacagtttga-ctcttgccagtgaatagcgtggtccccaacaagtatagcaaatatatgcggacaaccttgtcccgcaact 20216137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8269683 - 8269443
Alignment:
Q  74 caaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtg 173  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||   |||||||||   ||   |||||   ||| |||||||||| | ||||||||||    
T  8269683 caaacataattatttatttataccagcaacaaagtcaagtatcctagcagatgcttgcagttccaatgggcaacatggttaagctccctatacaagtgtg 8269584  T
Q  174 caagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaa 273  Q
      ||||||||||||||| | | ||||||| | |||| |||||  | ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||   | |||||||||||||||    
T  8269583 atagtgcagcagctcccgacgaataaccaacaacaacctccaattctctaaagtacctcagatagacaacatccacataggtggtgctcttgtcagtgaa 8269484  T
Q  274 gagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagag 314  Q
     | |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  8269483 taacgtgatccccaccaagtacatcaaatatatgcggagag 8269443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 153 - 325
Target Start/End: Original strand, 1347471 - 1347643
Alignment:
Q  153 taagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacata 252  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    || |||  |||||||||| || ||| |||||| | |  ||||| |||||||||||    
T  1347471 taagctccttgtacaggtgtgcaagtgcagcatctccccatatgcaatcagagacaagctccaagtctctgaagtacctaaactaagcgacatccacata 1347570  T
Q  253 gtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgc 325  Q
    |   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||| ||||||    
T  1347571 ggtggcactcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagaaaatttatgcgaagagactggtcccgc 1347643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 36832330 - 36832148
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | ||||| || || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| | | ||||||||||| ||  |||| |    
T  36832330 gcattgttgagctccttatacaactgagctagtgccgcagctccccatgaataaccagcaacaagatcaaggtctttgaagtacttcaggtagacaactt 36832231  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||    |   ||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  36832230 ccacagtccactggctcttgtcagtgaagatcgtgatcccaaccaagtatagcaaatatatgcggacaacctggtcccgcaac 36832148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 146 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5343793 - 5343615
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||| | | |||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  5343793 gcattgttgagcttcttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctgaagtacttcaggtatacaacat 5343694  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccg 324  Q
    |||||    |   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  5343693 ccacagcccactagctcttgtcagtgaagattgtgatccccaccaagtacaacaaatatatgcggacagcctggtcccg 5343615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 42278210 - 42278028
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || |||||  |||||||||||| |||| |||| ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  42278210 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccacagctccccatgaataatcagcaacaagatcaaggtctctgaagtacttcaggtagacaacat 42278111  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||    |   ||| ||||||  ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |  ||| |||||||||    
T  42278110 ccacagcccactagcttttgtcaccgaagatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacaatctggtcccgcaac 42278028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 328
Target Start/End: Original strand, 34661866 - 34662039
Alignment:
Q  155 agctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagt 254  Q
    |||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||| |        
T  34661866 agctccttatacaagtgagctagtgctgcaactccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacatccatagccc 34661965  T
Q  255 atgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  34661966 actagctcttgtcagtgaagattgtgattcccaccaagtacaacaaatatatgcggacagcctggtcccgcaac 34662039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 146 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 43096047 - 43095885
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||| ||| ||  ||||||    
T  43096047 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtactgcaggtacacaacat 43095948  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcg 309  Q
    |||||    |   ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  43095947 ccacaacccact-gctcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaagtacaacaaatatatgcg 43095885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 318
Target Start/End: Original strand, 14089996 - 14090167
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| || ||||| ||| ||||||||| | |   ||| ||||  || |||| ||| |||||| |||| ||  ||| ||    
T  14089996 gcattgttaagctccctatacaagtgagctagtgccgcatctccccatgaaaatgaagcaacaacatcaaggtctctaaagtacctcaggtagacaa-at 14090094  T
Q  246 ccacat-agtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctg 318  Q
    |||||| ||| || || ||||| || |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  14090095 ccacatcagtttg-gcccttgttagcgaagagtgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacagcctg 14090167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 71 - 315
Target Start/End: Original strand, 43452682 - 43452926
Alignment:
Q  71 aaacaaacatacttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagt 170  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | |  ||  ||  |||   |||||  |||| |||||||||| | |||||||    
T  43452682 aaacaaacataattatttatttatacgtgcaacaaagtcaagtatcctaacaactgactgcaattccaatgggcagcatggttaagctccctatacaagt 43452781  T
Q  171 gtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagt 270  Q
    | |  ||||| ||||||||| ||| | ||||||| | || |||||||| ||| |||||| |||||||  |||||| |||||||    | |||||||||||    
