View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1069_low_8 (Length: 656)

Name: NF1069_low_8
Description: NF1069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1069_low_8
NF1069_low_8
[»] chr6 (44 HSPs)
chr6 (35-605)||(25512855-25513425)
chr6 (35-616)||(25581687-25582268)
chr6 (33-605)||(26057883-26058457)
chr6 (33-605)||(26077853-26078427)
chr6 (35-605)||(25546946-25547518)
chr6 (33-483)||(26144831-26145281)
chr6 (29-420)||(25485021-25485412)
chr6 (340-605)||(26145282-26145547)
chr6 (54-526)||(27602412-27602889)
chr6 (53-518)||(26657969-26658442)
chr6 (53-518)||(26763940-26764413)
chr6 (109-588)||(26825872-26826356)
chr6 (215-587)||(26886266-26886641)
chr6 (215-587)||(26850829-26851201)
chr6 (483-616)||(25485409-25485542)
chr6 (268-587)||(26951990-26952309)
chr6 (215-586)||(28794569-28794940)
chr6 (215-586)||(27675206-27675580)
chr6 (234-588)||(27681163-27681517)
chr6 (212-587)||(25076008-25076383)
chr6 (234-586)||(31286755-31287107)
chr6 (145-394)||(26637647-26637895)
chr6 (145-394)||(26743613-26743861)
chr6 (109-586)||(26863650-26864139)
chr6 (215-520)||(27528970-27529275)
chr6 (215-588)||(27716127-27716500)
chr6 (215-404)||(27590794-27590983)
chr6 (215-414)||(26804676-26804875)
chr6 (467-589)||(27662842-27662964)
chr6 (234-404)||(27704028-27704198)
chr6 (234-587)||(27425224-27425577)
chr6 (422-586)||(26961478-26961642)
chr6 (422-588)||(26979777-26979943)
chr6 (215-587)||(26648642-26649014)
chr6 (215-587)||(26754610-26754982)
chr6 (338-588)||(28788668-28788918)
chr6 (215-383)||(27696423-27696591)
chr6 (234-589)||(27608746-27609101)
chr6 (236-383)||(28788469-28788616)
chr6 (482-586)||(27696220-27696324)
chr6 (471-586)||(27703846-27703961)
chr6 (102-186)||(26850704-26850789)
chr6 (473-586)||(27590612-27590725)
chr6 (54-177)||(26961070-26961194)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (234-579)||(18677232-18677577)
chr4 (234-571)||(18729176-18729513)
chr4 (234-579)||(18697075-18697420)
chr4 (234-579)||(18721746-18722091)
chr4 (234-579)||(18687287-18687632)
chr4 (234-574)||(18653155-18653495)
chr4 (234-587)||(18075978-18076331)
chr4 (109-169)||(18697531-18697591)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (217-586)||(26138096-26138465)
chr1 (217-586)||(265960-266329)
chr1 (124-587)||(28125321-28125792)
chr1 (124-587)||(28130352-28130830)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (214-581)||(17990853-17991220)
chr2 (54-164)||(17991282-17991395)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (236-588)||(11281-11633)
scaffold0277 (268-586)||(2320-2638)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (215-588)||(15445-15818)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (268-586)||(9748-10066)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (234-587)||(61786-62139)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (268-516)||(1029-1277)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (215-586)||(22023436-22023808)
chr8 (269-383)||(29271671-29271785)
chr8 (316-379)||(15038963-15039026)
chr8 (109-169)||(22023283-22023343)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 44)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 605
Target Start/End: Original strand, 25512855 - 25513425
Alignment:
Q  35 ttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaagtg 134  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25512855 ttttctggggatcctgggtatcttccaagtagtttgagatattggaaatggtgtgtttgtcctttggaatctctatcttgtattttgagcaaggcaagtg 25512954  T
Q  135 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaata 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25512955 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattttaattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaacta 25513054  T
Q  235 tatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttat 334  Q
    ||||||||||||||||||  |   || |  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||| | ||||| ||    
T  25513055 tatgaaagtcttgacattgaatttttgtgaatatttaacccatatacccgatgtctcgggtcttccaaatctagaaaagttcttatttcgatattgtgat 25513154  T
Q  335 gagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagc 434  Q
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25513155 agtttaattacaattcacatttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatacatgtggttgcagcaaacctgagcttttcccacccttacagc 25513254  T
Q  435 tgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatata 534  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25513255 tgccctctcttaagaaatttgaaatctctgggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatata 25513354  T
Q  535 tgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25513355 tgatacttccatagaagaattgccatcttcatttcaaaatttcagtgaactttaacggttaacaatatctg 25513425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 616
Target Start/End: Original strand, 25581687 - 25582268
Alignment:
Q  35 ttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaagtg 134  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  || |  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  25581687 ttttctgggggtcctgggtatcttccaagtagtttgagatatttggaatggatagattatgatttcaagtctctgtcttgtattttgagcaaggcaagtg 25581786  T
Q  135 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaata 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25581787 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcattattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaacta 25581886  T
Q  235 tatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttat 334  Q
    |||||||||||||| ||| ||  ||  | ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |    
T  25581887 tatgaaagtcttgaaattggattatagttcagatttaacccatatacccgatgtctcgggtcttccaaatctagaaaagtgctcatttcaattttgtttt 25581986  T
Q  335 gagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagc 434  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25581987 agtttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatatggttgcagcaaacttgagcatttcccacccttacagc 25582086  T
Q  435 tgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatata 534  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  25582087 tgccctctcttaagaaatttgaaatctctaagtgtgagagtctcaagaattttccagaattattatgcaagatgagaaatataaaagatatcaagatata 25582186  T
Q  535 tgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctgaatgctaccta 616  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  25582187 tgccatttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaaaaatatctagatgctaccta 25582268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 605
Target Start/End: Original strand, 26057883 - 26058457
Alignment:
Q  33 acttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 132  Q
    |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26057883 acttttcaaggggtcctgggtatcttccaagtagtttgagatattggaaatggataagtagtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 26057982  T
Q  133 tgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttattta-tttgtttttt-atgcaggagttca 230  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  26057983 tgaaataggttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttcatttcaacttatttaatttgtttttttatgaaggagttca 26058082  T
Q  231 aatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattg 330  Q
    | |||||||||||  ||||||| |||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |   ||    
T  26058083 actatatgaaagttatgacattggacggttctcaatatttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaagtgctcctttcgaggatg 26058182  T
Q  331 ttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccaccctta 430  Q
    | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  26058183 tgatagtttaattaaaattcacagttcgattggacatctaaataaacttgaaatcttagatacatttggttgcagcgaacttgagcatttcccaccctta 26058282  T
Q  431 cagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgaga 530  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26058283 cagctgccctctcttaagaaatttgaaatcactgattgtgtgagtctcaagaattttccagaattattatgtgagatgacaaatataaaagatattgaga 26058382  T
Q  531 tatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26058383 tatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtaaacttcaacggttaacaatatctg 26058457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 605
Target Start/End: Original strand, 26077853 - 26078427
Alignment:
Q  33 acttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 132  Q
    |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26077853 acttttcaaggggtcctgggtatcttccaagtagtttgagatattggaaatggataagtagtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 26077952  T
Q  133 tgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttattta-tttgtttttt-atgcaggagttca 230  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  26077953 tgaaataggttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttcatttcaacttatttaatttgtttttttatgaaggagttca 26078052  T
Q  231 aatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattg 330  Q
    | |||||||||||  ||||||| |||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |   ||    
T  26078053 actatatgaaagttatgacattggacggttctcaatatttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaagtgctcctttcgaggatg 26078152  T
Q  331 ttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccaccctta 430  Q
    | ||   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  26078153 tgatagtttaattaaaattcacagttcgattggacatctaaataaacttgaaatcttagatacatttggttgcagcgaacttgagcatttcccaccctta 26078252  T
Q  431 cagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgaga 530  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26078253 cagctgccctctcttaagaaatttgaaatcactgattgtgtgagtctcaagaattttccagaattattatgtgagatgacaaatataaaagatattgaga 26078352  T
