View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1077_high_3 (Length: 666)

Name: NF1077_high_3
Description: NF1077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1077_high_3
NF1077_high_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (29-651)||(41949230-41949851)
chr1 (363-638)||(12673182-12673453)
chr1 (342-508)||(43326502-43326665)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (342-654)||(42160966-42161274)
chr2 (342-637)||(16712028-16712318)
chr2 (342-594)||(981270-981518)
chr2 (359-526)||(24191030-24191193)
chr2 (365-408)||(37605694-37605737)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (342-654)||(20669989-20670297)
chr8 (342-638)||(40536279-40536571)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (342-598)||(32993222-32993474)
chr3 (342-487)||(46911558-46911699)
chr3 (413-510)||(39354659-39354755)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (363-598)||(15828373-15828605)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (519-638)||(45752640-45752759)
chr7 (342-405)||(45752813-45752876)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (342-490)||(38803676-38803819)
chr5 (361-408)||(15573343-15573390)
chr5 (549-636)||(16081643-16081730)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (525-598)||(26208695-26208768)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 651
Target Start/End: Original strand, 41949230 - 41949851
Alignment:
Q  29 aattaaggttgcatgcaccttattaatttagaaattttggttacatgttgttagtatttttatcaatggatgtaattgtcattctccactaaaaactagc 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41949230 aattaaggttgcaagcaccttattaatttagaaattttggttagatgttgttagtatttttatcaatggatgtaattgtcattccccactaaaaactagc 41949329  T
Q  129 taattatatattccactattatgaaataactatgagaatatatggttaaggaatccgatgaacatgagcaaaaacgagctaatgattaatattaccaaga 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41949330 taattatatattccactattttgaaataactaggagaatatatggttaaggaatccgatgaatatgagcaaacacgagctaatgattaatattaccaaga 41949429  T
Q  229 ggacttttacatcacatctccaaatt-caaaaacttaagagacaataaatatgactaatttctcttatttacttcttttatttaactcattcttaatcga 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41949430 ggacttttacatcacatctccaaattacaaaaacttaagagacaataaatatgcctaacttctcttatttacttcttttatttaactcattcttaatcga 41949529  T
Q  328 aataaagcttattcatatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattg 427  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  41949530 aataaagcttattgatatggcttgaagtgatgatttatctcacgtgattgttgagagtgattcaaaagtgcttattg----atatgattactaacaattg 41949625  T
Q  428 caagatcaatgaaaccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaac 527  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||  ||| ||||||    
T  41949626 caagatcaatggaaccatccattctctgattcgacgtattcaggagatccttcagcgagattggcatactgaagttattcacatttggcgggatggtaac 41949725  T
Q  528 aga--tgtgctgactgacttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttg 625  Q
    |||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||| ||||||||||||||    
T  41949726 agatgtgtgctgactgacttgcaatttttaatctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccacctggtgaacttcaaagactcatttg 41949825  T
Q  626 tgatgatatttttagggcttgcgtgc 651  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||    
T  41949826 tgatgatatttttggagcttgcgtgc 41949851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 363 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 12673453 - 12673182
Alignment:
Q  363 tatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaaccatcccttctttgatttgac 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    | ||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||  ||    
T  12673453 tatctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgcttattaacat----ggttactaacaattgtaagatcaatggaaccatttcttctttggttcaac 12673358  T
Q  463 atattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactgacttgcaaattttagtctatc 562  Q
     |||||| |||||||||| |||||| | | ||||| |||||||||| ||||||   ||||| || | ||||||||| || || || ||||||||  ||||    
T  12673357 gtattcaagagatccttcggcgagaattgcatactcaagttattcaaacttggcgtgaaggcaatatatgtgctgattggctagccaattttagcttatc 12673258  T
Q  563 cttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatattttt 638  Q
     ||||||||||||||| || | |||||||||| |||  ||||| | || ||||| ||||| | ||||||| |||||    
T  12673257 tttgaattcttggaatctgatagttttggagtatcctcctaatgagcttcaaagcctcatgtttgatgatcttttt 12673182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 342 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 43326665 - 43326502
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| || ||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    | ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43326665 atatggcttagagagagggtttgtctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgcttattaatat---gggttactaacaattgtaagattaatgaaa 43326569  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattca 508  Q
    || |   |||| || ||   | |||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  43326568 ccttttattctctggttcagcgtattcaagagatccttcagcgagattggcataatcaagttattca 43326502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 342 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 42161274 - 42160966
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  42161274 atatggcttggagtgagggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatat----ggttactaacaattgcaagatcaatggaa 42161179  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
    ||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||  |||||| |||| ||||| ||||||    