T  43452782 gagatagtgccgcagctcccaatgaaaaaccagcaataacctccaggtctctaaagtacctcagatagacaacattcacataggtgacactcttgtcagt 43452881  T
Q  271 gaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagc 315  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  43452882 gaagagtgtgatccccaccaagtacatcaaatatatgcggagagc 43452926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Original strand, 20820954 - 20821007
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggag 312  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20820954 gctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggag 20821007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Original strand, 20828054 - 20828107
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggag 312  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20828054 gctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggag 20828107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 259 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 38365237 - 38365173
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctccc 323  Q
    ||||||||||||||| | | |||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  38365237 gctcttgtcagtgaatatcttgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacagcctggtccc 38365173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 328
Target Start/End: Original strand, 17221422 - 17221526
Alignment:
Q  224 aagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctccc 323  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||    | ||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||| | |||| ||| ||||    
T  17221422 aagtacgtcagatagacaacatccacataggtgacactcctgtaagtgaagagtgtgatccccaccaagtacatcaaatatatgtgaagagtctggtccc 17221521  T
Q  324 gcaac 328  Q
    |||||    
T  17221522 gcaac 17221526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 36561604 - 36561488
Alignment:
Q  83 ttatttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcag 182  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| | ||||  || || || | |||| || |||||||||| |   |||||| ||||| |||||||     
T  36561604 ttatttacttatacctgcactaaagataagtatcctcacagatatttagtcttataatggtagacattgttaagttttttgtacaggtgtgtaagtgcat 36561505  T
Q  183 cagctccccatgcataa 199  Q
    ||| |||||||||||||    
T  36561504 cagttccccatgcataa 36561488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6659096 - 6659044
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    |||||||||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6659096 gctcttgtcagtgaatctcgtgatccccacaaagtatagcaaatatatgcgga 6659044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 87 - 311
Target Start/End: Original strand, 17999123 - 17999340
Alignment:
Q  87 ttatttatacctgcaacaaagataagtatcctgatagatgcttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagc 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||  |||| || | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||| |     
T  17999123 ttatttatacctgcaacaaagataagtatc-------atgtctggtcttataatgggaggcattgttaagctacatgtataggtgtgcaagggcagcggg 17999215  T
Q  187 tccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgataccc 286  Q
    ||||||||||||| ||   |||  ||  |  | ||| |||||| ||| |||||  ||||||||||||   || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  17999216 tccccatgcataatcaaagacagacttaaaatctctgaagtacctcaaataagtgacatccacataggtggcactcttgtcagtgaagagcatgataccc 17999315  T
Q  287 accaagtagagcaaatatatgcgga 311  Q
    | |||||| ||||||||||||||||    
T  17999316 atcaagtatagcaaatatatgcgga 17999340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 148 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 10886196 - 10886025
Alignment:
Q  148 attgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatcc 247  Q
    |||||| |||||| | |||||||| || |||||  || ||||||||| ||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||    
T  10886196 attgttgagctccttatacaagtgagctagtgccacaactccccatgaataaccagcaacaagatcaaggtctctgaagtacttcaggtagacaacatcc 10886097  T
Q  248 acatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgc 319  Q
    |||    |   ||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10886096 acagcccactggcttttgtcactgaagatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacagcctgc 10886025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Original strand, 43627911 - 43628093
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacat 245  Q
    |||||||| |||||| | || ||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||   |||||    
T  43627911 gcattgttgagctccttataaaagtgagctagtgccgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatctaggtctctaaagtacttcaggtacaaaacat 43628010  T
Q  246 ccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    | |||    |    |||||||||||||||| |||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43628011 caacaacccactgactcttgtcagtgaagatcgtgatccccaccaattacaacaaatatatgcggacagcctggtcccgcaac 43628093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 35066005 - 35065937
Alignment:
Q  260 ctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  35066005 ctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacaacctggtcccgcaac 35065937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 314
Target Start/End: Original strand, 43134927 - 43135102
Alignment:
Q  139 atgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataa 238  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||| |||| | ||||||| |||  |||||||||| || |   || ||| |||  |||    
T  43134927 atgggaggcattattaaactcaatgtacatgtgtgcaagggcagcaactcctcgtgcataatcagagacaagctccaagtcttcgaaatacctcaagtaa 43135026  T
Q  239 gcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagag 314  Q
    || ||||||||||||    | ||||||| || ||| | | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  43135027 gcgacatccacataggtgacactcttgttagcgaacaacatgatatccaccaagtagagcagatatatgtggagag 43135102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Original strand, 28793407 - 28793476
