View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1069_low_7 (Length: 656)

Name: NF1069_low_7
Description: NF1069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1069_low_7
NF1069_low_7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-656)||(42271772-42272414)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 42272414 - 42271772
Alignment:
Q  13 aatatagggtataaagatggatcatcactattttaagtgaaattttgtatgctgctaacaaaacaaattaacaaataaaatttgtctataaaagaagaag 112  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272414 aatataggatataaagatggatcatcactattttaagtgaaattt-gtatgctgctaacaaaacaaattaacaaataaaatttgtctataaaagaagaag 42272316  T
Q  113 aaaaaactcacatgtgatggtgtttgaagcccttgtttctttgactcagataagtttgagtatctcatattaggcctttgtggatggattccaacaactg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272315 aaaaaactcacatgtgatggtgtttgaagcccttgtttctttgactcagataagtttgagtatctcatattaggcctttgtggatggattccaacaactg 42272216  T
Q  213 gccttccaagcctactattaaaggatataacatctgagaaatttttggtgcatggtgaaatatttggcaacccttcataaaatttgccattgtgatctcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272215 gccttccaagcctactattaaaggatataacatctgagaaatttttggtgcatggtgaaatatttggcaacccttcataaaatttgccattgtgatctcc 42272116  T
Q  313 cactgagttaaatccatcaaggaatccatttggattaagtgattttctaaatacatgtccttgcatcacttcacttgcatgatgatgatattcttcctta 412  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272115 cactgagttaaatccatcaagatatccatttggattaagtgattttctaaatacatgtccttgcatcacttcacttgcatgatgatgatattcttcctta 42272016  T
Q  413 accttattcatgtcttgaatatcaaggcaactagggaacattttattacctactccttctctaatagtacatgatgtggaatcaccaaaaggtagtttga 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42272015 accttattcatgtcttgaatatcaaggcaactagggaacattttattacctactccttctctaatagtacatgatgtggaatcaccaaaaggtagtttga 42271916  T
Q  513 aatgacaattagggtcagaatcatgtgtgtagtgattatgatccatattggatgaattagaattattcaaattagtagacaaattgttatttgtttgtga 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271915 aatgacaattagggtcagaatcatgtgtgtagtgattatgatccatattggacgaattagaattattcaaattagtagacaaattgttatttgtttgtga 42271816  T
Q  613 atcaaagtggctactaacttcagggtcaggtggggcaatagacc 656  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42271815 atcaaagtggctactaacttcagggtcaggtggggcaatagacc 42271772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University