Q  531 tatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26078353 tatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtaaacttcaacggttaacaatatctg 26078427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 605
Target Start/End: Original strand, 25546946 - 25547518
Alignment:
Q  35 ttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaagtg 134  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25546946 ttttctgggggtcctgggtatcttccaagtagtttgagatattggaaatggagattttgtcctttgaagtctccatcttgtatttcgagcaaggcaagtg 25547045  T
Q  135 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattata--attttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaa 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  25547046 aaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattatataatttaaacttcaacttatttatttattttttatgcaggagttcaac 25547145  T
Q  233 tatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtt 332  Q
    |||||||||||||||| ||| || | || |  || ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||| | | |||     
T  25547146 tatatgaaagtcttgatattggatctttgtgaatatttaacccatatacctgatgtctcgggtcttcgaaatctagaaaagtgctcctttcgagaatgtc 25547245  T
Q  333 atgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttaca 432  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    | |||||||||||||||||||||||    
T  25547246 atagtttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatatggttgcttagagcttgagcatttcccacccttaca 25547345  T
Q  433 gctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagata 532  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||    
T  25547346 gctgccctctcttaagaaatttgaaatctcttattgtgagagtctcaagaattttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaagatatcaagata 25547445  T
Q  533 tatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 605  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547446 tatgatacttctatagaagaattgccgtattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 25547518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 33 - 483
Target Start/End: Original strand, 26144831 - 26145281
Alignment:
Q  33 acttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 132  Q
    |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26144831 acttttcaaggggtcctgggtatcttccaagtagtttgagatattggaaatggatattctgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaag 26144930  T
Q  133 tgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26144931 tgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattctctattagattataattttaatttcagcttatttatttgttttttatgcaggagttcaac 26145030  T
Q  233 tatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtt 332  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||     
T  26145031 tatatgaaagtcttgacattgaactattctcgatatttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaagtgctcctttcaaaactgtg 26145130  T
Q  333 atgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttaca 432  Q
    |    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  26145131 aaagtttaattagaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatctggttgcagcaagcttgagcattttccacccttaca 26145230  T
Q  433 gctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaa 483  Q
    ||||| ||||||| |||||||  ||||||||   ||| |||||||||||||    
T  26145231 gctgctctctcttaagaaattcaaaatctctcattgtgagagtctcaagaa 26145281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 29 - 420
Target Start/End: Original strand, 25485021 - 25485412
Alignment:
Q  29 aattacttttctggggatcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaagg 128  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25485021 aattacttttctgggggtcctgggcatcttccaagtagtttgagatattggaaatggataagttgtcctttgaagtctctttcttgtatttcgagcaagg 25485120  T
Q  129 caagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagtt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||||    
T  25485121 caagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaattttattttttattttttatgcaggagtt 25485220  T
Q  229 caaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaat 328  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||   || |  || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | ||    
T  25485221 caactatatgaaagtcttgacattggatttttgtgaatatttaacccatatacccgatgtctcgggtcttccaaatctagaaaagtgctcatttcgatat 25485320  T
Q  329 tgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcattt 420  Q
    |||| |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  25485321 tgttttagtttaattacaattcccagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatatggttgcagcaaacttgagcattt 25485412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 340 - 605
Target Start/End: Original strand, 26145282 - 26145547
Alignment:
Q  340 aattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccc 439  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26145282 aattacaattcacaactcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatacatctaattgcctcaaacttgagcatttcccacccttacagctgccc 26145381  T
Q  440 tctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgata 539  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26145382 tctcttaagaaatttgaaatctctggttgtgagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgata 26145481  T
Q  540 cttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 605  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26145482 cttccatagaagaattgcgatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaacggttaacaatatctg 26145547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 54 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 27602889 - 27602412
Alignment:
Q  54 atcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatc---ttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcattttt 150  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    ||||||||| ||||||||||||   |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  27602889 atcttccaagtagtttgagattttgcaaatggaatggttgtccttcgaagtctctatcatcttgtattttgaacaaggcaagtgaaataaattcattttt 27602790  T
Q  151 caattgtgtatattgataattcactattagattataattttaatttcaacttatttatttg--ttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttga 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  27602789 caattgtgtatatttataattcactattagattataattttaattttagcttaattatttgtattttttatgcagaagttcaactatatgaaagtattga 27602690  T
Q  249 catttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaat 348  Q
     |||  ||  || || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  || ||||||  |||| |  | |||||||||||    
T  27602689 aattgaacagttgtcaatatttaacccaaatacccgatgtctcaggacttccaaatttagaaaagttatcgtttcaattttgtgagaatttaattacaat 27602590  T
Q  349 tcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgag 448  Q
    ||||| |||  |||||  |||||| | ||||||||||||| |||||     ||||| ||| ||  ||  | | ||||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  27602589 tcacaattcagttggattcctaaacagacttgaaatcttagatgcaaaatattgcatcaagctccagagtgttccacctttacaactgccctgtcttaag 27602490  T
Q  449 aaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatatt 526  Q
    | ||| ||| || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  27602489 agattggaactcgccatgtgtaagagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaatttaaaagatatt 27602412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 518
Target Start/End: Original strand, 26657969 - 26658442
Alignment:
Q  53 catcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatc---ttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttt 149  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||  | | ||||||| ||||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  26657969 catcttccaagtagtttgagatttttgaaatggaaaggatgtccttcgaagtctctatcatcttgtatttcaaacaaggcaagtgaaataagttcatttt 26658068  T
Q  150 tcaattgtgtatattgataa-ttcactattagattataattttaatttcaact----tatttatttgttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagtc 244  Q
    || || ||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||||  || |    | || | || ||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  26658069 tcgatcgtgtatatttataaattcagtattatattataattataattataattataattttaacttcttttttatgcaggagttcaataatatgaaattc 26658168  T
Q  245 ttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaatta 344  Q
     ||||||| ||| ||| |  || |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| | |||||||| |||||||  | | |||||||    
T  26658169 atgacattggacgattgtgaatatttaacccatatacccaatgtctcaggtctctcaaatttagaaaagttctcatttcgaaattgtgctaatttaatta 26658268  T
Q  345 caattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctct 444  Q
    ||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  ||  | |    ||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  26658269 caattcacaattcagttggatacctaaataaacttgaaatcttagatgcatatggttgcagaaagatcgtaagttttccacccttacggcttccctctct 26658368  T
Q  445 tgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataa 518  Q
    | || ||||| || ||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  26658369 taaggaatttcaactcagttggtgtaagagtctcaagaaatttccagaattactatgcaagatgtcaaatataa 26658442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 518
Target Start/End: Original strand, 26763940 - 26764413
Alignment:
Q  53 catcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatc---ttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttt 149  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||  | | ||||||| ||||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  26763940 catcttccaagtagtttgagatttttgaaatggaaaggatgtccttcgaagtctctatcatcttgtatttcaaacaaggcaagtgaaataagttcatttt 26764039  T
Q  150 tcaattgtgtatattgataa-ttcactattagattataattttaatttcaact----tatttatttgttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagtc 244  Q
