View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10705_low_1 (Length: 415)

Name: NF10705_low_1
Description: NF10705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10705_low_1
NF10705_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (13-399)||(11390684-11391070)
chr6 (13-400)||(11419553-11419940)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (95-263)||(24614659-24614827)
chr3 (91-263)||(24108840-24109012)
chr3 (91-260)||(24116550-24116719)
chr3 (13-263)||(23693121-23693386)
chr3 (13-263)||(23711561-23711826)
chr3 (13-263)||(23730017-23730282)
chr3 (13-263)||(23748472-23748737)
chr3 (91-263)||(23689756-23689928)
chr3 (91-263)||(24061993-24062165)
chr3 (13-83)||(23689663-23689733)
chr3 (13-83)||(24061900-24061970)
chr3 (13-83)||(24116742-24116812)
chr3 (13-83)||(24614562-24614632)
chr3 (307-375)||(23693424-23693492)
chr3 (307-375)||(23711864-23711932)
chr3 (307-375)||(23730320-23730388)
chr3 (307-375)||(23748775-23748843)
chr3 (307-375)||(24108734-24108802)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 399
Target Start/End: Original strand, 11390684 - 11391070
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatattaaggatgaagacaagatgatggaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11390684 gagaagcttatactgcaaaaactggattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatattaaggatgaagacaagatgatggaaa 11390783  T
113 atatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgctgtgtattgtgcaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11390784 atatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgctgtgtattgtgcaag 11390883  T
213 aattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtaccggaaccggatactcggagaaggagttaagatcgtgtgctatggttatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11390884 aattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtaccggaaccggatactcggagaaggagttaagatcgtgtgctatggttatg 11390983  T
313 attgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagtcgagattattgtgaggttgcatgt 399  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11390984 atagaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaacaatgcatgtttttaggaaattttcaagtcgagattattgtgaggttgcatgt 11391070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11419940 - 11419553
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatattaaggatgaagacaagatgatggaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11419940 gagaagcttatactgcaaaaactggattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatattaaggatgaagacaagatgatggaaa 11419841  T
113 atatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgctgtgtattgtgcaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11419840 atatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgctgtgtattgtgcaag 11419741  T
213 aattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtaccggaaccggatactcggagaaggagttaagatcgtgtgctatggttatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11419740 aattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtaccggaaccggatactcggagaaggagttaagatcgtgtgctatggttatg 11419641  T
313 attgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagtcgagattattgtgaggttgcatgtt 400  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11419640 atagaattctgcaatgaaatttgtagagatggaacaatgcatgtttttaggaaattttcaagtcgagattattgtgaggttgcatgtt 11419553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 95 - 263
Target Start/End: Original strand, 24614659 - 24614827
Alignment:
95 aagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttc 194  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||     
24614659 aagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctgcttg 24614758  T
195 tgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
    | | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
24614759 ttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 24614827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 91 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 24109012 - 24108840
Alignment:
91 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 190  Q
    |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| || |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
24109012 gatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttcaatgattgctg 24108913  T
191 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
24108912 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 24108840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 91 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 24116719 - 24116550
Alignment:
91 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 190  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| || |||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||    
24116719 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 24116620  T
191 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatg 260  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
24116619 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatg 24116550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 263
Target Start/End: Original strand, 23693121 - 23693386
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatat---------taa------ggatgaag 97  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||         |||      ||||||||    
23693121 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaag 23693220  T
98 acaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgc 197  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || || ||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
23693221 acaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgc 23693320  T
198 tgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
     ||||||  ||||||  || || ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |||||    
23693321 cgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtac 23693386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 263
Target Start/End: Original strand, 23711561 - 23711826
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatat---------taa------ggatgaag 97  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||         |||      ||||||||    
23711561 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaag 23711660  T
98 acaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgc 197  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || || ||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
23711661 acaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgc 23711760  T
198 tgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
     ||||||  ||||||  || || ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |||||    
23711761 cgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtac 23711826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 263
Target Start/End: Original strand, 23730017 - 23730282
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatat---------taa------ggatgaag 97  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||         |||      ||||||||    
23730017 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaag 23730116  T
98 acaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgc 197  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || || ||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
23730117 acaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgc 23730216  T
198 tgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
     ||||||  ||||||  || || ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |||||    
23730217 cgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtac 23730282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 263
Target Start/End: Original strand, 23748472 - 23748737
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaatat---------taa------ggatgaag 97  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||         |||      ||||||||    
23748472 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaag 23748571  T
98 acaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctgcttctgc 197  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||| || || ||||| ||| || |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||    
23748572 acaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttctatgattgctgcttgtgc 23748671  T
198 tgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
     ||||||  ||||||  || || ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |||||    
23748672 cgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtac 23748737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 91 - 263
Target Start/End: Original strand, 23689756 - 23689928
Alignment:
91 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 190  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| || |||| ||||| || ||||| || |||||  |||||||||    
23689756 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctg 23689855  T
191 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
23689856 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 23689928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 91 - 263
Target Start/End: Original strand, 24061993 - 24062165
Alignment:
91 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 190  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||| || |||| ||||| || ||||| || |||||  |||||||||    
24061993 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagccttcattgattgctg 24062092  T
191 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatgtac 263  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
24062093 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtac 24062165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 83
Target Start/End: Original strand, 23689663 - 23689733
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 83  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
23689663 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 23689733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 83
Target Start/End: Original strand, 24061900 - 24061970
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 83  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
24061900 gagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 24061970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 24116812 - 24116742
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 83  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
24116812 gagaagctaatcctacaaaaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 24116742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 83
Target Start/End: Original strand, 24614562 - 24614632
Alignment:
13 gagaagcttatactgcaaaaacttgattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 83  Q
    ||||||||||| || ||| |||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
24614562 gagaagcttatcctacaagaacttggttggatattaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 24614632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Original strand, 23693424 - 23693492
Alignment:
307 gttatgattgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagt 375  Q
    |||||||| |||| ||||| | |||||||| |||| |||| |||| | ||||||| |||||||||||||    
23693424 gttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagt 23693492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Original strand, 23711864 - 23711932
Alignment:
307 gttatgattgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagt 375  Q
    |||||||| |||| ||||| | |||||||| |||| |||| |||| | ||||||| |||||||||||||    
23711864 gttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagt 23711932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Original strand, 23730320 - 23730388
Alignment:
307 gttatgattgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagt 375  Q
    |||||||| |||| ||||| | |||||||| |||| |||| |||| | ||||||| |||||||||||||    
23730320 gttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagt 23730388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Original strand, 23748775 - 23748843
Alignment:
307 gttatgattgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagt 375  Q
    |||||||| |||| ||||| | |||||||| |||| |||| |||| | ||||||| |||||||||||||    
23748775 gttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagt 23748843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 24108802 - 24108734
Alignment:
307 gttatgattgaattgtgcaatgaaatttgtagagatggaaccatgcatgtttttaggaaattttcaagt 375  Q
    |||||||| || | ||||| | |||||||||||||||||  |||| | ||||||| |||||||||||||    
24108802 gttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatggatacatggaagtttttaagaaattttcaagt 24108734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University