T  42161178 ccatcccttctctggttcgacgtattcaggagatccttcagtgagattggcatactcaagttattcacacttggcgggaaggcaacatatgtgttgactg 42161079  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatatttttagg 641  Q
     || |||||||||||  ||| |||| ||||||||||||| || ||||||||| || || ||| | |||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  42161078 gctggcaaattttagcatattcttggattcttggaatttagtagttttggagacttcacctagtgaacttcaaagaatcatttatgatgatatttctagg 42160979  T
Q  642 gcttgcgtgccta 654  Q
    |||||| ||||||    
T  42160978 gcttgcatgccta 42160966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 342 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 16712318 - 16712028
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||| |||| ||||| ||    
T  16712318 atatggcttggagtaagggtttatctcacgtgattgttgtgagtgactcaaaagtgcttattgatat----ggttactaacaattgtaagaccaatggaa 16712223  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
    ||||||||||| |  || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| |||| ||||||  |||||| |||| ||||| ||||||    
T  16712222 ccatcccttctctagttcgacgtattcaggagatccttcagcgagattggcatacccaggtttttcacacttggcgggaaggcaacatatgtgttgactg 16712123  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatatttt 637  Q
     ||   |  ||||||  ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  16712122 gctgaaattttttagcatattcttggattcttgaaatttggttgttttggagtctccacct-atggacttcaaagactcattttttatgatatttt 16712028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 342 - 594
Target Start/End: Original strand, 981270 - 981518
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| ||    | ||||||| ||||| || ||||||| ||    
T  981270 atatggcttggagagagggtttatctcacttgattgtagagagtgactcaatggtgtttattgacat----ggttactaagaattgtaacatcaatggaa 981365  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
    |||| | ||||||| ||  || |||||| |||||||||| || ||| ||  ||||| |||||||||| |||||||  ||||| |||| ||||| ||| ||    
T  981366 ccattcattctttggttcaacgtattcaagagatccttcggcaagaatgacatactcaagttattcacacttggtgtgaaggcaacatatgtgatgattg 981465  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagt 594  Q
     || |||||||||||  |||  || |||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  981466 gctagcaaattttagcttattttttaattcttgaaatctggtagttttggagt 981518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 359 - 526
Target Start/End: Original strand, 24191030 - 24191193
Alignment:
Q  359 ggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaaccatcccttctttgatt 458  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |    ||||| || ||||| || ||| ||| |||||| ||||||||| ||    
T  24191030 ggtttatctcacttgattgttgagagtgactcgaagatgcttattgataca----attacgaataattgtaaaatcgatggaaccattccttctttggtt 24191125  T
Q  459 tgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaa 526  Q
    || | |||||| | |||| |||   |||||||  ||||| |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  24191126 tggcgtattcaagggatctttcgatgagattgacatacttaagttattcagacttggtgtgaaggtaa 24191193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 408
Target Start/End: Original strand, 37605694 - 37605737
Alignment:
Q  365 tctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  37605694 tctcacgtgattgttgagagtgagtcgaaaatgcttattgatat 37605737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 4e-80; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 342 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 20670297 - 20669989
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  20670297 atatggcttggagtgagggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagttcttattgatat----ggttactaacaattgcaagatcaatggaa 20670202  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
    ||||||||||| |  || ||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||  | |||  |||| ||||| ||||||    
T  20670201 ccatcccttctctagttcgacgtattcataagatccttcagcgagattggcatactcaggttattcacacttggcggaaagacaacaaatgtgttgactg 20670102  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatatttttagg 641  Q
     || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||    
T  20670101 gctggcaaattttagcctatccttggattcttggaatttggtagttttggagtctccacctagtgaactataaagactcatttatgatgatatttctggg 20670002  T
Q  642 gcttgcgtgccta 654  Q
    |||||| ||||||    
T  20670001 gcttgcatgccta 20669989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 342 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 40536571 - 40536279
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    | | ||||||||| | |||||||||||||    
T  40536571 atatggcttggagagagggtatatctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgcttattgatat----ggtcactaacaatcgtaagatcaatgaaa 40536476  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
     ||| ||||||||| ||     |||||| |||||| |||||||||| | | ||||| |||||||||| ||||||   |||||  ||||||||||||| ||    
T  40536475 tcattccttctttggttcagtgtattcaagagatcattcagcgagaatagcatactcaagttattcacacttggcgtgaaggcgacagatgtgctgattg 40536376  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatattttt 638  Q
     || || ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||| | || ||||| ||||| | |||||||||||||    
T  40536375 gctagccaattttagcttatctttgaattcttggaatctggtagctttggagtctcctcctaatgagcttcaaagcctcatgtttgatgatattttt 40536279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 342 - 598
Target Start/End: Original strand, 32993222 - 32993474
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| |||||| || ||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  32993222 atatggcttggagagagggtatgtctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgtttattg----atatggttactaacaattgtaagatcaatggaa 32993317  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactg 541  Q