    || || ||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||||  || |    | || | || ||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  26764040 tcgatcgtgtatatttataaattcagtattatattataattataattataattataattttaacttcttttttatgcaggagttcaataatatgaaattc 26764139  T
Q  245 ttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaatta 344  Q
     ||||||| ||| ||| |  || |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| | |||||||| |||||||  | | |||||||    
T  26764140 atgacattggacgattgtgaatatttaacccatatacccaatgtctcaggtctctcaaatttagaaaagttctcatttcgaaattgtgctaatttaatta 26764239  T
Q  345 caattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctct 444  Q
    ||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  ||  | |    ||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  26764240 caattcacaattcagttggatacctaaataaacttgaaatcttagatgcatatggttgcagaaagatcgtaagttttccacccttacggcttccctctct 26764339  T
Q  445 tgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataa 518  Q
    | || ||||| || ||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  26764340 taaggaatttcaactcagttggtgtaagagtctcaagaaatttccagaattactatgcaagatgtcaaatataa 26764413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 109 - 588
Target Start/End: Original strand, 26825872 - 26826356
Alignment:
Q  109 atcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataa-ttcactattagattataat-tttaatttcaacttattt 206  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||  | ||| ||||  | ||  ||    
T  26825872 atctagtattttgaacaaggcaagtgaaataagttcattttccaattgtgtatatttataaattcactactagattattgtgttttatttttagtttgtt 26825971  T
Q  207 atttgttt---tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaa 303  Q
     ||| |||   ||||||||| ||||| |  |||||||||||||  |||| ||| | | || |  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||     
T  26825972 ttttctttgtgtttatgcagaagttcgagaatatgaaagtcttttcattggacaagtgtcaacatttaacccacatacccgatgtctcatgtcttccaat 26826071  T
Q  304 tctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgc 403  Q
      ||||||||| ||||||| |||| |||  | | |||||||||||| |||  ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||     ||||    
T  26826072 attagaaaaattctcatttaaaaaatgtcgtaatttaattacaattgacatctcgattgggtacctagataaacttgaaatcttaaatgcagagaattgc 26826171  T
Q  404 accaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaa-tctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgt 502  Q
    | ||| || |||  ||| |||||||||| | ||||||| ||| ||  |||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  26826172 agcaagctcgagagttttccacccttacggttgccctcccttaag-gatttgaaactctctggctgtaagagtctcaagagttttccaaaattattatgt 26826270  T
Q  503 aagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
     |||||||||| |||||||  |||    | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  26826271 gagatgacaaaaataaaaggaatttgtttgtatgatacttccataggagaattgccatcttcatttcgaaatctcaatgaacttca 26826356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 215 - 587
Target Start/End: Original strand, 26886266 - 26886641
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| | |  ||||||||||||||||||||| ||| |  || |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  26886266 tttatgcagaagttcgacttcatgaaagtcttgacatttgacaattgtgaatatttaacccatgtacccaatgtctcaggtcttctaaatttagaaaagt 26886365  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     |||| || ||||  || || | |||||||||||||||  |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||       |||| ||| |||||    
T  26886366 tctcagttgaaaagagtaataatttaattacaattcacgattcgattgggaagctaaataaacttgaaatcttaaatgcgaagaaatgcatcaagcttga 26886465  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||   |||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26886466 gagttttccacccttacagctgccctctctcaaggaatttgaactctcttattgtaggagtctcaagaaattcccagaattattatgcaagatgacaaat 26886565  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgat---acttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
     ||||||| |||| | || || ||   |||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26886566 ttaaaagagattgcgttacataataacacttccataggaggattgccattttcatttgaaaatctcagtgaacttc 26886641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 215 - 587
Target Start/End: Original strand, 26850829 - 26851201
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| |||||||  | || |||  ||||||||| |||  ||||  || ||||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||      
T  26850829 tttatgcagaagttcaacaacattaaaaacttgacattggacggttctaaatatttaacccatatatctgatgtctctggacttccaaatttagaaaagc 26850928  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     |||||||||   |||| ||   |||||||||||||||| ||| |||||  |||| | |||||||||||||||| ||||||   |||||| ||| |||||    
T  26850929 tctcatttcattgttgtcatagtttaattacaattcacaattcaattgggtacctgattaaacttgaaatcttagatgcatggggttgcaacaagcttga 26851028  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
    |  ||| |||||||||||  ||||||||||| || ||||   | | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26851029 gagttttccacccttacaattgccctctcttaaggaattgatattatctaggtgttcgagtctcaagaattttccagaattattatgcaagatgacaaat 26851128  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    ||| |||| |||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26851129 atagaagagattgagttacatcgtacttccataggagaattgccatcttcatttaaaaatctcagtgaacttc 26851201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 483 - 616
Target Start/End: Original strand, 25485409 - 25485542
Alignment:
Q  483 attttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtga 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25485409 attttccagaattattatgtaagatgtcaaatataaaagatattaagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtga 25485508  T
Q  583 acttcaacggttaacaatatctgaatgctaccta 616  Q
    | |||||||||||||||||| || || |||||||    
T  25485509 aattcaacggttaacaatatatggatactaccta 25485542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 268 - 587
Target Start/End: Original strand, 26951990 - 26952309
Alignment:
Q  268 tttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacac 367  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||  ||||  |  ||||||||||||||||| |||| ||||  ||    
T  26951990 tttaactcatatacccgatgtctcaggtcttccaaatttaaaaaacttctcatttcaaggttgtgttaggttaattacaattcacaattcggttgggtac 26952089  T
Q  368 ctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggt 467  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       |||    | ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||  ||    
T  26952090 ctaaataaacttaaaatcttaaatgccgagtactgcgagcagcttgagagttttccatccttacagttgccctctcttgaggaattgaaactctctgagt 26952189  T
Q  468 gtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatt 567  Q
    || ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  26952190 gtgagagtctcaagagctttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaagagattacgatatatgaaacatccataggagaattgccattttcatt 26952289  T
Q  568 tcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    |  |||| ||||||||||||    
T  26952290 tggaaatctcagtgaacttc 26952309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 215 - 586
Target Start/End: Original strand, 28794569 - 28794940
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  | ||||||||||||||||| ||| | | |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |    
T  28794569 tttatgcagaagttccagaacatgaaagtcttgacattggacaagtgtgaatatttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttggaaaagt 28794668  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     ||| |||  | |||||  | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||| ||| || ||    
T  28794669 tctcgtttgcatattgtcgtaaattaattacaattcacaattcaattggacacctaaataaacttgaaaggttaagtgcatatggttgcagcaagctcga 28794768  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
     | ||| ||||| |||  | || | |||||| |  |||| ||  |||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  28794769 acgttttccacctttagggttggcatctcttaacgaattggatctctctttttgtgagagtctcaagaattttccaaaattattatgcaagatgacaaat 28794868  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    || ||||| ||||  |||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  28794869 atcaaagagattggtatatcttatacttccataggagaattgccatcttcatttcaaaatctcaatgaactt 28794940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 215 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27675580 - 27675206
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||| | |||||| ||| ||||||| |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  27675580 tttatgcagaagttccaggatatgacaatcttgatattggaccattgtgaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagt 27675481  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
      || ||| ||  ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||| ||||||  || ||  |    
T  27675480 tatcgtttgaatgttgttataatttaattacaattcacaattcgattggacacctaaacaaacttgaaaggttaagtgcatttggttgcagaaagctcaa 27675381  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
     | ||| ||||| |||  | || | |||||| || || | || |||| | | |||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27675380 acgttttccacctttagggttggcatctcttaaggaactggatatctgttgttgttcgagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaat 27675281  T
Q  515 ataaaagatattgagata---tatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    || ||||| |||||  ||   ||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  27675280 atcaaagagattgatttagattataatatatccataggagaattgccatcttcatttcaaaatctcagtgaactt 27675206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 234 - 588
Target Start/End: Original strand, 27681163 - 27681517
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |  || |||  |  |||| |    
T  27681163 atatgaaagtcttgacattggactattgtgaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagttatcgtttacatgttgtga 27681262  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| | ||||||  || || || ||||| | ||| |||  |    
