View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1068_low_1 (Length: 828)
Name: NF1068_low_1
Description: NF1068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1068_low_1 |
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| [»] scaffold0189 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0189 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0189
Description:
Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 813
Target Start/End: Original strand, 14092 - 14781
Alignment:
| Q |
124 |
gtagatggattatatcgatttattattcagttctagtgaacaatattttaagtcatttgtgtatcctttattggatgaaactcgagcacaactatgttct |
223 |
Q |
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| T |
14092 |
gtagatggattatatcgatttattattcagttctagtgaacaatattttaagtcatttgtgtatcctttattggatgaaactcgagcacaactatgttct |
14191 |
T |
|
| Q |
224 |
tccatggaaattttgtcaacttcaccttatgcagaagtgatttcacttgaggagtcaagatcacattcatatggtaggaatcactacgtcgttaaaactg |
323 |
Q |
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| T |
14192 |
tccatggaaattttgtcaacttcaccttatgcagaagtgatttcacttgaggagtcaagatcacattcatatggtaggaatcactacgtcgttaaaactg |
14291 |
T |
|
| Q |
324 |
atacttggaaaaacaggtcctctggtcatggaaaagagttatacaaaacattgtttggcgatgtttttattttggcagattttaaacctgaaacggttaa |
423 |
Q |
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| T |
14292 |
atacttggaaaaacaggtcctctggtcatggaaaagagttatacaaaacattgtttggcgatgtttttattttggcagattttaaacctgaaacggttaa |
14391 |
T |
|
| Q |
424 |
tgatttgcaaaggtcaggaagaacgtggagttttgtgttgtcggctggttttctagatgaggagatccaaggcgaagatgatgatactaaacttatgcct |
523 |
Q |
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| T |
14392 |
tgatttgcaaaggtcaggaagaacgtggagttttgtgttgtcggctggttttctagatgaggagatccaaggcgaagatgatgatactaaacttatgcct |
14491 |
T |
|
| Q |
524 |
acttttaaagtgattgcttctgaagacattgacattgatgaaatggggcaaaaatctttgtttattatattcttgacgaagataacacctaatagaagaa |
623 |
Q |
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| T |
14492 |
acttttaaagtgattgcttctgaagacattgacattgatgaaatggggcaaaaatctttgtttattatattcttgacgaatataacacctaatagaagaa |
14591 |
T |
|
| Q |
624 |
tatggaacgtgctgcatatgggtggagactcaaagctgattaagaaaattttatgtcccagtgtcgtggtaagattgatttgaattggtgtttcaaagtc |
723 |
Q |
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| T |
14592 |
tatggaacgtgctgcatatgggtggagagtcaaagctgattaagaaaattttatgtcccagtgttgtggtaagattgatttgaattggtgtttcaaagtc |
14691 |
T |
|
| Q |
724 |
aatatagtgtagtttaaattataagttgttcatgttattttgatattcattgttgattgtttgttttagttatttatagcactattgtag |
813 |
Q |
| |
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| T |
14692 |
aatatagtgtagtttaaattataagttgttcatgttattttgatattcattgttgattgtttgttttagttatttatagcactattgtag |
14781 |
T |
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Target: scaffold0189; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 76
Target Start/End: Original strand, 13997 - 14045
Alignment:
| Q |
28 |
caaaaacaaggttttgaaaacttctttctcttactctatcacattatca |
76 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13997 |
caaaaacaaggttttgaaaacttctttctcttactctatcacattatca |
14045 |
T |
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