View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10748_low_4 (Length: 358)

Name: NF10748_low_4
Description: NF10748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10748_low_4
NF10748_low_4
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (20-301)||(2711538-2711819)
chr8 (20-301)||(2988920-2989201)
chr8 (138-346)||(3002021-3002229)
chr8 (20-297)||(3142422-3142702)
chr8 (19-301)||(9851352-9851637)
chr8 (58-193)||(2916491-2916626)
chr8 (18-106)||(3001934-3002022)
chr8 (20-207)||(2911477-2911664)
chr8 (24-123)||(2980012-2980111)
chr8 (21-199)||(13790867-13791045)
chr8 (134-199)||(3282852-3282917)
chr8 (320-348)||(2711491-2711519)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-301)||(18355317-18355598)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (31-301)||(10755912-10756182)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (20-301)||(45033-45317)
scaffold0065 (41-301)||(50223-50486)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-301)||(3919404-3919688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (31-185)||(8572638-8572792)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-185)||(28698598-28698752)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2711819 - 2711538
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2711819 atggtgttatggatgaattggaaatactcaagaacacagttgaatccatcaaagctgtcctccttgatgctgaagacaaacaagagcaaagtcatgctgt 2711720  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagct 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2711719 acaaaactgggttagaaggctcaaagatgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacataaaagggataaagct 2711620  T
Q  220 gataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2711619 cataacaacaaagtgactcaggtatttcattccttatccataagcagagctgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 2711538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 301
Target Start/End: Original strand, 2988920 - 2989201
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||  ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  2988920 atggtgtcatggatgaattagaaagacttaaaaacacaattgaagtcatcagagctgtactccttgatgctgaggagaaacaagagaaaagtcctgctgt 2989019  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagct 219  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2989020 acaagtctgggtaagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgcagatgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacacaaacgggataaagct 2989119  T
Q  220 gataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2989120 cataagaacaaagtgacacaggtaattcattccttcttaccaagcagaactgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 2989201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 138 - 346
Target Start/End: Original strand, 3002021 - 3002229
Alignment:
Q  138 gctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgaca 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3002021 gctcaaagacgtgcttcttcctgctgttgatttgatagatgagtttcttattgaagatatgatacacaaaagggataaagctgataagaacaaagtgaca 3002120  T
Q  238 caggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattgnnnnnnnnnnnnnnngttttaatgatgttgtgaaag 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||               |||||||||||||||||||||    
T  3002121 caggtatttcattccttctctctaagcagagctgctttttgccataaaatggctcttgagattgaaaaaatacaaaaaagttttaatgatgttgtgaaag 3002220  T
Q  338 atatgtctg 346  Q
    |||||||||    
T  3002221 atatgtctg 3002229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 3142702 - 3142422
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3142702 atggtgtgatggatgaactggaaaggcttaaaaacacagttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaagagaaaagtcatgctgt 3142603  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaa 216  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||   || || |||| |||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||| |||| ||| ||| | ||| ||    
T  3142602 acaaatctggataagaagactcaaagatgatgtacttcatcctgctgatgacttgctagatgaatttgctatcgaagacatgagacaaaaacgggatgaa 3142503  T
Q  217 gctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgag 297  Q
    |||  |||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||||  |  |||  ||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  3142502 gctcgtaagaacaaagtaacacaggtgcttcattctttatctccgaatagaattgcttttagccgtaaaatggcttatgag 3142422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 9851637 - 9851352
Alignment:
Q  19 aatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagag---caaagtcatg 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| || | || |||||||||| |||||||||||||||||||    |||| |||||    
T  9851637 aatggtgttatgaatgaattggaaaagcttaagaacacggttgaatctattagagttgtgctccttgatgctgaagagaaacaagaagcacaaaatcatg 9851538  T
Q  116 ctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataa 215  Q
