View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10779_low_1 (Length: 505)

Name: NF10779_low_1
Description: NF10779
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10779_low_1
NF10779_low_1
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (15-490)||(46478841-46479316)
chr7 (36-490)||(46520292-46520746)
chr7 (35-490)||(46490063-46490518)
chr7 (16-493)||(46494342-46494819)
chr7 (29-493)||(46516644-46517108)
chr7 (134-490)||(46532009-46532365)
chr7 (134-490)||(46524456-46524812)
chr7 (34-493)||(46322744-46323203)
chr7 (138-487)||(46326455-46326804)
chr7 (138-286)||(46464839-46464985)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (138-388)||(7475308-7475558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (171-493)||(37151873-37152192)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (171-493)||(88038-88357)
chr4 (372-409)||(49833648-49833685)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 490
Target Start/End: Original strand, 46478841 - 46479316
Alignment:
Q  15 aataagaatataagaaaacgaacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttctgg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46478841 aataagaatataagaaaacgaacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcattttggggtttctgg 46478940  T
Q  115 gtaaatacggcacactcaaacagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaag 214  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46478941 gtaaatacggcacactcaaacaaacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaag 46479040  T
Q  215 gaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46479041 gaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcg 46479140  T
Q  315 ccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46479141 ccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaa 46479240  T
Q  415 ggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46479241 ggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46479316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 490
Target Start/End: Original strand, 46520292 - 46520746
Alignment:
Q  36 acctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttct--gggtaaatacggcacactcaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |   ||| ||| | |||||||  || |||||| ||||||||||  || |||||  || ||||| |     
T  46520292 acctgaaatctgcagatataataatcgtctccataagcagcacgcctaccatcaataggcttcactgtggggtttctatggttaaat--ggaacactaag 46520389  T
Q  134 acagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccg 233  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520390 acaaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccg 46520489  T
Q  234 agtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctg 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520490 agtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctg 46520589  T
Q  334 gagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacc 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520590 gagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacc 46520689  T
Q  434 ttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520690 ttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 46520746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 35 - 490
Target Start/End: Original strand, 46490063 - 46490518
Alignment:
Q  35 aacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttctgggtaaatacggcacactcaaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  46490063 aacctggaatctgcagatataataatcatcaccatacacagctcgcatgccatcaacaggtttcaattttgggtttctgggtaaatacggaacactcaga 46490162  T
Q  135 cagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccga 234  Q
    || || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  46490163 cacacgtaggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaacgccaa 46490262  T
Q  235 gtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctgg 334  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  46490263 gtgagtcgatgagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctgg 46490362  T
Q  335 agcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacct 434  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||    
T  46490363 agcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtcct 46490462  T
Q  435 tcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 490  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46490463 tctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 46490518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 16 - 493
Target Start/End: Original strand, 46494342 - 46494819
Alignment:
Q  16 ataagaatataagaaaacgaacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttctggg 115  Q
    |||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46494342 ataaaaatatatgaattcgaacctggaatctgcagatataatagtcatctccaaataaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttctggg 46494441  T
Q  116 taaatacggcacactcaaacagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaagg 215  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| | | | ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  46494442 taaatacggcacactgagacacacataggctttaactctctcagggcgaaacaagcaaagataccaaccaacgatggcaccccaatcatgagccacaagg 46494541  T
Q  216 aacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgc 315  Q
    || ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||| |||  |||  |||  |||| || ||||    
T  46494542 aagacttgatcaaccccaagcgagtcgatgagcgcaacaatgtcaccaaccaagtggaagattgtataactgtttaccgaactggggacatcagtatcgc 46494641  T
Q  316 cgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaag 415  Q
    | || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  46494642 cataaccacgaagatcgggagccacagcccggtaaccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcagggaatccgtgaag 46494741  T
