View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10788_9 (Length: 324)

Name: NF10788_9
Description: NF10788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10788_9
NF10788_9
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (12-324)||(37711090-37711402)
chr5 (12-324)||(37639332-37639644)
chr5 (12-324)||(37401260-37401572)
chr5 (12-324)||(37823490-37823802)
chr5 (12-321)||(37393142-37393451)
chr5 (13-320)||(37702270-37702577)
chr5 (12-324)||(37593790-37594102)
chr5 (12-324)||(37696181-37696493)
chr5 (12-324)||(37532686-37532998)
chr5 (16-324)||(37382588-37382896)
chr5 (16-317)||(37435300-37435601)
chr5 (22-204)||(37413547-37413729)
chr5 (197-324)||(37594110-37594237)
chr5 (194-324)||(37696498-37696628)
chr5 (197-320)||(37639652-37639775)
chr5 (197-324)||(37401125-37401252)
chr5 (197-324)||(37711410-37711537)
chr5 (264-324)||(37428578-37428638)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (12-324)||(16843258-16843570)
chr4 (17-324)||(24217993-24218300)
chr4 (12-317)||(16845929-16846238)
chr4 (194-317)||(16843130-16843253)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-243)||(14552959-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37711090 - 37711402
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37711090 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgatccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37711189  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711190 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaacatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 37711289  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  ||||||||    
T  37711290 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37711389  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37711390 ttggaagatctcc 37711402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37639332 - 37639644
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37639332 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaat 37639431  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37639432 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37639531  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||  ||||||||    
T  37639532 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatttaatgccagaaggtggaa 37639631  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37639632 ttggaagatctcc 37639644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 37401572 - 37401260
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37401572 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37401473  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37401472 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37401373  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  ||||||||    
T  37401372 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37401273  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37401272 ttggaagatctcc 37401260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37823490 - 37823802
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37823490 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37823589  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  |   |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37823590 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacatgaagagaatttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37823689  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||  ||||||||    
T  37823690 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37823789  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37823790 ttggaagatctcc 37823802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 37393451 - 37393142
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  37393451 atgaacagtaagccaaacattgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaat 37393352  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393351 gcttccacagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37393252  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  37393251 ttgaggatataaagggaactagcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtcttcaatgccatcaggtggaa 37393152  T
Q  312 ttggaagatc 321  Q
    ||||||||||    
T  37393151 ttggaagatc 37393142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 320
Target Start/End: Original strand, 37702270 - 37702577
Alignment:
Q  13 tgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatg 112  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37702270 tgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatg 37702369  T
Q  113 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37702370 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaat 37702469  T
Q  213 cgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaat 312  Q
     ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||    
T  37702470 tgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtgtacaatgccatgaggtggaat 37702569  T
Q  313 tggaagat 320  Q
    ||||||||    
T  37702570 tggaagat 37702577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37593790 - 37594102
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37593790 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37593889  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37593890 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaa 37593989  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    | ||| | ||  ||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593990 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 37594089  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37594090 ttggaagatctcc 37594102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37696181 - 37696493
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37696181 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37696280  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37696281 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaa 37696380  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    | ||| | ||  ||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696381 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 37696480  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37696481 ttggaagatctcc 37696493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Original strand, 37532686 - 37532998
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37532686 atgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37532785  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37532786 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37532885  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    | ||| | ||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| |  |||||||||||||||||    
T  37532886 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 37532985  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  37532986 ttggaagatctcc 37532998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 37382896 - 37382588
Alignment:
Q  16 acagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatgctt 115  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  37382896 acagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgtgt 37382797  T
Q  116 ccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |   | |||  |||||||||||| | ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||    
T  37382796 ccatagaggttgttcatttgcatatccaataccgaaagagaaggaaatgttcccaagcattgtggaatcatgccagttaaattgttgtgagccaaattga 37382697  T
Q  216 gcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattgg 315  Q
    ||| ||  |||||||| || ||||| ||||   ||  ||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||  | |||||||| | |||| |||||    
T  37382696 gcacattcagggaacttgcgttgcacaatgaaaaatcaatgtttcctgtgaagttgttgttcgagagtaaaaagtagtaaatgccataacgtgggattgg 37382597  T
Q  316 aagatctcc 324  Q
    |||||||||    
T  37382596 aagatctcc 37382588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 317
Target Start/End: Original strand, 37435300 - 37435601
Alignment:
Q  16 acagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatgctt 115  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||    