T  27681263 taatttaattacaattcacaattctattggacacctaaataaacttgaatggttaagtgcatatggttgcagaaagctcgaacattttcgacctttaggg 27681362  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
     || | |||||| |||||||   | ||| |  |||| || ||||  | |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| ||||    
T  27681363 ttggcatctcttaagaaattgatactctatgagtgtgagtgtcttgataattttccagaattattatgcaagatggcacatataaaagagattgatatat 27681462  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
     | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  27681463 ctaatacttccataggagaactgccattttcatttcaaaatctcagtgaacttca 27681517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 212 - 587
Target Start/End: Original strand, 25076008 - 25076383
Alignment:
Q  212 ttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaa 311  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |   | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25076008 ttttgtatgcaggaattcaactatatgaaagtcttgatattgaaccatttttactctttaactcatatacccgatgtctcaggtcttccaaatttagaaa 25076107  T
Q  312 aatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaact 411  Q
    |   ||||||  |||| ||||   | |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||      |||   || ||    
T  25076108 agatctcattaaaaaagtgttggaacttaattacaattcacaattcaattggatgcctaagtaaacttgaaatcataaatgcaaggaaatgctataagct 25076207  T
Q  412 tgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgaca 511  Q
      |   ||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||  || | |||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  25076208 caaaagttttccacccttacggctgccctctcttaaggaattgaaactttctgagtgttggagtctcaagagttttccagaattattgtgcaagatgaca 25076307  T
Q  512 aatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    ||| | |||  ||||  | |  | | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  25076308 aatttgaaaagtattttgttggacggtacttccataggagaattgccattttcatttcaaaatctcagtgaacttc 25076383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 234 - 586
Target Start/End: Original strand, 31286755 - 31287107
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |  || |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| || | ||||||| ||  ||||      
T  31286755 atatgaaagtcttgacattggacgattgtgaatatttaacacatatacctgatgtctcaggtctttcaaatatagagaagttctcatttaaattttgtag 31286854  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
      | |||||||||||| ||  ||| ||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||| || |||||| ||| ||  ||| ||| |||||||||       
T  31286855 aaatttaattacaattgacgattcaattggccaccaaaataaacttgaattcataagtgcaattggttgcagcaagctcaagcgttttccacccttaggt 31286954  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
     || | |||||| || |||| ||| |||||   |||  ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  | |      
T  31286955 ttggcatctcttaaggaattggaactctctttttgtgtgagtctcaatagttttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaacgtattttgtttg 31287054  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
     | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  31287055 ttaatacttccataggagaattgccatcttcatttcaaaatctcagtgaactt 31287107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 394
Target Start/End: Original strand, 26637647 - 26637895
Alignment:
Q  145 atttttcaattgtgtatattgataa-ttcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagt 243  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||  |||||||| ||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  26637647 attttccaattgtgcatatttataaattcactattagattttagtttttagtt--acttatttcttatttttttatgcagaagttcaactatatgaaagt 26637744  T
Q  244 cttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaatt 343  Q
    |||||||||  |||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||| | ||| ||| |||| ||| |  | | ||||    
T  26637745 cttgacattgaaccattgtcactatttaactcatatacccgatgtctcaggtctatcaaattttgaaaagttctcgtttaaaaagtgtaaaaattgaatt 26637844  T
Q  344 acaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgca 394  Q
    |||||||||  ||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  26637845 acaattcacgattcgattgggcagctaagtaaacttaaaatcttaaatgca 26637895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 394
Target Start/End: Original strand, 26743613 - 26743861
Alignment:
Q  145 atttttcaattgtgtatattgataa-ttcactattagattataattttaatttcaacttatttatttgttttttatgcaggagttcaaatatatgaaagt 243  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||  |||||||| ||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  26743613 attttccaattgtgcatatttataaattcactattagattttagtttttagtt--acttatttcttatttttttatgcagaagttcaactatatgaaagt 26743710  T
Q  244 cttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaatt 343  Q
    |||||||||  |||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||| | ||| ||| |||| ||| |  | | ||||    
T  26743711 cttgacattgaaccattgtcactatttaactcatatacccgatgtctcaggtctatcaaattttgaaaagttctcgtttaaaaagtgtaaaaattgaatt 26743810  T
Q  344 acaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgca 394  Q
    |||||||||  ||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  26743811 acaattcacgattcgattgggcagctaagtaaacttaaaatcttaaatgca 26743861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 109 - 586
Target Start/End: Original strand, 26863650 - 26864139
Alignment:
Q  109 atcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgat-aattcactattagattataattt-taatttcaacttattt 206  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| |||| ||| ||||||  | |||| |    
T  26863650 atcttgttttttgaacaaggcaagtgatataatttcattttccaattgtgtatatttataaattcactatgagagtatattttctaatttttatttatgt 26863749  T
Q  207 atttgttt----------tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtc 296  Q
     |||||||          ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||| ||| ||| |  || |||||||  ||||||| ||||||| | ||    
T  26863750 ttttgtttcttctttgtgtttatgcagaagttcgagaatatgaaagtcttgatattggactattgtgaatatttaacctgtatacccaatgtctccgatc 26863849  T
Q  297 ttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatt 396  Q
    |||||||| ||||||| |  |  |||  ||||||| || | ||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| | ||| ||||      
T  26863850 ttccaaatttagaaaagttgttgtttataaattgtcataatttaattacaattcacaactcgattgggtacctaaataaacttgaaaccctaattgcaaa 26863949  T
Q  397 tcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaatta 496  Q
       ||||| ||| || |||  ||| |||||||||||  || | |||||| ||| ||| ||| ||| |  ||||   || ||||||| |||||||||||||    
T  26863950 gtattgcagcaagctcgagagttttccacccttacaattggcatctcttaagatattggaactctatgagtgtttcagactcaagagttttccagaatta 26864049  T
Q  497 ttatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||   | | | ||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26864050 ttatgcaagatgataaatataaaagagatccggttgtctgaaacttccataagagaattgtcattttcatttcaaaatctcagtgaactt 26864139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 215 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 27529275 - 27528970
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||||||||| |||  || ||| |  || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  27529275 tttatgcagaagtttgaagatatgaaagtcttgatattgaacaattgtgaatatttaacccatataccggatgtctcagggcttccaaatttagaaaagt 27529176  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     ||| |||  ||  ||| || | ||| |||||||||||| |||  || || ||||||||| | | |||||||||||||||    |||||   || || ||    
T  27529175 tctcgtttgtaagatgtcataatttagttacaattcacaattcacttagatacctaaatagattagaaatcttaaatgcagagggttgcgagaagctcga 27529076  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
    |  ||| ||||||||||||   ||||||||| ||||  | ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27529075 gagttttccacccttacagtctccctctcttcagaatctggaactctctaattgtaagagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaat 27528976  T
Q  515 ataaaa 520  Q
    ||||||    
T  27528975 ataaaa 27528970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 215 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 27716500 - 27716127
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||| ||||  | |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  27716500 tttatgcagaagttccaggatatgaaagtcttgatattggaccgatgtaaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagt 27716401  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
      || ||| |||  |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||| | ||||||  ||  | ||    
T  27716400 tatcgtttgaaagatgttataatttaattacaattcacaattcgattggacaccttaataaacttgaaaggttaagtgcatatggttgcaataaggtcga 27716301  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
     ||||| ||||| |||    || | |||||| || ||||  |  ||  |   || | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27716300 acattttccacctttaggtttggcatctcttaaggaattgaatctcagttcttgcaggagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaat 27716201  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
    ||| |  |||||  | | | | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  27716200 atagacaatatttggttgtgtaatacttccataggagaactgccattttcatttcaaaatcttagtgaacttca 27716127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 215 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 27590983 - 27590794
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||| | |||||| ||| ||||||| |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  27590983 tttatgcagaagttccaggatatgacaatcttgatattggaccattgtgaatatttaacacatatacccgatgtctcagggctttcaaatttagaaaagt 27590884  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgca 404  Q
      |||||| || ||||| |  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||    
