View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1074_low_3 (Length: 743)

Name: NF1074_low_3
Description: NF1074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1074_low_3
NF1074_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (3-714)||(1698838-1699547)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 1699547 - 1698838
Alignment:
Q  3 gatgtcgaataatatagttaagttaggcatgacctgaatggtcaaccttaactatgcatggccacatgatttgaccatc-ttacgggtctgtagtcaacc 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1699547 gatgttgaataatatagttaagttaggcatgacctaaatggtcaaccttaactaggcatggccacatgatttgaccatccttacgggtctgtagtcaacc 1699448  T
Q  102 aagtgtcgaatctattaaggcatatatatttaatcttcgtaggattgacatgtattagtccataagctatcaagcacatggtttgtttaaacctagacat 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1699447 aagtgtcaaatctattaaggcatatatatttaatcttcgtaggattgacatgtcttagtccataagctatcaagcacatggtctgtttaaacctagacat 1699348  T
Q  202 ttgttgtctctaaggccagtttgtactagtaccacgatgaacaaaaatattagcagaacagttaacttgatttatttataataaaagaaaaaagatatta 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1699347 ttgttgtctctaaggccagtttgtactagtaccacgatgaacaaaaatattagcagaacaattaacttgatttatttataataaaagaaaaaagatatta 1699248  T
Q  302 caaatcattcgacaatagatgagtgttattgacaatctcctttcaaaagtctctctaacattcactcttttattgaattaaaataaagtggatttcacac 401  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1699247 caaatcattcgacaattgacgagtgttattgacaatctccttccaaaagtctctctaacattcactcttttattgaattaaaataaagtgaatttcacac 1699148  T
Q  402 tttaaaaatgaatcacatataaaatagtgtaagactcacatatattttacccaataaaaaagtaagtaaatattattacagagaatgttagaaagaaagt 501  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1699147 tttgaaaatgaatcacacataaaatagtgtaagactcgcatatgtttcactcaataaaaaagtaagtaagtattattacagagaatgttagaaagagagt 1699048  T
Q  502 aagcctatcttttccccatcaccaaactaaaatatgaggtatcattgaattttgttatcattcttcaagagagactctcctcaaagacaacacatctaaa 601  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1699047 aagcctatctttt-cccatcaccaaactaaaatatgaggtatcattgaattttgttatcattcttcaagagagactctcctcaaagacaacacatctaaa 1698949  T
Q  602 gccaagctgtgatttatttnnnnnnnnnnntgtgactttagagtttctctactcctaacatacagaccaacctataaatataatataaataacatttttg 701  Q
    ||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1698948 gccaagctgtgatttatt--aaaaaaaatatgtgactttagagtttctctactcctaacatacagaccaacctataaatataatataaataacatttttg 1698851  T
Q  702 gttattatgttaa 714  Q
    |||||||||||||    
T  1698850 gttattatgttaa 1698838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University