View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10727_low_10 (Length: 315)

Name: NF10727_low_10
Description: NF10727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10727_low_10
NF10727_low_10
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (19-304)||(26675341-26675626)
chr3 (19-300)||(26731770-26732051)
chr3 (19-300)||(26690459-26690740)
chr3 (19-300)||(26694620-26694901)
chr3 (19-296)||(26698553-26698830)
chr3 (19-296)||(26733716-26733993)
chr3 (19-304)||(26750877-26751162)
chr3 (19-296)||(26736941-26737218)
chr3 (19-296)||(26743952-26744229)
chr3 (19-296)||(26713705-26713982)
chr3 (155-207)||(47212252-47212304)
chr3 (20-56)||(47212117-47212153)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (19-216)||(21108324-21108521)
chr7 (21-269)||(21123175-21123426)
chr7 (19-269)||(21130301-21130554)
chr7 (146-269)||(18658593-18658716)
chr7 (19-216)||(21098705-21098902)
chr7 (21-269)||(21111343-21111594)
chr7 (155-206)||(29213014-29213065)
chr7 (20-52)||(29212879-29212911)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-267)||(39132184-39132435)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (155-228)||(11791094-11791167)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 304
Target Start/End: Original strand, 26675341 - 26675626
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26675341 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 26675440  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26675441 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 26675540  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaagaacccttt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26675541 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagaggttttcagctaaagaacccttt 26675626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 26732051 - 26731770
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  26732051 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaaaa 26731952  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||  |||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26731951 tccgctaccttgggttggtaatcagagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 26731852  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaagaacc 300  Q
    ||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| || |||||||||||    
T  26731851 gacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacc 26731770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 26690740 - 26690459
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  26690740 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaaaa 26690641  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||  |||  |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26690640 tccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 26690541  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaagaacc 300  Q
    ||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| || |||||||||||    
T  26690540 gacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacc 26690459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 26694901 - 26694620
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  26694901 gaaaatccattcaggtcccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaaaattgttcctttgtactaacttagacaacccaaaa 26694802  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||  |||  |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26694801 tccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaataggcaa 26694702  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaagaacc 300  Q
    ||  |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| |||| |||||||||    
T  26694701 gacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacc 26694620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 26698553 - 26698830
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  26698553 gaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaa 26698652  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||| |||  || ||| | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  26698653 tctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtgtaaataagcaa 26698752  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaag 296  Q
    || ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  26698753 gaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaag 26698830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 26733716 - 26733993
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  26733716 gaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaa 26733815  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||| |||  || ||| | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  26733816 tctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtgtaaataagcaa 26733915  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaag 296  Q
    || ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  26733916 gaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaag 26733993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 304
Target Start/End: Original strand, 26750877 - 26751162
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||| ||| |  | |||||  |||||||| ||||  ||||||    
T  26750877 gaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaaaa 26750976  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||  |||  || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26750977 tcagctaccttcggttggtaatcggagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgcaa 26751076  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaagaacccttt 304  Q
    |  ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  26751077 gtccctttgcagttcccatagcaatgttatacctcttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacccttt 26751162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 26736941 - 26737218
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||  ||||||||| | | |  ||||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  26736941 gaaaacccattcaggtgccatgtaacctcgtgtccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattcctgttcaatagcttagacaaaccaaaa 26737040  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||| | |  || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  26737041 tctgcaaccttaggtcgataatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcatgtaaataagcaa 26737140  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaag 296  Q
    ||   ||||| ||||||| ||||||   ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  26737141 gacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaag 26737218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 26743952 - 26744229
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||  |||||| || ||  | || ||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  26743952 gaaaacccactcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaattttgaatgatcaaagtcgtccctatttaatagcttggacaaaccaaaa 26744051  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||  |||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26744052 tccgctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaataagcaa 26744151  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaag 296  Q
    |  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||| ||||| || |||||||    
T  26744152 ggccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttactccaatcaagtttatttgatgaaagattatcggctaaag 26744229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 26713705 - 26713982
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||  ||||||||| | | |  ||||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  26713705 gaaaacccattcaggtgccatgtaacctcgtgtccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattccttttcaatagcttagacaaaccaaaa 26713804  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaa 218  Q
