View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10714_high_6 (Length: 223)

Name: NF10714_high_6
Description: NF10714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10714_high_6
NF10714_high_6
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-215)||(22361078-22361292)
chr3 (1-215)||(22365465-22365679)
chr3 (46-210)||(23397192-23397357)
chr3 (1-29)||(36028884-36028912)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-215)||(1330628-1330842)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-213)||(200608-200820)
chr5 (1-213)||(196229-196441)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-215)||(7162536-7162753)
chr8 (1-215)||(30045180-30045398)
chr8 (1-215)||(30049583-30049801)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-215)||(3941438-3941656)
chr4 (1-215)||(3945837-3946055)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-215)||(39949381-39949593)
chr7 (1-215)||(39953773-39953985)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (1-103)||(1-103)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22361292 - 22361078
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361292 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 22361193  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||     
T  22361192 agcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagctttactaacaaaacaagttaaaata 22361093  T
Q  201 attacacacataagc 215  Q
    |||||||||||||||    
T  22361092 attacacacataagc 22361078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22365679 - 22365465
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365679 gagaaagggacaataacaatgtttactatactgcaaatttgatacatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 22365580  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  22365579 agcctatgcttagttgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttatgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaata 22365480  T
Q  201 attacacacataagc 215  Q
    |||||||||||||||    
T  22365479 attacacacataagc 22365465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 46 - 210
Target Start/End: Original strand, 23397192 - 23397357
Alignment:
Q  46 ataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaactt 145  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  | | ||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  23397192 ataccatccatacatctttcttacatatttagagtcaaatacttagtaatgacataacttatactttgttgatgtcatacgacataaacctatttaactt 23397291  T
Q  146 gtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaac-aagttaaaatgattacacaca 210  Q
    || ||||  || |||||||||||| | ||| |||| || ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  23397292 gtacagaacaccttacttgtgcaggaaagtattaccgacaaaactaagttaaaatcattacacaca 23397357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Original strand, 36028884 - 36028912
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactat 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028884 gagaaagggacaataacaatgtttactat 36028912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1330842 - 1330628
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  1330842 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagtcaaatacttactaatgactc 1330743  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  1330742 aacctatactttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagtatagttttactaacaaaacaagttaaaatg 1330643  T
Q  201 attacacacataagc 215  Q
    |||||||||||||||    
T  1330642 attacacacataagc 1330628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 200608 - 200820
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200608 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 200707  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  200708 agcctatgcttagctgatgtcatatgaggtaaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatg 200807  T
Q  201 attacacacataa 213  Q
    |||||||||||||    
T  200808 attacacacataa 200820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 196229 - 196441
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196229 gagaaagagacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 196328  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  196329 agcctatgcttagctgatgtcatatgacgtaaacctacttaactcgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatg 196428  T
Q  201 attacacacataa 213  Q
    |||||||||||||    
T  196429 attacacacataa 196441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 7162753 - 7162536
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162753 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttaatacaaaccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 7162654  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataac---attacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaa 197  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  7162653 agcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctgcttaacttgtgcagataaccttattacttgtgcagcatagttttactaacaaaataagttaaa 7162554  T
Q  198 atgattacacacataagc 215  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7162553 atgattacacacataagc 7162536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 30045398 - 30045180
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30045398 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactc 30045299  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaa 196  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30045298 agcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaa 30045199  T
Q  197 aatgattacacacataagc 215  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  30045198 aataattacacacataagc 30045180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 30049801 - 30049583
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30049801 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactc 30049702  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaa 196  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30049701 agcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaa 30049602  T
Q  197 aatgattacacacataagc 215  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  30049601 aataattacacacataagc 30049583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 3941656 - 3941438
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3941656 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactc 3941557  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaa 196  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  3941556 agcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaa 3941457  T
Q  197 aatgattacacacataagc 215  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  3941456 aataattacacacataagc 3941438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 3946055 - 3945837
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3946055 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactc 3945956  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtc----atatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaa 196  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  3945955 agcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaa 3945856  T
Q  197 aatgattacacacataagc 215  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  3945855 aataattacacacataagc 3945837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 39949381 - 39949593
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39949381 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactc 39949480  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  39949481 agcctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaact--tgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaata 39949578  T
Q  201 attacacacataagc 215  Q
    |||||||||||||||    
T  39949579 attacacacataagc 39949593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 39953773 - 39953985
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39953773 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactc 39953872  T
Q  101 agcctatgctttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagcatagttttactgataaaacaagttaaaatg 200  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  39953873 agtctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaact--tgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaata 39953970  T
Q  201 attacacacataagc 215  Q
    |||||||||||||||    
T  39953971 attacacacataagc 39953985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 103 - 1
Alignment:
Q  1 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  103 gagaaagggacaataacaatgtttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactc 4  T
Q  101 agc 103  Q
    |||    
T  3 agc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University