View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10767_low_9 (Length: 389)

Name: NF10767_low_9
Description: NF10767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10767_low_9
NF10767_low_9
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-211)||(2354650-2354850)
chr2 (213-364)||(13922186-13922337)
chr2 (215-367)||(11828960-11829112)
chr2 (157-211)||(2353013-2353067)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (217-371)||(47940831-47940985)
chr3 (216-367)||(49786397-49786548)
chr3 (213-361)||(8152978-8153128)
chr3 (213-364)||(8436843-8436994)
chr3 (213-312)||(29836769-29836867)
chr3 (218-313)||(48778971-48779066)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (217-371)||(2286463-2286617)
chr7 (213-364)||(496684-496835)
chr7 (213-364)||(11765708-11765859)
chr7 (213-366)||(25185878-25186031)
chr7 (213-361)||(48057649-48057797)
chr7 (219-367)||(23844642-23844790)
chr7 (216-371)||(7527204-7527359)
chr7 (213-364)||(42535162-42535312)
chr7 (213-367)||(40855095-40855250)
chr7 (213-330)||(31427241-31427360)
chr7 (293-343)||(4649280-4649330)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (213-371)||(4076884-4077042)
chr8 (212-367)||(3780303-3780458)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (217-371)||(33594459-33594613)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (213-371)||(25955900-25956058)
chr5 (212-364)||(38280220-38280372)
chr5 (213-371)||(42250117-42250275)
chr5 (213-367)||(1501312-1501467)
chr5 (213-373)||(7886356-7886515)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (213-371)||(52055088-52055246)
chr4 (213-342)||(1158224-1158353)
chr4 (232-335)||(49866670-49866773)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (213-364)||(20186788-20186939)
chr1 (213-363)||(30339637-30339787)
chr1 (213-364)||(51787273-51787423)
chr1 (218-364)||(9672919-9673062)
chr1 (213-330)||(43740388-43740505)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2354850 - 2354650
Alignment:
Q  11 cacagatctttctactgacaaggcagaaatgatttcaaggtttctcagagacccaaagtcttacttacgtctcaagatcaactgatcacaaaataacaaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2354850 cacagatctttctactgacaaggcagagatgatttcaaggtttctcagagacccaaagtcttacttacgtcccaagatcaactgatcacaaaataacaaa 2354751  T
Q  111 gaaatccagattcaagtgatggggatatttgttaattccttcttcatttattgttattaacttctgaataaaattgtatttttagtttcaattttatcaa 210  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2354750 ggaatcaagattcaagtgatggggatagatgttaattccttcttcttttatcgttattaacttttgtataaaatagtatttttagtttcaattttatcaa 2354651  T
Q  211 t 211  Q
    |    
T  2354650 t 2354650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Original strand, 13922186 - 13922337
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13922186 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 13922285  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  13922286 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 13922337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 215 - 367
Target Start/End: Original strand, 11828960 - 11829112
Alignment:
Q  215 tggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcct 314  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| |      
T  11828960 tggtgagacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctc 11829059  T
Q  315 tttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  11829060 tttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaa 11829112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2353067 - 2353013
Alignment:
Q  157 tttattgttattaacttctgaataaaattgtatttttagtttcaattttatcaat 211  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2353067 tttattgttgttaacttctgaataaaatggtatttttagtttcaattttatcaat 2353013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 217 - 371
Target Start/End: Original strand, 47940831 - 47940985
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47940831 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 47940930  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  47940931 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattat 47940985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 216 - 367
Target Start/End: Original strand, 49786397 - 49786548
Alignment:
Q  216 ggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  49786397 ggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctct 49786496  T
Q  316 ttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  49786497 ttcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaa 49786548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 213 - 361
Target Start/End: Original strand, 8152978 - 8153128
Alignment:
Q  213 agtggtgatacat--gcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctct 310  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8152978 agtggtgatacatatgcacacctataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctct 8153077  T
Q  311 tccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggt 361  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  8153078 tctcttttatccatctctctcctctcaaatatgtggaggtgtatgggtggt 8153128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 8436994 - 8436843
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| || |||||  || | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8436994 agtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 8436895  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8436894 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 8436843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 213 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 29836867 - 29836769
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29836867 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtaacatatgacctacaccccacaaa-actttgtctctcttc 29836769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 218 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 48779066 - 48778971
Alignment:
Q  218 tgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcc 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  48779066 tgatacatgcacacctataggtggcatactcatttaaacatccacataaatatgtgacatgtggtctagactccataaacactttatctctcttcc 48778971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 217 - 371
Target Start/End: Original strand, 2286463 - 2286617
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2286463 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 2286562  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  2286563 tcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattat 2286617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Original strand, 496684 - 496835
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  496684 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 496783  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  496784 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 496835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Original strand, 11765708 - 11765859
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11765708 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctcttc 11765807  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11765808 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 11765859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 213 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 25186031 - 25185878
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  25186031 agtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctcttc 25185932  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaa 366  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||| ||||| |||||||||    
T  25185931 cttttcatccatctctctcctcacaaatatgtgggggtatatgaatggtatgaa 25185878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 213 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 48057797 - 48057649
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48057797 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 48057698  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggt 361  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  48057697 tctttcatccatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggt 48057649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 219 - 367
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844790
Alignment:
Q  219 gatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttttc 318  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  319 atccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaa 23844790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 216 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 7527359 - 7527204
Alignment:
Q  216 ggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctt 315  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||| ||  ||    
T  7527359 ggtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctctttttttt 7527260  T
Q  316 ttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||    
T  7527259 ttcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattat 7527204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 42535312 - 42535162
