View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10778_low_3 (Length: 370)

Name: NF10778_low_3
Description: NF10778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10778_low_3
NF10778_low_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (11-354)||(5425575-5425918)
chr4 (11-341)||(5348255-5348585)
chr4 (12-200)||(5399747-5399933)
chr4 (14-341)||(5352476-5352803)
chr4 (11-354)||(5376809-5377152)
chr4 (16-341)||(5410588-5410913)
chr4 (12-354)||(5391129-5391471)
chr4 (37-349)||(5500334-5500646)
chr4 (259-354)||(5399459-5399554)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-354)||(20326985-20327328)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 354
Target Start/End: Original strand, 5425575 - 5425918
Alignment:
Q  11 cagagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5425575 cagagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaaga 5425674  T
Q  111 acgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattc 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5425675 acgaccccattcttctccactggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaagtttttcataaacatccctatatttggattc 5425774  T
Q  211 tgaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagc 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5425775 tcaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttccgtagggatctgtccttgaaagc 5425874  T
Q  311 cagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5425875 cagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 5425918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 11 - 341
Target Start/End: Original strand, 5348255 - 5348585
Alignment:
Q  11 cagagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaaga 110  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | | |||||    
T  5348255 cagagagtgactgaagcctaactagtgaggaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacggagtccccccaatgaagacaaaga 5348354  T
Q  111 acgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattc 210  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||| | |    
T  5348355 acggccccattcttctccgctggcagatattgctacaccatctaaatacaactttgtgatatctgtgaggtttcgaataaacattgctatatttggctgc 5348454  T
Q  211 tgaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagc 310  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| | ||| |    
T  5348455 tcaagttttaggacgtgatgtgaagtaaatgaagacgacaaatcaagagagaccaaccttttgaggtgagaaatttccttagggatctgtcccttaaatc 5348554  T
Q  311 cagcgttggagaagttcaaatacctcaaatt 341  Q
    |||| ||||| ||||||| |||| |||||||    
T  5348555 cagcattggacaagttcagatacatcaaatt 5348585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 12 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5399933 - 5399747
Alignment:
Q  12 agagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  5399933 agagagtgactgaagccttgctagcgaaaaatggataggtccagagagattgcttgatgacatgctcagcacacaaagcccccccaatggatataaagaa 5399834  T
Q  112 cgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||    
T  5399833 cgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatc--tgaggtttttcacaaacattcctat 5399747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 5352803 - 5352476
Alignment:
Q  14 agagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaacg 113  Q
    ||||||| |||||| | | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  || || | |||||| |||    
T  5352803 agagtgattgaagcttggatagtgaagaatcaaaaggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagacccttcagtgaagataaagcacg 5352704  T
Q  114 accccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattctga 213  Q
    | |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   || ||||||||||||||| |    
T  5352703 aacccatttttctccgctggcagatattgctacaccatctagatacaattctgtgatatctgtgaggtttttcaaaagagtctctatatttggattctca 5352604  T
Q  214 agtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagccag 313  Q
    ||||| | |   ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||| | ||||  || || | ||||||||    
T  5352603 agttttatgttctgatgtgaagtaattaaagaagacaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagaaatttctttcgggacttgaccctcaaagccag 5352504  T
Q  314 cgttggagaagttcaaatacctcaaatt 341  Q
    | |  || ||||| | ||||||||||||    
T  5352503 catcagaaaagttgagatacctcaaatt 5352476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 5377152 - 5376809
Alignment:
Q  11 cagagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaaga 110  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||| | | ||||||||  ||| |||||  | ||||||     
T  5377152 cagagagtgactgaagcttagctagtgaagaatcaatagctcctgagagattgcacgacgacatggtcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagc 5377053  T
Q  111 acgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattc 210  Q
    |||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||  ||||||||||||||    
T  5377052 acgaccccattcatctccgctggaagatattgctacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattc 5376953  T
Q  211 tgaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagc 310  Q
    | |||||| |||   ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||| | |||| ||| || | |||||    
T  5376952 tcaagttttaggctttgacgtgaagtaattaaagaagacaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagcaatttcttttgggacctgcccctcaaagc 5376853  T
Q  311 cagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 354  Q
    |||| |  || ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||    
T  5376852 cagcatcagacaagttgagatacctcaaattctgcagtttatgc 5376809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 5410913 - 5410588