T  27590883 tatcatttgaatattgtaagaatttaattacaattcacaattcgattggacacctaaataaacttgaaaggttaagtgcatttggttgca 27590794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 215 - 414
Target Start/End: Original strand, 26804676 - 26804875
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||| ||| ||  |  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||| |    
T  26804676 tttatgcagaatttccaaaatatgaaagtcttgacattggacgataatgaatatttaacccacatacctgatctctcaggtcttcaaaatttagaaaagt 26804775  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     ||| ||| || ||||| |  | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||| ||| |||||    
T  26804776 tctcgtttaaatattgtgagaatttaattacaattgacaattcgattggacacctaaataaacttgaaaggttaagtgcatttggttgcagcaagcttga 26804875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 467 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 27662964 - 27662842
Alignment:
Q  467 tgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcat 566  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  27662964 tgtaggagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgtcaaatataaaagagatttggttatgtgatacttccatagaagaaatgccattttcat 27662865  T
Q  567 ttcaaaatttcagtgaacttcaa 589  Q
    || ||||| ||| ||||||||||    
T  27662864 ttaaaaatctcaatgaacttcaa 27662842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 27704198 - 27704028
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |  || ||| || ||||| |    
T  27704198 atatgacagtcttgacattggaccattgtaaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagttatcgtttgaatattgtga 27704099  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgca 404  Q
    | | |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||    
T  27704098 taatttaattacgattcacaattcgattggccacctaaataaacttgaaaggttaagtgcatttggttgca 27704028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 27425577 - 27425224
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    |||||||||| |||| ||| ||| ||| || |  ||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | ||| |||  ||  ||| |    
T  27425577 atatgaaagtgttgatattcgacaattgtcaagatttaatctatacacccgatgtctcatggcttccaaatttagaaaagttctcgtttgcaagatgtca 27425478  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | ||| |||||||||||| |||  || || ||||||||| | | |||||||||||||||    |||||   || || |||  ||| ||||||||||||    
T  27425477 taatttagttacaattcacaattcacttagatacctaaatagattagaaatcttaaatgcagagggttgcgagaagctcgagagttttccacccttacag 27425378  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
       ||||||||| |||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||   | |      
T  27425377 tctccctctcttcagaatttggaactctctaattgtaagagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaatctatcttgttga 27425278  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    | || |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||    
T  27425277 aggaaacttccataggagaatttccattttcctttcaaaatcttagtgaacttc 27425224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 422 - 586
Target Start/End: Original strand, 26961478 - 26961642
Alignment:
Q  422 ccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaag 521  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||| ||| |||||| |||| | |||||||| | ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  26961478 ccacccttacatttgccctctcttaaggaattggaactctctaagtgtgatagtctcaaaagttttccagaattattatgccaaatgacaaatataaaag 26961577  T
Q  522 atattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    | ||| |  | | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| || |||||||||||    
T  26961578 agattaatctttgtgatacttccataggagaatttccattttcatttcaatatctcagtgaactt 26961642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 422 - 588
Target Start/End: Original strand, 26979777 - 26979943
Alignment:
Q  422 ccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaag 521  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||| ||| |||||  |||| | |||||||| | ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||     
T  26979777 ccacccttacatttgccctctcttaaggaattggaactctctgagtgtgatagtctcaaaagttttccagaattattatgtcaaatgaaaaatataaaaa 26979876  T
Q  522 atattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
    | |||| | | | | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  26979877 agattgggttctctaatacttccataggagaattgccattttcatttcaatatctcagtgaacttca 26979943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 215 - 587
Target Start/End: Original strand, 26648642 - 26649014
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||  ||  || |  || |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||| |    
T  26648642 tttatgcagaagttccagaatatgaaagtcttgacattgaactgttgtgaatatttaactcatatacctgatgtctcagatcttcaaaatttagaaaagt 26648741  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     |||||||     |||| |  | |||||||||||| ||   || ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||| ||| ||  |    
T  26648742 tctcatttatgttttgtaagaatttaattacaattgacgactcaattgggcacctaaataaacttgaaagcttagatgcaggttgttgcagcaagctcaa 26648841  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
    || ||| |||||||||  | || | |||||| || |||| ||| ||  | | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  26648842 gcgttttccacccttagggttgacatctcttaagcaattggaactcagtggttgtgagagtctaaagaattttccagaattattatgcaaaatgagaaat 26648941  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    |||||| |||||    | | |   ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26648942 ataaaacatatttttttgtctagaacttcaataggagaattgccatcttcatttcataatctcagtgaacttc 26649014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 215 - 587
Target Start/End: Original strand, 26754610 - 26754982
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||  ||  || |  || |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||| |    
T  26754610 tttatgcagaagttccagaatatgaaagtcttgacattgaactgttgtgaatatttaactcatatacctgatgtctcagatcttcaaaatttagaaaagt 26754709  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
     |||||||     |||| |  | |||||||||||| ||   || ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||| ||| ||  |    
T  26754710 tctcatttatgttttgtaagaatttaattacaattgacgactcaattgggcacctaaataaacttgaaagcttagatgcaggttgttgcagcaagctcaa 26754809  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
    || ||| |||||||||  | || | |||||| || |||| ||| ||  | | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  26754810 gcgttttccacccttagggttgacatctcttaagcaattggaactcagtggttgtgagagtctaaagaattttccagaattattatgcaaaatgagaaat 26754909  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    |||||| |||||    | | |   ||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26754910 ataaaacatatttttttgtctagaacttcaataggagaattgccatcttcatttcataatctcagtgaacttc 26754982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 338 - 588
Target Start/End: Original strand, 28788668 - 28788918
Alignment:
Q  338 ttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgc 437  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||| ||   ||| ||||| |||  | ||     
T  28788668 ttaattacaattcacaattcaattggacacctaaataaacttgaaaggttaaatgcatttgattgcagcaaactcgaaagttttccacctttagggttgg 28788767  T
Q  438 cctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatga 537  Q
    | || ||| |  ||||  |  |||||   |||  ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  | |  |  |    
T  28788768 catcccttaatgaattgaatctctctcattgtgggagtctcaagagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatattaaaaagatttggttgcagaa 28788867  T
Q  538 tacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28788868 tacttccataagagaattgccatcttcatttcaaaatctcagtgaacttca 28788918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 215 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 27696591 - 27696423
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||| |||||||||| ||| ||| |  || |||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||| |    
T  27696591 tttatgcagaagttccagaatatgaaaatcttgacattggacgattgtgaatatttaacacatatacccgatgtctcaagcctttcaaatttagaaaagt 27696492  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaa 383  Q
      || ||| || ||||| |  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27696491 tatcgtttgaacattgtaagaatttaattacaattcacaattcgattggacacctaagtaaacttgaaa 27696423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 234 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 27609101 - 27608746
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    |||||||||||||||||||  || ||| |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |  || |||  |  |||| |    
T  27609101 atatgaaagtcttgacattgaactattgtgaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagttatcgtttacatgttgtga 27609002  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| | ||||||  || || || | ||| ||||| |||       
T  27609001 taatttaattacaattcacaattctattggacacctaaataaacttgaatggttaagtgcatatggttgcagaaagctcgaacgttttccacctttaggt 27608902  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
     || | |||||| |||||||  |  ||  | | ||| |||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||  | |      
T  27608901 ttggcatctcttaagaaattgaatctcagtggttgtgagagtctcgatagttttccagaattattatgcaagatgacaaagatagacaatattttgttga 27608802  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttcaa 589  Q
     |  ||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27608801 ttagtacttccataagagaactgccattttcatttcaaaatctcagtgaacttcaa 27608746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 236 - 383
Target Start/End: Original strand, 28788469 - 28788616
Alignment:
Q  236 atgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatg 335  Q
    ||||||||||||||||| ||| | | |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| | ||| |||  | |||||  |     
T  28788469 atgaaagtcttgacattggacaagtgtgaatatttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttggaaaagttctcgtttgcatattgtcgta 28788568  T
