View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10720_low_6 (Length: 387)

Name: NF10720_low_6
Description: NF10720
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10720_low_6
NF10720_low_6
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (18-374)||(37531993-37532349)
chr5 (18-373)||(37593097-37593452)
chr5 (18-374)||(37638639-37638995)
chr5 (18-373)||(37710400-37710755)
chr5 (18-373)||(37822797-37823152)
chr5 (18-373)||(37401910-37402265)
chr5 (21-373)||(37695491-37695843)
chr5 (18-373)||(37393798-37394153)
chr5 (18-373)||(37701579-37701934)
chr5 (18-374)||(37434603-37434959)
chr5 (18-374)||(37383237-37383593)
chr5 (18-373)||(37427943-37428300)
chr5 (20-293)||(37439965-37440238)
chr5 (268-369)||(26437463-26437564)
chr5 (268-369)||(26450832-26450933)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (32-373)||(16843908-16844249)
chr4 (18-373)||(16846575-16846930)
chr4 (18-373)||(24218643-24218998)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 374
Target Start/End: Original strand, 37531993 - 37532349
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37531993 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 37532092  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532093 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37532192  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532193 tttctcaaatgacttaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37532292  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532293 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 37532349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 37593097 - 37593452
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593097 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 37593196  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593197 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37593296  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593297 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37593396  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37593397 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagcagtcaatatc 37593452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 374
Target Start/End: Original strand, 37638639 - 37638995
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37638639 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatg 37638738  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638739 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37638838  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638839 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctatgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37638938  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638939 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 37638995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 37710400 - 37710755
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37710400 atttagacaatggaaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatg 37710499  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710500 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37710599  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710600 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacttgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37710699  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37710700 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagcagtcaatatc 37710755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 37822797 - 37823152
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37822797 atttagacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatg 37822896  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37822897 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37822996  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37822997 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37823096  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37823097 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagcagtcaatatc 37823152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 37402265 - 37401910
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37402265 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatg 37402166  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402165 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagcctcaggaatctcacccgtcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 37402066  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402065 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattatttgaaagattaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 37401966  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37401965 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagcagtcaatatc 37401910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 21 - 373
Target Start/End: Original strand, 37695491 - 37695843
Alignment:
Q  21 tagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggtt 120  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695491 tagacaatgggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggtt 37695590  T
Q  121 ttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaattt 220  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37695591 ttgtgaaagttttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcaattggttacatgagaggtccaaccactccaatttt 37695690  T
Q  221 ctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaattt 320  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695691 ctcaaatgacccaaagattgtggaatactacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaattt 37695790  T
Q  321 caccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37695791 caccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagcagtcaatatc 37695843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 37394153 - 37393798
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  37394153 atttagacaattggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtg 37394054  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||    
T  37394053 gttttgtgaaaggtttaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccacgggaatctcacccttcaattggttccttgagaggtccaaccactctaaa 37393954  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37393953 tttctcaaatgacttaaagattgtggaatggttcctgtgattccattgtttgagaggttaaggcctttgagagaatttaattctccaatgacttctgaaa 37393854  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37393853 tttctccatcaaacttgttatttgataaatcaatagttgtaaaagtagtcaatatc 37393798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 37701579 - 37701934
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  37701579 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtg 37701678  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||  |||| |  ||||||||||||||||||||     
T  37701679 gttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccgcgggaatctcacccgtcaaacggttcctggagaggtccaaccactccaag 37701778  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37701779 tttcttagattactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttaagagaatataattctccaatgacttgtggaa 37701878  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37701879 ttctaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtcgtcaatatc 37701934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 374
Target Start/End: Original strand, 37434603 - 37434959
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  37434603 atttagacaatgggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaattgttgacccgtaggtatgactccctcaaggtg 37434702  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||| | ||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||   ||||||||| ||||||||||||    