T  37435300 acagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatgctt 37435399  T
Q  116 ccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcga 215  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||   | |||  |||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||| |||||||| ||||||| ||    
T  37435400 ccattaaggttgttcatttgcatatccaaaacggaaagaaaaggaaatgttcccaggcattttggaattatgcctgtcaatttgttgtgggccaaattga 37435499  T
Q  216 gcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattgg 315  Q
    |||  |  | ||| || || | ||| ||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| | |||||||||    
T  37435500 gcacgttcatggagcttgcttggcacaattttgaagaaatgtctcctgcgaagttgttgtttgagagcaaaaagtattcaatgccatcggatggaattgg 37435599  T
Q  316 aa 317  Q
    ||    
T  37435600 aa 37435601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 37413729 - 37413547
Alignment:
Q  22 agccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccatag 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  37413729 agccaaagactgtggtaatggtccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatac 37413630  T
Q  122 aggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtg 204  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  37413629 aagttgttcatttgcatatccaatatagaaagagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg 37413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 197 - 324
Target Start/End: Original strand, 37594110 - 37594237
Alignment:
Q  197 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 296  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37594110 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37594209  T
Q  297 tgccatcaggtggaattggaagatctcc 324  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||    
T  37594210 tgccagaaggtggaattggaagatctcc 37594237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 194 - 324
Target Start/End: Original strand, 37696498 - 37696628
Alignment:
Q  194 aaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttt 293  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |     
T  37696498 aaattgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtatc 37696597  T
Q  294 taatgccatcaggtggaattggaagatctcc 324  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  37696598 caatgctagaaggtggaattggaagatctcc 37696628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 197 - 320
Target Start/End: Original strand, 37639652 - 37639775
Alignment:
Q  197 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 296  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||    
T  37639652 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatacaa 37639751  T
Q  297 tgccatcaggtggaattggaagat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  37639752 tgccatcaggtggaattggaagat 37639775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 37401252 - 37401125
Alignment:
Q  197 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 296  Q
    |||||||||||||||| |||  ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37401252 ttgttgtgagccaaattgagggtacgaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattcaa 37401153  T
Q  297 tgccatcaggtggaattggaagatctcc 324  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||    
T  37401152 tgccagaaggtggaattggaagatctcc 37401125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 197 - 324
Target Start/End: Original strand, 37711410 - 37711537
Alignment:
Q  197 ttgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaa 296  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| || ||    
T  37711410 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37711509  T
Q  297 tgccatcaggtggaattggaagatctcc 324  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||    
T  37711510 tgccagatggtggaattggaagatctcc 37711537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 324
Target Start/End: Original strand, 37428578 - 37428638
Alignment:
Q  264 tgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattggaagatctcc 324  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37428578 tgaagttgttgttagagagtaaaaagtattcaatgccataaggtggaattggaagatctcc 37428638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 12 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 16843570 - 16843258
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16843570 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaat 16843471  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16843470 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 16843371  T
Q  212 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 311  Q
    |  |||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| |  |||||||||||||||||    
T  16843370 ttaagcaaattaagggtacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatacaatgccatcaggtggaa 16843271  T
Q  312 ttggaagatctcc 324  Q
    |||||||||||||    
T  16843270 ttggaagatctcc 16843258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 24218300 - 24217993
Alignment:
Q  17 cagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttc 116  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |||| |||||||    
T  24218300 cagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttc 24218201  T
Q  117 catagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||| |||    
T  24218200 catagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaattgag 24218101  T
Q  217 catataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaattgga 316  Q
    || ||  |||||||| |||||||| | ||   ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| ||||  |||||||| |||    
T  24218100 caaattcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtattgaattccatagggtggaatcgga 24218001  T
Q  317 agatctcc 324  Q
    || |||||    
T  24218000 aggtctcc 24217993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16846238 - 16845929
Alignment:
Q  12 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaat 111  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846238 atgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaat 16846139  T
Q  112 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtgga----atcatacctttcaaattgttgtgagc 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||| | ||||||||||    ||||||| | | ||||||||||||||    
T  16846138 gcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaagcattgtggaatatatcatacatattaaattgttgtgagc 16846039  T
Q  208 caaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggt 307  Q
    ||||| ||| | |   ||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |  |    
T  16846038 caaattgagaacaatcaggaaacttgcactgcagaatgtggaagacatatcttctgtgaagttgttgtttgagagcaaaaagtatttaatgccataatat 16845939  T
Q  308 ggaattggaa 317  Q
    ||||||||||    
T  16845938 ggaattggaa 16845929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 194 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16843253 - 16843130
Alignment:
Q  194 aaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatatatcctgtgaagttgttgtttgagagtaaatagtttt 293  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||  | | |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  || ||| ||    
T  16843253 aaattgttgtgagccaaattgagaacattcaagaaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagcgaaaagtatt 16843154  T
Q  294 taatgccatcaggtggaattggaa 317  Q
     || ||||| || |||||||||||    
T  16843153 gaaggccataagatggaattggaa 16843130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 14552959 - 14553189
Alignment:
Q  13 tgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggaaaaggttctaggaatg 112  Q
    |||||||| |||||| || ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14552959 tgaacagtgagccaatgactgtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatg 14553058  T
Q  113 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaat 212  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14553059 attccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagaagaggaaatgtccccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaat 14553158  T
Q  213 cgagcatataaagggaactggcattgcagaa 243  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14553159 tgagcatataaagggaacttgcattgcagaa 14553189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University