Q  336 agttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaa 383  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28788569 aattaattacaattcacaattcaattggacacctaaataaacttgaaa 28788616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 482 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27696324 - 27696220
Alignment:
Q  482 aattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtg 581  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| |||| | ||| |||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  27696324 aattttccagaattattatgcaagatggcacatataaaagagattgatatattttatatttccataggaaaactgccattttcatttcaaaatctcagtg 27696225  T
Q  582 aactt 586  Q
    |||||    
T  27696224 aactt 27696220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 471 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27703961 - 27703846
Alignment:
Q  471 agagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttca 570  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||  | |  |  ||||||| |||| |||| |||||| |||||||||    
T  27703961 agagtctcgatagttttccagaattattatgcaagatgacaaatatagataatatttggttgcagcatacttctataggagaactgccattttcatttca 27703862  T
Q  571 aaatttcagtgaactt 586  Q
    |||| |||||||||||    
T  27703861 aaatctcagtgaactt 27703846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 102 - 186
Target Start/End: Original strand, 26850704 - 26850789
Alignment:
Q  102 agtctctatcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgat-aattcactattagattata 186  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||    
T  26850704 agtctctatcatgtttttcgaacaaggcaagtgaaataacataattttccaattgtgtatatttataaatttactataagattata 26850789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 473 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27590725 - 27590612
Alignment:
Q  473 agtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaa 572  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  | |||  | | |   |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  27590725 agtctcaaaagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatatagacaagatttggttttggtatacttccatacgagaattgccatcttcatttcaaa 27590626  T
Q  573 atttcagtgaactt 586  Q
    || |||||||||||    
T  27590625 atctcagtgaactt 27590612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 54 - 177
Target Start/End: Original strand, 26961070 - 26961194
Alignment:
Q  54 atcttccaagtagtttgagatattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaa 153  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||| || | ||||||| |||| |||| || | | | ||||  ||||| |||||||||  |||||| | |||    
T  26961070 atcttccaagtagtttggtattttgcaaatggataggatgtccttcgaagactctttcatttttgtcgaataaggcgagtgaaatagtttcattctccaa 26961169  T
Q  154 ttgtgtatattgat-aattcactat 177  Q
    ||||||||||| || ||||||||||    
T  26961170 ttgtgtatatttataaattcactat 26961194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 234 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 18677577 - 18677232
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |  |||| |    
T  18677577 atatgaaagtcttgacattggactattgtctatatttaacccatatacccaatgtctcaggtcttccaaatttagaaaaattctcgtttcgattttgtga 18677478  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||| |||||| |||| |||||||||  |    
T  18677477 taatttaattgcaattcacgattcgattgggaacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatgggcatgcaccaagcttgagaattttccacccttatgg 18677378  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    |||||||||||  || |||| ||  |||||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |    
T  18677377 ctgccctctctgaaggaattggacctctctttttgtaagagactcaagagttttccagaattattatgtaagatgacaaatacaaaagagattggaatgt 18677278  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcag 579  Q
     |   ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  18677277 gtataacttccacaacagaattgccattttcatttcaaaatctcag 18677232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 234 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 18729513 - 18729176
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | | || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||| |    
T  18729513 atatgaaagtcttgacattggacaagtgtcaatatttaacccatatacccaatgtctcaggtcttccaaatttagaaaaattctcgtttcaatattgtga 18729414  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
      | |||||| ||||||||  |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||| |||||| |||| |||||||| | |    
T  18729413 caatttaattgcaattcacgattcgattgggaagctaaataaacttgaaatcttaaatgcatggggatgcatcaagcttgagaattttccacccttgcgg 18729314  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    |||||||||||| || |||| ||  || ||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |    
T  18729313 ctgccctctcttaaggaattggacctcacttattgtaagagactcaagagttttccagaattattatgtaagatgacaaatacaaaagagattggaatgt 18729214  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaa 571  Q
     | | ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  18729213 gtaaaacttccacaagagaattgccattttcatttcaa 18729176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 234 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 18697420 - 18697075
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| |||| ||| |    
T  18697420 atatgaaagtcttgacattggacaattgtcaatatttaacccatatacccaatgtctcaggtcttccaaatttagaagaattctcgtttgaaaaatgtaa 18697321  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
      | |||||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||| ||| ||||||  ||| |||||||||  |    
T  18697320 caatttaattgcaattcacgattcgattaggaacctaaataaacttgaaatcataaatgcatgtggatgcagcaagcttgagagttttccacccttatgg 18697221  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    |||||||||||  || |||| || ||||||   |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |    
T  18697220 ctgccctctctgaaggaattggacatctcttattgtaggagactcaagagttttccagaattattatgtaagatgacaaatacaaaagagattggaatgt 18697121  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcag 579  Q
     |   ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  18697120 gtacaacttccacaagagaattgccattttcatttcaaaatctcag 18697075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 234 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 18722091 - 18721746
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | | || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |  |||| |    
T  18722091 atatgaaagtcttgacattggacaagtgtcaatatttaacccatatacccaatgtctcaggtcttccaaatttagaaaaattctcgtttcgattttgtga 18721992  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||| || |||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||| ||||||  ||| |||||||||  |    
T  18721991 taatttaattgcagttcacgattcgattgggaacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatctggatgcatcaagcttgagagttttccacccttatgg 18721892  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    ||||||||||||||| |||| ||  |||||   ||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||  || |    
T  18721891 ctgccctctcttgaggaattggacctctctttttgtgagagactcaagagttttccagaactattatgtaagatgacaaatacaaaagcgattggaatgt 18721792  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcag 579  Q
     |   ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  18721791 gtataacttccacaagagaattgccattttcatttcaaaatctcag 18721746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 234 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 18687632 - 18687287
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||| || ||||| |    
T  18687632 atatgaaagtcttgacattggacaattgtcaatatttaacccatatacccaatgtcttaggtcttccaaatttagaataattctcgttttaatattgtaa 18687533  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||| ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||  || ||||||  ||| |||||||||  |    
T  18687532 taatttaattgcaattcacgattcgatttggaacctaaataaacttgaaatcataaatgcatgtggatgcagtaagcttgagagttttccacccttatgg 18687433  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    |||||||||||  || |||| || ||||||   |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |    
T  18687432 ctgccctctctgaaggaattggacatctcttattgtaggagactcaagagttttccagaattattatgtaagatgacaaatacaaaagagattggaatgt 18687333  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcag 579  Q
     |   ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  18687332 gtataacttccacaagagaattgccattttcatttcaaaatctcag 18687287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 234 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 18653495 - 18653155
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||  ||||      
T  18653495 atatgaaagtcttgacattggacaattgtcaatatttaacccatatacccaatgtcttaggtcttcctaatttagaataattctcgtttcaattttgtat 18653396  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | |||||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||   | ||||  || ||||||  ||| |||||||||  |    
T  18653395 taatttaattgcaattcacgattcgattgggaacctaaataaacttgaaatcataaatgcatggggatgcaggaagcttgagagttttccacccttatgg 18653296  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
    |||||||||||| || |||| ||  |||||   |||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |    
T  18653295 ctgccctctcttaaggaattggacgtctcttattgtaagagactcaagtgttttccagaactattatgtaagatgacaaatacaaaagagattggaatgt 18653196  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaat 574  Q
     |   ||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  18653195 gtataacttccacaagagaattgccattttcatttcaaaat 18653155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 587
Target Start/End: Original strand, 18075978 - 18076331
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    |||||||||| |||| ||| ||| ||| || |  ||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | ||| |||  ||  ||| |    