    |||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  ||| |    
T  9851537 ctgttcgaaattgggtaagaaggctcaaagatgtgcttcatcctgcagatgatttgctagatgaatttgttattgaagatatgaggaacaaaatggatga 9851438  T
Q  216 agctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
    | || ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| || || |  | ||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  9851437 aactcataagaacaaagtaacaaaggtacttcattccttatctccaaacaaaatttcttttcgccgtaaaatggcatatgagattg 9851352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 58 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 2916626 - 2916491
Alignment:
Q  58 gttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttc 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||| ||    
T  2916626 gttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaggagaaacaagaacaaaaccatgctgtacaaaactggattagaagactcaatgatgtgcttcatc 2916527  T
Q  158 ctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaag 193  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  2916526 ctgctgatgacttgctagatgaatttgttattgaag 2916491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 106
Target Start/End: Original strand, 3001934 - 3002022
Alignment:
Q  18 taatggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagc 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  3001934 taatggtgttatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaagagc 3002022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 2911664 - 2911477
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |  ||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||  ||||||||    
T  2911664 atggtgttatgaatgagttggaaaggcttaagaatacagttgagtctatcagaaatgtactccttgatgctgaggacaaacaagaacaaaaccatgctgt 2911565  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaa 207  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||| |||||   |  ||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  2911564 aaaaaactggattagaagactcaaagatgtgctgaattttgctgacaacttgctagatgaatttgttattgaagatttgagacacaaa 2911477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 2980012 - 2980111
Alignment:
Q  24 tgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaa 123  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||  ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2980012 tgtgatggatgaattagaaagacttaaaaacacaattgaagtcatcagagctgtactccttgatgctgaggagaaacaagagaaaagtcatgctgtacaa 2980111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 199
Target Start/End: Original strand, 13790867 - 13791045
Alignment:
Q  21 tggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgta 120  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| | | | || |||||||||| | ||  | || ||||| || |||| |  || ||||    
T  13790867 tggtgttatggatgagttggaaagacttaagaactctgttgaatgcgtaagagttgtgctccttgacgcccaggataaacaggaacaaaattttgttgta 13790966  T
Q  121 caaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatga 199  Q
    || || ||| | |||||||||| ||| ||||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  13790967 cagaattggataagaaggctcacagatgtgcttcatcttgcagatgacttgctagatgaatttattattgaaggtatga 13791045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 3282917 - 3282852
Alignment:
Q  134 gaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatga 199  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||||    
T  3282917 gaaggctcaaagatgtgcttcatcttgcagatgacttgctagatgaattcattattgaaggtatga 3282852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 320 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 2711519 - 2711491
Alignment:
Q  320 ttaatgatgttgtgaaagatatgtctgtg 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2711519 ttaatgatgttgtgaaagatatgtctgtg 2711491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 301
Target Start/End: Original strand, 18355317 - 18355598
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18355317 atggtgtcatggatgaactggaaaggcttaagaagacagttgaatccatcaaagctgtgctccttgatgctgaagacaaacaagagcaaagtcatgctgt 18355416  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagct 219  Q
    ||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18355417 acaactctgggttagaaggctcaacgacctgcttcttcctgcagatgatttgatagatgaattttttattgaagatatgatacacaaaagggataaagct 18355516  T
Q  220 gataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18355517 cataagaacaaagtgaaacaggtatttcattccttctcaccaagcagaactgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 18355598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 31 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 10756182 - 10755912
Alignment:
Q  31 gatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactggg 130  Q
    |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||    