    ||| | |  || ||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  26713805 tctgcaaccttaggtcgataatcatagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcatgtaaataagcaa 26713904  T
Q  219 gagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagagattttcagctaaag 296  Q
    ||   ||||| ||||||| ||||||   ||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26713905 gacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgataagagattatcagctaaag 26713982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 207
Target Start/End: Original strand, 47212252 - 47212304
Alignment:
Q  155 atgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatg 207  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47212252 atgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttcatg 47212304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 56
Target Start/End: Original strand, 47212117 - 47212153
Alignment:
Q  20 aaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctc 56  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47212117 aaaatccactcaggtgccatgtaacctcttgttcctc 47212153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 21108521 - 21108324
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||||| |||||||| | |   ||||| ||||| ||||||    
T  21108521 gaaaatccattcaggtgccatataccctcttgttcctctaatcattgagatgcatgaattattaaggttgttcctgttttgcagctttgacaatccaaaa 21108422  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgc 216  Q
    ||  |||  |||||  || | | ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21108421 tcggctaacttgggctggaagttagaatcaagaagtatgttttgtggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtagatatgc 21108324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 269
Target Start/End: Original strand, 21123175 - 21123426
Alignment:
Q  21 aaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatta---agattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaa 117  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||||   |||||||| ||   |   ||||||||||| |||||    
T  21123175 aaatccattcaggggccatatatcctcttgttcctctaatcattgagaattctgaattattattaagattgtttctgcttttcagcttagacaatccaaa 21123274  T
Q  118 atctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgca 217  Q
    |||| |||  |||||| |  | | ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  21123275 atctgctaacttgggttgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccatacattcttcatgtagataagca 21123374  T
Q  218 agagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtg 269  Q
    ||| |  | || ||||||| |||||| | |||||| |||| |||||||||||    
T  21123375 agaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaagtg 21123426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 269
Target Start/End: Original strand, 21130301 - 21130554
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatta---agattgttcctatgtaatagcttagacaaccca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||| ||| ||||||| | |||| |||||   |||||||| | || |  |||||||||||| |||    
T  21130301 gaaaatccactcaggtgccatatatcctcgtgttcctctaatcattgagaatcctgaactattatcgagattgtttcgattttgtagcttagacaatcca 21130400  T
Q  116 aaatctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatg 215  Q
    |||||  |||  |||||  |  | | ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  21130401 aaatcggctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattcttcatgtagatatg 21130500  T
Q  216 caagagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtg 269  Q
    | | | |  | || ||||||| |||||| | |||||| |||  |||||||||||    
T  21130501 ctaaaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttagtccaatcaagtg 21130554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 269
Target Start/End: Original strand, 18658593 - 18658716
Alignment:
Q  146 tcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaagagcctttgcggttcctagagcaatgt 245  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||| | || || ||||||| |||||| |    
T  18658593 tcaagaagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattcttcatgtagataagctagaactttagctgttcctaaagcaatat 18658692  T
Q  246 tatacctcttaccccaatcaagtg 269  Q
     |||||| |||| ||| |||||||    
T  18658693 cataccttttactccagtcaagtg 18658716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 21098902 - 21098705
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaa 118  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||| | || | ||||||||| || |||||||| || | |   ||||||||||| ||||||    
T  21098902 gaaaatccattctggggccatataccctcttgttcctctaatcatagatacacttgaattgttgagattgtttctgttttgcagcttagacaatccaaaa 21098803  T
Q  119 tctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgc 216  Q
    ||  |||  ||||||  | | | ||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  21098802 tccgctaacttgggttcgaagttagaatcaagaagtatattttgcggctttatatcacaatgtaaaatccattccaaacattcttcatgtagatatgc 21098705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 269
Target Start/End: Original strand, 21111343 - 21111594
Alignment:
Q  21 aaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatta---agattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaa 117  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||||   |||||||| ||   |   ||||||||||| |||||    
T  21111343 aaatccattcaggggccatatatcctcttgttcctctaatcattgagaattctgaattattattaagattgtttctgcttttcagcttagacaatccaaa 21111442  T
Q  118 atctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgca 217  Q
    |||| |||  |||||  |  | | ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| ||| |||    
T  21111443 atctgctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaatatccattcgagacattcttcatgtagataagca 21111542  T
Q  218 agagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtg 269  Q
    ||| |  | || ||||||| |||||| | |||||| |||| |||||||||||    
T  21111543 agaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaagtg 21111594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 206
Target Start/End: Original strand, 29213014 - 29213065
Alignment:
Q  155 atgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcat 206  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29213014 atgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttcat 29213065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 52
Target Start/End: Original strand, 29212879 - 29212911
Alignment:
Q  20 aaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgtt 52  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29212879 aaaatccactcaggtgccatgtaacctcttgtt 29212911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 39132435 - 39132184
Alignment:
Q  19 gaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatta---agattgttcctatgtaatagcttagacaaccca 115  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||   ||||||| ||   | |||||| |||| |   ||||||||||| |||    
T  39132435 gaaaacccattcaggagccatatatcctcttgttcctctaatcattgagaattctgaattactattgacattgtttctatttctcagcttagacaatcca 39132336  T
Q  116 aaatctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatg 215  Q
    || ||| |||  |||||| | || | ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  39132335 aagtctgctaacttgggttgatagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgtaaaatccactccaaacattcttcatgtagataag 39132236  T
Q  216 caagagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaag 267  Q
    | ||  |  | || ||||||| |||||| | |||||| |||| |||||||||    
T  39132235 ctaggactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaag 39132184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 228
Target Start/End: Original strand, 11791094 - 11791167
Alignment:
Q  155 atgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaagagcctttgc 228  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||| ||| |||| |||| ||||    
T  11791094 atgttttctggcttaatatcacaatgcaaaacccattccaaacactcctcatgtagatacgcaatagcccttgc 11791167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University