T  18075978 atatgaaagtgttgatattcgacaattgtcaagatttaatctatacacccgatgtctcatggcttccaaatttagaaaagttctcgtttgcaagatgtca 18076077  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | ||| |||||||||||| |||  || || ||||||||| | | |||||||||||||||    |||||   || || |||  ||| ||||||||||||    
T  18076078 taatttagttacaattcacaattcacttagatacctaaatagattagaaatcttaaatgcagagggttgcgagaagctcgagagttttccacccttacag 18076177  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
       ||||||||| |||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||   | |      
T  18076178 tctccctctcttcagaatttggaactctctaattgtaagagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaatctatcttgttga 18076277  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    | || |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||    
T  18076278 aggaaacttccataggagaatttccattttcctttcaaaatcttagtgaacttc 18076331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 18697591 - 18697531
Alignment:
Q  109 atcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataa 169  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||| ||||    
T  18697591 atcttgtatttgcagcaaggcaagtgaaataatttcattttctaattgtatatatttataa 18697531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 217 - 586
Target Start/End: Original strand, 26138096 - 26138465
Alignment:
Q  217 tatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgc 316  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||| ||||  ||| || ||| || || ||||||  || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |    
T  26138096 tatgcagaagttcgagtatatgaaagttttgagctttaacgattgtcaatatttaactgatctacccgatgtctcaggtcttcaaaatttagaaaagttc 26138195  T
Q  317 tcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagc 416  Q
    |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||||||||||| ||||||||||    |||||| ||| || |||     
T  26138196 tcatttgaaaattgtaacaatttaattacaattcacaattcaattgggttcctaaataaacttgaaaccttaaatgcaaagggttgcatcaagctcgaga 26138295  T
Q  417 atttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatat 516  Q
     ||| |||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||| | ||||||||||    
T  26138296 gttttccacccttacagttgacctctcttaagaaattggaactctctatttgtaagagtctcaagagttttccagaattagttggtaggttgacaaatat 26138395  T
Q  517 aaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    |||||| |||  | | ||||  || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26138396 aaaagacatttggttgtatggaacctccataggagaattgccattttcatttcaaaatttcagtgaactt 26138465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 217 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 266329 - 265960
Alignment:
Q  217 tatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgc 316  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||||||| |  || ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||| || ||||   |    
T  266329 tatgcagaagttccaggatatgaatgtcttgatattagaccattgtgaatatttaacccatatatctgatgtctcaggacttcctaatttaaaaaagctc 266230  T
Q  317 tcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagc 416  Q
    |||||| || ||||| |  | |||||||||||||||| |||  ||||  |||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||||||  || ||  ||     
T  266229 tcatttaaagattgtaagaatttaattacaattcacaattcagttgggtacctaattaaacttgaaatcttagatgcaatgggttgcagaaagctaaaga 266130  T
Q  417 atttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatat 516  Q
     ||| ||||||||||| |||||||||||| || || | ||| ||||| |||||  ||||||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  266129 gttttccacccttacaactgccctctcttaaggaaatggaactctctgggtgttggagtctcaatagctttccaaaattattatgcaagatgacaaatat 266030  T
Q  517 aaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    | || |||||  | | ||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  266029 agaaaatattttgttgtatgaaacttccataagagaattgccatcttcatttcaaaatctcagtggactt 265960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 124 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 28125792 - 28125321
Alignment:
Q  124 caaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgat-aattcactattagattataat-tttaatttcaacttatttatttgtttttt---- 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | ||| ||||  | |  ||| ||| || |||        
T  28125792 caaggcaagtgaaataagttcattttcaaattgtgtatatttatgaattcactattagattattgtgttttattttgaatattttgtttcttctttgtgt 28125693  T
Q  218 --atgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatg 315  Q
      |||||| ||||| |  |||||||||||||||| ||  ||  || |  || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |     
T  28125692 ttatgcagaagttcgagaatatgaaagtcttgactttgaacttttgtgaatatttaacccatatacccgatgtctcacatcttccaaatttagaaaagtt 28125593  T
Q  316 ctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgag 415  Q
    |||||||  | ||||| || | |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||    |||||| ||| || |||    
T  28125592 ctcatttgcatattgtgataatttaattacaattcacaattcgattgggtacctaaataaacttgaagtcttagatgcagaaggttgcagcaagctcgag 28125493  T
Q  416 catttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaata 515  Q
      ||| || ||||||||| || ||| |||| || ||||  || ||  |   ||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  28125492 agttttccccccttacagttgacctgtcttaaggaattgaaactcagtgaatgtgagagtctcaagagttttccagaattattaggcaagatgacaaata 28125393  T
Q  516 taaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    || |||| |||  | |   ||  |||||||||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  28125392 tagaagagatttggttgcgtggaacttccataagagaattaccattttcatttcaaaatctcagtgaacttc 28125321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 28130830 - 28130352
Alignment:
Q  124 caaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgat-aattcactattagattataatttta-atttcaacttatttatttgtttttt---- 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| | ||  ||||  | || ||| ||| || |||        
T  28130830 caaggcaagtgaaataagttcattttccaattgtgtatatttttgaattcaccattagattatagtgttctatttttatttttttgtttcttctttgtgt 28130731  T
Q  218 --atgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatg 315  Q
      |||||| ||||| |  ||| |||||||||||||||  ||   | |  || ||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||| |     
T  28130730 ttatgcagaagttcgagaatacgaaagtcttgacattgaacttctgtaaatatttaaccaatatacccaatgtctcacatcttccaaatttagaaaagtt 28130631  T
Q  316 ctcatttcaaaattgttatgagttaattacaatt-------cacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaa 408  Q
    ||||||| |||||||| || | ||||||||||||       |||| ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    ||||||  ||    
T  28130630 ctcatttgaaaattgtgataatttaattacaattcacaattcacaattctattgggtacctaaataaacttgaagtcttaaatgcaaagggttgcaggaa 28130531  T
Q  409 acttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatg 508  Q
     ||  || |||| || ||||||| | || | |||||| || |||| ||| ||      ||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||    
T  28130530 gctcaagaattttccccccttacggttgacttctcttaaggaattggaactcagggaatgtgagagtctcaaaaaatttccagaattattaggcaagttg 28130431  T
Q  509 acaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    ||||||||| |||| |||  | |   ||| |||||||||  |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  28130430 acaaatatacaagagattaggttgagtgaaacttccataagagaattaccattttcatttcaaaatctaagtgaacttc 28130352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 214 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 17991220 - 17990853
Alignment:
Q  214 ttttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaa 313  Q
    |||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||| ||| || || || |||||   | |||||||||||||||||||||| ||   || || |     
T  17991220 ttttatgcagaagttcgagaatatgaaagtcttgacatttaaccgttgtcaatatttaatgaaaatacccgatgtctcaggtcttcaaagcttaaaagag 17991121  T
Q  314 tgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttg 413  Q
    | ||||||| || | ||| || | |||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    |||| | ||| || |    
T  17991120 ttctcatttgaagagtgtaataatttaattacaattcacgattcgattgggtacctaaataaacttgaaatcttaaatgcacagggttgtagcaagctcg 17991021  T
Q  414 agcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaa 513  Q
    ||  ||| || ||||||||| || | |||||| ||||||| ||| | ||||| |||| ||  || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17991020 agagttttcctcccttacagttggcatctcttaagaaattggaactatctagatgtaggaacctaaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaa 17990921  T
Q  514 tataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtg 581  Q
     ||| || |||||  | |    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  17990920 gatagaacatatttggttggcagatagttccataggagaattgccattttcatttcaaaatctcagtg 17990853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 17991395 - 17991282
Alignment:
Q  54 atcttccaagtagtttgaga-tattggaaatggttaagttgtcctttgaagtctctatc---ttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttt 149  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||  | | |||||||  |||||||||||   |||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  17991395 atcttccaaatagtttgagagtattg-aaatggaaaggatgtccttcaaagtctctatcatcttgtttttcgaataaggcaagtgaaataatttcatttt 17991297  T
Q  150 tcaattgtgtatatt 164  Q
      |||||||||||||    
T  17991296 ggaattgtgtatatt 17991282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 236 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 11633 - 11281
Alignment:
Q  236 atgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatg 335  Q
    ||||||||||||||||| ||| | | |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| | ||| |||  | |||||  |     
T  11633 atgaaagtcttgacattggacaagtgtgaatatttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttggaaaagttctcgtttgcatattgtcgta 11534  T
