View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10682_high_1 (Length: 508)

Name: NF10682_high_1
Description: NF10682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10682_high_1
NF10682_high_1
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (19-493)||(9218307-9218781)
chr1 (19-489)||(9199791-9200261)
chr1 (19-493)||(9170224-9170698)
chr1 (19-493)||(9118580-9119054)
chr1 (23-493)||(9161402-9161872)
chr1 (19-493)||(9155486-9155960)
chr1 (19-477)||(9229192-9229650)
chr1 (20-476)||(1843000-1843456)
chr1 (20-477)||(1868608-1869065)
chr1 (20-473)||(1857014-1857467)
chr1 (146-484)||(1815703-1816041)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (236-273)||(41703820-41703857)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (212-273)||(40573369-40573430)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 493
Target Start/End: Original strand, 9218307 - 9218781
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218307 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 9218406  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218407 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 9218506  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218507 gaagctctgcaagaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 9218606  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218607 taccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 9218706  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgct 493  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9218707 ctcttaacatctctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgct 9218781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 489
Target Start/End: Original strand, 9199791 - 9200261
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  9199791 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttttcatcatccaaaattccaacttgaata 9199890  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9199891 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtttcttcttgcctgttaaaagaaagaggtttgtcacctgtta 9199990  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9199991 gaagctctgcaagaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttg 9200090  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200091 caccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 9200190  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctc 489  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9200191 ctcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctc 9200261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 493
Target Start/End: Original strand, 9170224 - 9170698
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || | || |||||||||||||    
T  9170224 aggtctttcatcccctctaagtcttaaacaccttgaagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaaatccaacttgaata 9170323  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  9170324 gcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgtta 9170423  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9170424 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttg 9170523  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170524 caccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 9170623  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgct 493  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  9170624 ctcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgct 9170698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 9119054 - 9118580
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  9119054 aggtctttcctctcctcgaagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcttccttgttatcatcattcaaaattccaacttgaata 9118955  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  9118954 gcttcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaagaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaatcaagaggtttgtcacctgtta 9118855  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9118854 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttg 9118755  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118754 taccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 9118655  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgct 493  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  9118654 ctcttaacatctctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgct 9118580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 23 - 493
Target Start/End: Original strand, 9161402 - 9161872
Alignment:
Q  23 ctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcat 122  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  9161402 ctttcatcccctcttagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcctccttgttttcatcatttaaaataccaacttgaatagctt 9161501  T
Q  123 caaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaag 222  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||    
T  9161502 caaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactgatattctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtctcccgtaagaag 9161601  T
Q  223 ctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtacc 322  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9161602 ctctgcaagaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtacc 9161701  T
Q  323 attgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactct 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9161702 attgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactct 9161801  T
Q  423 taacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgct 493  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| ||| || ||||| || ||||||||||||    
T  9161802 taacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgct 9161872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 19 - 493
Target Start/End: Original strand, 9155486 - 9155960
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  9155486 aggtctttcctcacctcgaagtcgtaaacaccgtgctgccagaatagcaacctctttaatctcctccttgttttcatcatttaagataccaacttgaata 9155585  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
    || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||||| |    
T  9155586 gcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcattgcaagactaatactctcttctggcctattaaaagatagaggtttatctcctgtca 9155685  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9155686 gaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttg 9155785  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9155786 aaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 9155885  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgct 493  Q
    || || ||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||| || ||||||||||||    
T  9155886 cttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgct 9155960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 477
Target Start/End: Original strand, 9229192 - 9229650
Alignment:
Q  19 aggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaata 118  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||||| |    
T  9229192 aggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgcagcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattcaaaataccaacttgaaga 9229291  T
Q  119 gcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgtta 218  Q
     | ||| | |  | ||  | | |||||||||| || ||||| || ||||| ||  || | |||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||    
T  9229292 acttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaagaaataggtttctcccccgtta 9229391  T
Q  219 gaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttg 318  Q
    | |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9229392 ggagctctgccagtactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttg 9229491  T
Q  319 taccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggta 418  Q
    |||||  || ||||||   || |||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9229492 taccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggca 9229591  T
Q  419 ctcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagc 477  Q
    || || ||||||||||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  9229592 cttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagc 9229650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 1843456 - 1843000
Alignment:
Q  20 ggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatag 119  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  |||||||| |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| ||||||||     
T  1843456 ggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataa 1843357  T
Q  120 catcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttag 219  Q
    | ||||| |  ||||||| ||| || ||||| |  || | ||| ||||||||  |  ||||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || |||||    
T  1843356 cttcaaacacattatcttttttcaatcaagatagtaaattcattgcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttag 1843257  T
Q  220 aagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgt 319  Q
     | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  1843256 caactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgc 1843157  T
Q  320 accattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtac 419  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||   ||    
T  1843156 accattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcac 1843057  T
Q  420 tcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaag 476  Q
    |||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  1843056 tcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaag 1843000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 1869065 - 1868608
Alignment:
Q  20 ggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatag 119  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  |||||||| |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| ||||||||     
T  1869065 ggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataa 1868966  T
Q  120 catcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttag 219  Q
    | ||||| |  ||||||| ||| || ||||| |  || ||||| ||||||||  |  | ||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || || ||    
T  1868965 cttcaaatacattatcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcag 1868866  T
Q  220 aagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgt 319  Q
     | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  1868865 caactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgc 1868766  T
Q  320 accattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtac 419  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||   ||    
T  1868765 accattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcac 1868666  T
Q  420 tcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgacaaagc 477  Q
    |||| ||||||||||| || || || ||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  1868665 tcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagc 1868608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 1857467 - 1857014
Alignment:
Q  20 ggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatag 119  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  |||||||| |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| ||||||||     
T  1857467 ggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataa 1857368  T
Q  120 catcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttag 219  Q
    | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||  |  | ||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || || ||    
T  1857367 cttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcag 1857268  T
Q  220 aagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgt 319  Q
     | |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  1857267 caactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgc 1857168  T
Q  320 accattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtac 419  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||    
T  1857167 accattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcac 1857068  T
Q  420 tcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgaca 473  Q
    |||| ||||||||||| || || ||  |||| |||  |||||||||||||||||    
T  1857067 tcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgaca 1857014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 146 - 484
Target Start/End: Original strand, 1815703 - 1816041
Alignment:
Q  146 caagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagc 245  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||  |  ||||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || ||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  1815703 caagataaaaagtgcgtagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagc 1815802  T
Q  246 tataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatc 345  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||    
T  1815803 tatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatc 1815902  T
Q  346 aagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattgga 445  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  1815903 aagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggt 1816002  T
Q  446 attgatgcagctgaatgtagatatgacaaagcaccagct 484  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  1816003 attgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagct 1816041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 273
Target Start/End: Original strand, 41703820 - 41703857
Alignment:
Q  236 actccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 273  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41703820 actccatagctataaacatcacttttatcggttaattg 41703857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 40573430 - 40573369
Alignment:
Q  212 cctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 273  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  40573430 cctgtcagtagctctgctaggactactccaaatctataaacatcactcttctctgttaattg 40573369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University