View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10789_1 (Length: 983)
Name: NF10789_1
Description: NF10789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10789_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 848
Target Start/End: Original strand, 42474947 - 42475769
Alignment:
| Q |
18 |
gaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatg |
117 |
Q |
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| T |
42474947 |
gaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatg |
42475046 |
T |
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| Q |
118 |
gtcaaagttagaggttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcactagttt |
217 |
Q |
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| T |
42475047 |
gtcaaagttagaggttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcacttgttt |
42475146 |
T |
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| Q |
218 |
gttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatagtccatggacaaagtcctgtgtgtgcattagattccataatcttgattaaagttaaatactaatttatag |
317 |
Q |
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| T |
42475147 |
gttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatag-------acaaagtcctgtgtgtgcattagaatccataatcttgattaaagttaaatactaatttatac |
42475239 |
T |
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| Q |
318 |
aaacttgatattttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgtcaactgtaagctttgcattataccttgttacctaactcatattacaactggattttact |
417 |
Q |
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| T |
42475240 |
aaacttgatattttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgtcaactgtaagctttgcattataccttgttacctaactcatattacaactggattttact |
42475339 |
T |
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| Q |
418 |
tgcaaaatctgtttgtaagtgaatcattttgatagaatgcccctgggagctttgataaaaacccaaatacctccattcctgatagctcaaaaagctagtt |
517 |
Q |
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| T |
42475340 |
tgcaaaacctgtttgtaagtgaatcattttgatagaatgcccctgggagctttgataaaaacccaaatacctccattcctgatagctcgaaaagctagtt |
42475439 |
T |
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| Q |
518 |
gggacatgttgcctatttttataatgcattaaaagctctgtgctgctcctcatatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaacatgttgcct |
617 |
Q |
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| T |
42475440 |
gggacatgttgcctatttttataatgcattaaaagctcagtgctgaacc-gatatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaacatgttgcct |
42475538 |
T |
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| Q |
618 |
gtttgatcatttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatatcttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggttttgtcaaatt |
717 |
Q |
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| T |
42475539 |
gtttgatcatttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatatcttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggttttgtcaaatt |
42475638 |
T |
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| Q |
718 |
gaaatagacatttgagcattgtaaaattttctctgctttgtcatatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcagcattttga |
817 |
Q |
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| T |
42475639 |
gaaatagacatttgagcattgtaaaattttctctgctttgtcgtatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcagcattttga |
42475738 |
T |
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| Q |
818 |
ttcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
848 |
Q |
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| T |
42475739 |
ttcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
42475769 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 358
Target Start/End: Original strand, 42480448 - 42480781
Alignment:
| Q |
18 |
gaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatg |
117 |
Q |
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| T |
42480448 |
gaatgtgcatttctgacagagtacaattttgctatggaatattaaaagtgcatcattacagtcaaatgttcatgatccttagttttggaaatgaaaaatg |
42480547 |
T |
|
| Q |
118 |
gtcaaagttagaggttaaacttgaactac-gaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcactagtt |
216 |
Q |
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| T |
42480548 |
gtcagagttagaggttaaacttaaactacagtata-ttgtgtgcgttcatatatttatttacacatgatacactagtcatattaaacgagagcactagtt |
42480646 |
T |
|
| Q |
217 |
tgttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatagtccatggacaaagtcctgtgtgtgcattagattccataatcttgattaaagttaaatactaatttata |
316 |
Q |
| |
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| T |
42480647 |
tgttgtgaaaattggtgaagtgaccatcatag---------aaagtcatgtgtgtgcatcagaatccataatctcgattgaagttaaatactaatttata |
42480737 |
T |
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| Q |
317 |
gaaacttgatat--tttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgt |
358 |
Q |
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| T |
42480738 |
caaacttaatattgtttttataaaaagttgggtgtgaaagttgt |
42480781 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 761 - 848
Target Start/End: Original strand, 42468267 - 42468353
Alignment:
| Q |
761 |
tatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcagcattttgattcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
848 |
Q |
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| T |
42468267 |
tatatggagaaagatcattgtctaacaagatatctatatttgaatgcagcattttgattc-gtaagtggatatttcatctcacaggtt |
42468353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 570 - 708
Target Start/End: Original strand, 42480885 - 42481016
Alignment:
| Q |
570 |
tatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaacatgttgcctgtttgatc-atttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatat |
668 |
Q |
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| T |
42480885 |
tatatgattgctaaatcgttatttagctgtttgttaaacatgttgcctgtttgatcaaatggttggatcaatctgttga-------ttatt-atttatat |
42480976 |
T |
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| Q |
669 |
cttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggttt |
708 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |
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| T |
42480977 |
cttattttcaaatgagggcttgggaaattgatctttgttt |
42481016 |
T |
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