View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10760_low_11 (Length: 269)

Name: NF10760_low_11
Description: NF10760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10760_low_11
NF10760_low_11
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (15-253)||(41316900-41317138)
chr5 (15-253)||(41328941-41329179)
chr5 (15-253)||(41311105-41311343)
chr5 (37-253)||(41337703-41337919)
chr5 (23-253)||(41332882-41333112)
chr5 (37-253)||(41324986-41325202)
chr5 (46-253)||(41305243-41305450)
chr5 (34-253)||(41287085-41287304)
chr5 (44-253)||(41367082-41367291)
chr5 (37-245)||(31187769-31187977)
chr5 (37-245)||(31225801-31226009)
chr5 (44-245)||(31177706-31177907)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (34-251)||(17248580-17248797)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 15 - 253
Target Start/End: Original strand, 41316900 - 41317138
Alignment:
Q  15 gaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41316900 gaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaagacaagggttgctgtc 41316999  T
Q  115 aatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacgg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317000 aatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacgg 41317099  T
Q  215 acttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317100 acttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgt 41317138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 253
Target Start/End: Original strand, 41328941 - 41329179
Alignment:
Q  15 gaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtc 114  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||    ||     
T  41328941 gaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatggtt 41329040  T
Q  115 aatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacgg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41329041 aatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcacgg 41329140  T
Q  215 acttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41329141 acttcgaattcataccatttggtgctggaagaaggatgt 41329179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 253
Target Start/End: Original strand, 41311105 - 41311343
Alignment:
Q  15 gaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtc 114  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||| ||| | |||||||| || | | |     
T  41311105 gaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaattaataggcatgagatcccaattaagacaagagtcgttatt 41311204  T
Q  115 aatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacgg 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41311205 attgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagatttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaattcaaaggcacgg 41311304  T
Q  215 acttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgt 253  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41311305 actttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgt 41311343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 37 - 253
Target Start/End: Original strand, 41337703 - 41337919
Alignment:
Q  37 ttgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagag 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  41337703 ttgttggttccaagagaaagtagagagagatgtgaaatcaatgggtatgagatcccagctaagacaagggttgctgtcaatgtttgggcaattggaagag 41337802  T
Q  137 atccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttgg 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  41337803 atccaaagtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagctcaattgatttcaaaggcacagactttgaattaataccatttgg 41337902  T
Q  237 tgctggaaggaggatgt 253  Q
    ||||||||| |||||||    
T  41337903 tgctggaagaaggatgt 41337919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Original strand, 41332882 - 41333112
Alignment:
Q  23 atcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttg 122  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| || ||||  |||||||||||    || ||||||||    
T  41332882 atcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatggttaatgcttg 41332981  T
Q  123 ggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaa 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41332982 ggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaattcaaaggcacggacttcgaa 41333081  T
Q  223 ttcataccatttggtgctggaaggaggatgt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333082 ttcataccatttggtgctggaaggaggatgt 41333112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 37 - 253
Target Start/End: Original strand, 41324986 - 41325202
Alignment:
Q  37 ttgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagag 136  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||    || ||||||||||||||||||||||    
T  41324986 ttgttacttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtcatggttaatgcttgggctattggaagag 41325085  T
Q  137 atccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttgg 236  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  41325086 atccaaggtattgggttgatgctgaaagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttgg 41325185  T
Q  237 tgctggaaggaggatgt 253  Q
    ||||||||| |||||||    
T  41325186 tgctggaagaaggatgt 41325202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 46 - 253
Target Start/End: Original strand, 41305243 - 41305450
Alignment:
Q  46 ccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaaggt 145  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  41305243 ccaagagaaagtagggagagttgccaaatcaatgagtatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagatccaaagt 41305342  T
Q  146 attgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctggaag 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  41305343 attgggttgaagctgagagttttaaacccgagaggtttgttaatagctcaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaag 41305442  T
Q  246 gaggatgt 253  Q
    ||||||||    
T  41305443 gaggatgt 41305450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 253
Target Start/End: Original strand, 41287085 - 41287304
Alignment:
Q  34 ccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaa 133  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| || || | |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  41287085 ccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttgtcaatgcttgggcaattggaa 41287184  T
Q  134 gagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatt 233  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  41287185 gagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaatggcacagacttcgaatacataccatt 41287284  T
Q  234 tggtgctggaaggaggatgt 253  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  41287285 tggtgctggaaggaggatgt 41287304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 44 - 253
Target Start/End: Original strand, 41367082 - 41367291
Alignment:
Q  44 ttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaag 143  Q
    ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| || ||||  |||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41367082 ttccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgag 41367181  T
Q  144 gtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctgga 243  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  41367182 gtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccgaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctgga 41367281  T
Q  244 aggaggatgt 253  Q
    ||||||||||    
T  41367282 aggaggatgt 41367291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 37 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31187977 - 31187769
Alignment:
Q  37 ttgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagag 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || ||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  31187977 ttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagag 31187878  T
Q  137 atccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttgg 236  Q
    ||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||  | || |||| |||||| || ||    
T  31187877 atgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggcacaaattttgaatacataccgttcgg 31187778  T
Q  237 tgctggaag 245  Q
    |||||||||    
T  31187777 tgctggaag 31187769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 37 - 245
Target Start/End: Original strand, 31225801 - 31226009
Alignment:
Q  37 ttgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagag 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || ||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  31225801 ttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagag 31225900  T
Q  137 atccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttgg 236  Q
    ||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||  | || |||| |||||| || ||    
T  31225901 atgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggcacaaattttgaatacataccgttcgg 31226000  T
Q  237 tgctggaag 245  Q
    |||||||||    
T  31226001 tgctggaag 31226009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 44 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31177907 - 31177706
Alignment:
Q  44 ttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaag 143  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || ||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||  |||    
T  31177907 ttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaag 31177808  T
Q  144 gtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctgga 243  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||| || | |||||| || |||||||||    
T  31177807 gtattgggcagaagctgagagttttaaacccgagaggtttgttaatagcacaattgatttcaaaggtacaaactttgagtacataccgttcggtgctgga 31177708  T
Q  244 ag 245  Q
    ||    
T  31177707 ag 31177706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17248797 - 17248580
Alignment:
Q  34 ccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagtcaagacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaa 133  Q
    ||||||||  |||| ||| |||||||||| | ||| | |||||| || ||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  17248797 ccattgttgattcctagacaaagtagggaaaaatgtcgaatcaacgggtatgatattccagctaagacaagggttgctgttaatgtttgggcaattggaa 17248698  T
Q  134 gagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatt 233  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  17248697 gagatcaaaggtattgggttgaagctgagagtttcaaacctgaaaggttttttaatagcccaattgatttcaaaggcatgaatttcgaatacataccatt 17248598  T
Q  234 tggtgctggaaggaggat 251  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17248597 tggtgctggaaggaggat 17248580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University