T  37434703 gttgtttgaaaggttcaagaatgataggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatttcacccgtcaactggttttttgagaggtctaaccactccaaa 37434802  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    | |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  37434803 tgtctcaatttactcaaagattgtggaatggtacctgtgattctattgtttgaaaggttaagacctttgagagaatttaattctccaatgactagaggaa 37434902  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 374  Q
    |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37434903 tttttccttcaaacaagttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 37434959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 37383593 - 37383237
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37383593 attttgacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgtaggtatgattccctcaaggtg 37383494  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    |||||||||||| || ||||  ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| | |    
T  37383493 gttttgtgaaagattcaagaaagagagaaaattcaaatttgtcaaagccaaaggaatctcacccttcaattggttccttgagaggtctaaccactctaga 37383394  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||||||||  ||||||||| |  |||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  37383393 tttctcaaactactcaaagaataaggaattgtacctgtgattttattgtttgaaaggttaaggcctttgagagaaatcaattctccaaagacttgtggaa 37383294  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatct 374  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37383293 tttctccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaacgtggtcaatatct 37383237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 37427943 - 37428300
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  37427943 atttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgattccctcaaggtg 37428042  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaatt-----ggttgcatgagaggtccaaccact 212  Q
    ||||||||| || || |||| ||| ||||| |||||||||  ||||||    |||||||||||  |||| |     |||| | |||||||||||||||||    
T  37428043 gttttgtgagagattcaagaatgataggaaattcaaattttccaaagcggtgggaatctcacctgtcaaattaaatggttccttgagaggtccaaccact 37428142  T
Q  213 ccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttg 312  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  37428143 ccaagtttctcagattactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaa---taagacctttgagagaattcaattctccaacgacttg 37428239  T
Q  313 tggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37428240 aggaatttctccttcaaacatgttatttgacaaatcaatagttgtgaaagttgtcaatatc 37428300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 293
Target Start/End: Original strand, 37439965 - 37440238
Alignment:
Q  20 ttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggt 119  Q
    ||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  37439965 ttagacaatggatatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgcaggtatgattccctcatggtggt 37440064  T
Q  120 tttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||    
T  37440065 tttgtgaaaggtttaagacagagaggaaattcaaatttgtcaaagtcacgggaatttcaccggtcaattggtttcttgagaggtccgaccactctaaatt 37440164  T
Q  220 tctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaat 293  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||    
T  37440165 tctcaatttactcaaagattgtggaatggtacttttgattccattttttaagaggttaaggcctttaagagaat 37440238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 369
Target Start/End: Original strand, 26437463 - 26437564
Alignment:
Q  268 tgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtc 367  Q
    |||||| ||||||||| |||| || || || |||||||||| |  |||||| || ||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26437463 tgaaagattaagtcctatgagtgacttcaactctccaatgattattggaatctctccttcaaatttattctttgataaatcaagagttgtgaaagtagtc 26437562  T
Q  368 aa 369  Q
    ||    
T  26437563 aa 26437564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 369
Target Start/End: Original strand, 26450832 - 26450933
Alignment:
Q  268 tgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtc 367  Q
    |||||||||||||||| |||| || || || ||||||||||    |||||| || ||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26450832 tgaaaggttaagtcctatgagtgacttcaactctccaatgatcgttggaatctctccttcaaatttattgtttgataaatcaagagttgtgaaagtagtc 26450931  T
Q  368 aa 369  Q
    ||    
T  26450932 aa 26450933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 32 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 16844249 - 16843908
Alignment:
Q  32 aatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggt 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  16844249 aatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttgacctgtaggtatgattcctttaaagtggttttgtgaaaggt 16844150  T
Q  132 ttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgact 231  Q
    ||||||  || ||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16844149 ttaagaaagaaaggaaattcaaatttgccaaagcctcaagaatctctcccgtcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgact 16844050  T
Q  232 caaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaac 331  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16844049 caaagattgtggaatgctacccgtgattccattttttgaaaggttaagtccaatgagagaatataactctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaac 16843950  T
Q  332 atgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843949 atgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 16843908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 16846930 - 16846575
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  16846930 atttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtagaaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtg 16846831  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    ||||| ||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  16846830 gttttttgaaaggttcaagaaagaaaggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcatttggttccttgagaggtccaaccactccaaa 16846731  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    | |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  16846730 tgtctcaatttactcaaagattgtggaatggtacctgtgattctattgtttgaaaggttaagacctttgagagaatttaattctccaatgacctctggaa 16846631  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16846630 tttttccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaaatagtcaatatc 16846575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 24218998 - 24218643
Alignment:
Q  18 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 117  Q
    |||| |||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||  || ||    
T  24218998 attttgacaatggaaatccacataacattgcatttccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgttggccggtaggtatgattcccttgagatg 24218899  T
Q  118 gttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaa 217  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  24218898 gttttgtgaaaggtttaaaaaagagaggaaattcaaatttgtcaaagccataggaatcttaccactcaagttgtttcttgagaggtccaaccactccaaa 24218799  T
Q  218 tttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaa 317  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  24218798 tttcgcaaattactcaaagattgtggaatggtacctatgatttgattgtgtgaaaggttaaggcctttgagaaaatttaatttcccaatgacttgtggaa 24218699  T
Q  318 tttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatc 373  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  24218698 tttctccttcaaacatgttattcgataaatcaatcgttgtgaaagtagtcagtatc 24218643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University