Q  416 gaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtgctc 493  Q
    |||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  46494742 gaacaggacaacaggtccttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46494819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 29 - 493
Target Start/End: Original strand, 46516644 - 46517108
Alignment:
Q  29 aaaacgaacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttctgggtaaatacggcaca 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  | || |||    
T  46516644 aaaacaaacctggaatctgcagatataataatcgtcaccaaacaaagcttgcatgccatcaacaggttttactttggggtttcttggtaacaatggaaca 46516743  T
Q  129 ctcaaacagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaa 228  Q
    || |  || |||||||| |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  46516744 ctgaggcaaacataagccttgactttctcaggacgaaacaaacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaaggaaaacttggtcca 46516843  T
Q  229 cgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaag 328  Q
    | || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || | ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  ||    
T  46516844 cacccagtgagtcaattagagcaacgatatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaactgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagccacagag 46516943  T
Q  329 atctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaact 428  Q
    ||||||||| || |  ||||| || |||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||||| || | |    
T  46516944 atctggagccacggtgcggtagccaagggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagtaccagatttcaggaaaaccatgaaggaacaatactatt 46517043  T
Q  429 ggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtgctc 493  Q
    || |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  46517044 ggtccttcttttcctttctctgcgacatgcattttgattccattcacttccactgttctgtgctc 46517108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 134 - 490
Target Start/End: Original strand, 46532009 - 46532365
Alignment:
Q  134 acagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccg 233  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     
T  46532009 acagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacacca 46532108  T
Q  234 agtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctg 333  Q
    ||  | || || || ||||| |  ||||| || | ||| ||    |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||||||    
T  46532109 agcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcggtgtcaccatagccacgcagatctg 46532208  T
Q  334 gagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacc 433  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  46532209 gagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtcc 46532308  T
Q  434 ttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 490  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  46532309 ttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcacctccactgttctgtg 46532365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 134 - 490
Target Start/End: Original strand, 46524456 - 46524812
Alignment:
Q  134 acagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccg 233  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||     
T  46524456 acagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaacaccc 46524555  T
Q  234 agtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctg 333  Q
    ||  | || || || ||||| | |||||| || | ||| ||   ||||||||| || | |||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| |    
T  46524556 agaaaatctataagtgcaacaagatcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcgg 46524655  T
Q  334 gagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacc 433  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  46524656 gagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacaatctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtcc 46524755  T
Q  434 ttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtg 490  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  46524756 ttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtg 46524812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 34 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 46323203 - 46322744
Alignment:
Q  34 gaacctggaatctgcagatatagtaatcatctccaaacaaagctcgcatgccatcaactggtttcactttggggtttct--gggtaaatacggcacactc 131  Q
    ||||||| |||||  ||||||| |||||||||||| |   ||| |||||||||||||| | | | | ||| ||||||||  | ||||||  || |||||     
T  46323203 gaacctgaaatctagagatataataatcatctccataagcagcacgcatgccatcaacagttctgattttagggtttctacgcgtaaat--ggaacactg 46323106  T
Q  132 aaacagacataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgc 231  Q
    | ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  46323105 agacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacacttgatcaacgc 46323006  T
Q  232 cgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatc 331  Q
    | ||  | || || || ||||| | |||||| || | ||| ||   ||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || |||||||| |||||    
T  46323005 caagcaaatctataagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgtagatc 46322906  T
Q  332 tggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactgga 431  Q
     ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  46322905 cggagctacggcgcggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggt 46322806  T
Q  432 ccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctgtgctc 493  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  46322805 ccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttctgtgctc 46322744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 138 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 46326804 - 46326455
