View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10764_6 (Length: 467)

Name: NF10764_6
Description: NF10764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10764_6
NF10764_6
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-467)||(19785731-19786180)
chr5 (18-467)||(19795407-19795856)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-467)||(15834714-15835163)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-467)||(47712306-47712755)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 19786180 - 19785731
Alignment:
Q  18 tcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19786180 tcagacaccaacaaccccaatgccaaagacacctccataggagtcccagacatgctcccagaaacatcacacactgcaagacaatttttcatctttcctt 19786081  T
Q  118 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19786080 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctggtgaggaagcaaagc 19785981  T
Q  218 accagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19785980 accagcagcaatagtagtctttcctgccttcacatccttcaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttttccttataaaacttcatc 19785881  T
Q  318 gccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 417  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785880 gccacagaagcaactctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 19785781  T
Q  418 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785780 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 19785731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Original strand, 19795407 - 19795856
Alignment:
Q  18 tcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |    
T  19795407 tcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggggtcccatgcatactcccagacacatcacacacagcaagacaattcctcatttttccct 19795506  T
Q  118 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795507 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagccacttctccaccatcttcatcatccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagc 19795606  T
Q  218 accagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795607 accagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatc 19795706  T
Q  318 gccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795707 gccacagaagcaaccctattgtatggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 19795806  T
Q  418 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 467  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795807 ctttcctcaaccgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 19795856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Original strand, 15834714 - 15835163
Alignment:
Q  18 tcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15834714 tcagacaccaacaaccccaatgccacagacacctccataggggtcccatacatactcgcagacacatcagacactgcaagacaatttttcatctttcctt 15834813  T
Q  118 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |   ||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  15834814 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcatccacttctccaccatatccattcaaaaaagactttataatcttatgaggaagcaaagc 15834913  T
Q  218 accagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatc 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  15834914 accagcagccatagtagtcttccctgccttcacatcctgcaagtacttctcaaacctctcctcatcatgcttcaaaaacttctccttataaaactccatg 15835013  T
Q  318 gccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 417  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15835014 gccacagaagcaaccctattataaggaatcaaaccccattgattagccccaataaacacctcaggcaattgcaacgccttcctcaacggcaccaacacat 15835113  T
Q  418 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15835114 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccaca 15835163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Original strand, 47712306 - 47712755
Alignment:
Q  18 tcagacaccaacaaccccaatgccacacacacctccataggagtcccagacatgctcccagacacatcacacacagcaagacaatttttcatctttcctt 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  47712306 tcagacaccaacaatcccaatgccacacacacatccatagggatcccagtcatactcccagaaacatcacacacagcaagacaattcctcatcttccctt 47712405  T
Q  118 tcttgagcaaatcatcaacaattctcttccactgcaactcagcaacttctccaccatctccatcccccaaagactctataatctcgtgaggaagcaaagc 217  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||| || ||||||||||||||    
T  47712406 tcttgagcaaatcatccaccattctcgtccactgtaactccgccacctctccaccatctccatcccccaacgaccgaataatatcatgaggaagcaaagc 47712505  T
Q  218 accagcagcaatagtagtcttccctgccttcacatcctccaagtacttctcaaacctctccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatc 317  Q
    ||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  47712506 accagcagcgatcgtagtcttccccactttcacatcctccaaatacttctcaaacctctttttatcatgcttcaaaaacttctctttataaaactccatc 47712605  T
Q  318 gccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacat 417  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  47712606 gccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacctcaggcaactccaaaaccttcctcaatggcaccaacacat 47712705  T
Q  418 ctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccaca 467  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47712706 ccttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccaca 47712755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University