    |||| ||||||||| ||   | |||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||| |||||    ||||| |||||||||||||| ||    
T  32993318 ccattccttctttggttcagcgtattcaagagatccttcggcgagaatggcatactcaagttattcacacttgtcgtgaaggcaacagatgtgctgattg 32993417  T
Q  542 acttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctcc 598  Q
     || || ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||    
T  32993418 gctagccaattttagcttatctttgaattcttggaatctggtagcttttgagtctcc 32993474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 342 - 487
Target Start/End: Original strand, 46911558 - 46911699
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| | |||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    | ||||||||||||| ||||| |||| ||    
T  46911558 atatggctaggagagagggtatatctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgcttattgacat----ggttactaacaattgtaagattaatggaa 46911653  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgaga 487  Q
    | || ||||||||| ||   | |||||| |||||||||| ||||||    
T  46911654 ctattccttctttggttcagcgtattcaagagatccttcggcgaga 46911699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 413 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 39354755 - 39354659
Alignment:
Q  413 gattactaacaattgcaagatcaatgaaaccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcata 510  Q
    ||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||| ||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  39354755 gattactaacaattgtaaaattaatggaaccatcccttctttggttcaacacattcaggatatcc-tcagcgagattggcatactcaggttatccata 39354659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 363 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 15828605 - 15828373
Alignment:
Q  363 tatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaat-gaaaccatcccttctttgatttga 461  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||    | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||| ||       
T  15828605 tatctcacttgattgttaagagtgactcaaatgtacttattgatat----ggttactaacaattgtaagattaatagaaaccatttcttctttggttcat 15828510  T
Q  462 catattcaggagatccttcagcgagattggtatactgaagttattcatacttggtaggaaggtaacagatgtgctgactgacttgcaaattttagtctat 561  Q
    |  ||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||   ||| | |||| ||||| ||| || || |||||||||||  |||    
T  15828509 cgaattcaagagatccttcgacgagaatggcatactcaagttattcacactaggcgtgaaagcaacaaatgtgttgattggctagcaaattttagcttat 15828410  T
Q  562 ccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctcc 598  Q
    | ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  15828409 ctttgaattcttggaatctagtagttttggagtctcc 15828373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 519 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 45752759 - 45752640
Alignment:
Q  519 gaaggtaacagatgtgctgactgacttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagac 618  Q
    ||||| |||| ||||||||| || || || ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||| | || ||||| |    
T  45752759 gaaggcaacatatgtgctgattggctagccaattttagcttatctttgaattcttggaatctggtagctttggagtctcctcctaatgagcttcaaagcc 45752660  T
Q  619 tcatttgtgatgatattttt 638  Q
    |||| | |||||||||||||    
T  45752659 tcatgtttgatgatattttt 45752640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 45752876 - 45752813
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattga 405  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45752876 atatggcttggagagagggtatatctcacttgattgttgagagtgactcaaaggtgcttattga 45752813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 490
Target Start/End: Original strand, 38803676 - 38803819
Alignment:
Q  342 atatggtttggagtgatggtttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatatatatgattactaacaattgcaagatcaatgaaa 441  Q
    |||||| ||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||| | ||||||||||||| ||||||||| | |    
T  38803676 atatggcttgaaatgagggtttatttcacttgattgttgagagtgactcaaaagttcttatt----tataaggttactaacaattgtaagatcaat-aga 38803770  T
Q  442 ccatcccttctttgatttgacatattcaggagatccttcagcgagattg 490  Q
     ||| ||||||||| |  |||   ||||||||| ||||| |||||||||    
T  38803771 tcataccttctttggtccgacgcgttcaggagagccttcggcgagattg 38803819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 361 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 15573390 - 15573343
Alignment:
Q  361 tttatctcacgtgattgttgagagtgactcaaaagtgcttattgatat 408  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  15573390 tttatctcacgtaattgttgagagtgactcgaaagtgcttcttgatat 15573343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 549 - 636
Target Start/End: Original strand, 16081643 - 16081730
Alignment:
Q  549 aattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctccaactaataaactacaaagactcatttgtgatgatattt 636  Q
    ||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | || ||||| ||||| | |||||||||||    
T  16081643 aattttagcttatctttgaattcatggaatttggtagttttggagtctcctcctaatgagcttcaaagcctcatgtttgatgatattt 16081730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 525 - 598
Target Start/End: Original strand, 26208695 - 26208768
Alignment:
Q  525 aacagatgtgctgactgacttgcaaattttagtctatccttgaattcttggaatttggttgttttggagtctcc 598  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || | | |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26208695 aacagatgtgctgactggctagcaaacttcaatttatctttggattcttggaatttgcttgttttggagactcc 26208768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University