Alignment:
Q  138 acataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtg 237  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| | |||||||| ||||| || || || ||      
T  46326804 acataggctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatggcacccatatcatgaccaacaaggaaaacttgttccacaccaagca 46326705  T
Q  238 agtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagc 337  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| || | ||| ||   |||||||||||| || ||||  ||| |||| ||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  46326704 agtcgatgagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctgctaatggaagacggaacatctgtgtcaccatagccacggagatcgggagc 46326605  T
Q  338 aacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttct 437  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  46326604 aacagcacggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttct 46326505  T
Q  438 tttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttct 487  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  46326504 ttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttct 46326455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 286
Target Start/End: Original strand, 46464839 - 46464985
Alignment:
Q  138 acataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtg 237  Q
    ||||| ||||||| | ||||||| ||||| |||||  ||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||| || ||||    
T  46464839 acataggctttgactctttcaggacgaaacaaaca--gataccaaccagttaaggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaaccccaagtg 46464936  T
Q  238 agtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagct 286  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  46464937 agtctatgagagcaacgatgtcaccaactaagtggaagattgtgtagct 46464985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 138 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7475558 - 7475308
Alignment:
Q  138 acataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtg 237  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||      
T  7475558 acataggctttgattctttcagggcgaaacgtgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagccacaagaaacacttgatcaacaccaagaa 7475459  T
Q  238 agtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagc 337  Q
    | || || || ||||| |  ||||| ||||  || ||   ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| || |||||||| ||||| | |||    
T  7475458 aatctataagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctgcttattgaagatggagaatcggtgtcaccatagccacggagatcagtagc 7475359  T
Q  338 aacagcacggtaaccgagggagccaagagctgcaatctggtggcgccatga 388  Q
     ||  || |||| ||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||    
T  7475358 cacgacatggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatga 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 493
Target Start/End: Original strand, 37151873 - 37152192
Alignment:
Q  171 caaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagt 270  Q
    |||| ||||||||| || || ||||||||||||||  | |||||| |||||| ||| || || || ||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||    
T  37151873 caaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatgtccgacaaggtacactttgtccacccctagagagtcaatgagtgcaatgatatcacccacaaggt 37151972  T
Q  271 ggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgc 370  Q
    | ||    ||||||||| | | |||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||| || || || |||||||||||   |||||  | | |       
T  37151973 gaaaacaggtgtagctggtcactgattctggagcttcagtgtcaccgtagccccgaagatcaggggccactgcacggtaacccttggagctcaaatccag 37152072  T
Q  371 aatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgcca 470  Q
    |||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |  | ||| || ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  37152073 aatctgatggcgccaagagtaccatagctcagggaaaccgtgcaacatcaacaccactggaccttct---cctttctctgcaacatgcattttaatgcca 37152169  T
Q  471 ttcacttccaccgttctgtgctc 493  Q
    || ||||| ||  ||||||||||    
T  37152170 tttacttctactattctgtgctc 37152192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 88357 - 88038
Alignment:
Q  171 caaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagt 270  Q
    |||| ||||||||| || || ||||||||||||||  | |||||| |||||| ||| || || || ||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||    
T  88357 caaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatgtccgacaaggtacactttgtccacccctagagagtcaatgagtgcaatgatatcacccacaaggt 88258  T
Q  271 ggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagctgc 370  Q
    | ||    |||||| || | | |||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||| || || || |||||||||||   |||||  | | |       
T  88257 gaaaacaggtgtagttggtcactgattctggagcttcagtgtcaccgtagccccgaagatcaggggccactgcacggtaacccttggagctcaaatccag 88158  T
Q  371 aatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgcca 470  Q
    |||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |  | ||| || ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  88157 aatctgatggcgccaagagtaccatagctcagggaaaccgtgcaacatcaacaccactggaccttct---cctttctctgcaacatgcattttaatgcca 88061  T
Q  471 ttcacttccaccgttctgtgctc 493  Q
    || ||||| ||  ||||||||||    
T  88060 tttacttctactattctgtgctc 88038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 372 - 409
Target Start/End: Original strand, 49833648 - 49833685
Alignment:
Q  372 atctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagcc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  49833648 atctggtggcgccatgaataccatagatcagggaagcc 49833685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University