Alignment:
Q  16 agtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaacgac 115  Q
    ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||  | |||||| | |||    
T  5410913 agtgattgaagcttagctagtgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagccccttcaataaagataaaggatgac 5410814  T
Q  116 cccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattctgaag 215  Q
    ||||||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||| || || ||| ||||||||||| |||| |||    
T  5410813 cccattcctctcccctagctgatattgcaacaccatctagatataattctgtaatatctgtaaggttttgcacaagcattcctatatttggcttctcaag 5410714  T
Q  216 tttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagccagcg 315  Q
    ||| | |   ||  ||||| |||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    || | |||||| | |||||| ||     
T  5410713 ttttaagttctgcagtgaaataaatttagaagaaaaatcaagaatgaccaaccttttgaggtgagaaatttcctccggaacctgtcccttaaagccggca 5410614  T
Q  316 ttggagaagttcaaatacctcaaatt 341  Q
    || || ||||| ||||||||||||||    
T  5410613 ttagacaagtttaaatacctcaaatt 5410588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 5391471 - 5391129
Alignment:
Q  12 agagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaa 111  Q
    ||||||||| |||||| |  |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| | | |||||| |    
T  5391471 agagagtgattgaagcttaactagtgacgaatcaataggtccagagagattgcaggatgacatgcttaaaacacgaagaccctccaaagaagataaagca 5391372  T
Q  112 cgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattct 211  Q
    ||||||||||| ||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||  ||| | |||||| | ||      
T  5391371 cgaccccattcctctccgctggtacatattgccacaccatctagatacaattctatgatatttgtgaggtttttcacaagtatcgccatattttgctttg 5391272  T
Q  212 gaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagcc 311  Q
     |||||| |||   ||||||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| | ||||  |  || | ||||||    
T  5391271 caagttttaggctctgatgtgaaataaacgtagatgacaaatcaagagtaaccaaccttgtgaggtgagaaatttctattgggacatacccgtcaaagcc 5391172  T
Q  312 agcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 354  Q
    ||| | ||| ||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||    
T  5391171 agcatcggacaagttgagatagctcaaattctgcagtttatgc 5391129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 37 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 5500646 - 5500334
Alignment:
Q  37 gaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaacgaccccattcttctgcgctggctg 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | || | | |||||| |||||||||||| ||| ||||||| |    
T  5500646 gaagaatcaatgggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccttctaacgaagataaagcacgaccccattcctctccgctggcag 5500547  T
Q  137 atattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattctgaagtttgaggacgtgatgtgaagt 236  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||||| || || |||    |||||||| |||  |||||| |||  ||||| ||||||    
T  5500546 atattgctacaccatctaaatataattctgtgatatcggtgaagttttgcacaagcattgtaatatttggcttcctaagttttaggctgtgatctgaagt 5500447  T
Q  237 aaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagccagcgttggagaagttcaaatacctc 336  Q
    || ||||||||||| ||||||| | || |||||| | |||||| ||||||||   |||| ||| || | ||||||||| |  || ||||||| |||||||    
T  5500446 aattgaagaagacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttctgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctc 5500347  T
Q  337 aaattctgaagtt 349  Q
    |||||||| ||||    
T  5500346 aaattctgcagtt 5500334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 259 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 5399554 - 5399459
Alignment:
Q  259 gtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagccagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399554 gtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttccttagggatctgtccttcaaagccaatgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 5399459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 20327328 - 20326985
Alignment:
Q  11 cagagagtgactgaagccttgctagcgaagaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaaga 110  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||||||||  ||| |||||  | ||||||     
T  20327328 cagagagtgactgaagcttagctagtgaagaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacatgctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagc 20327229  T
Q  111 acgaccccattcttctgcgctggctgatattgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaggtttttcataaacatccctatatttggattc 210  Q
    ||||||||| || ||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||  ||||||||||||||    
T  20327228 acgaccccactcatctccgctggaagatattgctacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattc 20327129  T
Q  211 tgaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaagaagacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttctgtagggatctgtccttgaaagc 310  Q
    | |||||| |||   ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||| | |||| |||  | | |||||    
T  20327128 tcaagttttaggttttgacgtgaagtaattaaagaagacaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagcaatttcttttgggacctgctcctcaaagc 20327029  T
Q  311 cagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctgaagttgatgc 354  Q
    |||| |  || ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||    
T  20327028 cagcatcagacaagttgagatacctcaaattctgcagtttatgc 20326985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University