View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10698_low_5 (Length: 481)

Name: NF10698_low_5
Description: NF10698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10698_low_5
NF10698_low_5
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (17-464)||(36935232-36935679)
chr5 (17-464)||(36956086-36956533)
chr5 (17-414)||(36948010-36948407)
chr5 (17-294)||(37069672-37069949)
chr5 (17-322)||(37079404-37079709)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-464)||(12493291-12493738)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 464
Target Start/End: Original strand, 36935232 - 36935679
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36935232 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccatgtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatacaatgtttcatgctttcattatct 36935331  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  36935332 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactcttttgggcaacatttgggttaactgaattgctgactttacctctcaaaatcgt 36935431  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgttggttgtccaatgtgttt 316  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36935432 tatgccgcttcttggaatcgctcttattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgtcggttgtccaatgtgttt 36935531  T
Q  317 ctggttatggcactgatttttgtcgcggttgtgattttgttatatgtgcttcttttccttctatcaccatcaactagcaaccccttgtggtacatttctc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36935532 ctggttatggcactgatttttgtcgccgttgtgattttgttatatgtgcttcttttccttccatcaccatcaactagcaaccccttgcggtacatttctc 36935631  T
Q  417 attatccatatcnnnnnnnggcatcacgaactgaaagtaaacctgatc 464  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36935632 attatccatatctttttttggcatcacgaactgaaagtaaacctgatc 36935679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 17 - 464
Target Start/End: Original strand, 36956086 - 36956533
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  36956086 ataatcacagcatcagtagcagcatgtttagctgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgttccatgttttcattatct 36956185  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  36956186 tcatcacaatatcattgttcagttcaattagtgctaccatcatactcttttgggcaacacttggattaactgaattggtaacttttactctcaaaattgt 36956285  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgttggttgtccaatgtgttt 316  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||| | |||||||||    
T  36956286 tgtgccgcttcttggaatcgctctcatttcattatcttttgctttcattgctggtctgtacactgttattagtgaacttaattggttggcaaatgtgttt 36956385  T
Q  317 ctggttatggcactgatttttgtcgcggttgtgattttgttatatgtgcttcttttccttctatcaccatcaactagcaaccccttgtggtacatttctc 416  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  36956386 ctggttatggctctgatttttgttgcggttgtgatttttttatatatgcttcttttccttccatcatcatcaactagcaagccattgcggtacatttctc 36956485  T
Q  417 attatccatatcnnnnnnnggcatcacgaactgaaagtaaacctgatc 464  Q
    | || || | ||       |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36956486 actacccttttcttttcttggcatcacaaactgaaagtaaacctgatc 36956533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 414
Target Start/End: Original strand, 36948010 - 36948407
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  36948010 ataatcactgcatcagtagcagcatgttttgctgttccaggtgaagcagatggaaaagcaaacaacctatgtcatgcaatgtttcaagcattcattatct 36948109  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||  |||| ||||| ||    
T  36948110 tcatcacaatatcattattcagttccattagttctattatcatactcttttgggcaacacttggattaactgaattggtgaaattctctctgaaaattgt 36948209  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgttggttgtccaatgtgttt 316  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  || | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||    
T  36948210 tatgccaattcttggaatcgctctcatctcactgtctttggctttcattgctggcctctacactgttatcagtgaacttacttggttggcaaatgtgttt 36948309  T
Q  317 ctggttatggcactgatttttgtcgcggttgtgattttgttatatgtgcttcttttccttctatcaccatcaactagcaaccccttgtggtacatttc 414  Q
    ||||||||| || |||||||||| | ||||| |||| | |||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||  || ||| ||||||||||    
T  36948310 ctggttatgacattgatttttgttgtggttgagattcttttatatatgctccttttccttccatcatcatcaactagcataccattgcggtacatttc 36948407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 37069949 - 37069672
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  37069949 ataatcactgcttcagtagcagcatgttttgctgttccaggtgaagcggatggaaaagcaaacaacctatgtcatgcaatgttccaagctttcattatct 37069850  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||    
T  37069849 tcatcacaatatcattgttcagttccattagttctactatcatactctttttggcaaaacttggattaactgaattggtgactttctcactgaaaatcgt 37069750  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaact 294  Q
      ||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37069749 gttgccacttcttggaaccgctctcatttctctatctttggctttcatgactggtctctacactgttatcagtgaact 37069672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 37079709 - 37079404
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  37079709 ataatcactgcttcagtagcagcatgttttgctgttccaggtgaagcggatggaaaagcaaacaacctatgtcatgcaatgttccatgttttcattatat 37079610  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||   ||||| || |||||||| |||||||  |||| ||||| ||    
T  37079609 tcatcacaatatcattgttcagttccattagttctactatcatactcttttgggcaaagcttggaatacctgaattggtgactttctctctgaaaattgt 37079510  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgttggttgtccaatgtgttt 316  Q
     |||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||    
T  37079509 gatgccacttcttggaatcgctctcgtctcactatctttggcttttatggctggactctacactgttatcagtgaacttacttggttggcaaatgtgttt 37079410  T
Q  317 ctggtt 322  Q
    ||||||    
T  37079409 ctggtt 37079404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 12493738 - 12493291
Alignment:
Q  17 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagccgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacaatctatgtcatgcaatgtttcatgctttcattatct 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12493738 ataatcactgcttcagtagcagcatgtttagctgttccaggtgaagcagaaggaaaagcacacagcctatgtcatgcaatgttccatgctttcattatct 12493639  T
Q  117 tcatcacagtatcattgttcagttccattagtgctaccatcatactgttttgggcaacatttggattaactgaattgctgacttttactctcaaaatcgt 216  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  12493638 tcatcacaatatcgttgttcagttccattagtgctactatcatactcttttgggcaacacttgggttaactgaattggtaacttttactctcaaaatggt 12493539  T
Q  217 tatgccacttcttggaatcgctctcattgcattatctttggctttcatggctggtctctacactgttatcagtgaactacgttggttgtccaatgtgttt 316  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| ||||||| |    
T  12493538 catgccgcttcttggaatcgctctcatttcgttatctttggctttcatggctagtctttacactgttattagtgaacttacttggttgtcaaatgtgtct 12493439  T
Q  317 ctggttatggcactgatttttgtcgcggttgtgattttgttatatgtgcttcttttccttctatcaccatcaactagcaaccccttgtggtacatttctc 416  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||   |||||||| |||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  12493438 ctggttatggcattgatttttattgcggttgtgattgcgttatatatgctcagtttccttccatcatcatcaactagcaagccattgcggtacatttctc 12493339  T
Q  417 attatccatatcnnnnnnnggcatcacgaactgaaagtaaacctgatc 464  Q
    | || |  ||||       ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12493338 actacctttatctttttttggcatcacgaactgaaagtaaacatgatc 12493291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University