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || | || | |||||||||||||||| |||||||    
T  42535312 agtgatgatatatgtacactcataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttc 42535213  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  42535212 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgg-ggtgtatgagtggtatg 42535162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 213 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 40855250 - 40855095
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgac-ctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    |||| |||| |||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||   ||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  40855250 agtgatgatgcatgcatatccatatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctctttt 40855151  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  40855150 ccctttcattcatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaa 40855095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 31427360 - 31427241
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtg--gcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctct 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| | |||||||||| || ||| ||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  31427360 agtggtgatacatgcacatccataggtgtggcatacataattaaacctccgcataaatatgtgacatgtggtttagactccacaaacactttgtctctct 31427261  T
Q  311 tccttttcatccatctctct 330  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  31427260 tccctctcatccatctctct 31427241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 4649330 - 4649280
Alignment:
Q  293 caaacactttgtttctcttccttttcatccatctctctcctctaaaatata 343  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4649330 caaacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatata 4649280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 213 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 4077042 - 4076884
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4077042 agtgatgatacatgcatacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctctcttc 4076943  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4076942 cttttcatccatctctctcctctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattat 4076884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 212 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 3780458 - 3780303
Alignment:
Q  212 aagtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| | ||||||||||| ||||||    
T  3780458 aagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctctt 3780359  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||    
T  3780358 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatgaaa 3780303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 217 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 33594613 - 33594459
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  33594613 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctcttccttt 33594514  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  33594513 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattat 33594459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 213 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 25956058 - 25955900
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25956058 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 25955959  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| ||| |||||||||||    
T  25955958 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattat 25955900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 212 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38280372 - 38280220
Alignment:
Q  212 aagtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38280372 aagtggtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 38280273  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  38280272 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 38280220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 371
Target Start/End: Original strand, 42250117 - 42250275
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42250117 agtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 42250216  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| | | ||| |||||||||||    
T  42250217 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattat 42250275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 213 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 1501467 - 1501312
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  1501467 agtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctctcttc 1501368  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatat-ggaggtgtatgagtggtatgaaa 367  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| |||||||||||    
T  1501367 tctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaa 1501312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 213 - 373
Target Start/End: Original strand, 7886356 - 7886515
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||| | | ||||| |||||||    
T  7886356 agtggtgattcatgcatacttataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttc 7886455  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatta 373  Q
    | ||||||  |||||||||| || |||||| | | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  7886456 cctttcatatatctctctcccctcaaatatgtag-ggtgtatgggtggtatgaaaatatta 7886515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 213 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 52055246 - 52055088
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52055246 agtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 52055147  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattat 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||  || |||||||||||    
T  52055146 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattat 52055088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 213 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 1158353 - 1158224
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  1158353 agtgatgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttc 1158254  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatat 342  Q
    | |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1158253 cctttcattcatctctctcctctcaaatat 1158224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 232 - 335
Target Start/End: Original strand, 49866670 - 49866773
Alignment:
Q  232 ccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttttcatccatctctctc 331  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  49866670 ccataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctc 49866769  T
Q  332 ctct 335  Q
    ||||    
T  49866770 ctct 49866773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20186939 - 20186788
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  20186939 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctcttc 20186840  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  20186839 tctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 20186788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 363
Target Start/End: Original strand, 30339637 - 30339787
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30339637 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 30339736  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtat 363  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  30339737 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtat 30339787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 213 - 364
Target Start/End: Original strand, 51787273 - 51787423
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51787273 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctcttc 51787372  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
      |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  51787373 tctttcatgcatctctctcctctagaatatgtgg-ggtgtatgagtggtatg 51787423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 218 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 9673062 - 9672919
Alignment:
Q  218 tgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctttt 317  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||  ||||||||||  ||| |||||||  |||    
T  9673062 tgatacatgtacacctataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctaga-tccacaaacac--tgtctctcttctcttt 9672966  T
Q  318 catccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatg 364  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9672965 catccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatg 9672919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 43740505 - 43740388
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  43740505 agtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctcttc 43740406  T
Q  313 cttttcatccatctctct 330  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  43740405 cttatcatccatcactct 43740388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University