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  28793407 gctcttgttagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagcaaatatatgcggacaacctggtcccgcaac 28793476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Original strand, 42096782 - 42096851
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  42096782 gctcttgtcagtgaatatcgtgatccccaccaagtatagaaaatatatgcggacagcctggtctcgcaac 42096851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Original strand, 32297728 - 32297797
Alignment:
Q  259 gctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||| | ||||||||||  || |||||| |||||||||    
T  32297728 gctcttgttagtgaatatcgtgatccccaccaagtatatcaaatatatgttgacagcctggtcccgcaac 32297797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 14912059 - 14912031
Alignment:
Q  17 caacaaagacaaccacatgtaaatataca 45  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14912059 caacaaagacaaccacatgtaaatataca 14912031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 147 - 195
Target Start/End: Original strand, 24142027 - 24142075
Alignment:
Q  147 cattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgc 195  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  24142027 cattgttaagctccatgtacaggtgagcaagggcagccactccccatgc 24142075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 328
Target Start/End: Original strand, 25062133 - 25062247
Alignment:
Q  214 caggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggaga 313  Q
    ||||| ||| |||||| | |||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || |||||||  ||||    
T  25062133 caggtctctgaagtaccttagatatacaacatccacatagttagcgctcttgtcagtgaagagcgtgatccccaccaagtacatcagatatatgtagaga 25062232  T
Q  314 gcctgctcccgcaac 328  Q
    ||||| |||||||||    
T  25062233 gcctggtcccgcaac 25062247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 9031479 - 9031410
Alignment:
Q  245 tccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagag 314  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  9031479 tccacatagtttgcgctcttgttagtgaagagcgtgacccacaccaagtagagtagatagatgcggagag 9031410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13682551 - 13682370
Alignment:
Q  147 cattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatc 246  Q
    |||||||||||| | | || | ||| || ||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||  || |||| ||| |||||| |||| ||  |||||||    
T  13682551 cattgttaagcttcctatagaggtgagctagtgccgcagctccccatgcaaattcagcaacaacatcaaggtctctaaagtacctcaggtagacaacatc 13682452  T
Q  247 cacat-agtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    || |  ||| || |||||||||||||||||| ||||| || | |||||| | |||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  13682451 catagcagtttg-gctcttgtcagtgaagagagtgatcccgatcaagtataacaaatatatgcggacaacctggtcccacaac 13682370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 18059679 - 18059629
Alignment:
Q  149 ttgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataa 199  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  18059679 ttgttaagcttcttgtacaagtgagcaagtgcagtcgctccccatgcataa 18059629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 234
Target Start/End: Original strand, 3142837 - 3142925
Alignment:
Q  146 gcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcag 234  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||||| | ||||||  ||||| || |||| ||| |||||||||||    
T  3142837 gcattgttgagctccttatacaagtgagctagtgtcgcagctccccatgaaaaaccagaaacaagatcgaggtctctaaagtacttcag 3142925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0766 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0766
Description:

Target: scaffold0766; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 128 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 4127 - 3952
Alignment:
Q  128 ttggtattgtgatgggaggcattgttaagctccatgtacaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagt 227  Q
    ||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| || | || |  |||||||||||||| |||  | | ||| | ||| ||| ||||    
T  4127 ttggtcttatgatgggatccattattaagctccatgtacaagtgtgtaactacaactactccccatgcataatcagatataggcttctggtctctaaagt 4028  T
Q  228 acttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaata 303  Q
    || |||| || |  || || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  4027 acctcaggtatgtcacgtctacatagtttgcgctcttgttagtgaagagcgtgatatccaccaagtcgggcaaata 3952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 227 - 296
Target Start/End: Original strand, 152 - 221
Alignment:
Q  227 tacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctcttgtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtaga 296  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  152 tacttcggatatgccacatccacatagtttgcgctcttgtcactgaagaacgtgacacccaccaagtaga 221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 328
Target Start/End: Original strand, 749 - 912
Alignment:
Q  165 acaagtgtgcaagtgcagcagctccccatgcataaccagccacaagctccaggtttcttaagtacttcagataagcaacatccacatagtatgcgctctt 264  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||  ||||  || |||| ||| ||||||||||| ||  |||||||||||    |   ||||||    
T  749 acaagtgagctagtgctgcagctccccatgaaaaaccagaaacaatatcgaggtctctaaagtacttcaggtacacaacatccacagcccactagctctt 848  T
Q  265 gtcagtgaagagcgtgatacccaccaagtagagcaaatatatgcggagagcctgctcccgcaac 328  Q
    || |||||||| | |||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  849 gttagtgaagatcttgatcctcaccaagtacaacaaatatatgcggacagcctggtcccgcaac 912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0311 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0311
Description:

Target: scaffold0311; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 4218 - 4167
Alignment:
Q  257 gcgctcttgtcagtgaagagcg--tgatacccaccaagtagagcaaatatat 306  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4218 gcgctcttgtcagtaaagagcgcgtgacacccaccaagtagagcagatatat 4167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University