View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10698_low_49 (Length: 241)

Name: NF10698_low_49
Description: NF10698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10698_low_49
NF10698_low_49
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-223)||(39695295-39695517)
chr2 (1-224)||(39704206-39704426)
chr2 (1-215)||(39934596-39934812)
chr2 (1-200)||(39928949-39929145)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-224)||(38061628-38061846)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 39695517 - 39695295
Alignment:
Q  1 attgtggaaattgttgatagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacaga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39695517 attgtggaaattgttggtagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacaga 39695418  T
Q  101 catggaaacattatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39695417 catggaaacattatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcctatt 39695318  T
Q  201 cgttgaagcggcataggcgtttt 223  Q
    ||||| |||||||||||| ||||    
T  39695317 cgttggagcggcataggcatttt 39695295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 39704426 - 39704206
Alignment:
Q  1 attgtggaaattgttgatagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39704426 attgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaacaaccataacacaga 39704327  T
Q  101 catggaaacattatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctatt 200  Q
    |||    ||||   |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39704326 catttccacat---gcacatgtaccaatttgagcctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctatt 39704230  T
Q  201 cgttgaagcggcataggcgttttt 224  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  39704229 cgttgaagtggcataggcgttttt 39704206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 39934596 - 39934812
Alignment:
Q  1 attgtggaaattgttgatagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  39934596 attgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaaaaaccataacacgga 39934695  T
Q  101 catggaaacat--tatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactccta 198  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39934696 catggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctccta 39934795  T
Q  199 ttcgttgaagcggcata 215  Q
    |||| || |||||||||    
T  39934796 ttcgctggagcggcata 39934812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 39928949 - 39929145
Alignment:
Q  1 attgtggaaattgttgatagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacaga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  39928949 attgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaacgcttctccgataccaaccaacactaattgtggaaacaaccataatacaga 39929048  T
Q  101 catggaaacattatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctatt 200  Q
    ||| |||||   |||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39929049 cattgaaac---atgttcatgcgctaatttgagtctcttcgattcaacaagagcagagaccaccatgccaagaacattgaacacatgtcctactcctatt 39929145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 224
Target Start/End: Original strand, 38061628 - 38061846
Alignment:
Q  3 tgtggaaattgttgatagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagaca 102  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38061628 tgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaatactcaccagcattaattgtggaaacaaacataacacagaca 38061727  T
Q  103 tggaaacattatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcg 202  Q
    |    ||   ||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  38061728 tttccac---atgaacatgtgctaatttgagtctttttgtctcaacaagagcggagacaaccatacccagaatggtcaacacatagcctactcctattcg 38061824  T
Q  203 ttgaagcggcataggcgttttt 224  Q
    ||| |||||||||||| |||||    
T  38061825 ttggagcggcataggctttttt 38061846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University