Q  336 agttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagct 435  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |||||| ||   ||| ||||| |||  | |    
T  11533 aattaattacaattcacaattcaattggacacctaaataaacttgaaaggttaaatgcatttgattgcagcaaactcgaaagttttccacctttagggtt 11434  T
Q  436 gccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatat 535  Q
    | | || ||| |  ||||  |  |||||   |||  ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  | |  |     
T  11433 ggcatcccttaatgaattgaatctctctcattgtgggagtctcaagagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatattaaaaagatttggttgcag 11334  T
Q  536 gatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
     |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  11333 aatacttccataagagaattgccatcttcatttcaaaatctcagtgaacttca 11281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 268 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 2638 - 2320
Alignment:
Q  268 tttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacac 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| | ||| ||| || ||||| |  | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2638 tttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttagaaaagttctcctttgaatattgtgagaatttaattacaattcacaattcaattggacac 2539  T
Q  368 ctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggt 467  Q
    || |||||||||||||  |||| ||||  | |||||| |||||| || | ||| ||||| |||  |||  | || ||| |  ||||  | ||||||   |    
T  2538 ctcaataaacttgaaaggttaagtgcaaatggttgcagcaaactcgaacgttttccacctttagggcttgcatcccttaatgaattgaatatctcttatt 2439  T
Q  468 gtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatt 567  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||   |||  | |  |  | |||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  2438 gtgagagtctcaagagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatatgaaaatgatttggttgcagaaaacttccataagagaattgccatcttcatt 2339  T
Q  568 tcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  2338 tcaaaatctcaatgaactt 2320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 215 - 588
Target Start/End: Original strand, 15445 - 15818
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||| ||||  | |  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  15445 tttatgcagaagttccaggatatgaaagtcttgatattggaccgatgtaaatatttaacacatatacccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagt 15544  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttga 414  Q
      || ||| |||  |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||| | ||||||  ||  | ||    
T  15545 tatcgtttgaaagatgttataatttaattacaattcacaattcgattggacaccttaataaacttgaaaggttaagtgcatatggttgcaataaggtcga 15644  T
Q  415 gcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaat 514  Q
     ||||| ||||| |||    || | |||||| || ||||  |  ||  |   || | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15645 acattttccacctttaggtttggcatctcttaaggaattgaatctcagttcttgcaggagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaat 15744  T
Q  515 ataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttca 588  Q
    ||| |  |||||  | | | | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  15745 atagacaatatttggttgtgtaatacttccataggagaactgccattttcatttcaaaatcttagtgaacttca 15818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 268 - 586
Target Start/End: Original strand, 9748 - 10066
Alignment:
Q  268 tttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacac 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| | ||| ||| || ||||| |  | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  9748 tttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttagaaaagttctcctttgaatattgtgagaatttaattacaattcacaattcaattggacac 9847  T
Q  368 ctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggt 467  Q
    || |||||||||||||  |||| ||||  | |||||| |||||| || | ||| ||||| |||  |||  | || ||| |  ||||  | ||||||   |    
T  9848 ctcaataaacttgaaaggttaagtgcaaatggttgcagcaaactcgaacgttttccacctttagggcttgcatcccttaatgaattgaatatctcttatt 9947  T
Q  468 gtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatt 567  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||   |||  | |  |  | |||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  9948 gtgagagtctcaagagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatatgaaaacgatttggttgcagaaaacttccataagagaattgccatcttcatt 10047  T
Q  568 tcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  10048 tcaaaatctcaatgaactt 10066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 66; Significance: 8e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 587
Target Start/End: Original strand, 61786 - 62139
Alignment:
Q  234 atatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgtta 333  Q
    |||||||||| |||| ||| ||| ||| || |  ||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | ||| |||  ||  ||| |    
T  61786 atatgaaagtgttgatattcgacaattgtcaagatttaatctatacacccgatgtctcatggcttccaaatttagaaaagttctcgtttgcaagatgtca 61885  T
Q  334 tgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacag 433  Q
    | | ||| |||||||||||| |||  || || ||||||||| | | |||||||||||||||    |||||   || || |||  ||| ||||||||||||    
T  61886 taatttagttacaattcacaattcacttagatacctaaatagattagaaatcttaaatgcagagggttgcgagaagctcgagagttttccacccttacag 61985  T
Q  434 ctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatataaaagatattgagatat 533  Q
       ||||||||| |||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||   | |      
T  61986 tctccctctcttcagaatttggaactctctaattgtaagagtctcaagagttttccagaattattatgcaagatgacaaatataaaatctatcttgttga 62085  T
Q  534 atgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaacttc 587  Q
    | || |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||    
T  62086 aggaaacttccataggagaatttccattttcctttcaaaatcttagtgaacttc 62139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 268 - 516
Target Start/End: Original strand, 1029 - 1277
Alignment:
Q  268 tttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacac 367  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| | ||| ||| || ||||| |  | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  1029 tttaacccatatacctgatgtctcaggtcttcaaaatttagaaaagttctcctttgaatattgtgagaatttaattacaattcacaattcaattggacac 1128  T
Q  368 ctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaacttgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggt 467  Q
    || |||||||||||||  |||| ||||  | |||||| |||||| || | ||| ||||| |||  |||  | || ||| |  ||||  | ||||||   |    
T  1129 ctcaataaacttgaaaggttaagtgcaaatggttgcagcaaactcgaacgttttccacctttagggcttgcatcccttaatgaattgaatatctcttatt 1228  T
Q  468 gtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgacaaatat 516  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  1229 gtgagagtctcaagagttttccaaaattattatgcaagatgacaaatat 1277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 5e-24; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 215 - 586
Target Start/End: Original strand, 22023436 - 22023808
Alignment:
Q  215 tttatgcaggagttcaaatatatgaaagtcttgacatttgaccattctccatgtttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaat 314  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||||| |   |||||| |  || ||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  22023436 tttatgcagaagttccagaatatgaaagtcttgacgtcataccattgtgaatattttacctatatacgtaatgtctcaggtcttccaaatttagaaaagt 22023535  T
Q  315 gctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcga---ttggacacctaaataaacttgaaatcttaaatgcatttcgttgcaccaaact 411  Q
      || ||| |||||||| |  | |||||||||||| ||| |||||   |  |||||| || ||||||||||||||| ||||||  | |||||| ||| ||    
T  22023536 tatcgtttgaaaattgtaagaatttaattacaattgacaattcgacgatcagacaccaaagtaaacttgaaatcttgaatgcagatggttgcagcaatct 22023635  T
Q  412 tgagcatttcccacccttacagctgccctctcttgagaaatttgaaatctctaggtgtaagagtctcaagaattttccagaattattatgtaagatgaca 511  Q
     |||| ||| ||||| |||    || | || ||| ||||||| ||| |||| | ||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||| ||||||| |    
T  22023636 cgagcgttttccaccattaggtttggcatcacttaagaaattggaactctccaagtgtaggagtctcgag--ttttccaaaattattatgcaagatgaaa 22023733  T
Q  512 aatataaaagatattgagatatatgatacttccatagaagaattgccatattcatttcaaaatttcagtgaactt 586  Q
    |||||| || |||||  | | ||| |||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||    
T  22023734 aatatagaatatatttcgttgtataatacttccataagagaattgccatcttcttttcaaaatctcagtaaactt 22023808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 269 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 29271785 - 29271671
Alignment:
Q  269 ttaacccatatacccgatgtctcaggtcttccaaatctagaaaaatgctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacc 368  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |  || ||| |||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  29271785 ttaacacatatccccgatgtctcaggcctttcaaatttagaaaagttatcgtttgaaaattgtgataatttaactacaattcacaattcgattggacacc 29271686  T
Q  369 taaataaacttgaaa 383  Q
    |||||||||||||||    
T  29271685 taaataaacttgaaa 29271671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 379
Target Start/End: Original strand, 15038963 - 15039026
Alignment:
Q  316 ctcatttcaaaattgttatgagttaattacaattcacagttcgattggacacctaaataaactt 379  Q
    ||||||||||  |||| || | |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  15038963 ctcatttcaatgttgtgataatttaattacaattcacaattcgactggatacctaaataaactt 15039026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 109 - 169
Target Start/End: Original strand, 22023283 - 22023343
Alignment:
Q  109 atcttgtatttcgagcaaggcaagtgaaataagttcatttttcaattgtgtatattgataa 169  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||| ||||    
T  22023283 atctagtattttgagcaaggcaagtgaaataacttcactttctaattgtatatatttataa 22023343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University