T  10756182 gatgaattagaaagccttacgaagacagttgaatccatcagagctgtgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactggg 10756083  T
Q  131 ttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaa 230  Q
    ||| |||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  10756082 ttacaaggctcaaagatgtgcttgttgctgcagatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacgcaaaagggatgaagctcataagaacaa 10755983  T
Q  231 agtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
    ||| ||| ||||| ||||||| |||||| |||||| ||||| |||| | | |||||||||||  |||||||    
T  10755982 agtaacaaaggtacttcattctttctctttaagcaaagctgttttttgtcgtaaaatggctctagagattg 10755912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 301
Target Start/End: Original strand, 45033 - 45317
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| |||    
T  45033 atggtgttatgcatgagttggaaaggcttaagaatactgttgaatccgtcagagctgtgctccttgatgctgaggagaaacaacaacaaagtcatggtgt 45132  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaa---gacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaa 216  Q
     ||||||||| | ||||| ||||||   || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||    
T  45133 gcaaaactggataagaagactcaaagatgatgtgcttcatcctgctgatgatttgctagatgaattttctattgaagacatgagacacaaacgggatgaa 45232  T
Q  217 gctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
    |||   ||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||| ||  |||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  45233 gctcgcaagaacaaagtgacacaggtacttcatcgcttatctccaaatagaattgcttttagccgtaaaatggctcatgagattg 45317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 41 - 301
Target Start/End: Original strand, 50223 - 50486
Alignment:
Q  41 aaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactgggttagaaggct 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||| ||    
T  50223 aaaggcttaagaatactgttgaatccgtctgagctgtgctcctcgatgctgaagagaaacaagagcaaagtaatgctgtacaaatctggataagaagact 50322  T
Q  141 caaagacg---tgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaagctgataagaacaaagtgaca 237  Q
    |||||| |   | |||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||| |    
T  50323 caaagatgatgtacttcatcctgctgatgacttgctagataaatttcttattgaagatttgagacacaaacgagatgaagctcgtaagaaaaaactgaga 50422  T
Q  238 caggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
    |||||| ||||||| || |||| || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50423 caggtacttcattctttatctccaaacagaattgcttttcgccttaaaatggctcatgagattg 50486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 3919688 - 3919404
Alignment:
Q  20 atggtgtgatggatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgt 119  Q
    ||||||| ||| || | ||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| | |||| ||||| |||    
T  3919688 atggtgttatgcatcagttggaaaggcttaagagtacagttcaatccatcagagctgtgctccttgatgccgaggagaaacaacaacaaaatcatggtgt 3919589  T
Q  120 acaaaactgggttagaaggctcaaagacg---tgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttcttattgaagatatgatacacaaaagagataaa 216  Q
     ||||||||| | |||||||||||||| |   |||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||  ||  ||    
T  3919588 gcaaaactggataagaaggctcaaagatgatgtgcttcatcctgctgatgacttgctcgatgaatttgttattcacgatatgagacacaaaattgaggaa 3919489  T
Q  217 gctgataagaacaaagtgacacaggtatttcattccttctctctaagcagagctgcttttcgccataaaatggctcatgagattg 301  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3919488 gctgataagaacaaagtaacaaaggtacttcattccttatctccaaacagatttgcttttcgccgtaaaatggctcatgagattg 3919404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 185
Target Start/End: Original strand, 8572638 - 8572792
Alignment:
Q  31 gatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactggg 130  Q
    |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||    
T  8572638 gatgaattagaaagtcttacgaagacagttgaatccatcagagctgcgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactggg 8572737  T
Q  131 ttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttct 185  Q
    ||| |||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  8572738 ttacaaggctcaaagatgtgcttgttgctgcagatgatttgatagatgaatttct 8572792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 185
Target Start/End: Original strand, 28698598 - 28698752
Alignment:
Q  31 gatgaattggaaaggcttaagaacacagttgaatccatcaaagctgtgctcctttatgctgaagagaaacaagagcaaagtcatgctgtacaaaactggg 130  Q
    |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||    
T  28698598 gatgaattagaaagtcttacgaagacagttgaatccatcagagctgcgctccttgatgctgagaacaaacaagagaaaagtctttgtgtacaaaactggg 28698697  T
Q  131 ttagaaggctcaaagacgtgcttcttcctgctgatgatttgatagatgaatttct 185  Q
    ||| |||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  28698698 ttacaaggctcaaagatgtgcttgttgctgcagatgatttgatagatgaatttct 28698752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University